药师琉璃光如来本愿功德经讲义
文珠法师
药师琉璃光如来本愿功德经讲义目录
一、前言
二、解释经题
三、介绍译者
四、叙述本经的缘起
(一)六种成就
(二)文殊启请
(三)释尊许说
五、正说如来的本愿
(一)生佛平等正报庄严愿
(二)身光破暗开晓众生愿
(三)智慧方便满众所欲愿
(四)令邪归正导小向大愿
(五)令修梵行得戒清净愿
(六)令诸残疾六根具足愿
(七)除病苦得身心安乐愿
(八)女转男身得满菩提愿
(九)化导魔外摄入正见愿
(十)解脱灾难令离忧苦愿
(十一)饥渴众生得妙饮食愿
(十二)贫乏众生得妙衣服愿
六、琉璃世界的庄严
(一)国土清净
(二)眷属庄严
(三)劝信愿生
七、本愿功德的殊胜
(一)闻名灭罪免堕恶道
(1)灭悭吝贪惜罪
(2)灭犯戒谤法罪
(3)灭嫉妒毁他罪
(4)灭斗讼咒诅罪
(二)持名增福得生善处
(1)得生佛国益
(2)上生天界益
(3)贵为人王益
(4)转生男身益
(三)持咒治病终成菩提
(1)佛观病苦入定说咒
(2)持咒治病得灭苦益
(3)持咒满愿得延寿益
(４)持咒往生得菩提益
(四)供养消灾获福免难
(1)供养三宝得护念加持
1.供养三宝
2.诸佛护念
3.诸天守护
4.免诸横死
(2)受持法门可获福免难
1.受持方法
2.受持获福
3.受持免难
A.免百怪出现难
B.免一切怖畏难
C.免外侵内乱难
D.免毁犯堕落难
八、问答除疑劝信受
(一)问答决疑显能信希有
(１)佛问阿难
(2)阿难答信
(３)不信之失
(４)无疑免堕
(5)能信希有
(二)结佛德无尽劝人生信
九、受持可延寿解难
(一)救病危得续命延年
(１)病危垂死
(２)神识受审
(３)受持延命
(４)结劝受持
(二)供养修福解诸厄难
(1)药师法门受持仪式
(2)受持八法解救国难
(３)除众病苦解脱厄运
(４)修诸福德可免九横
(５)结劝受持免遭众难
十、药叉神誓愿护法
(一)药叉大将感恩护法
(二)释尊赞劝利乐有情
十一、问经名受持流通
(一)阿难请问经名
(二)大众信受奉行
药师琉璃光如来本愿功德经讲义
一、前言
在佛所说的经典中，很多都显示世间无常，四大皆空，五蕴无我，教人提高警觉，展现理性，认识真我；免被假我的蒙蔽，与私欲的牵制，起惑作业，流转生死。所以一个真正学佛的人，不可以贪恋世间物质的享受，应该放弃个人名利财富的追求，收摄身心，远离五欲；然后以「寡欲知足，安贫乐道」的态度来修学佛法，谋求结束生老病死的痛苦，解脱种种烦恼的束缚。还要在不断提升自己的同时，推己及人，自觉觉他，利乐有情，希望「我与众生，共成佛道」。
唯独本经，特别重视人间福利事业的发展，以及致力解救人类种种灾难与不幸，先用权巧方便的手段，令众生所求皆遂，获得现生的福乐，在满足、富裕的环境中，过着平安快乐的生活；然后运用佛法的妙药，治疗众生累劫积迷的心病。既启发人的正智，教人知因识果，舍邪归正，止恶行善，免堕三恶道；又教人布施持戒，修习禅定，开发智慧，积聚福德，直至福慧具足，圆成佛道，与佛一样，平等无二。所谓：「先以欲钩牵，后令入佛慧。」使未能舍离五欲享受的富贵人家，也能发菩提心，行菩萨道，广修福慧，乃至得不退转，终证菩提；将世间可能障碍修行的名利财富，变作菩提路上的助道因缘，正是：「巧把尘劳作佛事」，打破一般人「富贵学道难」的观念，是何等的殊胜？可以说：本经是人类康乐富裕的宝库，是创造人间乐园的蓝图；亦是建设人间佛教的基础，是通往菩提觉道的桥梁。我们欲想推动佛教济世益群的事业，令所有人都消灾障，增福寿，健康富裕，身心安乐，固然要受持读诵本经；欲想建立人间佛教，促进人性的觉悟，令所有人都开佛知见，断烦恼，了生死，成菩提，究竟离苦得乐，更要受持读诵本经，以及修学本经所说的药师法门。
二、解释经题
阿难请问经名，释尊答此经名有三：一名《说药师琉璃光如来本愿功德经》；二名《说十二神将饶益有情结愿神咒》；三名《拔除一切业障》。中文各种译本，经题虽有出入，但大都不离第一名题的范围。今依玄奘法师的译本，经题是：「药师琉璃光如来本愿功德经」。药与琉璃光是譬喻，师与如来是人，本愿功德是法，故本经的别题，在三单(单人、单法、单喻)，三复(人法、人喻、法喻)，具足一(人、法、喻)的七种立题规则中，是具足人、法、喻三种而立名。
梵音「鞞杀社窭噜」，义译名「药师」；药有治病之功，师有教导之义，故凡能知药，能配药，能教人用药治病的人，皆可以名为药师或医师。药有良药，有毒药，也有无上的法药。能解除病苦，有益人身心的是良药；损人健康，危害人生命的是毒药；不止治标，还能治本，令人身心康复的是法药。医有庸医，有良医，也有无上大医师。精通医术，能对症下药，药到病除的是良医；医术不精，用药不当，损害病人健康的是庸医；若能知病知药，标本俱治，身心兼顾，令人身心都健康的，就是无上大医王。
药师如来，不仅知法知机，知病知药，而且能对症下药，既可以医治众生生理上的种种疾病，还可根治众生心理上无明烦恼的旧患。可以说：无病不医，无疾不治，无苦不拔，无乐不与；标本俱治，令人色身健康，慧命增长，甚至法身康复，故名「药师」，用以譬喻佛悲心救苦的德行。
梵音具足言：「薜琉璃，?喇婆喝啰阇也」，略称「琉璃」，是一种青色宝，其体质坚固，其色如蔚蓝的天空，又如澄清的海水，内外明彻，光能照物，因名琉璃光；用来譬喻佛由般若智光，扫除无明惑染的黑暗，照彻真如法界，亲证诸法实相理，理智合一，光明遍照。此理智合一的心光，又名无分别智，佛依此无分别智，能出生分别一切差别相的分别智(后得智)，故此心光，又名根本智。药师佛以根本智证实相理，得佛果菩提；用后得智入俗利生，分别众生不同的个性与病情，而施与种种不同的法药，能够彻底拔除众生身心的重病，故名「药师琉璃光」。
「如来」，梵音「怛他揭多」，是佛十种通号之一。诸佛共证真如理，佛佛道同，谓之「如」；诸佛无不倒驾慈航，来人间说法利生，示现有生灭去来，谓之「来」。在药师佛言：「如」是指琉璃光，譬喻佛智证理，如同十方诸佛；「来」是指药师，表示佛本慈悲心，来入世间救济众生，施与种种法药，普令众生，离苦得乐；故药师琉璃光如来的名号，正是显示佛超越的智慧，与广大的慈悲。
又药师是解脱德，琉璃光是般若德，如来是法身德；法身是体大，般若是相大；解脱是用大。药师如来成菩提时，圆证三德，具足三大，但三大不离一心，一心具足三大，三一圆融，不可思议，因此佛名：药师琉璃光如来。称念佛名的人，可以消灾障，增福寿，故又名消灾延寿药师佛，但我们持名念佛时，应该念「南无药师琉璃光如来」。
「本愿功德」，是指佛因中行菩萨道时所发的誓愿，及其由愿行功力，所成就佛果上的功德。诸佛因中修行所发的誓愿，有通有别，通则指四弘誓愿，即：「众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断；法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成。」以及《十地经》所说，菩萨应发供养、受持、转*轮、修二利行、成熟众生、承事、净土、不离、利益、成正觉等十大行愿。别是指诸佛修行时，个别所发的宏愿。如千手观音的六愿及十愿，普贤菩萨的十大愿王，又如阿弥陀佛的二十四愿与四十八愿，释迦牟尼佛的五百愿，以及棠药师七佛如来的四愿，八愿，十二愿，乃至十方诸佛，各有其基本不同的宏愿，谓之本愿。
本愿，必须修诸功德，凭借种种功德的力量，方可得遂本愿，所谓：「以愿导行，以行满愿。」如是愿行相扶，始可成就功德；若然有愿无行，则愿属虚发，无济于事。但行有正行，有助行，有共同的修行，亦有个别的修行；诸佛菩萨因中修行，除同发四弘誓愿，共修学六度、四摄等大乘法门外，还依据本愿个别而修行，是以成佛时其证理虽然一致，但其依正庄严，种种殊胜功德，却彼此互异，故言：「本愿功德」。药师如来，既发十二大愿，又能依愿起行，由愿行的功力，圆满成就佛果上的殊胜功德；所以本经的别题，是《药师琉璃光如来本愿功德》。
「经」之一字是通题，通于佛所说的一切经典。梵言「修多罗」，译名「契经」，意思是凡佛所说的一切言教或身教，无不上契十方诸佛所证的真理，下契一切众生的根机。以其契理故，放之四海而皆准；以其契机故，历万世而恒新。不因时代的转变而被遗弃，不因地理环境的互异而不适应；永远能作为众生的模范，社会的轨则。若然人皆能以佛法，作为生活的指南，以佛教的真理，作为社会的规则，一定可以远离罪恶，拋弃灾难，令社会安定繁荣，使群众幸福快乐。特别是若能依照本经所说的法门，如法受持，则无论是任何时代，任何国家，任何种族，都可以所求皆遂，遇险得救，遇祸成祥，甚至消业障，增福寿，成佛道，究竟离苦得乐，故名《药师琉璃光如来本愿功德经》。
药师琉璃光是教，如来是理，本愿功德是行，由万行之因，而成就佛道的殊胜功德是果；是以本经的经题，概括教、理、行、果。教是了因佛性，理是正因佛性，行是缘因佛性。正因虽然本具，但必须由缘了二因方显；故本经所显的理体，是以药师如来全性起修，全修契性，性修不二为主体；以福慧二严，成就佛道为宗旨；以灭恶生善，拔障利乐为功用；以方等为教相。
三、介绍译者
唐三藏法师玄奘奉诏译，是本经的译题。唐，是译经时代，指中国唐朝；三藏法师，是译经者的德号；三藏，指佛所说的经、律、论三大类的圣典。经能令人明心见性，属定学；律能规范人的三业，属戒学；论能令人分辨邪正，属慧学；戒定慧三学，是佛法的总纲，故举三藏即总括全部佛法。今言三藏法师，意思是说：翻译此经的人，并非普通一般的译师，而是能够精通经、律、论三藏经典，自己以三藏佛法为师，又能弘扬三藏佛法，为人天之师的大法师。
玄奘，正是三藏法师的名号，本经的译者。关于唐三藏西天取经的故事，在中国旧社会中，妇孺皆知。不过传说中的玄奘法师，与佛经记载颇有出入，在本人拙作《一个伟大的留学生》中，曾将其伟大的事迹介绍相当详尽。法师俗姓陈，是中国河南人，出身于书香门第，幼年即聪慧好学，自从跟二哥长捷法师出家后，即遍参名德，研究经论，因当时佛教宗派很多，传授各异，深感困惑，于是立志亲往印度游学。在中国唐朝贞观元年，偷度玉门关，爬雪山，越峻岭，历尽艰辛，终于到达印度，遍游诸国，苦学十多年，然后于唐贞观十七年间，荣誉归来，即奉唐太宗之命，在长安弘福寺，展开翻译经典的工作。先后译出经典共七十三部，一千三百三十多卷，与旧译泰斗罗什法师，平分译经天下，在译经史上，写下光辉灿烂，永垂不朽的一页。此经是在当年奉皇帝的命令而译的，因言：「奉诏译」。
本经翻译为中文，共有五种译本：
一、是中国东晋时代，吉友法师初译此经：名「佛说灌顶拔除罪过生死得度经」，无独立本，是附加在「佛说灌顶大神咒经」中，属最后一卷。
二、是中国南北朝孝武帝时代，慧简法师在鹿野寺再译此经，名「药师琉璃光经」，但已失传，不过在古藏经目录中，尚载其名，又在第三译本序文中，亦曾述及此事，故信有此译。
三、是隋朝文帝大业十一年间，法护法师因慧简法师，梵文译华语欠佳，故复译此经，名「佛说药师如来本愿功德经」。
四、是唐朝玄奘法师，奉唐太宗之命，又译此经，名「药师琉璃光如来本愿功德经」。
五、是义净法师于遍游印度归来时，复译此经，名「药师琉璃光七佛本愿功德经」。其内容与奘师所译的互有出入，特别是详载佛说七佛名号，及其本愿功德，依正庄严等，则为奘师译本所无。
原因是七佛因中行菩萨道时，所发宏愿，虽然数目不等，但同是注重人间资生事业与现世福乐，同是本其慈悲愿力，消众生的业障，救众生的病苦，除人间的种种灾害与祸患，令众生转疾病为安康，转祸患为吉祥，免诸苦难，增福延寿，因此同名药师佛，又名药师七佛如来。而药师琉璃光如来的十二大愿，已包括前六佛所发的四愿与八愿，是以奘师略而不译。由于中国人喜欢简略，故玄奘法师的译本，在中国弘传至广，现在讲解此经，就是采用玄奘法师的译本。
四、叙述本经的缘起
(一)六种成就
如是我闻，一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下，与大苾刍众八千人俱；菩萨摩诃萨三万六千；及国王、大臣、婆罗门、居士、天龙八部、人非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
讲解此经，可分为序分，正宗分，与流通分三大段。自如是我闻以下，是序分；自佛告曼殊室利东方去此以下，是正宗分；自「尔时，阿难白佛言：世尊！当何名此法门」以下，是流通分。
序分中又可分为通序与别序，通序又名证信序，用以证明此经的真实性；别序，是说明佛说此经的因缘。以上这段经文，属于通序，亦即是六种成就。「如是」是信成就；「我闻」是闻成就；「一时」是时成就；「薄伽梵」是说法主成就；「游化诸国，在广严城乐音树下」，是处成就；「与大苾刍众八千人俱。…」以下是众成就。如是以信、闻、时、主、处、众等六种成就，证明此经确实是佛金口亲宣，是阿难亲从佛闻。如现代的会议纪录，必须要纪录开会的时间、地点、出席人数、主席、书记，以及讨论的议案等等，以示有史实可查，以取得大众或后人的信任，甚至可作为法律效用的依据。
「如是我闻」，是阿难秉承佛嘱，在结集佛经时，一切经的开始，皆用「如是我闻」四个字，以异外道典藉，以释争端，以除众疑。意思是说：如此经中所说之法，是我阿难亲从佛处得闻，非辗转传说，途听道闻，或从天魔外道处得闻。又「如」是约诸佛所证的真理，「是」是约诸佛所说的言教；诸佛所说的言教，一定契合诸佛所证的真理，值得我们绝对的信任，故言如是。
