一、判教
十住心
日本真言宗开祖空海大师，为显、密宗行者住心的次第，依《大日经 入真言门住心品》，造《秘密曼荼罗十住心论》十卷及《秘藏宝钥》三卷，广明十住心之义，并以此立十住位阶；又依《金刚顶经》造《辨显密二教论》，判摄大小显密诸教。
十住心"略释如下：
异生羝羊住心："三恶道"之住心。"异生"即劣性凡夫。凡夫不知善恶因果，愚痴无智，但念淫食，如下劣畜生羝羊，但念水草淫欲，余无所知。
愚童持斋住心："人乘"之住心。愚昧凡夫，未了实谛因果，然一时起持斋节食微少善法，但能见贤思齐，初信因果，渐明罪福，善业渐进。如儒家五伦思想及佛教中五戒等，摄于此中。
婴童无畏住心："天乘"之住心。"婴童"喻凡夫善心仍然脆弱。凡夫厌离下界之苦，修天乘十善法及四禅静虑，冀生天道，以达暂时之安乐无忧为满足。
唯蕴无我住心："声闻"之住心。小乘人能观四谛理，以五蕴法为实有，明无人我可得。
拔业因种住心："缘觉"之住心。缘觉行者，能观十二因缘法，能除诸烦恼业及无明种子。
他缘大乘住心："法相"之住心。"他缘"即"无缘大悲心"：大乘菩萨彻悟三界唯心道理，于外境无所贪缘，名为"无缘"。乘此无缘、无住之心而度众，从"依他起性"而证"圆成实性"，故云"他缘大乘"。
觉心不生住心："三论"之住心。大乘菩萨觉悟心性不生不灭，无迷无觉，本来空寂，与诸法实相相应。
一道无为住心："天台"之住心。大乘菩萨证知自心本自无为，本自清净，契合真如实相，觉知"三谛圆融"归"一道"、"三乘"归"一实乘"之理。
极无自性住心："华严"之住心。大乘菩萨了知真如缘起万法的一心法界，从"一道无为"寂灭相生起积极进展之心，所以又叫"事事无碍"的"圆融绝对一心论"，也是真言密教之入门。
秘密庄严住心："密教"之住心。如来所证境界，甚深微细庄严，十地等觉菩萨亦不能知，唯佛佛相知，故说秘密。
此十住心中，前九住心为显，后一住心为密，称为九显一密。如图标：
┌一、异生羝羊心｜三恶道────┐
│二、愚童持斋心｜人 乘┐ ├─────世间教
│三、婴童无畏心｜天 乘┘人天教 ┘
│四、唯蕴无我心｜声闻乘┐二乘教──小乘教┐
┌显教 ┤五、拔业因种心｜缘觉乘┘ │
十住心┤ │六、他缘大乘心｜法相宗┐三乘教─┐ ├出世间教
│ │七、觉心不生心｜三论宗┘ │ │
│ │八、一道无为心｜天台宗┐一乘教 │大乘教┘
│ └九、极无自性心｜华严宗┘ │
└密教 十、秘密庄严心｜真言宗｜金刚乘教┘
三士道
西藏密宗以阿底峡所着的《菩提道灯论》为基础，把学佛的次第分为三士道：
下士道：具有人天乘属性，厌三恶趣苦而深信因果，皈依三宝，行五戒、十善，只求解脱个人一时的苦难，以人天乘的利乐为目的。
中士道：具有声闻、缘觉属性，但求个人的生死解脱，而思惟四谛、十二因缘之理。
上士道：具有大乘属性，于此又可分为两种，即显教修法和密教修法。
显教：依发菩提心，修四摄法、四无量心、六度万行，渐进佛地。
密教：除以显教教理修持为基础外，更依密乘"依次修起"、"圆满次第"，以达到与佛平等不二的境界。
在修学上士道之前，必须以下士道、中士道为基础。因为从下士道能得人身，才能进而思惟生死轮回过患，进而欲求脱离生死之心；由此进修中士道，观四谛、十二因缘法；中士道完成，更进一步思及一切众生仍沉迷苦海，由此发起无上菩提心，誓 度一切众生而成就佛果，此即上士道。因此，三士道等于一个大乘行者的修行阶段、过程，不可忽略任何一士道。
