东晋王朝，从元帝建武元年(317)到恭帝元熙二年(420)，存在了一百零四年。但是东晋政权统治的地区，仅限于以建康(今南京)为首府的南方。对于北方的广大地区，则是十六国的天下。由于政权势力范围的地分南北，所以东晋的佛教情况也可以分南北两地来谈。这里先谈南方的佛教。
　　 东晋南方的佛教，主要有两个中心地：一是庐山，二是建康。
　　 庐山的佛教由慧远主持。他是道安的弟子，原来在北方，由于战乱，他随师到了襄阳。东晋太元四年(379)，秦苻丕攻襄阳，道安分散弟子，由慧远带领一部分人去荆州，准备去广东的罗浮山，但是慧远路过九江时，发现庐山环境幽静，是息心办道的好地方，如是就住下来了。他先住在龙泉精舍，后来得到刺史桓伊的帮助，修建了东林寺。慧远学识渊博，德高望重，他住庐山领众修道三十余年，“影不出山，迹不入俗”(梁《高僧传》卷六)，因而受到了普遍的崇敬。
　　 慧远在庐山十分关心佛教的弘扬。当时江南的佛教，典籍尚不完备，律藏残缺，禅法不闻,他就派自己的弟子法净、法钦等到西域去求取，经过多年的努力，有所收获。就在此时，原在北方的罽宾沙门僧伽提婆，因关中战乱，来到了南方，慧远得知，即将他接到东林，请他翻译了《阿毗昙心论》和《三法度论》。慧远亲自为二书作序流通。
　　 东晋隆安五年(401)，鸠摩罗什到达长安后，慧远主动致书问好。他们两人之间，时有书信往来。这些书信，不只是互致问候，而是彼此探讨大乘奥义。由慧远提问，罗什解答。这些书信，后来被人编成一本书，取名《问大乘深义十八科》(又名《大乘大义章》)。罗什是西域的著名佛学大师，慧远当然敬重备至，而慧远的才学和道德，亦为罗什所赞赏。如罗什在一次给慧远的信中说：“夫才有五备：福、戒、博闻、辩才、深智,兼之者隆，未具者凝滞，仁者(指慧远)备之矣”(梁《高僧传》卷六)。由此可以看出罗什对慧远的评价之高。
　　 罗什在长安译出《大智度论》一百卷，秦主姚兴函请慧远为之作《序》， 这说明慧远虽在庐山，而他的崇高威望却远及关中。慧远为《智论》作《序》之后，觉得此论篇幅过长，不便于初学者研究读，他就删繁就简，编成一种压缩本，取名《大智度论要略》(又名《大智度论抄》)，共二○卷。
　　 其后不久，印度僧人佛驮跋陀罗因在关中受排挤①，与弟子慧观等离开长安来到庐山，慧远请他翻译了禅经。
　　 慧远在庐山，其门下的著名弟子，除前面所说的法净、法钦等人之外，还有慧宝、慧要、僧济、僧彻、法安、法幽、昙邕、昙顺、昙铣、道汪、道祖、道授等。当时著名的佛教思想家竺道生亦在庐山。
　　 慧远的名望，即使是朝中权贵和名流学者，亦无不钦仰。他们当中的许多人都遥集于慧远门下。当时的庐山，可以说是人才济济，世有“庐山十八贤”的说法。连负才傲俗的谢灵运。对慧远亦执弟子礼。慧远还集息心贞信之士一百二十三人结白莲社，在阿弥陀佛像前发誓， 愿生西方净土。因此庐山在中国佛教史上被视为净土宗的发祥地。
　　 建康(今南京)被视为东晋南方佛教的另一个中心，是因为建康的道场寺，位处首都，是有名的主要译经场所，许多著名的大译师，如僧伽提婆、佛驮跋陀罗和法显等人都在道场寺住并译经。有名的《六十华严》、《中阿含》、《增一阿含》和《摩诃僧祇律》等大部头的重要经典，都是在建康译出的。当时的建康，人文荟萃，名闻遐迩。
　　 据《开元释教录》卷三载：东晋朝存在的一百零四年间，有中外缁素一十六人翻译经典，他们的简况，大致如下：
　　 (1)沙门帛尸蜜多罗，西域人，本为王子，让国与弟，自己出家修道，于西晋永嘉年间(307—313)来到中国江左，住建初寺，东晋元帝时译出《大灌顶经》等三部一十四卷。
　　 (2)沙门支道根，不知何国人也。因姓支可能是月支人，或汉人从师姓，于成帝咸康元年(335)译出《阿閦佛刹诸菩萨学成品经》等二部七卷。
　　 (3)沙门竺昙无兰，西域人，于孝武帝太元六年(381)至太元二十年(395)，在杨都谢镇西寺译出《採莲违王经》等六十一部六十三卷。