「我」有妄我，神我，无我，假我，真我，及自在我等不同。凡夫执相迷性，妄认四大五蕴组合而成的色身为我，其实此五蕴色身，缘聚则生，缘散则灭，生灭无常，幻妄不真，只是迷情众生妄想执着而已，故谓之妄我。
外道于组合色身的五蕴法中，一一妄计有四种我：例如于色蕴中，执即色是我，或离色是我，或我大色小，色在我中；或色大我小，我在色中。其余受、想、行、识，亦如是分别计执。又过去有我，现在有我，未来有我，再加断常二见，共成六十二种神我。
出世二乘圣人，知道四大皆空，五蕴无我，破我执，证偏空理，谓之无我，是约真谛理言。
菩萨虽知五蕴无我，但为了入俗利生，不妨以「我」为五蕴和合假相的代名词，随顺世间，假名为我，是约俗谛理言。
诸佛菩萨，亲证诸法实相理，真俗圆融，空有不二，是即法身真我。
诸佛果后施教，从体起用，分身尘剎，现大现小，一多无碍，是自在我。
今阿难称我，若论本门，该是法身真我，若在?门，该是假我。
「闻」是耳根与声尘对立，引发耳识闻音，加以意识了别音义而成闻。在世俗谛言，六根与六识只是个人的别相，我则是六根六识的总体，因此，不说耳闻而言我闻。
「一时」，是明佛说此经之时。因为世界各地，区域不同，历法不一，年月日时，随之而异；何况佛说法有时在人间，有时在天上，或在龙宫，各处时差距离甚大，故佛经往往不说某年某月某日，仅以一时二字，概括佛开始讲此经，直至法会圆满结束的那一段时间，总名一时。
「薄伽梵」是梵语，简译为世尊。有人认为佛的十种通号，是由如来计起，至佛字止，世尊二字，则是总称佛的德号。因为「薄伽梵」含有尊贵、吉祥、端严、炽盛、名称、自在等六义，属于多含不翻，故此经保留原音。
「游化诸国，至广严城，在乐音树下。」是指佛说此经的地点。释尊最初在菩提树下，成等正觉，于三七日中，为法身大士，说华严大教之后，为接引钝根小智人，即隐实施权，到鹿野苑，为五比丘三转四谛十二行*轮，然后游化摩竭陀，迦兰陀…等十六国，有一次来到「广严城」。广严城梵语是毗舍离，因此国地广物丰，亭台楼阁，市容庄严；而市民既生活富裕，又能以道德学问严饰自己，因名广严。当时佛是住在此城外的「乐音树下」。此处属于郊区幽雅别致的树林，微风吹来，树枝作出种种自然音响，犹如天人奏乐，令人喜欢乐闻，因名乐音树；佛于此林间停留，在树下结跏敷坐，故言「住乐音树下」。
「与大苾刍众八千人俱，菩萨摩诃萨，…」以下是引法会大众为证。其他诸经，不止举其类，明其数，还列其名，如《阿弥陀经》，列长老舍利弗，摩诃目犍连等；《楞严经》则除举类明数外，还显其位，叹其德，然后列其上首之名；今此经但举类明数，不列其名。大苾刍是小乘的一类，菩萨摩诃萨，是大乘的一类，国王大臣等是人天乘的一类。
「苾刍」，是比丘的异译，含义与比丘同，含有乞士、怖魔、破恶等三义，属于多含不翻。又《大智度论》言：「苾刍」是印度一种草名，此草具有五种特性：一体质柔软，譬喻出家人能折伏粗暴行为，身心柔和；二蔓延四周，譬喻出家人能传法度人，连绵不绝；三馨香远闻，譬喻出家人戒德芬芳，为众人所闻；四能治疗痛症，譬喻出家人能断烦恼，贪瞋不起；五不背日光，譬喻出家人常向佛日，智慧光明。因此出家男众名苾刍，女众名苾刍尼。
「众」即是和合众，是僧伽的译义，此八千人等不止能修事和(见和同解，戒和同修，意和同悦，口和无诤，身和同住，利和同均)，且已同证理和，转凡成圣，得四果，证?盘，为众比丘的上首，故言大比丘。其实，当时共同聚集在乐音树下的比丘众，不止八千之多，今但举其年高德长，已断烦恼，证阿罗汉果的大比丘为代表，故言「大比丘众八千人俱」。此外，亦应该有比丘尼众，不过在出家五众中，以比丘为主体，故但举比丘为出家众的代表。
「菩萨摩诃萨」，是一类能绍隆佛种，助佛转*轮的法身大士。梵言「菩提萨埵」，译名觉有情。凡已经觉悟佛性本具，又能发心上求佛道，下化众生的有情，皆可称为「菩萨」，所以菩萨有初发心的凡夫菩萨，亦有浅位的与深位的圣人菩萨。今言摩诃萨，简非初发心的凡夫菩萨，亦非位在十住、十行、十回向三贤位的浅位菩萨，而是已登十地，甚至证等觉的深位菩萨，故言：「菩萨摩诃萨」。此等为菩萨众代表的大菩萨，其数共有三万六千之多。当然，亦有其他无量无数的菩萨在座。
「国王，大臣，婆罗门，居士」，是在家的佛弟子。国王是一国之主，大臣，是国王的辅助，包括文武百官在内。婆罗门译名净裔，是佛未出世之前，印度四种阶级中，最权威的宗教家，专门执行祭祀的职务，由于当时印度社会，极度重视拜祭，因此产生一类地位特殊的祭师。居士，是拥有无量财富的资产阶级，为工商界的领袖，属于当时社会的优秀份子；不过中国每称在家学佛的人为居士，意思是居家之士，是不符合居士原本的意义的。现只举出在座有地位、有份量的人，作为人乘的代表，至于其他参与法会的群众，当然还有不少。
「天龙八部」，是人乘以外的众生。天有欲界、色界、无色界之别，三界共有二十八天。龙有四种：一是守天宫殿的龙，不落人间，二是能兴云致雨，利益人间的龙，三是能决江开渎的地龙，四是守护转轮圣王及大福德之人的宝藏之龙。不管是天龙地龙，都是畜生道中有不可思议神力，能护天，护人，以及拥护佛法的一类。
八部，是在天龙二部外，加药叉、干达婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩?罗伽等六种异生，合名八部。国王大臣等是人，天龙药叉等属于非人，故言「人非人等」。人是诸佛主要教化的对象，非人是一类曾经接受佛法熏陶，发愿护持佛法的善神。如是无论是小乘、大乘、人天乘，以及天龙八部，都有无量众多，随佛住在乐音树下，态度恭敬，内心尊重，散布在佛的四周，围绕着佛，希望佛为他们宣说微妙的法门。
(二)文殊启请
尔时，曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵，曲躬合掌，白言：世尊！惟愿演说，如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德；令诸闻者业障消除，为欲利乐，像法转时，诸有情故。
这段经文是本经的别序，叙述本经发起的因缘。尔时，即无量大众，围绕于佛，渴望佛为他们说法之时；法会中有一位菩萨摩诃萨，名曼殊室利法王子。新译名曼殊室利，与旧译文殊师利，只是译音稍异，译义同是妙德，或名妙吉祥。法王是佛的德号，在法华经中佛言：「我为法王，于法自在。」法王子，是指能荷担如来家业，绍隆佛种的大菩萨；如国王的太子，将来一定可以继承王位一样。因为此经所说，是佛果依正庄严，及诸佛果上教化众生的利他功德，非法王之佛不能说，非智慧第一的法王子不能问，是以文殊师利菩萨，承佛威德神力所使，即从座位而起，「偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵，曲躬合掌」。印度的服装，平时遮盖两肩，当礼佛，或请佛说法时，就要偏袒右肩，同时右膝着地，以表示恭敬尊重。
若然在表法言：承佛威神，是表示依体起用；从座而起，是表示从空涉有，入俗利生；偏袒右肩，是表示上承佛德；右膝着地，是表示下济有情；曲躬低头，是表示愿意顺从佛的意旨；合十指掌，是表示愿意实践施、戒、忍、进、襌、慧、方、愿、力、智等十度，福慧双修。
曼殊菩萨在请佛说法之前，先称一声「世尊」！表示至诚亲切。「惟愿」，意思是说：我此刻心中唯一的愿望，就是请佛「演说如是相类」的「诸佛名号」，以「及」诸佛原「本」因地所发的「大愿」，与其所成就佛果上的「殊胜功德」。为甚么？因为希望「令诸闻者，业障消除，为欲利乐，像法转时诸有情」的缘「故」。
文殊菩萨说明启请的原因，是为了利乐被业障所缠的众生，令末法时代，一切有情，皆得业障消除，获得身心安乐的利益；由是可知，文殊菩萨的启请，纯是出于大智与大悲。以其大智故，深知佛灭度后，由像法转入末法时，众生业障深重，特别苦恼，必须救济；以其大悲故，非常悲悯同情，末法时代的苦恼众生，希望拔众生的苦，与众生的乐；然欲想究竟拔苦与乐，就要仰仗诸佛的慈悲愿力，及其由愿力所成就的殊胜功德。因此，恳请释尊演说：「如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德。」
「如是相类」，有通有别；通是通于其他经典所说，如是相类似的佛号，及其功德；别则是指本经所说的，药师七佛如来的本愿功德。本经下文说：「亦如西方极乐世界，殊胜功德，等无差别。」据此可知，释尊在说此经之前，曾说阿弥陀佛等诸佛名号，及其大愿与功德，如是互相类似的法门。因为药师弥陀，利生的方便，虽然偏重于现生与后世不同，但同是因中发愿，严净国土，成就众生，拯救有情，超出六道轮回的无上大愿王；琉璃极乐，同是七宝所成，功德庄严，众生生者，皆是宝华化生，具足大丈夫相，无有众苦，但受诸乐，得不退转，终成佛道的清净佛国土。释尊慈悲，悯物长迷，不仅开示弥陀法门，教念佛众生，厌离娑婆，求生极乐；横出三界，揖别生死。同时还要演说：药师法门，令受持者，得现生福乐，业障消除，不堕恶趣，乃至证得无上菩提。令娑婆世界的苦恼众生，生前死后，都有真正归依处，都可以离苦得乐；不致永劫沉沦生死，被困六道。文殊师利菩萨，深深体会佛意，并承释尊慈悲愿力所驱使，起座启请，故释尊即为我们演说：药师七佛如来的本愿，及其本愿所成就佛果上种种殊胜的功德。
因为药师七佛如来，因中行菩萨道时，所发别愿，相互类似，同是正视人间疾苦，而思以救济的大乘行者；同是发愿当来成佛时，令闻名、称念、礼拜、供养的众生，即得业障消除，却病延年，所求皆遂的菩萨摩诃萨；同是成就佛果殊胜功德，而能运用种种权巧方便，先令众生获得现生福乐，身心健康，然后启发众生的心智，导众生舍邪归正，去恶修善，乃至证得佛果菩提的无上大医王。可以说：药师七佛如来，因中发愿，以及果上利他功德，都共同互「相类」似，故如是相类等四句，是别指药师七佛如来，及其因中所发的宏愿，与其本愿所成就佛果上种种殊胜的功德。
「令诸闻者业障消除，为欲利乐，像法转时诸有情故。」此正是文殊菩萨，请佛演说诸佛名号，本愿功德的主要目的。佛经言业障，是包括烦恼障与报障。众生由贪、瞋、痴、慢、疑、邪见等六种根本烦恼，引发种种不良的心理，障蔽心智，不明事理，不信因果，是烦恼障；人因烦恼的扰乱，头脑昏昧，心神不宁，导致种种不合理的行为，形成种种不良的习惯，障碍止恶修善，谓之业障；再由不善的恶业，招致众苦交煎的果报体，障生善处，障修佛道，长期沉溺六道生死，求出无由，是名报障。如是惑业苦三，循环不息，众生也就不可能抗拒不幸的命运，而要接受种种灾害与苦难。所以我们欲想离苦得乐，首先就要消除业障；然欲想消除业障，非仰仗诸佛本愿功德不可。
佛灭度后，正法住世可分为三时五期。三时即是正法壹千年，像法壹千年，末法壹万年。正法时期，佛教僧团，一切如法，有修有证，与佛在世无异；像法时期，出家修行的人多，得证圣果的人少，徒具形象，实已失真；末法时期，众生善根短少，业障深重，加以魔强法弱，佛教团体，大都份不务真修，莫论证圣。此三时中，可分为五期：最初五百年，正法盛行，有修必证，名解脱坚固时期；第二个五百年，修习禅定的人多，获得解脱的人少，名禅定坚固时期；第三个五百年，像法开始，人多舍禅定而好多闻，研究经典，执着语言文字，有解无行，名多闻坚固时期；第四个五百年，禅教俱衰，解行都无，人多不学习无漏法，但事有漏行，力修寺庙，建塔造像，以求人天福报，名福德坚固时期；第五个五百年，学佛的人，我执炽盛，宗派林立，党己非他，横生争端，名斗争坚固时期。今言「像法转时」，即由像法转入末法时期，亦即由福德坚固时期，转入斗争坚固时期，众生被业障所缠，众苦交煎，无法自拔。曼殊室利菩萨慈悲，为令末法众生，得闻诸佛名号，称念，礼拜，供养，即得业障消除，获得学习佛法的利益，甚至证得佛果无上菩提的究竟快乐；故请释尊演说，诸佛名号，及其本愿功德。
(三)释尊许说
尔时，世尊赞曼殊室利童子言：善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲，劝请我说，诸佛名号，本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐，像法转时诸有情故；汝今谛听，极善思惟，当为汝说。曼殊室利言：唯然，愿说，我等乐闻！
文殊菩萨，过去成佛名「龙种上尊王佛」，现在于北方常喜世界成佛，名「欢喜藏摩尼宝积佛」，未来成佛，名普现如来。原是诸佛之母，菩萨之师，经言：「文殊师利大圣尊，一切菩萨诸佛母；十方如来初发心，皆因文殊教化力。」今隐实施权，现菩萨身，协助释尊教化。此经前文称为「法王子」，今又被称「童子」，意思是表示，文殊菩萨的般若智慧，圆明独照，无诸杂染，既能荷担如来家业，亦如童子的纯洁天真。又诸佛菩萨教化众生，随类应化，身相不定，文殊菩萨喜欢现童子身，天真无邪，智慧灵巧，满怀热情，仁慈济物，令人喜欢亲近，承受教化，故被称为「童子」。因为文殊菩萨的启请，既可以利益末法众生，又契合诸佛慈悲济世的本怀，故佛双赞「善哉」。
缠是缠缚，众生被自己多生多世，所作的种种业力牵制，犹如被绳子缠缚，失去自由，不得解脱一样，极急于需要诸佛菩萨的援助与救拔。今文殊菩萨，基于大悲愿力，为救拔被业障所缠的众生，请释尊演说诸佛圣号，及其本愿所成就的功德，令闻者依法修行，即可解脱业力绳子的束缚，获得生命的自由与安乐。故佛赞叹其问得非常恰当之后，再叮咛嘱咐文殊菩萨，要专心一意，集中精神「谛听」，同时还要善于思量考虑，运用智慧来辨别，抉择，所谓：「慎思明辨」，以获得深刻的理解与利益，然后许为宣说。