二、教义
六大体大
六大，即：地、水、火、风、空、识等，六种根本原素。地大为坚性、水大为湿性、火大为暖性、风大为动性、空大为无碍性、识大为了别性。前五大属于色法
物质界；识大属于心法 精神界。
密宗以此六大为宇宙法界之本体，诸法缘起之根源。上至诸佛、下至一切有情及器世间，都是六大之所成，故说"六大缘起"。此六大为一切万法之本体，而周遍于法界，故称为"体大"。又此六大为万法本自具有的体性 "法尔本有"，古今同然，故说"六大法尔"。由此法尔之六大，所显现的差别万象、大小粗细，即是"随缘六大"。
地、水、火、风、空 前五大，表大日如来的"理"，即"胎藏界"；第六｜｜"识大"，表大日如来的"智"，即"金刚界"。理与智，各有其事相、功用，以之而建立四种曼荼罗和三密。金刚为"智"，胎藏为"理"；"识大"表"智"，"五大"表"理"；以智观理，以理显智；如是理智不二，二德合一，即为大日如来，是一切众生本来具有的德性，一切法界皆依此而建立。 "六大"的体性虽然不同，
然各各互具、互遍，故说"六大无碍"。"五大"之外无"识大"，"识大"之外无"五大"，因此"识大"即"五大"。而此"识大"包含前面眼、耳、鼻、舌、身五识，与第七末那识、第八阿赖耶识、第九庵摩罗识，这九识可以转成佛的五智 "五大"即"五智"。
五方灌顶" 将"五识"转成"五智"，属于密系初灌。又"六大"亦可缘生四种法身(自性法身、受用法身、变化法身、等流法身)、四种曼荼罗、三种世间(器世间、有情世间、智正觉世间)等法身德相，故有"六大法身"之说。一切凡圣皆由六大所成，皆见性德。因此又?quot;六大缘起"，立"生佛平等"，即心、佛、众生｜三者平等之义，故说众生可以"即身成佛"。
左列五方佛体性的灌顶，与五大、五智及金、胎两部的关系，如图标：
五大 五 灌 五 方 佛 转识成智
┌地--瓶 灌 顶--东 方 阿 佛--第八识→大圆镜智 ┐
胎 五 │水--宝 冠 灌顶--南方 宝 生 佛--第七识→平等性智 │五 金
藏--理--色-- ┤火--金刚杵灌顶--西 方 阿弥陀佛--第六识→妙观察智 ┤-心-智-刚
界 大 │风--铃 灌 顶--北方不空成就佛--前五识→成所作智 │智 界
└空--名 号 灌顶--中 央 大日如来--第九识→法界体性智┘
四曼相大
四曼"：大曼荼罗、三昧耶曼荼罗、法曼荼罗、羯摩曼荼罗等，四种曼荼罗，又称"四智印"。曼荼罗，梵名为 mandala，"坛"或"道场"之义。又作轮圆具足，或聚集、发生等义。轮圆者，圆备众德；发生者，发生诸佛；聚集者，聚集十方三世诸圣于一处。
此"四曼"即"六大本体"上所呈现的差别相状，每一曼荼罗皆不离"相大"，故说"四曼相大"。若从狭义来说，密宗曼荼罗即是以佛、菩萨、明王、天王、夜叉 、人、非人等，来表达事相。
依《大日经》所说，"六大"所成的形像为大曼荼罗，是诸佛的身密；"印"，三昧耶曼荼罗，是诸佛的意密；"字"，法曼荼罗，是诸佛的语密；佛陀的德业则是"羯摩曼荼罗"，为其余三曼的"业用"。因此，四曼圆备诸佛的身口意三密，万法都具有佛德曼荼罗。四曼的"相大"、六大的"体大"，加上因佛的三密加持，速疾显现的"用大"，即是"三大圆融"。
