民国三十一年(1942)，妙湛南下扬州，参学于高旻寺来果禅师座下，饱受钳锤，颇有领悟，遂在常住为寺之大知客。民国三十三年(1946)，朝礼九华山、普陀山诸圣迹。民国三十五年(1948)，入江苏镇江金山万佛寺参禅。1953年，移锡江都直指庵为菜头。1956年再任扬州高旻寺大知客。

　　1957年，妙湛云游入闽，卓锡厦门南普陀寺，以其学德兼优备受大众礼敬。1958年遂任南普陀寺监院。在寺中妙湛常以身作则，带头劳动，因此曾被评为劳动模范。他认为劳动是修行，但早晚功课不能缺，要求大家勤做功课，坚持功课、劳动两不误，不能忘记出家人的根本。是时因政治运动频繁，妙湛以其梵行高远，处危不惧，守寺护法，使常住文物得以保存下来。

　　1966年，文化大革命狂飚乍起，南普陀寺钟鼓沉寂，僧徒星散，妙湛被分派寺服务部工作，站柜台卖糕饼。他认真经营小卖部，生意渐好，竟能养活很多人，同时利用工作之暇，热心看护因病住院法兄传声。虽迫于形势，身着俗服，但始终内持梵行，一心向佛。

　　1979年，中共十一届三中全会召开以后，全面落实宗教政策，南普陀寺被列为全国重点寺院。不过文革之后的南普陀寺，断墙残壁，佛殿危颓，金刚倒地，寺中僧人多以俗家身形出现。妙湛在十一届三中全会以后，受中国佛教协会会长赵朴初居士的召请，他再次任南普陀寺监院。乃重新剃度，恢复僧装，现比丘相。当时妙湛法师曾对赵朴初居士说：“要我出来住持，得听我的，我有愿力，也有魄力，把南普陀寺恢复旧观。”在赵朴初居士的支持下，妙湛法师全心致力于寺院的恢复兴建，和弘法事业的发展。

　　为了修建南普陀寺，妙湛不辞辛劳，各方奔走，请政府拨款支持，向各方募化集资。由于他德高望重，得到海内外各界人士的支持，先后恢复了南普陀寺的殿堂、壁画，还兴建了教学大楼、太虚图书馆、方丈楼、普照楼、海会楼、学生和法师的寮房，以及全国第一的禅堂、和全国第一座慈善大楼。山门前还开辟了荷花池、万寿塔，并修整了祖师塔林立的后山。

　　在妙湛努力下，南普陀寺得到修复和开放，许多因故离寺的僧伽重回寺院，宗教活动得以顺利开展。他还主张恢复寺院传统的丛林制度，整顿教团，制定和完善寺院的管理制度，使南普陀寺道风严整，面貌一新。

　　妙湛除了主持修复南普陀寺之外，他为重兴厦门佛教也作出了不懈的努力。还主持修复和重建了厦门市虎溪岩寺、万石莲寺、金鸡亭寺、紫竹林寺等寺院。他都亲临工地督促，经过几年的筹划与施工，终使厦门原有破旧的佛寺，焕然一新，更为壮观。除了厦门的寺院，他还支持协助西安终南山、福建宁德支提山和南平武夷山等多处道场建寺或修路。

　　妙湛法师悲愿宏深，为十方善信所护持，在协助政府贯彻落实宗教信仰自由政策，恢复宗教活动场所，培养佛教人才，兴办僧伽教育，整顿寺院，严整道风，弘扬佛法，开展佛教文化学术研究，大力支持社会福利救济事业，积极开展海外联谊和国际友好活动等方面，做了大量卓有成效的工作，做出重要的贡献。

　　自国家落实宗教政策之后，一批佛教寺院虽得以复兴。但妙湛常以法门寥落、僧才奇缺为憾，他认为佛教要发扬光大，就要靠一大批有学识、有修持的僧人来弘扬佛法。因此，培养合格的僧才，已成为当务之急和千秋大任的历史使命。妙湛强调未来佛教需要像印光法师那样，专一净土宗，巍然不动；像弘一法师那样，高举戒学的旗帜，令正法久住；像虚云、来果和尚那样，坐穿蒲团，发明心地，参究本来面目，弘扬禅宗；像太虚法师那样，整顿僧制，创办教育，提倡人生佛教；像圆瑛法师那样主办教会，忍辱负重，弘宗演教，度化一方；像宗喀巴大师那样，除弊兴利，创立教派。只有培养出一批学修并重的僧才，住持三宝，才能振兴佛教，使佛教后继有人。因此他力排阻难，不遗余力地为恢复南普陀佛教养正院、闽院而奔波。