　　 (4)沙门僧伽提婆，罽宾人，于苻秦建元中(365—384)到长安，译论二部，备载秦录。晋孝武帝太元十六年(391)到江左，先在庐山。安帝隆安元年(397)到建康(今南京)，住道场寺，译出《中阿含》和《增一阿含》②等经论五部一百一十八卷。
　　 (5)沙门留陀伽，西域人，于孝武帝太元十七年(392)译出《十二游经》一部一卷。
　　 (6)沙门康道和，不知何国人也。因姓康，可能为康居人，或为汉人从师姓。于孝武帝太元二十一年(396)译出《益意经》一部三卷。
　　 (7)沙门佛驮跋陀罗，迦毗罗卫人，原在罽宾，应中国僧人智严之请来到中国长安，后转至江左，先在庐山，后至建康住道场寺，先后译出《华严经》等一十三部一百二十五卷。
　　 (8)沙门昙摩，不知何国人也，善律学,应释僧遵等之请，于隆安四年(400)译出《杂问律事》一部二卷。
　　 (9)沙门卑摩罗叉，罽宾人。原在龟兹弘律，闻罗什在长安，乃于弘始八年(406)到关中，后转江陵至建康，译有《十诵律毗尼序》等二部五卷。
　　 (10)沙门释法显，中国人，西行求法的高僧，俗姓龚。晋安帝隆安三年(399)从长安出发，经三十余国，于义熙八年(412)回国，次年到建康道场寺，与觉贤合译六部六十三卷。(内有《摩诃僧祇律》四十卷)。
　　 (11)沙门祇多蜜，西域人，译出《菩萨十住经》等三十三部四十五卷。
　　 (12)居士竺兰提，西域人，于恭帝元熙元年(419)译出《大乘方便经》等三部五卷。
　　 (13)沙门竺法力，西域人，于恭帝元熙元年(419)译出《无量寿至真等正觉经》一部一卷。
　　 (14)沙门释嵩公，中国人，于晋末译出《日难经》等三部三卷。 (15)沙门释退公，中国人，晋末译出《迦叶禁戒经》一部一卷。
　　 (16)沙门释法勇，中国人，晋末译出《佛开解梵志阿发经》一部一卷。
　　 以上各家译经，再加上失译诸经是东晋南方佛教译经的总和，《开元录》卷三说是一百六十八部四百六十八卷(实际为一百三十七部四百二十卷)。
　　 东晋皇室，一般都信奉佛教。据法琳《辩正论》卷三说：晋元帝司马睿(317—322)修建了瓦官、龙宫二寺，度僧千人。晋明帝司马绍(323—325)造皇兴、道场二寺，集义学、名称百僧。晋成帝司马衍(326—342)造中兴、鹿野二寺等等。由于皇室信奉佛教，当然下面的臣民也就普遍的信奉佛教了。由于佛教信仰的普及，寺院和出家人亦多起来。东晋时代，佛教义学兴起，主要是研究般若学。由于这门学问传入中国还不久，研究者的理解各不相同，故当时的般若学就有六家七宗之说。当时还是玄学最盛的时侯，谈玄说妙，成为一时风尚。因此，许多僧人，如支道林等人亦都玄学化了，他们往往从玄学的角度来理解佛学。比如竺法雅用“格义”的方法弘扬般若学，就是一个明显的例子。
　　 在东晋时代，还值得一提的是西行求法运动，很多人前往印度朝圣和取经。去的人多，回来的人却很少。原因是有些人中途折返，有些人死于途次，有些人则留居异国。真正学有成就回来为佛教作贡献的人是极少数，其中法显是少数人中的一位杰出代表。
　　 总的来说，东晋时代南方的佛数较之于西晋，是更加兴旺发达了。佛教的典籍大量传入,开始对中国的固有文化产生影响。而佛教本身经过三百多年的适应，亦开始与中国固有文化相融会，为它在中国大地上的传播和发展，奠定了比较雄厚的基础。
　　
　　 注释：
　　 ① 佛驮跋陀罗受排挤的原因是:他的弟子中有一人自称得阿那含果，他未能及时制止。罗什门人说他不制止,就是默认。又说他曾预言印度有五船来中国，是虚诳惑众，有违戒律，不共住，要他离开长安。但真正的原因是两家的道风不同。
　　 ②《中阿含》和《增一阿含》曾由昙摩难提在长安译出。当时因道安逝世，加以关中战乱，译文未作润饰，因而被认为文义不尽。僧伽提婆提到江南后，受请重译二经。但他重译了《中阿含》，对《增一阿含》只作了校勘。