四曼大义如下：
大曼荼罗：又称大印、大智印、尊相曼荼罗。从六大所成宇宙森罗万象，形形色色，即是大曼。就佛菩萨的四曼而言，则一一佛菩萨的相好具足身，乃至雕刻图画的佛菩萨形像，无非是大曼。又大者，殊胜、圆满之义。此曼荼罗相当于金刚界九会曼荼罗中的"成身会"。
又诸佛菩萨无量无边的法性身，如百千灯，光明互映，一多无碍；如大因陀罗网，互相联系排列，故名大曼荼罗。若发为外相，即为诸尊的相好庄严，属金刚坚固身的境身。
三昧耶曼荼罗：又称三昧耶印，或三昧耶智印。是诸佛菩萨本誓、本愿的形态，以其所持刀剑、轮宝、莲花、金刚杵等各种法器或尊相的印契为其代表，具有本誓、除障、警觉等意义。 从广义上来说，宇宙的法法尘尘，每一现象都各具有特性和存在的意义，但物与物间能够互相融会、契印无碍、平等共存，此即是三昧耶曼荼罗。
法曼荼罗：又称法智印、种子曼荼罗。一切万物不论有情、无情，乃至风吹、虫鸣、天籁之声，以及色尘文字，都各有其特殊的语言、声音、名称，都在表达特有的意义，都有与其它事物交融之处，因此，就广义而言，一切万法即是法曼荼罗。一切的语言文字，乃至一切契经文义等，都是如来自性的显现，若以"种子字"为代表，即是佛菩萨的"种子真言"。诸佛菩萨名称或本誓的开头一个字，用梵字表现出来的，叫做"种子"。因此法曼荼罗又称种子曼荼罗，如：以"阿"字表征大日如来。言语是表现真理的因(种子)，每个字里面都具含藏、出生、根源三义，因此密宗特别重视种子字 真言曼荼罗的表达持诵。
羯摩曼荼罗：又称羯摩智印，义为德业、造作或法办事。诸佛菩萨的威仪德业，如：现千百亿化身、行种种圆业、随机度众，即是羯摩曼荼罗。于一切法上，取舍屈伸，乃至捏铸刻镂等塑造像形，皆摄入此曼荼罗中。从广义上来说，行、住、坐、卧，乃至一切事物的活动作用，都是羯摩曼荼罗。而行者进修诸佛之教，行威仪德业 ，就成为羯摩智印。
以上四种曼荼罗，赅摄一切曼荼罗。依《大日经》建立的曼荼罗，称为"胎藏界曼荼罗"，表示本觉之理，又名"因曼荼罗"；依《金刚顶经》建立的曼荼罗，称为"金刚界曼荼罗"，表示始觉之智，又名"果曼荼罗"。相对于依据其它经典所立的"别尊曼荼罗"而言，此"金、胎二部"称为"慈德曼荼罗"。
三密用大
三密：身、口、意三密。密宗以"六大"、"四曼"作为宇宙法界的体性及相状，佛的三密为"业用"，属于体、相、用三大中的"用大"。
三密又可分为"法佛三密"和"众生三"：
法佛三密：是如来自证的三密，唯佛与佛相知，十地等觉菩萨亦不能见闻。六大法界的体相，总摄一切色法，如：山高水长、日光月色、花红叶绿等，是佛的身密；总摄一切音声，如：溪声水流、绵蛮鸟语、蛩吟蝉噪等，是佛的语密；总摄一切心法，如：内证三摩地，乃至一切心念觉照，是佛的意密。此三密摄尽一切万法的业用，故说"用大"。
众生三密：此又分"有相三密"和"无相三密"。"有相三密"者，行者手结印契 "身密"；口诵真言 "语密"；心观本尊入三摩地 "意密"。又佛的三密加持于行者身、口、意三业上，是为"三密加持"。无相三密者，一切的身业、一切的语业、一切的心念意业，都是三密。行者经长期修习，藉三密加持的作用，与佛的三密相契合，无二无别，当下就是"三密相应"。密宗行者藉此三密加持、三密相应的功用，转此凡夫身而成就佛身。