　　1981年，妙湛首先在寺中恢复了停办已久的南普陀寺佛教养正。继而又倡议恢复创办于民国十三年(1924)的闽南佛学院，获得中国佛教协会会长赵朴初的支持，并得新加坡宏船的赞助，于1985年5月17曰，在南普陀寺举行复院暨开学典礼，妙湛任院长并在会上作了报告。来厦门省亲的新加坡广平法师参加了典礼，并代表宏船表示熟烈祝贺。中国佛教协会会长赵朴初，以及北京、南京、杭州、等地的佛教团体也发来贺电或贺函。

　　当时的闽南佛学院分为男众部与女众部，各设三个班级，学生160多名，教员30多位。妙湛为提高闽院教学质量，多方聘请对佛学有造指的法师、居士讲课。有时也延请社会上大学的哲学、历史教授，作专题演讲，以扩展学生的知识。为了将学院教学与研究结合起来，多出成果，还于1989年主编出版《闽南佛学院学报》(后改为《闽南佛学》)，作为全院师生教学与研究阵地，发扬该院在20世纪20年代创办期刊的优良传统。1992年春季，妙湛为了进一步培养僧才，以适应佛学研究需要，在闽南佛学院又增设了研究班，聘请中国佛教文化研究所特约研究员田光烈为研究生班导师，此乃开培养高级佛学研究人才之先锋。

　　在妙湛辛苦办学的基础下，当前的闽院已办成目前全国佛教界教学条件优良、师资力量雄厚、学生数量最多，在海内外有广泛影响的佛教高等院校。

　　为了振兴中国佛教，妙湛对全国的佛教教育事业，也给予很大支持，多次捐款给中国佛学院和福建佛学院，并资助黑龙江伊兰尼众佛学院、广东陆丰佛学院、岭东佛学院、武昌佛学院、江西尼众佛学院等的开办。1992年1月7日，妙湛在上海出席中华人民共和国汉语系佛教教育工作座谈会，他在会上发表了投资佛教教育基金的重要讲话，并代表南普陀寺每年捐助人民币，作为教育基金。同年3月24至26曰，在厦门南普陀寺召开福建省佛教教育工作座谈会，他在会上传达了全国汉语系佛教教育工作座谈会纪要。在他的动员和推动下，成立了“福建省佛教教育基金会”，并代表南普陀寺捐献教育基金。

　　妙湛同时还力倡开办中国佛教大学，在1995年5月中韩日三国佛教文化友好交流会上他大声疾呼：“佛教大国，一定要有佛教大学！”号召全国诸山长老大德法师、护法居士共襄盛举。

　　妙湛法师一生除了致力于佛教教育事业之外，对于佛教的慈善事业也尤为热衷。他胸怀广大，悲愿宏深，效仿菩萨“不为自己求安乐，但愿众生得离苦”的悲心，以出世的精神，做济世利民的慈善事业。1994年12月他首创佛教慈善机构——南普陀寺慈善事业基金会，并兼任会长，制定教育、文化、医疗和济世的宗旨。以发扬佛教“慈悲为怀”，“人溺己溺、济世救困”精神，大力开展资生事业，捐资助教、施医赠药、赈灾救孤、扶贫济困，等视众生，寻声救苦。他常以80多岁高龄，冒着倾盆大雨，慰问孤寡老人。不辞辛苦跋涉到贫困山区，资助希望小学，使山区数以万计的失学儿童得以就学。为了省出钱来支持赞助希望工程和社会利益、福利事业，他平时生活极为俭朴，力行节约，不浪费一滴水，不糟蹋一粒米。妙湛法师犹如菩萨般慈悲济世的高尚德行，受到教内、教外各界人士的一致好评和广泛称颂。