曼殊菩萨既蒙释尊赞叹，叮嘱劝勉，许为宣说，即满怀喜欢的回答：当然啦！世尊的教诲，我们当然唯命是从，但愿我佛慈悲，立即宣说，我等在会大众，是非常喜欢乐意听闻的。
以上是本经的别序，叙述本经发起的因缘，是由于文殊菩萨的启请，故佛说此经，可以说：文殊菩萨是此经的发起众。
五、正说如来的本愿
佛告曼殊室利，东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，应，正等觉，明行圆满，善逝，世间解，无上士，调御丈夫，天人师，佛，薄伽梵。曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
现在开始，进入本经的正宗分，释尊因曼殊室利菩萨的启请，正式开始宣说本经。此段经文，显示本经是以药师佛，果上依正庄严的功德，及其成就依正庄严功德的本因愿行为主体。
在义净法师所译「药师琉璃光七佛本愿功德经」的经文中，详述佛告曼殊室利，东方去此，过四殑伽河沙佛土，有世界名光胜，佛号善名称吉祥王如来，…彼佛如来，从初发心行菩萨道时，发八大愿，….…。
又东方去此，过五殑伽河沙佛土，有世界名妙宝，佛号宝月智严光音自在王如来…，初发心行菩萨道时，发八大愿，…。
又东方去此，过六殑伽河沙佛国土，有世界名圆满香积，佛号金色宝光妙行成就如来…，初发心行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，过七殑伽河沙佛土，有世界名无忧，佛号无忧最胜吉祥如来…，彼佛世尊，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，过八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛号法海雷音如来，…彼佛如来，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，九殑伽河沙佛土，有世界名善住宝海，佛号法海胜慧游戏神通如来…，彼佛如来，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，十殑伽河沙佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，…彼佛世尊，从初发心行菩萨道时，发十二大愿。
玄奘法师既然认为，药师琉璃光如来的十二大愿，已概括善名称吉祥王如来等六佛的四愿与八愿，故仅译药师如来的十二大愿，作为药师七佛如来的代表。是以本经一开始，就是佛告曼殊室利：「东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来。」
「东方」是群动之首，日出之初，象征着朝气与光明。「殑伽」是印度四大河流之一，旧译名恒河，此河沙细如面，其数多而不可数；当年，释尊常在恒河流域一带说法，每喜欢引用恒河之沙，以譬喻极多之数量。
「佛土」指一佛所教化的国土，亦即是三千大千世界。今以一沙一世界言，从此娑婆世界的东方去，要经过十个恒河沙数之多的佛世界，然后有一世界名净琉璃。可知此世界距离我们是何等的遥远，比较起来，过十万亿佛土的西方极乐世界，就近得多了。又国土是十法界众生依止之处，可分为凡圣同居土，方便有余土，实报庄严土，与常寂光土等四种；净琉璃世界，是属于实报庄严土。
世界名净琉璃，顾名思义，可知此世界是极其清净，特别庄严。因为净琉璃世界，不止是以琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩窗罗网，皆七宝成，而且其国中有情，纯是大丈夫相，无有男女的差别现象，无有四恶趣的众生，连因不如意所发出的苦恼音声亦不可得，「亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。」所以净琉璃世界，是属于东方的净土。
净琉璃世界的教主，名琉璃光如来；净琉璃世界是依报，琉璃光如来是正报。佛以琉璃光的般若智，照实相理，智理一体，心境一如，光明遍照，清净无染，约所证境言，名净琉璃世界，约能证智言，名琉璃光如来。
「如来」，是佛十种通号之一，是仿同先德号：意思是说，今佛出世，如同古佛再来。又诸佛所证不生不灭的实相理体，即是众生本具的真如自性，此性三世不迁，四相不改，在圣不增，在凡不减谓之如；体虽不变，而用能随缘，众生随迷染之缘，而漏落生死，诸佛随悟净之缘，而成正觉。诸佛因悲悯众生，迷而不觉，枉受生死，故来世间，说法利生谓之来。
「应」，即应供，是堪为福田号。因为佛已经惑尽智圆，堪受人天的供养。
「正等觉」，即是正遍知，是遍知法界号。佛以实智证理究竟，是正知，以权智通达法界依正因果等事相，是遍知，权实不二，名正遍知。
「明行圆满」，亦称明行足，是果显因德号。明是智慧，行足是福德，佛以福慧二严，成无上道，显示因地福慧双修，圆满具足，故又名两足尊。
「善逝」，是善住菩提号。逝即逝世，六道众生，背觉合尘，作善恶业，被业所牵，长住生死，来去不得自由，是不善逝；二乘圣人，虽断分段生死，变易尚存，住有余?盘，亦非善逝；诸佛五住烦恼净尽，二死永亡，虽常住菩提觉道，但为利益众生，倒驾慈航，随流九界，非生示生，非灭示灭，来时乘愿而来，去时自知时至而去，来去自由自在，因名善逝。
「世间解」，是达伪通真号。佛具十智，了知世间诸法，相妄性真，事理性相，通达无违。
「无上士、调御丈夫」，是摄化从道号。普通人以足智多谋，文武双全谓之士，勇敢无畏，能担当重任谓之大丈夫。在佛法言：但求自利是下士，自利兼他是中士，广修六度四摄等法门，利益众生是上士，二利究竟，万德具备，名无上士。诸佛具足十力、四无所畏，悲智双运，慈威兼施，能调御降伏刚强众生，摄化一切有情，令凶恶者变为良善，令顽固者变为驯服，接受教化，归向佛道，因名无上士、调御丈夫。
「天人师」，是应机受法号。佛是三界导师，四生慈父，人天无不以佛为师故。
「佛」，是三觉圆明号。佛以始觉智，证本觉理，究竟觉悟故。又名觉悟归真号，佛以自觉万法惟心，心外无法之理，遍觉一切众生，二利成就，修证究竟，回归真如自性故。
「薄伽梵」，具有端严、名称、炽盛、吉祥、尊贵、自在等六义，属于多含不翻，简译名世尊，是十界独尊号。因为佛智是十法界之最，佛德为一切世间所尊故。
以上十号，通于十方三世诸佛，谓之通号。药师琉璃光，是佛的别号，今通别并称，故言：「佛号药师琉璃光如来，应，正等觉，明行圆满，善逝，世间解，无上士，调御丈夫，天人师，佛，薄伽梵。」
「彼世尊」，是指药师如来，以释迦世尊是此土的佛，故药师如来是彼土的佛。彼土药师琉璃光如来，原本从凡夫开始，发菩提心，「行菩萨道时」，即「发十二大愿」，而此大愿，既不同于凡夫，但求人天福报以自利；不同于二乘，但求出三界，了生死；亦不同于阿弥陀佛，严净国土，成就众生；也不同于释迦牟尼佛，能于五浊恶世，教化众生，开佛知见；而是愿意满足一切众生的希望，「令诸有情，所求皆得。」十二大愿是佛因中修行所发的别愿，「令诸有情，所求皆得」，是成佛后由本愿行功德力的实现。
(一)生佛平等正报庄严愿
第一大愿，愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身，令一切有情，如我无异。
「阿耨多罗」，译无上，「三藐三菩提」，译正等正觉，是佛果菩提的通称。正等是平等的真理，正觉是无分别智；菩萨修行，功圆果满时，以无分别的般若智，证平等不二的真理。此平等的真理，虽然生佛平等，圣凡无二，但众生迷而不觉，外道觉而不正，二乘正而不等，菩萨之觉，虽正又等，但非无上，唯佛以如如智，证如如理，既正且等，九法界众生，无能过之，故言：「无上正等正觉」。当佛由始觉智，证本觉理，究竟觉悟之时，名「得阿耨多罗三藐三菩提」，即亲证法身。
「自身光明，照耀无量无数无边世界」，是指佛的自受用报身。佛的自受用报身，是由无量功德智慧生，属于佛果无漏不可思议的境界，非一般凡夫俗子可能理解，唯佛与佛能知。但诸佛为教化地上菩萨，往往现出他受用报身，光明炽然，尽虚空，遍法界，无所不照，故言：「自身光明，照耀无量无数无边世界」。
「以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身」，是指佛的应身。不但诸佛具足三十二大丈夫相，释尊的亲弟阿难陀，以及转轮圣王、梵王、帝释，都具有此大丈夫之相。至于八十种随形好，则是诸佛因中「三祗修福慧，百劫种相好」，所得的果报，唯佛具足，非一般凡夫或三乘圣众可能拥有。
今药师琉璃光如来，因中行菩萨道时，发第一个大愿，就是希望自己将来成佛，三觉圆明，三身具足，证得佛果无上正等正觉时，亦令一切有情，共成佛道，同证三身，与自己一样，等无差别。因此，得生其净琉璃世界的众生，虽然未尽断烦恼，未证佛道，但由于药师如来原本愿力功德的加持，皆于杂色宝华中化生，都具足三十二大丈夫相，正报庄严，与佛无异。
(二)身光破暗开晓众生愿
第二大愿，愿我来世，得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
药师如来行菩萨道时，发第二个大愿，是希望将来成佛，证得无上正等正觉时，内在的智慧光明，能照彻法界(自受用身)，外在的身相光明，能照应大机，(他受用身)，犹如琉璃宝，晶莹皎洁，「内外明彻，净无瑕秽」，而且功德庄严，好象须弥山王一样巍然矗立不动。由于佛的报身「光明广大」，普照无涯，周遍法界，所发出的光焰炽烈，互相映照，结成光网，药师如来所应化的琉璃光身，善于安住于此，由无量光线所组成光辉灿烂的焰网之中，故其光明，超「过于日月」。不止照耀无量无边世界，同时照耀常处于幽冥中的地狱众生；令人间天上，及恶道众生，凡接触佛的焰网光明，「悉蒙开晓」智慧的心眼，皆可以照破内心无明烦恼的黑暗，使众生在佛光与自已智光的照耀中，明白真理，认识自己，走向光明，进入菩提觉道。在菩提觉道上，随各人的意志，去作各种有益身心，有利群众的事业；或随各人的善根福德因缘，实践六度万行，广修福慧，自利兼他，直至二利究竟，即可完成佛道。以上两愿，是着重自他佛道的证得，是依四谛中的灭谛而发的大愿。
(三)智慧方便满众所欲愿
第三大愿，愿我来世，得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽，所受用物，莫令众生，有所乏少！
自此至以下第五愿，是依道谛而发的宏愿。道，是佛弟子所修学的法门，广则无量，所谓：「法门无量誓愿学。」略则可以说是三十七道品，再略则不出戒定慧三无漏学。此第三大愿，是依道谛中的慧无漏学而发。
智慧是实智，属于体；方便是权智，属于用。如无智慧的实体，则无以起方便的妙用；若无方便的妙用，则无以显示智慧的实体。今药师如来发愿，得菩提时，以实智证理，以权智鉴机，从体起用，运用种种善巧方便，利益有情。
量谓衡量、计量、度量、测量，凡衡量物之轻重，计量物之多少，度量物的长短，测量物的大小、浅深、厚薄，皆名之为量。「无量」，是已经超越世间事物的大小、多寡、长短、浅深、厚薄，如《摄大乘论》所言：「不可以譬类得知」。边谓边际、边缘、边界等；物与物之间有其边际，人与人之间有其边缘，国与国之间有其边界。「无边」，是已经超越世间任何人与物的边际、边缘与边界。
佛的智慧言：「无量无边」，因为佛以般若智，证实相理，此理离言绝相，不落边际，既非凡情可计算测度，亦非小乘圣人的智慧可衡量或思量，故佛的智慧是无量无边。药师佛从无量无边的智慧，所起的方便妙用亦无量无边，故能普令一切有情，「皆得无尽所受用物」。
「所受用物」，即是我们日常生活所需要的资生之物，例如衣、食、住、行、医药、卧具、娱乐等，都是人类生活中，不可或缺的物质享受。若然缺乏或短少，必然群起而争，争必乱，何止损害群众，危及社会，而且因此作诸恶业，流转生死，招致无穷无尽的苦恼。药师如来，为了取消人类现实生活的贫穷困苦，给予人类无穷无尽的享乐，更为了拔除众生永劫沉沦生死的苦恼，给予众生法身慧命无穷无尽的寿命，所以从无量无边的智慧，运用无量无边的权巧方便，来到人间，提倡五明学。
先灌输众生论理学、心理学、语言学、医学、科学各方面的知识；教导众生发展工业，开发资源，创造艺术、娱乐种种技巧，令众生有建业知识，谋生技能，获得物质高度文明的享受，生活富裕，「皆得无尽所受用物」，不致贫穷困苦，「有所乏少」。然后运用内明学，来开启众生的心智，令众生明真理，知因果，识邪正，止恶向善，甚至恶性隐殁，佛性抬头，成就戒、信、闻、舍、慧、惭、愧等七圣财，以提升人的德性，改善人的品质，使人乐于发挥人溺己溺，人饥己饥的精神；乐于进德修业，利己利人；乐于趣向佛道，觉悟成佛。如《华严经》言：「菩萨于菩提，当于何求？当于五明处求。」是以药师如来行菩萨道时，发第三个大愿，就是运用智慧方便，以五明学的权巧，来提高人类物质的享受，同时也提升人类的智慧与质素，彻底解除人类物质与精神的贫乏，令人类物资富裕，精神饱满，不致「有所乏少」。
(四)令邪归正导小向大愿
第四大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘，而安立之。
前愿是偏重人类资生事业的发展，以促进物质文明；今第四大愿，目的是化邪归正，扩展大乘佛教济世益群的思想，是偏重于精神文明。
