妙普禅师喜欢吟诗作对，时有脍炙人口的诗偈传世，譬如：《山居》偈云：“心法双忘犹隔妄，色尘不二尚余尘。百鸟不来春又过，不知谁是住庵人？”《警众》偈云：“学道犹如守禁城，昼防六贼夜惺惺。中军主将能行令，不动干戈致太平。”又云：“不耕而食不蚕衣，物外清闲适圣时。未透祖师关捩子，也须存意著便宜。”又云：“十二时中莫住工，穷来穷去到无穷。直须洞彻无穷底，踏倒须弥第一峰。”

　　宋高宗赵构建炎初年(1127)，贼寇徐明等人趁当时天下大乱，四海纷争，国家不平之机，发动叛乱，途经乌镇一带，沿路抢掠、屠杀百姓，手段之毒辣，屠戮之人众，令人谈“徐”而色变，纷纷逃亡。妙普禅师听说之后，不禁大加喟叹：生灵涂炭，我身为佛门中人，应当舍身救助。于是他独自策杖前往贼营。

　　贼兵见到禅师安稳自若的样子疑虑他是奸细想耍什么花招，于是就询问他是何人，从哪里来，到哪里去。妙普禅师答道：“我是一个僧人，由青龙庵来，往密印寺去。”

　　贼兵见他无所畏惧很是恼火，就要杀了他。

　　妙普禅师早已将生死置之度外，只求能以一腔正气，救民众于水火之中。他说：“大丈夫要头便砍去，你们何必如此暴怒，我是必然一死，不过，在死之前，我希望你们能给我一碗饭吃，好给我送终。

　　贼兵见他是个出家人，便想在他死前戏弄他一下，便给他准备好了一碗肉食送了过来。妙普禅师一见，没有犹豫便按照寺院日常的礼仪把它供奉给了佛祖；然后回转身来，问贼兵道：“我就要死了，谁给我写一篇祭文，也好昭示我的德行功业，让天下人知晓？”

　　贼兵们纷纷大笑，认为和尚过于愚蠢不化，死之将至，写不写祭文又有什么用？妙普禅师就向他们要来纸笔，自己略加思索，便挥毫大书起来。

　　祭文内容如下：“呜呼!惟灵劳我以生，则大块之过；役我以寿，则阴阳之失；乏我以贫，则五行不正；困我以命，则时日不吉。吁哉！至哉！赖有出尘之道，悟我之性；与其妙心，则其妙心。孰与为邻？上同诸佛之真化，下合凡夫之无明。纤尘不动，本自圆成。妙矣哉！日月未足以为明，乾坤未足以为大，磊磊落落，无挂无碍。六十余年，和光混俗；四十二腊，逍遥自在；逢人则喜，见佛不拜。笑矣乎？笑矣乎！可惜少年郎，风流太光彩，坦然归去付春风，体似虚空终不坏。”

　　写完了祭文之后，妙普禅师又朗声颂读了一遍，然后把毛笔一扔，端起刚才供奉在佛祖面前的那一碗肉，用筷子一夹就大口大口地吃起来了。

　　贼兵们一见，都哈哈大笑起来。

　　妙普禅师吃完肉，对着那群贼兵们说首：“劫数既遭离乱，我是快活烈汉；如今正好乘时，便请一刀两段。”然后大呼：“斩！斩！”

　　贼兵们非常惊异，被他如此豪爽、视死如归的态度镇摄住了，纷纷向他稽首谢罪，然后护送着他离开了兵营。

　　在此之后，贼兵没有再骚扰百姓，那些逃亡的人也纷纷返回家园，过上了安定的生活，而这全是妙普禅师的功劳啊！

　　从此禅师声名远播，道俗仰慕求教者不绝于途，而禅师依然不改行云流水的摆渡生活。

　　绍兴年间，冬天，妙普禅师预知大限时日将至，于是自己制作了一只大木盆，又在上面凿了一个大孔洞，塞以木栓。然后他特地修书一封，寄给雪窦岁持禅师，告诉他说：“我将要水葬自己。”可是，到了约定的时间，岁持来到后，发现妙普还活得好好的，于是就作了一首偈语调侃他说：“咄哉老性空，刚要喂鱼鳖；胡不索性去，只管向人说。”妙普笑着说：“我请您来就是要你来做个证明的。”于是遍告僧俗，四处散布消息，他就要水葬了。

　　那天，大家齐聚青龙庵前的河岸两边。妙普禅师开示法要说偈云：“坐脱立亡不若水葬，一省柴烧二免开圹，撒手便行不妨快畅，是谁知音船子和尚，高风难继百千年，一曲渔歌少人唱。”

　　说完就趺坐在早已放置于河中的大木盆之内，然后口吹他那心爱的铁笛，顺流而下。河岸两边的弟子追随不舍直到东海之滨。妙普拔下木盆孔洞的木塞，待里面进了一些水之后又塞紧木塞，这样船在水里盘旋却滴水不进。妙普禅师一边吹着铁笛，一边吟唱道：“船子当年返故乡，没踪迹处妙难量；真风遍寄知音者；铁笛横吹作散场”。

　　众人目送禅师顺水渐去渐远，那铁笛呜咽回响于苍茫的水天世界。远远地，人们却又蓦然地看到禅师的铁笛掷入虚空，而他的人也同时进入到了虚空，不见踪影。大家纷纷伤心地痛哭起来，然后又开始纷纷寻找禅师的画像作为纪念，或挂在厅堂之中顶礼膜拜。

　　但是，三天之后，却又有人在青龙庵河边的沙滩上，发现妙普禅师盘膝端坐，容颜润泽，红光满面，跟他生时毫无二致。于是便将他接回庵中，供奉了五天才火化，舍利大于豆者不计其数。火化时，有两只仙鹤盘旋空中，火尽才离开。是年，妙普七十七岁。他的好友岁持禅师以偈悼念云：“僧不僧俗不俗，曾得死心亲付嘱，平生知命只逍遥，行道苦无清净福，东西南北放痴憨，七十七年捏怪足，漆桶里著到，波里涛洗浴，个中谁会无生曲，随流去又流归，莫是庵前恋筇竹，阿呵呵老大哥。快活谁人奈汝何。”