　　厦门因特殊的地理位置，是中国对外友好往来的一个门户。而南普陀寺则是厦门的一个窗口。妙湛法师作为国际知名的高僧大德，以南普陀寺为中心，开展佛教海外联谊和国际友好活动。他接待过许多来访的外国领导人、贵宾及佛教界人士。先后接待过英国首相柴契尔夫人、新加坡前总理李光耀夫妇，澳大利亚总理和其他美、日、德、意、加拿大，南斯拉夫、希腊等多国的领导、外交使节及社会名流。还多次邀请港、台、日本、朝鲜、泰国、新加坡、马来西亚等地的高僧大德、佛教学者来南普陀寺和闽南佛学院参观讲学。他自己在国内传戒法会上，多次被礼请为得戒和尚，皈依和在其座下受戒的僧俗弟子和信众数以万计。他还先后应邀到国外及港澳地区访问、弘法，参加国际佛教会议，宣传中国的宗教政策，广交善友，扩大中国佛教在国际上的影响。

　　妙湛法师除了主持南普陀寺，先后担任南普陀寺监院及方丈和闽南佛学院院长外，还曾担任过中国佛教协会理事、常务理事，福建省佛教协会副会长、会长，厦门市佛教协会会长，福建省政协委员、福建省佛学院院长、厦门市政协常务委员、厦门市万石莲寺和虎溪岩寺住持、福州鼓山涌泉寺方丈、武夷山天心寺和永乐禅寺住持等职。

　　妙湛曾以“任劳任怨，委屈求全”八字总结自己一生。他有观音慈悲的心肠，弥勒宽宏的肚量，普贤无边的愿力。人家称赞他，他不高兴。人家毁谤他，他不生气。逆来顺受，随遇而安。若有人向他求钱求物，他从不拒绝，总是满足别人的要求。他常说：“要舍得布施，舍了才得，不舍不得，小舍小得，大舍大得。”他一生戒行精严，梵行高远，生活朴素、简单，到83岁高龄，每天都坚持参加上殿、过堂。外出开会、办事，也不带侍者。一生所行持的便是“不为自己求安乐，但愿众生得离苦”的菩萨之道。他心心系念佛教，为中国佛教的发展振兴呕心沥血，做出了卓越的贡献。心心系念芸芸众生，临终之际，犹写下“三门常衍，勿忘世上苦人多”的遗训。

　　1995年12月19日，由于长年以来的劳累，妙湛老和尚泊然示寂于南普陀寺方丈室。世寿八十六，僧腊五十六。同月25日于莆田广化寺荼毗，所得舍利，多呈瑞相，四众叹为稀有，于南普陀后山起塔供养。佛教学者、居士林子青为撰《南普陀寺妙湛和尚舍利塔铭》。铭曰：

　　法门龙象，爱国人雄。为法忘躯，利他愿宏。襟怀坦荡，事理并容。超凡入圣，悲智圆融。中流砥柱，五浊劫中。人天师范，缁素推崇。恭敬顶礼，伟哉妙公。

　　妙湛法师虽然圆寂了，然而他一生为法为教的精神却永远值得我们无比的景仰与无限的怀念。1997年，南普陀寺为妙湛老和尚编印纪念集对外征文，中国佛教协会会长赵朴初老居士，有怀妙湛法师诗曰：

　　十年浩劫后，我初至厦门，公犹衣俗服，端容坐空庭。殷勤劝公起，续燃焰灭灯，答云有宿愿，重荷亦堪任，惟求不干扰，许公扬臂行。自兹南普陀，光复法王城，绍隆昔贤志，学院亦重兴。兼展利生事，慈济设基金，福慧二资粮，善备无边垠。前冬遣使来，施资助学僧，乃知公有疾，迎驾来京城。病榻叮咛再，南天双塔尊，一寺一学院，继任须得人。感公行愿深，坚我护持心，所愿恒沙劫，相随觉道行。

　　妙湛法师可谓当代南普陀寺中兴之祖，他奠定了现在南普陀寺以佛教教育和慈善为主的基础和规模，为南普陀寺的复兴与发展做出了巨大的贡献。老和尚也是现今当之不愧的著名高僧、佛学教育家、慈善家，他把自己的一生奉献给了佛教和人民的福利事业，数十年如一日为法为教，鞠躬尽瘁、任劳任怨、孜孜不悔。他对中国佛教所作出的贡献将永远地被彪炳史册，他崇高的精神和如冰霜一样的清净德行，也将激励着一代又一代的僧伽向他学习，我们永远缅怀这位不朽的高僧。