「若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。」是令人道众生，舍邪归正。「菩提」，译名正觉，「菩提道」即正觉的康庄大道，反之便是邪道。药师佛发愿将来成佛时，遇见有不正的思想，不正的信仰，不正的行为，不正的娱乐的人，都以正觉的思想，正觉的教育，正觉的行动来教导之，辅助之，令舍邪归正，知因识果，信仰三宝，学习大乘佛法，走向正知正见的菩提觉道。
声闻，是一类因佛说法的音声，得闻四谛理，知苦断集，慕灭修道，结果断见思烦恼，解脱生死，证得阿罗汉果的圣人。独觉，又名缘觉，是一类因闻佛说十二因缘的道理，知世间诸法，皆缘生性空，无常无我，因而放弃世间五欲的享乐，如法修学，由十二因缘的流转门，进入还灭门，而得断烦恼，了生死的圣人；另有一类立志出尘之士，但生不逢佛世，唯有孤峰独宿，春观百花开，秋观黄叶落，而悟知世态荣枯，生灭无常，不恋世事，专心修习禅定，引发无漏智慧，得断烦恼，了生死，证真空?盘的圣人，名独觉。声闻人但断见思烦恼，缘觉兼侵习气，二者同是独善其身的修行人，属于小乘。但佛教的基本精神，却属于大乘。
「大乘」即是一佛乘。诸佛出世，虽说人乘、天乘、声闻乘、缘觉乘、菩萨乘等五乘教法，但目的在于一佛乘。如《法华经》言：「十方佛土中，唯有一乘法，无二亦无三；除佛方便说，但以假名字，引导于众生，说佛智慧故。诸佛出于世，唯此一事实，余二则非真；终不以小乘，济度于众生。」否则，「若以小乘化，乃至于一人，我则堕悭贪。」诸佛圣人岂是悭贪者？是以药师佛发愿来世成佛，不止要令沉沦生死苦海中，行邪道的人乘众生，舍邪归正，安住于菩提觉道；还要令已断烦恼，了生死的小乘圣人，回小向大，修学大乘法门，趣向佛道，不致滞留小乘，故言：「若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之」，此是依道谛中，定无漏学而发的大愿。
(五)令修梵行得戒清净愿
第五大愿，愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
梵言「尸罗」，译名戒。戒能防非止恶，令人行为清净，如《华严经》言：「菩萨护持净戒，于色声香味触，心无染着，亦为众生，如是宣说，不染六尘，不起杂念。」故持戒即是「修行梵行」。戒有在家五戒，八戒，十戒；有出家沙弥，沙弥尼戒，比丘，比丘尼戒；有《华严经》所说的菩萨十戒：「一不舍菩提心戒，二远离二乘地戒，三观察利益一切众生之戒，四使一切众生住于佛法之戒，五修一切菩萨所学之戒，六于一切法无所得之戒，七以一切善根回向菩提之戒，八不着于一切如来身之戒，九离思惟取着一切法之戒，十诸根律仪之戒。」还有《梵网经》所说的菩萨十重四十八轻戒。于所受戒，能严持不犯，名「得不缺戒」。
「具三聚戒」，三聚戒又名三聚净戒。一摄律仪戒：是受持佛所制的一切在家、出家、大乘、小乘之戒；律己修心，严持不犯，即是诸恶莫作，是断德因，可修成法身果。二摄善法戒：是修持一切善法，例如修学六度、四摄、四无量心等大乘法门，亦即是众善奉行，是智德因，可修成报身果。三摄众生戒，又名饶益有情戒：大乘佛教的精神，在于慈悲济世，利乐有情；故大乘菩萨，应该以弘法利生为出发，以普令众生离苦得乐为目的，是恩德因，可修成应身果。律仪戒是止持作犯；后二戒是止犯作持。「毁犯」是因，「堕恶趣」是果。
药师佛因中发愿成佛时，若有「无量无边有情，于我(药师佛)法中，修行梵行」，必蒙我药师如来佛光加被，「一切皆令得不缺戒」，何止圆满具足比丘，比丘尼戒，同时还可以「具」足菩萨的「三聚戒」。假设有人，被恶业所牵，为境所转，「毁犯」禁戒，若然有机会听「闻我」药师如来「名已」，能一心称名，恭敬受持，誓不再犯，即可恢复戒体，「还得清净」如故，「不」致因毁犯禁戒之罪，而「堕恶趣」。此是依道谛中的戒无漏学所发的大愿。
(六)令诸残疾六根具足愿
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
此是药师佛因中行菩萨道时，缘苦谛境而发的别愿。「若诸有情」，也许是特别指娑婆世界的众生，因为得生东方净琉璃世界的有情，皆相好如佛，绝不会「诸根不具，…种种病苦。」
「诸根」，指人身体中的眼、耳、鼻、舌、身、意等六根。人的体态怪异谓之「丑陋」，是身根有缺憾；心性鲁钝，专横固执是「顽愚」，指意根有缺憾；目不能视之疾是「盲」，指眼根不具足；耳不能听之疾是「聋」，指耳根不具足；发音不亮是「喑」，指鼻根不具足；不能言语是「哑」，指舌根不具足；手足弯曲不能伸缩之疾是「挛」；两足俱废是「躄」；背向前弯不能直伸是「背偻」；恶疮难愈，犹如痲疯是「白癞」；神经反常，心智不清是「颠狂」；此皆令人苦恼，引以为憾的疾病，都属于个人别业所招的恶报。药师佛为救拔此等众生残疾之苦，行菩萨道时，就发愿将来成佛，残疾的人，闻其名号，若能一心受持，恭敬供养，即可取消一切丑陋残障的缺憾，「皆得端正黠慧，诸根完具，无诸病苦」。黠是灵巧，慧是聪明；「端正黠慧」，则不丑陋顽愚；眼根具足则不盲，耳根具足则不聋，鼻根具足则不喑，舌根具足则不哑；身根具足则无挛、躄、背偻、白癞等病；意根无缺，便不会颠狂，或愚鲁专横。眼等五根完具，是身不残缺；意根完具，是心不残缺。由于药师佛本愿功德神力加持，凡闻佛名，而能称念佛号的人，不仅身体的残疾，获得痊愈，而心理残障的人，亦可得救，回复正常；所以佛号药师，能为人世间的无上大医王。
(七)除病苦得身心安乐愿
第七大愿，愿我来世，得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号，一经其耳，众病悉除；身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
人的病苦不止于残障，即使是六根完具的人，随时随地都可能发生疾病。虽然现代医学昌明，但很多疾病仍然令群医束手无策，何况贫病交逼？当一个人身患疾病，既缺乏医药救治，又无亲人照顾，且无家可归，求救无门，加以贫穷困苦，唯有坐待其毙，实在不幸，可怜得很。药师佛愿意照顾此类贫病孤苦的有情，发愿将来成佛，凭其原本愿力功德，能令此等贫病交逼，众多苦恼的众生，一闻其(药师佛)名，即得「众病悉除，身心安乐。」此言：「众病」，是包括人生理上、与心理上的疾病。人生理上的病，或可求助于世间医药，但心理上的病，就非乞灵于佛法不可。
药师佛不但能医治人肓聋喑哑，四肢残缺，六根不具，白癞颠狂，智商低能，种种生理上的奇难杂症，又可以治疗人心理上，因贪欲炽盛，所引发的斗争病，金钱病，占有病；或因瞋恨心重，所导致的报复病，残杀病，伤害病；或因愚痴、我慢所引起的社会病，政治病，罪恶病。令人消除有形或无形的病苦，转身心重病，成为「身心安乐」。
由于众病悉除，恢复身心健康，就可以从事正常操作，发展事业，重建家园，不但眷属美满，资生之物丰足富裕；且因闻名称念药师佛的功德，善根增长，自然消除三不善根的恶疾。除贪不善根的病，则知布施修福，乐意帮助一切人；除瞋不善根的病，就会发慈悲心，怜悯同情一切人；除痴不善根的病，即可增长智慧，自利兼他；直至二利究竟，终证菩提。
(八)女转男身得满菩提愿
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
「若有女人」，亦是指净琉璃世界以外的众生，因为净琉璃世界的有情，纯属大丈夫相，无需转女成男。本来佛性平等，无有高下，所谓男女，只是五浊恶世中，欲界众生的差别现象而已；色界与无色界的有情，已无男女相，故男女性别，原无胜劣之分，更无所谓高等或低级的悬殊。即使是凡夫境界，烦恼的厚薄，业障的轻重，智慧的浅深，福报的胜劣，皆基于个人宿世业力因缘使然，非关男女性的区别。
《法华经提婆达多品》言：「女身犹有五障：一者不得作梵王(因为清净与垢染不同)；二者帝释(因为少欲多欲差别)；三者魔王(因刚强懦弱相异)，四转轮王(因仁慈嫉妒各异)，五者佛身(因万德烦恼有别)。」学佛之人志在出尘，梵王、帝释、魔王、转轮王，固非所求，不作也罢，至于佛身，仅限于不可即女身作佛而已，并非女人，不可以修行，断烦恼，成佛道。至于修因证果，觉悟成佛的迟速，全视乎个人修行之精勤与懈怠而定，与男女性别无关。可是古今中外，皆以男性为社会中心，所谓：「男主外，女主内。」男性既掌握经济大权，便可以为所欲为，每故意欺侮女性，压迫女性，奴役女性，甚至诋丑女性，使女性在不平等的制度下，受尽委屈与折磨。
时至今日，随着时代巨轮的推进，女人，已非弱者，但由于社会重男轻女的恶习，根深蒂固，虽然同工同酬，但女性在家庭中，仍被视为男性的附属品，两性相处，吃亏的往往是女性；何况女性，毕竟要接受生儿育女的痛苦，是以在现实生活中，的确有不少女性，厌恶女身欲求出离。药师如来，为欲令此类女性，所求如意，故因中行菩萨道时，发愿当来成佛，若有愿意舍弃女身的人，得「闻我」药师佛的「名」号，专心称念，礼拜供养，「一切皆得转女成男」，而且具足大丈夫相；若能进修佛法，精勤不懈，终必「证得无上菩提」。
(九)化导魔外摄入正见愿
第九大愿，愿我来世，得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚，若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
梵语「魔罗」，译杀者，或扰害。凡是障碍善法，破坏功德，杀人慧命，扰乱人身心的人和事，都属于魔。可分为烦恼魔、五阴魔、生死魔、天魔等四种。烦恼魔，五阴魔，生死魔，固然令人困扰重重，心烦意乱，不能专心办道；而天魔更有魔王，魔兵，魔将，魔子、魔孙及魔眷属，都会运用种种魔术手段，网罗众生，使人迷失本性，陷入魔网，求出无由，谓之「魔罥网」。
「外道」，指佛法以外的一般宗教，不明万法惟心的道理，于心外求道，谓之外道。《大智度论》说，佛在世时，印度竟然有九十六种外道之多。于心外求道的人，不明真理，不识佛性，不信因果，邪见炽盛，往往修学种种无益苦行，如蚕作茧，自缠自缚，犹如人误入荆棘丛林，入易出难，故言「堕恶见稠林」。
魔与外道、恶见，皆属于惑，是生死根本。众生因烦恼惑而作业而受苦，如是惑业苦三，循环不已，被困苦恼深渊，无法自救。药师如来为彻底消除众生心中的迷惑，令断除苦因，苦因既灭，则苦果不生。是以在因中行菩萨道时，即依集谛发愿，愿当来成佛，能「令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚」，若有「堕」在「种种恶见稠林」中的众生，悉「皆当引摄置于正见」。
凡世间一切善法，合乎人伦道德，合乎法律秩序，合乎逻辑理论，合乎因果法则的见解，都是正见；凡能知一切众生，皆有佛性，皆当作佛，而学习大乘佛法，广修六度四摄等法门，利益众生，趣向佛道的人，就是正知正见。今药师佛乘本愿力功德，将被魔所困，被外道所缠的众生，「引」出魔网，导出恶见稠林，安置于正知正见的大乘佛法中，「渐令修习诸菩萨行」，当然可以圆满具足菩萨道，终于「速证无上正等菩提」。
可惜现代思想自由，人皆各持己见，自以为是；至于另有目的之人，故意标奇立异，邪说横行，令一般无知市民，或急功好利的人，误入歧途，自投罗网，自毁前程。例如：目前世界各地，流行着种种邪知邪见的宗教，正在谋杀人的慧命，残害人的身心，凡是正知正见的佛弟子，都应该受持及弘扬药师法门，祈求药师如来慈光加被，令邪知邪见的人，转为正知正见，共同实践利己利人的菩萨道，以杜绝社会种种罪恶发生，使我们的世界，变为人间的净土，幸福的乐园。
(十)解脱灾难令离忧苦愿
第十大愿，愿我来世，得菩提时，若诸有情，王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱，一切忧苦。
以下三大别愿，皆是缘苦谛境而发。佛说：人的富贵贫贱，穷通得失，或智愚贤不肖，皆是个人宿生业力使然；所以我们欲想富贵荣耀，幸福快乐，就要实行布施持戒，努力修善，自求多福。可惜众生迷惑无知，不信因果报应分明，每妒忌他人的成就，而苦自己之不足，因而愤世疾俗，甚至挺而走险，作奸犯法，扰乱社会治安，当然要被「王法所录」，接受国家法律的裁判。
古之王法，设有笞、扙、徒、流、死等五刑，以惩罚犯罪的人。今言：「绳缚鞭挞」是笞刑，「系闭牢狱」是徒刑，「刑戮」属于死刑。「及余无量灾难凌辱」，是指王法以外的一切天灾人祸，或是被恶人陷害，饱受凌辱。人的感受可分为苦、乐、忧、喜、舍等五种；今被种种逆境，导致「悲愁煎逼，身心受苦」是属于忧与苦。药师佛行菩萨道时，发愿拔除众生的痛苦，不管是因触犯国法，该受刑罚的人，或被人陷害，枉受无辜者，或是在王法之外，遭受其余天灾人祸的逼害，致使「悲愁煎逼，身心受苦」的众生，若得闻药师佛的名号，即可以仰仗佛的本愿功德，与佛果上的「福德威神力」加被的缘故，皆得解脱，一切王法所加，以及其余无量灾难、苦难、厄难、困难，与遭受他人的横加「凌辱」，种种「悲愁煎逼」的忧苦。
或有人问，被国法惩罚的人，若是冤枉，闻佛名号，即得解脱，是应该的；如果是五逆十恶的人，是罪有应得，若闻佛名号，即得解脱，岂非违背因果定律？当知若有福德因缘，得闻药师佛名，一定是有善根，而又勇于改过的人，今因闻佛名，受佛感化，悔过自新，转恶为善，念佛修行，必然蒙佛慈悲摄受，可以解脱灾难，或重罪轻受，正是善因善果，谁说是违背因果定律？
(十一)饥渴众生得妙饮食愿
第十一大愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐，而建立之。