密宗所说的"六大"、"四曼"、"三密"，即是表达法身毘卢遮那如来(或称大日如来)的体、相、用三大。如果将"六大"、"四曼"摄于三密之用，则法界不出于三密；若依"四曼"之相，自具"六大"、"三密"之义，则万法尽是"四曼"。而"六大"中，本自圆备"四曼"、"三密"，因此举法界无非是"六大"的体现。因之，宇宙万法，无非是大日如来的显现。象征此根本教理的是 "金、胎两部曼荼罗"。
金胎两部
密宗的根本教理，认为宇宙万法的当体即是大日如来的显现。此大日如来，圆具理、智二德。代表大日如来之"理"者，是"胎藏界曼荼罗"，又称"因曼荼罗"、"理曼荼罗"。其依据的经典是《大日经》。代表大日如来之"智"者，是"金刚界曼荼罗"，又称"果曼荼罗"、"智曼荼罗"。曼荼罗，一般称为"坛场" 筑方圆土坛供养诸尊，称为"修法坛"，又作"轮圆具足"义。
金刚"：坚固义，表示如来的"智德"不为外物所坏；又?quot;利用"义，能摧破一切烦恼故。"金刚"，诠释如来的五智、九识，具有智、差别、始觉、果等诸义，故称为"金刚界"。
兹列金刚界九会总说图如左：
北
┌───────┬───────┬────────┐
│ 三 │二 │上一 │
│ 理 趣 会 │ 降三世羯摩会 │ 降三世三昧耶会 │
│ 七│ 八│ 九│
├───────┼───────┼────────┤
│四 │九 │八 │
东│ 一 印 会 │ 羯 摩 会 │ 三 昧 耶 会 │西
│ 六│ 下一│ 二 │
├───────┼───────┼────────┤
│五 │六 │七 │
│ 四 印 会 │ 供 养 会 │ 微 细 会 │
│ 五│ 四│ 三 │
└───────┴───────┴────────┘
南
图标从降三世三昧耶会开始，上转一周，止于中央的羯摩会，次第为从因向果，表示修观行者断除惑障，开显心地的修行次第。反之，由羯摩会开始，下转一周，止 于降三世三昧耶会，次第从果向因，表现诸佛菩萨从本垂迹度化众生的顺序。另一胎藏界曼荼罗乃由十三大院所成，以中台八叶院为中心，上下左右各有诸院。中台有八叶莲，大日如来住于中台，四佛、四菩萨住于八叶，合有九尊。八叶莲华，表示众生八瓣肉团心；"阿"字本不生，显示一切众生本具的佛性。此院为"胎藏曼荼罗"的总体，其余十二院为别德。
兹图标胎藏界曼荼罗十三大院如左：
南
┌──────────────────────┐
│ 外金刚部院 │
│ ┌─┬─────────────┬─┐ │
│ │ │ 除盖障院 │ │ │
│ │ ├─┬─────────┬─┤ │ │
│ │ │ │ 金刚手院 │ │ │ │
│外 │ │ ├─┬─────┬─┤虚│苏│外 │
│金 │文│释│遍│ │持│空│悉│金 │
东 │刚 │殊│迦│知│中台八叶院│明│藏│地│刚 │ 西
│部 │院│院│院│ │院│院│院│部 │
│院 │ │ ├─┴─────┴─┤ │ │院 │
│ │ │ │ 观 音 院 │ │ │ │
│ │ ├─┴─────────┴─┤ │ │
│ │ │ 地 藏 院 │ │ │
│ └─┴─────────────┴─┘ │
│ 外金刚部院 │
└──────────────────────┘
北
十方法界无量无边的诸佛菩萨，无不含摄在此金、胎两部中。