饮食是人类生活最基本的条件，若然缺乏饮食营养，不仅身瘦形枯，百病丛生，且面临死亡；是以世人无不为求饮食而奔驰。《楞严经》说：「十二类生，不能自全，依四食住。所谓：段食，触食，思食，识食。」
段食，又名粗抟食：指色、香、味、触等食物，可直接资养身体，间接资补精神。
触食：指人的眼等六根，与外界色等六尘接触，产生色声香味，冷暖涩滑种种反应情绪，令人心生喜乐，能长养身心，谓之触食。
思食：指人的思想与意志，能使人精神奋振，克制艰苦，甚至任劳任怨，以谋生存，谓之思食。
识食：此识非指眼等六根，攀缘色等六尘所起之六识，而是指一切众生，皆依赖而生存的第八阿赖耶识；地狱众生及无色界有情，固然赖此识资持命根，而一切众生，亦因此识资持业果，始可以延续生命，因名识食。
三界众生，皆依以上四食而住，至于出世三乘圣人，则以禅悦为食，或以愿力为食，以解脱为食，资养慧命；唯独诸佛，已转识成智，法身显现，智慧饱满，无需再依食住。
段食、触食，纯属物质；思食、识食、以及禅悦食、法喜食、愿食、念食、解脱食等，皆是精神食粮。普通一般人，大都全力注意饮食营养，争取物质的享受，而忽视精神食粮，致使人心失常，精神枯萎，百病丛生，仍然不知谋求挽救，努力?取精神食粮，令精神饱满，身心健康，反而醉心物质享受，心为形役，身为物转，每为物之得失而烦恼；尤甚的是为满足一时口腹之欲，而屠杀生灵，冤结累劫，受报无穷；或为满足一己的私欲，而强夺巧取，无恶不作，既作恶多端，则罪孽难逃，生受法律制裁，死堕恶道，受苦无量，佛眼观之，实在可怜可悯。因此，药师如来行菩萨道时，发愿将来成佛，凡为「饥渴所恼，为求食故造诸恶业」的众生，若然得闻其名号，而能「专念受持」，即先以世间「上妙饮食，饱足其身」。
「上妙饮食」，非指血腥臭秽的肉类，而是营养丰富，资补身心的天然食品，加以思想纯善无恶的思食，与深信因果知见正确的识食，该是世间最上最妙的饮食。
「法味」，指大乘佛教的思想，以及菩萨所修学的无量法门，能长养人的慧命，能令人法身健康，毕竟解脱生死之苦，获得佛果无上菩提的究竟安乐。
药师佛对于为饥渴所恼，作诸恶业，流转生死的众生，先以世间「上妙饮食」，令其安住于有漏善道，使之成为人间贤士；然后再进一步用出世间的「法味」，令其安住于无漏觉道，使之成为出世间圣人，乃至证得佛果无上菩提，究竟离苦得乐，故言：「毕竟安乐而建立之」。
(十二)贫乏众生得妙衣服愿
第十二大愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊?寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
衣服不止可以卫体遮羞，还可以御寒避暑，保护肌肤，避免寒暑或蚊虫的侵袭；是以衣服，亦是人日常生活，不可或缺的护身之物。时至今日，人的衣服不但讲究华丽美观，还求款式新潮怪异，富贵的人，一件衣服，每以万元计，可是贫穷人家，往往衣不蔽体，即使是粗衣旧服，亦无以自给。药师如来为照顾此类贫苦群众，因中行菩萨道时，发愿将来成佛，若有贫穷众生，缺乏衣服，饱受蚊虫侵袭，或被寒暑逼迫恼害，如果得闻药师佛的名号，又能专心称念，如法「受持」，自然获得药师如来本愿功德威神之力加被，即能「如其」心中「所好」，随意「即得上妙衣服」。同时「亦得一切宝庄严具」，例如：宝石，钻石，钻戒，项链等首饰之类。
「华鬘」，是用种种花，或用种种宝石制成的项链首饰；「涂香」，是种种名贵的香水；「鼓乐」，是各种流行的音乐；「众伎」是各种乐器。此皆是人间富豪之家所用之物，今因专心称念佛的名号，即可「随」其「心」意所爱好「玩」赏的一切华丽衣服，各种名贵首饰，高级化妆用品，以及娱乐所用的各种器具，药师佛悉「皆」能「令」一切贫苦众生，得到「满足」，如意享受。
曼殊室利，是为彼世尊，药师琉璃光如来，应正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。
药师佛行菩萨道时，所发的十二大愿，前五愿是依出世间因果，道灭二谛所发的大愿，偏重佛道的修证；后七愿是依世间因果，苦集二谛所发的大愿，正视人间福乐的增益，与疾苦的消除。前五大愿是与一切众生乐；后七大愿是拔一切众生苦。不仅解救人间现实的灾难，令人福寿康宁，所求如意；同时令人离诸魔障，趣向佛道，成等正觉，究竟离苦得乐，因此被称为「微妙上愿」。
六、琉璃世界的庄严
复次曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，行菩萨道时所发大愿，及彼佛土功德庄严，我若一劫，若一劫余，说不能尽。
释尊再次告诉文殊菩萨：药师如来行菩萨道时，所发十二微妙上愿的功德，以及成就佛果菩提之后，其净琉璃佛土的殊胜「功德庄严」，即使在「一劫」之中，或用「一劫余」的时间，亦「说不能尽」。
梵语：「劫波」译为时分，或时间。由一剎那开始，直至亿亿万万年，皆可名之为时分，因此佛经将时间分为小劫、中劫、大劫，以统计时间的长短。佛说世界最初成立，由光音天上的天人下生，当时人寿八万四千岁，过一百年减一岁，如是减至人寿十岁；此时人性凶恶残酷，贪瞋痴炽盛，彼此相见，互起杀心，随手所执，草木皆变成利器，由业力驱使，大杀七天，名刀兵灾。由于人多行不善，残杀无辜，非人吐毒，疾疫流行，感染即死，如是经过七个月的时间，名疾疫灾。又因人心邪恶，不务正业，天龙瞋怒，久不降雨，因旱成灾，五谷失收，人多饿死；未死之人，收集白骨，煎水取汁，饮以活命，历时七载，名饥馑劫。能免刀兵灾，能避疾疫难，能度过饥馑劫的人，大难不死，劫后余生，渐知善恶报应，而改过自新，立心向善，人寿亦随之而增，真的「天增岁月人增寿」，直增至人寿八万四千岁，如是一增一减名一小劫。积二十小劫为一中劫，积成、住、坏、空四个中劫(八十小劫)，为一大劫，今言一劫，是指住劫。药师如来因中行菩萨道时，由于行愿无穷无尽，佛果所证的功德也无量无边，以释尊的智慧与辩才，用一劫，或一劫余的时间，亦「说不能尽」。
(一)国土清净
然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声；琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩?罗网，皆七宝成；亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。
「彼佛土」，是指药师佛的国土，彼佛国土之所以「一向清净」，名净琉璃世界，原因是彼国众生，纯于杂色宝华中化生，皆具有三十二大丈夫相；无有女人，亦无地狱、饿鬼、畜生、阿修罗等四恶趣众生，即使是因不愉快而发出的苦恼音声，亦不可得。不像娑婆世界众苦充满，甚可怖畏；不像娑婆世界五趣杂居，五浊垢秽；也不像娑婆世界，崇山峻岭，荆棘瓦砾，高低不平；而是琉璃为地，金绳界道，宫殿楼阁，皆珍宝所成。「城」是市民聚居之处，正中的通道是「阙」，高广大厦是「宫」，重楼是「阁」。「城阙宫阁」以及其他轩堂明窗，装饰罗网等物，皆是金银、琉璃、砗磲、玛瑙、珊瑚、琥珀、珍珠等七宝所成。「亦如西方」阿弥陀佛的「极乐世界，功德庄严」同等，并无任何差别。因为琉璃极乐，皆是佛的本愿功德所成就的佛国土；药师弥陀，都是佛从体起用，教化众生的大权示现；虽因众生根性不同，施教的方式不一，东西各异，但若然摄用归体，则理性无二，唯一真法界，何来东西之别？故言：「等无差别」。此明佛的依报庄严。
(二)眷属庄严
于其国中，有二菩萨摩诃萨，一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处；悉能持彼世尊，药师琉璃光如来，正法宝藏。
「其国」，指药师佛的净琉璃世界。此世界中有无量无数众多的菩萨，从佛闻法，作为药师如来的法眷属。其中有二位大菩萨，「一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首」。上首，即是诸菩萨众的首领；譬喻日、月光明，是众星光的上首一样。日光能破黑暗，表示菩萨的智慧光明，能照破众生无明烦恼长夜的黑暗；月光能令大地清凉，表示菩萨的慈悲，能令众生除热恼，得清凉。
又菩萨名日光，表示一切智，名月光表示道种智，佛名琉璃光，表示一切种智，若佛若菩萨，若主若伴，皆以般若智光，广作佛事，利益众生。
因为日光与月光菩萨，是药师如来的接班人，将继承佛位，犹如世间的王太子，将继承王位，执行王政一样；亦如弥勒菩萨，当来下生此娑婆世界成佛，补释迦牟尼佛之处。又如西方极乐世界的观音、势至两位大菩萨，在阿弥陀佛灭度之后，即于极乐世界，补佛之处，次第成佛，继承佛位。日光、月光两位法身大士，将继药师佛之后，在净琉璃世界，相继成佛，故言：「次补佛处」。
「正法宝藏」，拣非世间上的邪法，而是出世间最妙至上的正法，此正法即是胜曼经所说：「佛性者，是如来藏，是正法藏，是法身藏，是出世藏，是自性清净藏。」日光、月光两位大菩萨，位居等觉，智慧功德与佛同等，通达佛性，亲证法身，所以「悉能」受「持彼」净琉璃世界的「世尊药师琉璃光如来」的「正法宝藏」。
(三)劝信愿生
是故曼殊室利！诸有信心善男子、善女人等，应当愿生彼佛世界。
释尊既已介绍药师如来，因中的行愿功德，及果上依正庄严，所以劝诸有情，发愿求生彼国；亦如伟佛说阿弥陀经一样，劝人发愿往生。善男子，包括沙弥、比丘、优婆塞等；善女人，包括式叉摩那、沙弥尼、比丘尼、优婆夷等。释尊的意思是说：凡对药师如来有信心的七众佛弟子，都应当发愿，求生彼药师佛的净琉璃世界，一则可以避免众苦，二则可以常随佛学，饱餐法味，受众妙乐。
七、本愿功德的殊胜
(一)闻名灭罪免堕恶道
以下是释尊简单介绍净琉璃世界的国土清净，眷属庄严并劝导我们发愿往生彼国土，亲近药师如来之后，再介绍药师如来，由本愿所成就佛果利他的殊胜功德。药师佛利益众生的功德，可分为四大类：一是闻名灭罪免堕恶道，二是持名增福得生善处，三是持咒治病终成菩提，四是供养消灾获福免难。闻名灭罪免堕恶道，又可分四点：
(1)灭悭吝贪惜罪
尔时世尊，复告曼殊室利童子言：曼殊室利！有诸众生，不识善恶，惟怀贪?，不知布施，及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护；见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜。
凡利己又益人的事谓之善；凡损人利己，或损人不一定利己的事谓之恶。本来为善最乐，为恶遭殃，是必然的因果定律，所谓：善有善报，恶有恶报，因果是永远相随，也永远相类的。是以我们欲想幸福快乐，就要诸恶莫作，众善奉行。可惜迷途众生，「不识善恶」因果报应，一向「惟怀贪」恋物质享受，悭「吝」不舍之心，「不知布施」，可获无量福报。又「愚痴无智，阙于信」仰三宝的善根，只知「多聚财宝，勤加守护」，刻薄寡恩，分文不施，拔一毛以利天下亦不肯为。见有乞求帮助的人来，或慈善机构向他劝捐，「其心」则生厌恶「不喜」，假「设」因人事关系，或因面子问题，「不获已而行施时」，则「如割身肉」一样，「深生痛惜」。
复有无量悭贪有情，积集资财，于其自身尚不受用，何况能与父母、妻子、奴婢、作使，及来乞者？彼诸有情，从此命终，生饿鬼界，或傍生趣。
还有，世界上无量无数众多悭贪的人，只知「积集资财」，愿意作为一名忠实的守财奴，连他自己本身的享乐，尚且不舍得受用分文，何况能与父母、妻子、奴婢、作使、及来乞者分享自己的财富呢？殊不知世间财物，五家所共有，更不知百岁光阴一剎那，转眼发白面皱，无常终于到来，结果，万般带不去，唯有业随身。「彼诸」不肯布施，利己利人的「有情」，由于生前悭贪的罪业，「从此」人道「命终」之后，即「生饿鬼界，或傍生趣」，受苦无量。
由昔人间，曾得暂闻，药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时，从彼处没，还生人中，得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐；好行惠施，赞叹施者，一切所有悉无贪惜，渐次尚能以头目手足，血肉身分，施来求者，况余财物。
由于悭贪不舍之罪，堕落恶趣受苦的众生，幸而往昔在人道中，「曾」经「得暂」时「闻药师琉璃光如来名故」，已在八识田中，印烙下药师佛号的种子。今由种子引生现行，故虽「在恶趣」中受苦时，忽然能「暂得忆念彼」药师「如来名」，凭此忆念如来名号的功德，「即于念时，从彼处没，还生人中」，得解脱三恶道之苦。而且凭佛力加被，「得宿命念」，能记忆前生由于悭贪之罪，曾经堕落在恶道受苦，现在因怖「畏恶趣苦」，再不敢因好乐五欲快乐的享受，而损人利己，薄人厚我；反而能舍己为人，「好行惠施」，或见他人布施，亦能随喜功德「赞叹施者」。对于自己「一切所有」的财物，「悉无贪惜」之心，而能欢喜布施，或从事社会公益事业发展，以谋利益群众，或在需要时，尚且可以渐由外财布施，进而「能以头目手足，血肉身分」等内财布施，例如：输血，或捐赠身体各部分器官，给来求助的人，何「况其余」身外的「财物」呢！
是药师如来以布施之药，对治众生悭贪之病；所以悭贪有情，得闻药师佛的名号，由佛力加被，便可以消灭悭贪无知之罪业，得成就檀波罗蜜的利益。
(2)灭犯戒谤法罪
复次曼殊室利，若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗；有虽不破尸罗，而破轨则；有于尸罗轨则虽得不坏，然毁正见；有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义，不能解了；有虽多闻而增上慢，由增上慢，覆蔽心故，自是非他，嫌谤正法，为魔伴党。如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情，堕大险坑。此诸有情，应于地狱，傍生，鬼趣，流转无穷。
「尸罗」是梵语，含有清凉、安稳、安静、寂灭等四义，简译为戒。「若诸有情」，指人道中学佛修行的七众佛弟子。「学处」，是指佛所制的戒，因为戒是佛弟子应当修学之处，例如：在家佛弟子，以受持五戒、八戒为其学处，出家二众，以受持具足戒为其学处，菩萨以受持菩萨戒为其学处。故凡是佛弟子，都有应守的戒律，犹如社会群众，必有其应守的法律一样；若人犯戒，即毁私德，违背法律，是毁公德。如无正见，则损公益，不求多闻，是断慧命。一个正信的佛弟子，或良善的公民，皆应严持佛戒，遵守国法，还要力求多闻，了解佛法，建立正知正见，深信因果，如法修证。所谓：「解行并进」。切忌曲解佛意，邪见炽盛，或得少为足，贡高我慢，沦落为魔鬼眷属，自害害人。
佛告曼殊菩萨，有人虽然于「如来」正法中，「受持诸学处」，但不能持戒清净而「破尸罗」。有人虽不致破尸罗，犯杀、盗、淫、妄等根本大戒，「而破轨则」。轨则，是僧团共住的仪轨法则，大?盘经说，出家人应常修七事：一欢喜和谐，犹如水乳；二恒共集会，讲论经法；三护持禁戒，不生犯想；四恭敬师长，及于上座；五料理爱敬，阿练比丘；六劝化修营，三宝住处；七勤加精进，守护佛法。若然七事不修，是「破轨则」。
正见有世间及出世间之别，世间的正见，是知善恶，明因果，信四大皆空，五蕴无我，信修学佛法，可了生死，可证?盘；出世间的正见，不止理解诸法空性，还要深信人皆有佛性，人皆可以成佛，自己要发菩提心，勤求佛道，还要广度众生，令成佛道
如果有人虽然戒行无亏，也能遵守僧团的仪轨法则，可是思想错误，心念不正，得少为足，甚至未得谓得，未证谓证，每每传播谬论，导致别人曲解佛教，是「毁正见」。
「有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义，不能解了。」这又是一类知见虽正，但学识肤浅的修行人，往往固步自封，不肯亲近善知识，多参饱学，对「于佛所说契经」的甚「深义」理，当然「不能」理「解」明「了」。每以佛的不了义经，作为了义教，自误误人，实在罪过。
「有虽多闻而增上慢」，此又是一类思想有问题的学佛人。虽然肯广学多闻，增长个人的佛学知识，却因此贡高我慢，目中无人。或不专精佛典，而学异端邪说，以为博学多才，殊不知反而因此，生起增上慢，「由增上慢覆蔽」自心的缘故，往往以为自己的见解正确，而说他人的知见不对，因为「自是非他」的结果，「嫌」弃毁「谤」了佛的「正法」，成「为魔」鬼的「伴党」而不自觉。「如是」破戒、毁正见、弃多闻、起增上慢、自是非他、嫌谤正法的愚蠢无智的人，不止自己的行为，沦落于邪知邪见，同时「复令无量俱胝(百亿)有情，堕大险坑。」险坑，指三恶道，是陷害人的危险火坑，正所谓：一肓引众盲，相牵入火坑。此等自行邪见，又令无量百亿众多有情，堕落邪见陷阱的人，可谓罪大恶极，理应永远堕于地狱、傍生、鬼趣三恶道中，流转生死，无有穷尽。
若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍恶行，修诸善法，不堕恶趣。设有不能舍诸恶行，修行善法，堕恶趣者，以彼如来本愿威力，令其现前暂闻名号，从彼命终，还生人趣。得正见精进，善调意乐，便能舍家，趣于非家；如来法中，受持学处，无有毁犯，正见多闻，解甚深义，离增上慢，不谤正法，不为魔伴；渐次修行，诸菩萨行，速得圆满。
此明闻佛名号，即得离恶生善益。恶行指破戒、邪见、谤法等罪行；善法指正见、精进等善行。恶行的人，若得闻药师琉璃光如来名号，便可获得佛的本愿功德神力加被，而能舍恶行，修诸善行；由于转邪归正，转恶为善，则善因得善果，再「不堕恶趣」，而得解脱三恶道之苦。
假「设有」业障深重的人，虽闻佛的名号，仍然「不能舍诸恶行，修行善法」，不能避免「堕恶趣者」，但「以彼」药师「如来本愿威力」，能「令其现前暂闻」药师佛的「名号」，以此闻名功德，罪恶众生即可从彼恶趣命终，还生人趣，而且得正见精进，修学佛法，善于调摄身心，令自己意乐出家修行，便能舍离家庭，趣向非世俗之家，而入如来法王之家，在「如来」的正「法中，受持学处(戒律)，无有毁犯」，并且正知正见，勤求多闻，故能了解佛经的甚深义理，远「离增上慢」，不再毁谤正法，不致堕落邪见为魔伴侣；如是「渐次修行诸菩萨」所修学的六度万行，即可「速得圆满」诸波罗密，而成就佛果菩提。
此是药师如来，用戒度、进度、慧度之药，对治众生毁犯、懈怠、邪见等病，故能令犯戒、邪见、不求多闻的众生，闻药师佛名号，即可消灭毁犯、邪见、谤法等罪，而得持戒、正见、多闻等利益。
(3)灭嫉妒毁他罪
复次曼殊室利，若诸有情，悭贪嫉妒，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦﹔受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞，饥渴逼恼，又常负重，随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。
人的富贵与贫贱，成功或失败，皆由人宿世业力所使然，既非人与，亦非天赐，一切都是由自己自作自受。可惜世人无知，不肯努力自求多福，反而怨天尤人，每悭自己的所有，妒忌他人的成就，既贪求不已，心无厌足，且不喜他善，不耐他荣；往往自赞毁他，造种种恶业，《瑜伽菩萨戒本》言：「他实有德，不欲赞美，他实有誉，不欲称扬。」反而恶意中伤，谗言毁谤，令人间「事修而谤兴，德高而毁来」，是非?起，道德沦亡，可谓罪业深重，当然要「堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦。」受完地狱，饿鬼道中种种剧烈苦果报应之后，即「从彼」恶趣「命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞」，既要忍受「饥渴逼恼」；又要常为人背负重物，「随路而行」。畜生报尽，即使「或得为人」，仍然要受「生居下贱，作人奴婢，受他驱役」种种苦楚，一辈子「恒不自在」。
恒被鞭挞，是嫉妒的余报；饥渴逼恼，是悭贪的余报；生居下贱，作人奴婢，受他驱役，是自赞毁他的余报。可知因果报应，丝毫不爽，正报受尽，还要受其余报，我们诚应时刻警惕，勿作恶因，免招苦果。
若昔人中，曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心归依；以佛神力，众苦解脱，诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔罥，破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死，忧悲苦恼。
若果此类有情，往昔在人道中，悭贪嫉妒之时，如有机会「曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因」，今恶报受尽，善因种子发生现行，即得复忆念药师如来的名号，又能「至心归依」药师如来，药师如来即「以佛神力」，加被此等生居下贱，不得自在的有情，令得「众苦解脱」，同时还得诸根聪明伶利，智慧多闻，恒常发心追求大乘殊胜的佛法，而且常得值遇善友提携，远离恶知识，永远断除魔罥网，而能冲「破无明壳」的蒙蔽，枯「竭烦恼河」的沉溺。
无明烦恼，缠缚众生，障蔽心智，犹如人堕在壳中，不见天日；若能突破无明烦恼的障蔽，令人内心智光显现，照见真理，谓之破无明壳。三惑烦恼，能令众生长期漂流生死苦海，求出无由，犹如暴涨的河流，有灭顶之患，谓之烦恼河。今既能智慧多闻，恒求胜法，又能如法修行，以戒定慧三无漏学的力量，断除贪瞋痴等根本烦恼，其余枝末烦恼的河流，亦随之而枯竭，是名竭烦恼河。当知烦恼，是滋润生死的源泉，是导致众苦的根本；今既能破无明壳，竭烦恼河，自然可以「解脱一切生老病死，忧悲苦恼」的折磨。
此是药师如来以福慧二严之药，对治众生不修福慧之病；悭贪嫉妒，是不修福德；自赞毁他，是缺乏智慧。由于众生贫穷无福慧，故被悭贪嫉妒心所驱使，作诸恶业，而招致三恶道种种剧苦。幸而往昔得曾闻药师佛名，以及今复忆念的功德，即可消灭悭贪、嫉妒、自赞毁他之罪，而得解脱众苦的利益。
(4)灭斗讼咒诅罪
复次曼殊室利，若诸有情，好喜乖离，更相?讼，恼乱自他，以身语意，造作增长种种恶业，辗转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树冢等神，杀诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗剎婆等；书怨人名，作其形像，以恶?术，而?诅之；魇魅蛊道，?起尸鬼，令断彼命，及坏其身。
「好喜乖离」，指个性乖张的人，喜欢搬弄是非，歪曲事实，说离间语，向甲说乙的不对，向乙说甲的不是，挑拨离间，鼓励仇恨，目的是令彼此不和，从中取利，属于口的恶业。更有一类好勇斗狠的人，每因小事，即互相斗争，或口诛笔伐，甚至闹上法庭，诉诸法律，结果两败俱伤，恼乱自己，又恼害他人。这种毫无道德修养的人，身则杀盗淫，口则两舌恶口，妄言绮语，心则贪瞋痴，如是「以身语意」三业，「造作增长种种恶业」，岂止「辗转常为不饶益」自他的「事」，而且更进一步「互相谋害」；在力不敌时，不惜采取邪恶之术，危害对方。例如祷「告山林树」木的树神，以及野「冢」孤墓之间的鬼「神」，请求树木鬼神代为报复。或「杀」鸡鸭牛羊等「诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗剎婆等」鬼神，请祂们伤害对方，以泄心中愤恨。或书写自己怨恨之人的名字，及其生辰八字，又造「作其形像」，以种种邪「恶咒术而咒诅之」；或以「魇魅蛊道」谋害对方。
药叉，即是夜叉，译名疾捷；罗剎，译暴恶；魇魅，译名瓮形，皆是恼害人的恶鬼。「蛊道」，剧毒谓之蛊，蛊惑之道，是集众毒虫于一处，让它们自相残杀，剩下最后一只，将它烧死，磨成粉末，暗中放入仇人的食物中，毒死对方。
「起尸鬼」，是用咒术，令死尸活动，然后给与刀剑，教令去断彼仇人的性命，以及损坏其身体。此皆是瞋恨心重，又心术不正的人，所用不道德的恶毒手段，若不悔改，势必堕落三恶道。
是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事，悉不能害。一切辗转皆起慈心，利益安乐，无损恼意，及嫌恨心；各各欢悦，于自所受，生于喜足，不相侵陵，互为饶益。
「是诸有情」，是指被谋害的人。「若得闻此药师琉璃光如来名号」，便仰仗佛的威德神力，使「彼诸」陷害自己的「恶事」，悉皆不能危害，反而能令恶鬼恶人，「一切展转，皆起慈心」，变成「利益安乐」人间的善鬼善人，再「无损恼意，及嫌恨心」，彼此「各各欢悦」相处，于自己所有受用之物，即使贫穷困苦，亦能安守本份，生于欢喜知足想，不再为满足自己无穷的欲望，而去侵害或陵辱他人，同时能「互相饶益」，和衷共济。
此是药师如来，以忍辱之药，对治瞋心的病，是以因瞋恨心而喜欢斗讼，恼乱自他的众生，得闻佛名，即转瞋恨为慈悲，转凶恶为良善，转互相侵犯，互相陷害，为互相饶益；令自已与他人，皆得安享其乐。
(二)持名增福得生善处
(1)得生佛国益
复次曼殊室利，若有四众，苾刍、苾刍尼、邬波索迦、邬波斯迦，及余净信善男子、善女人等；有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处。以此善根，愿生西方极乐世界，无量寿佛所，听闻正法，而未定者；若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰：文殊师利菩萨，观世音菩萨，得大势菩萨，无尽意菩萨，宝檀华菩萨，药王菩萨，药上菩萨，弥勒菩萨，是八大菩萨，乘空而来，示其道路，即于彼界，种种杂色，众宝华中，自然化生。
「苾刍、苾刍尼」，是比丘、比丘尼的异译，是出家修行的男女二众。「邬波索迦、邬波斯迦」，即优婆塞、优婆夷，译近事，意思是亲近三宝，事奉佛法，是在家学佛的男女二众。「及余净信善男子、善女人等」，是指四众以外的沙弥、沙弥尼、式叉摩那，以及求受三归五戒，或但归依三宝，未受五戒，对三宝能生起清净信心恭敬事奉的善男信女。「八分斋戒」是一不杀，二不盗，三不淫，四不妄语，五不饮酒，六不坐高广大床，七不着香花鬘、不香油涂身、不歌舞及不往观听，八不非时食。前七种是戒，后一种是斋，合名八分斋戒。无论是已受五戒，或末受五戒的在家佛弟子，皆可以于每月初八，十四，十五，二十三，二十九，三十等六斋日，持此八分斋戒。或经常于每年正月，五月，九月等三长斋月，受持此八分斋戒，功德更大。因为佛经说：四天王于此三个月中，巡视至南赡部洲；故于此三个月中，持戒修福，功德倍胜。
「受持学处」，是受持佛制的禁戒。出家弟子，无论是受持沙弥、沙弥尼戒，是受持比丘、比丘尼的具足戒，或是受持菩萨的十重四十八轻戒，以及三聚净戒；在家学佛的人，无论是受持五戒，八分斋戒，或在家菩萨戒，都有功德。若能「以此」持戒的「善根」功德，回向发「愿生西方极乐世界，无量寿佛所，听闻正法」的人，是应该可以往生极乐净土的。今言：「而末定者」，可作两种解释，一是受持斋戒的人，只愿生西方极乐世界无量佛所而已，但愿犹未坚，志趣未定。其次是仅凭此斋戒的善根功德，发愿往生，但信未深，愿未切，行又未精，资粮未备，得生与否，仍未决定；临命终时，若遇恶缘，难免堕落。此类有情，「若」果得「闻世尊药师琉璃光如来名号」，又能专心持念，则「临命终时，有八大菩萨」来指示其往生东方净琉璃世界的道路。
文殊师利菩萨，译名妙德或妙吉祥，本门深远，曾为七佛之师，今?门示现在娑婆世界助释尊教化，是华严三圣之一，代表大智。 观世音，得大势二菩萨，是西方极乐世界三圣之二，观音菩萨寻声救苦，代表大悲；大势至菩萨，以智光普照三涂众生，令离诸苦，得无上力，代表大力。无尽意菩萨发心无尽，愿力无尽，代表大愿；宝檀华菩萨，以因行之华，庄严佛果菩提，代表大行；药王菩萨，能以法药，治疗众生身心重病，代表大用；药上菩萨，能以无上法药，供养大众，代表大仁；弥勒菩萨，得慈心三昧，救护众生，代表大慈。大智、大悲、大力、大愿、大行、大用、大仁、大慈，正是药师如来具足的八种功德。
又文殊了了见佛性，表示正见；观世音寻声救苦，表示正语；得大势普利众生，表示正业；无尽意心愿无尽，谛观不二，表示正思惟；宝檀华勤修万行因华，表示正精进；药王善治众病，怜悯众生，表示正念；药上能令众生法身健康，表示正命；弥勒修唯心识观，表示正定。「是八大菩萨，乘空而来，示其道路，」是表示药师如来从毕竟空的法身理体，起大智等八德的妙用，来指示众生八种圣道的道路，引导持戒修福的人，往生其国。
「即于彼界」是指彼东方净琉璃世界。「种种杂色众宝华中，自然化生」，但不同于六道四生中的化生，六道胎卵湿化四生中的化生，仍然是由业力变化而成形；今持戒念佛的众生，既非烦恼业力为因，亦非父母贪爱为缘，而是依据自己的善根功德，与药师如来本愿功德威力，顷刻之间，即于彼净琉璃世界，杂色宝华中，自然化生，且无男女性别，皆具大丈夫相，自身光明，与佛无异。
或问，往生佛国何需八大菩萨引导辅助？又何必是于欲生西方而未决定者？当知我们出门旅行，即使是在自己的国家，或近在邻国，初次前往，仍然需要导游带领，何况远在十万亿恒河沙佛国以外的净琉璃世界？若无佛菩萨接引，如何辨别方向？又怎可以顷刻即到？因为弥陀法门，主张万念放下，若能一心念佛，即与阿弥陀佛愿力相应，故临命终时，佛来接引，而得往生。至于药师法门，则偏重有情现实生活的享乐，以消灾障，增福寿为主，若有一类众生，虽慕极乐净土殊胜，愿意往生，但信愿不深，资粮未备，又因现前身心众苦交煎，未能专心持名，未必一定可以往生，后得闻药师如来圣号，至心诵持，希望消灾免难，增福延寿，兼愿往生药师佛国，加以药师如来本愿慈悲摄受，故临命终时，由此土名称普闻的八大菩萨，乘空而来，示其道路，即可往生。何况药师弥陀，东西虽隔，行愿无异，国土庄严，亦无差别，但由众生的愿力与福德因缘，佛及菩萨即接引往生。
(2)上生天界益
或有因此，生于天上；虽生天上，而本善根，亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。
「或有」一类持戒的众生，虽得闻药师如来名号，亦能至心受持，可是但求人天福报；此时命终，亦可「因此」闻名持念的功德，得上生天界，享受天福。
佛经说：三界共有二十八层天，其寿命长短与福报大小，彼此各异；但同是属于有漏之福，不能久享。当天福享尽，都有可能被宿世恶业所牵，再次堕落三涂受苦。是以永嘉禅师说：「住相布施生天福，犹如仰箭射虚空；势力尽，箭还堕，招得来生不如意，争似无为实相门，一超直入如来地。」但持戒念佛的佛弟子，功德善根深厚，报生天国，受胜妙乐；即使天上寿尽，「而本善根，亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。」
(3)贵为人王益
天上寿尽，还生人间，或为轮王，统摄四洲，威德自在；安立无量百千有情，于十善道。或生剎帝利，婆罗门，居士大家，多饶财宝，仓库盈溢，形相端正，眷属具足，聪明智慧，勇健威猛，如大力士。
天人的寿命很长，在《俱舍论》说：「人间五十年，天上一昼夜，承斯寿五百，上五倍倍增。」即是说，欲界最下层的四天王天的天人，寿命五百岁，以人间五十年为一日。忉利天的天人，寿长一千岁，以人间一百年为一日。乃至第六层他化自在天，则寿命十六千岁，以人间千六百年为一日。至于色界十八天，则寿命以劫数计，详见俱舍论。今持戒念佛的众生，虽然「天上寿尽」，但由于善根末尽，不致堕落恶趣，故「还生人间」，犹贵为帝王。
佛教将人间帝王，分为转轮王及散粟王两类；转轮王又分金轮、银轮、铜轮、铁轮等四种，分别掌管四大洲。铁轮王管南赡部洲；铜轮王兼管南赡部洲及西牛货洲；银轮王除主管南西二洲外，还兼管东胜神洲；金轮王除管东南西三洲外，复管北俱卢洲。
据佛经记载，金轮王具足七宝千子，以道德威力感化四洲，普劝世人，共修十善，远离十恶，身不杀、不盗、不淫，口不妄语、不两舌、不恶口、不绮语，意不贪、不瞋、不痴；可谓推行德政，使人皆思想净化，人皆接受道德教育，建立理想的人格，共同过着美满又幸福生活。所以说：「统摄四洲，威德自在，安立无量百千有情于十善道。」因此，被称为转轮圣王。
「剎帝利」，是古印度四种姓中，执掌国法，治理国家的王族。四大部洲中，国家众多，而每个国家，皆有其国王或总统，是以此类人王，其数多如散粟，因名散粟王。「婆罗门」，是专管宗教祭祀礼仪的祭师；「居士大家」，是富有多财的企业家；都是属于人道中尊贵的族类。持戒念佛生天的人，因善根深厚，虽然天上寿尽，亦不会再堕落三恶道，而还生人间，依其福报大小，或贵为转轮圣王，或为人王，或生婆罗门，居士大家，不止衣食丰足，「多饶财宝，仓库盈溢」，而且自身「形相端庄」，家庭美满，「眷属具足」；既「聪明智慧」，又身体健康，「勇健威猛，如大力士」。令人畏敬服从。这些福气，固然是自己持戒修善的结果，而亦是因闻名称念，药师如来圣号的功德所致。
(4)转生男身益
若有女人，得闻世尊，药师琉璃光如来名号，至心受持，于后不复更受女身。
现代文明社会，虽然实行男女平等制度，但事实上，很多国家，未必尽然。除非是乘愿再来，为度女性，而现女身的大菩萨，否则，女人是有很多理由，讨厌女身的。释尊说：「若有」厌恶女身的「女人，得闻世尊药师琉璃光如来名号」，而能「至心受持」，必蒙药师佛慈悲加被，来生将不再受女形，而且生生世世，皆得大丈夫身，直至成佛，「不复更受女身」。
(三)持咒治病终成菩提
(1)佛观病苦入定说咒
复次曼殊室利，彼药师琉璃光如来，得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦，瘦挛干消，黄热等病，或被魇魅蛊毒所中，或复短命，或时横死。欲令是等病苦消除，所求满愿；时彼世尊，入三摩地，名曰：除灭一切众生苦恼，既入定已，于肉髻中，出大光明，光中演说，大陀罗尼曰：
南谟薄伽伐帝‧鞞杀社窭噜‧薜?璃?喇婆喝啰阇也‧呾他揭多耶‧阿啰喝帝‧三藐三勃陀耶‧怛侄他‧唵‧鞞杀逝‧鞞杀逝‧鞞杀社‧三没揭帝莎诃。
尔时光中说此?已，大地震动，放大光明，一切众生，病苦皆除，受安隐乐。
瘦挛是肺病，干消是糖尿病，黄是黄疸病，热是大热症，等是等于其他伤寒，感冒，以及人体各部份器官可能发生的疾病。此外，或被怨敌咒诅召请「魇魅」作祟而致病，或被人暗中放置蛊毒而致病…。总之众生的疾病多多，虽然现代医学发达，药物昌明，但被发现的病症更多、更复杂，很多不治之症，往往令人夭折，谓之「短命」；或中蛊毒，寿末尽而命终，谓之「横死」。
人致病的原因虽多，但最主要的是众生的体质，由地水火风四大原素组合而成，每因四大不调而生病，四大衰退而老，四大分散而死；所谓生老病死苦，人所难免。又人每因贪求满足一己的私欲，只知有我，不知有人，往往损人利己，薄人厚我，结怨多端；但限于环境，非聚会一处，共同生活不可，是「怨憎会苦」；恩爱眷属，无奈逼于环境，各散东西，或为寿命所限，生别死离，是「爱别离苦」；人生不如意事，十常八九，虽然满怀希望，雄心万丈，可是现实无情，往往事与愿违，令人失望，是「求不得苦」；还有，众生的生命，由五阴所造，当物质与精神无法平衡发展时，何止问题百出，而且百病丛生，令人身心饱受煎熬，是「五阴炽盛苦」。此外，还有自然界的灾害，人事界的冲突与人为的祸患，随时随地，都可能降临每个人的身上，故佛说：「三界无安，犹如火宅；众苦充满，甚可怖畏。」
然众苦中，又以病苦为甚；多少人因为病而放弃学业的进取？多少人因为病而障碍事业的发展？又多少人因为病而悲观，而厌世，而自毁前程？特别是被恶疾缠身的人，群医束手无策，药物罔效时，终日卧床呻吟，求生既不得，求死亦不能，多么苦恼！「彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦，」实在可怜可悯，因此，为「欲令是等」众生，「病苦消除，所求愿满，」故「入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。」
『三摩地』，译名正定，又名等持，即等持身心，专注一境。药师如来，「既入定已」，即「于肉髻中出大光明」。肉髻，是三十二相中的肉髻顶相，又名无见顶相，是佛全身最高贵的所在。佛于此放大光明，又在「光中演说大陀罗尼」神咒，是表示从最高的定力，发出最高级的智慧，又从最高级的智慧，流出不可思议的妙用，是以能拔除众生的病苦，给予众生「所求愿满」的快乐。
梵语「陀罗尼」，译名总持，即总一切法，持无量义。又名能持能遮，意思是能持一切善法，摄一切功德，令不散失；能遮障一切恶法，令不生起。可分为四：
一闻陀罗尼，是于佛的教法，闻持不忘。
二义陀罗尼，于诸法义理，总持不失。
三咒陀罗尼，依禅定功力，发出秘密语，有不测的灵验。
四忍陀罗尼，是于诸法实相理，安住不动。今药师如来于定中所说的，是第三种咒陀罗尼。
咒，又名真言，是诸佛菩萨，从禅定中所发的秘密语，有不可思议的妙用，能令持诵咒语的人，善根增长，罪恶消灭。《大乘义章》言：「菩萨依禅能起咒术，为众除患，第一灵验，名咒陀罗尼；菩萨依禅备起多用，随用别论，即有无量陀罗尼门。」今药师佛所说的咒，在无量陀罗尼门中，是「除灭一切众生苦恼」的咒陀罗尼。咒语，在四例五不翻中，是翻字不翻音，与秘密故不翻。今不妨略述其义如下：
「南谟」即南无的异音，译为皈依或敬礼。「薄伽伐帝」，即薄伽梵的异名，译名世尊。「鞞杀社窭噜」，译药师，「薜?璃」，译琉璃，「?喇婆」译光，「喝啰阇也」译王，「呾他揭多耶」译如来，「阿啰喝帝」译应，「三藐三勃陀耶」译正等觉，综合而言：即是皈依世尊，药师琉璃光王如来，应正等觉。
「怛侄他」，意思是：即说咒曰，唵字以下，才是咒陀罗尼的开始。「唵」字应读翁音，在佛菩萨言，是总摄四智菩提，以及一切佛果无漏功德；又能扫除一切邪恶染法，圆成一切清净善法。所以唵字，是总持中的总持，因此一切咒的开始，皆冠以唵字。在持咒人言，唵字应该是含有皈命、敬礼、供养、警觉、摄伏等义，意思是持念诸佛菩萨的咒语时，除志心皈命敬礼，三业清净，供养三宝外，还要提高警觉，抑制妄念，专一诵持，即可摄伏一切魔怨，蒙诸佛菩萨加持护念。「鞞杀逝，鞞杀逝」，都是治病所用的药物，「鞞杀社」，是能用药治病的药师，今双举鞞杀逝，意思是药师如来，既用药物治愈众生，生理上的种种疾病，还用法药治愈众生，心理上的种种烦恼病，令众生身心重病，悉皆消除。「三没揭帝」译普度，「娑诃」译速成就，综合其大意是：药师佛以药医治众生身心众病，普度一切众生病苦的大愿，速得成就。
当药师佛在「光中说此咒已，大地震动」，而且「放大光明」，普照十方，令十方世界中，「一切」受病苦逼迫恼害的「众生」，接触佛光，业障消灭，即得「病苦皆除」，取消疾病缠身的苦恼，享受安康稳定，幸福快乐的生活。
(2)持咒治病得灭苦益
曼殊室利，若见男子女人，有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食或药，或无虫水，?一百八遍，与彼服食；所有病苦，悉皆消灭。
持咒不同诵经念佛，诵经一定要了解经中所诠的义理，依照佛所开示的法门，及修学的方法去实行，始可得益。念佛虽然贵在一心，但也要知道佛的名号所含的意义，及佛的本愿功德，以启发自己的信心，然后专心持名。唯独念咒，但凭信心与恒心，三业净勤，便可得益；无需了解咒语所含的意义。因为咒的含义很多，且属于诸佛菩萨，在定中所发的秘密语，属于秘密不翻，即使翻译，亦往往挂一漏十，或此土言语，无法表达其含义与境界，所以不必力求了解，但能集中意志，一心持诵，自然有一股潜在的力量，令持咒的人，达到自己所求的愿望。
据传说：从前有一个不务正业的人，为贫贱所逼，流浪异国，冒充贵族，竟被异国公主招为驸马，自此显贵，傲气凌人，尤其每逢进食时，都借故大发脾气，公主无奈，唯有求助于中国商人，以谋挽救婚姻危机。商人授予公主一偈：「无亲往他国，欺诳一切人；粗食是常食，何劳复作瞋。」并嘱咐公主，当驸马发脾气时，即高声诵念。驸马以为公主，已知穿他的秘密，不敢再发脾气；其实公主并不了解偈语的内容，只是深信中国商人所授的方法，如说实行而已。我们持念诸佛菩萨的咒语也是一样，以深信不疑的心去诵持，虽不明白咒语的内容，却与佛菩萨的愿力相应，而获得灵妙难思的利益。
特别是药师佛在「除灭一切众生苦恼」的正定中，所说的咒语，对病苦众生，尤具特效。故释尊嘱咐曼殊菩萨：「若见男子女人，有病苦者，应当一心为彼病人」诵持药师如来所说的神咒。本来念经持咒，最好是自己修持，不过若因病重，不能自念，可由亲属或别人代替。为病人持咒时，先要洗澡、漱口，常保持身心清净，然后用病人的饮食、药丸、药水，或无虫的净水等物，持咒一百零八遍，然后给与病人服食。
「一心」是意业清净，「澡漱」是身业清净，「诵咒」是口业清净，如是以清净的三业，持咒加, 持病人的饮食与药物，自然仰仗药师神咒不可思议的功力，令病人业障消除，「所有病苦，悉皆消灭」。
(3)持咒满愿得延寿益
若有所求，至心念诵，皆得如是，无病延年。
「所求」，是众生心中的愿望，「至心」是三业清净，「念诵」，是用至诚恳切的心，念念不忘，诵持无间，甚至念而无念，无念而念，持咒之心，与佛慈悲拔苦与乐之心，连在一起。自然若有所求，都「皆得如」愿「是」偿，无论是求消灾，求免难，求财富，求健康，求长寿，甚至求速断烦恼，求疾证菩提，无不皆得称心如意；何止却魔除病，还可以延年益寿，所以说：「无病延年」。
(４)持咒往生得菩提益
命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重，恭敬供养者，常持此?，勿令废忘。
至心诵持神咒，不止现生却病延年，有求皆遂，还可消除业障，增长善根，「命终之后」，得往生彼净琉璃世界，闻法修行，得不退转，乃至由发心菩提，进而得伏心菩提，明心菩提，出到菩提，直至究竟菩提。
「是故曼殊室利」以下，是释尊结劝受持。「是」承上持咒可却病延年，可满所愿，可往生佛国，终成菩提的缘「故」，佛告「曼殊室利，若有男子女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重，恭敬供养者」，应当时常受持诵念，此药师如来所说的神「咒」，切勿疏懒废弃，忘记受持。
「至心」是专一不乱，「殷重」显非怠慢，「恭敬」表示尊重。若用香、花、灯、果等物质是财供养，深信受持，诵念无间是法供养。无论是用财供养，或法供养，都要三业清净，至诚恭敬，既专一又精进，如是持之以恒，始可得益。
(四)供养消灾获福免难
(1)供养三宝得护念加持
1.供养三宝
复次，曼殊室利，若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来，应正等觉，所有名号，闻已诵持；，晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花，烧香涂香，作众伎乐，供养形像。于此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义；于彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。
「净信」，拣非迷信或误信，因为迷信或误信，皆含有错误的成份；今此净信，是含有信实、信德、信能等三义。信诸法实相理，是众生本具的佛性，故人皆可以成佛，是信实；深信佛、法、僧三宝，皆具有真实功德，能救济众生，令人离苦得乐，是信德；信自己如法修行，一定可以断烦恼，成佛道，是信能。果能成就信实，信德，信能的信心，就是「净信」。净信的男子女人，是能闻、能持、能供养的人。
「得闻药师琉璃光如来，应正等觉，所有名号」以下，是所闻、所持、所供养之境。如来有三身，《成实论》言：「乘如实道，来成正觉」是应身如来；《起信论》言：「本觉名如，始觉名来」，始本合一，是报身如来；《金刚经》言：「无所从来，亦无所去，故名如来」是法身如来。我们不但要恭敬供养，受持应身如来，更要恭敬受持报身如来与法身如来，以及受持如来「所有名号」；应正等觉，是如来所有名号中的「应供」与「正遍知」两种。正遍知是般若德，显真谛理；应供是解脱德，显俗谛理；如来是法身德，显中道理。我们因闻药师佛的如来、应、正等觉的名号，而联想到佛的三德，进而明白佛所说的三谛理，如说修行，才是真正的「闻已诵持」。
闻于耳是身业，诵于口是口业，持于心是意业。三业恭敬之外，还要「晨嚼齿木，澡漱清净。」二千多年前，还没有发明牙刷、牙膏等清洁口腔的日用品，当时的人，晨早起来，用杨柳树的树枝，放在口中咀嚼以漱口。漱口完毕，还要洗澡，然后以诸香花，或烧香，或涂香，及用种种乐器，作众伎乐，供养药师如来的「形像」，如是内则三业清净，外则坛 场庄严以供佛，是供养佛宝。
另一方面「于此」说明药师如来本愿功德的「经典」，或自己书写，或教人书写，在现代言：该是自己出钱，或劝导他人出钱印赠此经；以及「一心受持，听闻其义」，如法修行；是供养法宝。
同时，亦供养演说弘传此经的法师。法师有五种：一受持法师，二读经法师，三诵经法师，四解说法师，五书写法师。受持读诵是自利法师，演说书写，流通正法，是利他法师。我们固然要供养，受持读诵以自利的法师，更加要恭敬供养，演说书写利他的法师；因为由法师演说此经，众人始知药师佛的功德殊胜，而发心受持读诵，或书写流通。所以我们于彼演说经典，令正法流通的「法师应修供养」，凡是日常生活所需要的「一切所有资身之具」，包括饮食、衣服、卧具、汤药，与交通等；使弘经法师在衣食无缺，一切便利的环境中，专心演说经法，利乐众生，续佛慧命，是供养僧宝。
2.诸佛护念
如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提。
若能如前文所说，「如是」用清净的三业，恭敬供养三宝，则不仅药师如来欢喜，十方诸佛无不欢喜，「便蒙诸佛护念」不舍，令供养三宝的人，「所求愿满」，在佛法中，精勤修学，「乃至」证得无上「菩提」。
3.文殊加持
尔时，曼殊室利童子白佛言：世尊！我当誓于像法转时，以种种方便，令诸净信，善男子、善女人等，得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至睡中，亦以佛名觉悟其耳。
当释尊开示至能恭敬供养三宝，便蒙诸佛护念时，曼殊菩萨为加持后世众生，即对释尊发誓，愿于释尊灭后，「于像法转」入末法时，以种种善巧方便，令一切具足净信的善男子、善女人，都有机会，「得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至」众生在睡梦时，亦令其在不知不觉中，耳根得听闻药师佛的名号，醒后即能受持称念，供养三宝，而获得诸佛护念。同时对释尊详述供养经典的方法，令末法众生，依之受持，而得诸天守护的利益。
4.诸天守护
世尊！若于此经，受持读诵，或复为他演说开示，若自书，若教人书，恭敬尊重；以种种华香、涂香、末香、烧香、花鬘，璎珞，幡盖、伎乐，而为供养；以五色彩，作囊盛之；扫洒净处，敷设高座而用安处。尔时四大天王，与其眷属，及余无量百千天众，皆诣其所，供养守护。
文殊菩萨对释尊言：末法时代，若然有人以恭敬心、尊重心，受持读诵，此《药师琉璃光如来本愿功德经》，又复为他人解说开示，此经所诠的义理；或自己书写，或教他人书写此经；又以花、香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐等供养此经；更用五色彩绢，作袋盛放此经；并于洒扫清净的高处，设坛安放此经；当如是安奉供养经典之时，四大天王及其眷属，并其余无量百千天众，护法善神，皆来守护。
四大天王：是东方持国天王，南方增长天王，西方广目天王，北方多闻天王。四天王天，居三界诸天之下，距离人间最近，可以护世护人，故又名护世四王。「并其余无量百千天众」，是指四天王天以上，忉利天等诸天。如果有人能够：一、自己受持读诵此经，二、为他人演说开示，此经的义理，三、自己书写及教人书写此经，四、恭敬尊重，香华供养此经，五、作彩囊盛放此经，六、于净处设高座安奉此经；则四大天王，及诸天善神，为了尊重法宝，也为了随喜功德，就会降临此供奉经典之处，守护道场；免诸恶鬼神，扰乱破坏。
5.免诸横死
世尊！若此经宝，流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处，无复横死；亦复不为，诸恶鬼神，夺其精气，设已夺者，还得如故，身心安乐。
文殊菩萨又对释尊说：若在此药师「经宝流行」的地区，有人能够恭敬受持读诵，则以彼世尊，药师琉璃光如来本愿功德的力量，及闻药师佛名号，而能忆念受持的功德，「当知是处无复横死」。
横死的原因很多，或因疾病，缺乏医药而横死，或因触犯法律，受刑罚而横死，或因天灾人祸，或因交通意外而横死，或被魇魅诸恶鬼神，夺其精气而横死。《法华经陀罗尼品》有十罗剎女，发愿拥护读诵受持《法华经者》，其中最后一名就是「夺一切众生精气」的罗剎女；此等女鬼，由于业力驱使，生啖血肉，及摄取人的精气，以维持生命。不修善业，或作恶多端的人，善神远离，诸恶鬼神即得其便，夺其精气而致横死。本经下文救脱菩萨告诉阿难尊者，横死有九种之多。但在此《药师琉璃光如来本愿功德经》流行的地方，若有人能至心受持读诵，或但闻佛名而能称念佛号，便可以避免种种横死，亦「不复为诸恶鬼神夺其精气」；即使已被恶鬼夺其精气，今因得闻佛名，又能受持读诵，供养经典，即蒙药师如来本愿功德神力加被，还得恢复精力，健康如故，而且获得「身心安乐」的利益。
(2)受持法门可获福免难
1.受持方法
佛告曼殊室利，如是！如是！如汝所说。曼殊室利，若有净信善男子、善女人等，欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座而安处之。散种种花，烧种种香，以种种幢幡，庄严其处。七日七夜，受八分斋戒；食清净食，澡浴香洁，着清净衣。应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情，起利益安乐，慈悲喜舍平等之心。鼓乐歌赞，右绕佛像，复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示。
因为文殊菩萨，誓于像法转时，用种种善巧方便，加持末法众生，令得闻药师佛名号，闻已诵持，及供养三宝，便蒙诸佛护念，诸天守护，无复横死。不仅事实如此，而且对末法众生，有很大的利益。因此释尊双举「如是」，以印证其所说，及赞许其弘愿；同时开示供养受持，药师法门的方法，令末法众生有所遵从。
佛告曼殊室利：若果有净信的善男子、善女人，欲想供养彼世尊，药师琉璃光如来，首先应该造立药师佛的形像，或用木雕刻，或用金、银、铜、铁铸造，或用泥塑，或用彩色绘画，药师七佛如来的圣像；在清净的地方，设立供养佛像的殿堂，在殿堂的中央，敷设高座以安置佛像；又在佛像前散种种花，烧种种香，用种种幢幡、宝盖，庄严供佛的殿堂。
其次，就是在七日七夜中，受持八分斋戒，食清净的素食，及过午不食；还要日日澡浴香洁，与更换清净的衣服，令身业清净。同时不可产生垢秽污浊的心，而起清净心，亦不可因愤怒而产生害人之心，而起慈悲心；不但同情爱护，利益安乐自己的父母眷属，而且爱护同情利益安乐，一切凡有生命的有情；平等与一切有情之乐(慈)，平等拔一切有情之苦(悲)，平等随喜一切有情的功德，而不生嫉妒(喜)，平等舍弃一切人我是非的观念，而不生执着(舍)。无垢浊心即是不贪，无怒害心即是不瞋；大慈、大悲、大喜、大舍的平等心即是不痴；不贪、不瞋、不痴就是意业清净。然后用清净的身心，「香华供养」佛的形像；用清净的身心，「鼓乐歌赞」佛的功德；用清净的身心「右绕佛像」。
绕佛是表示恭敬，其匝数不定，有绕佛三匝、七匝，或百千匝；中国以左为大，印度以右为大，是以绕佛皆从右而左，又右旋表示顺从佛教，趣向菩提。最后用清净的身心，称念药师佛的圣号，与想念佛的本愿功德；用清净的身心「读诵此经」，及思惟此经的义理；更要用清净的身心，为众生演说开示此药师经，就是口业清净。
综上可知，受持药师法门的方法是：一、造立佛像，二、广修供养，三、三业清净，四、鼓乐歌赞，五、右绕佛像，六、称念佛号，七、想念佛的本愿功德，八、读诵此经，九、思惟此经义理，十、为人演说开示此经；果能如是以清净的三业，恭敬受持以上十法，一定可以获得增福免难的利益。
2.受持获福
随所乐求，一切皆遂；求长寿，得长寿﹔求富饶，得富饶﹔求官位，得官位﹔求男女，得男女。
果能如前所说：三业清净，如法供养，受持药师法门，则「随所乐求，一切皆遂」。人的爱好彼此不同，但长命富贵，儿孙满堂，都是一般人所共同追求的愿望。特别是财富，古人说：「天下熙熙，皆为利来，天下攘攘，皆为利往。」甚至利之所在，趋之若骛。人有了利，还要求名，求寿，求子孙满堂；否则富而不贵，或贵而无寿，或寿而无嗣，都是人生的缺憾。故世人除了热衷名利，追求长命富贵外，还要生儿育女，承欢膝下；不然，一生劳苦积蓄，谁来承继？殊不知「富贵荣华像春梦，百岁光阴一剎那。」世间财富，五家共有；寿命虽长，终非永恒。一旦无常到来，万般带不去，唯有业随身；上天堂，入地狱，唯有自作自受，儿孙怎能代替？何况一失人身，万劫不复，六道轮回，求出无由，何等苦恼？药师如来，怜悯此辈愚痴无智的众生，故运用权巧方便，先施以人间福禄，随人所乐求，一切皆得称心如意，「求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女」，然后施以出世间种种功德法财，令生福德智慧之男，育慈悲有相之女，进而证得法身无量的寿命，贵为法王，登法王位，行法王权，名遍十方，利乐有情。
学佛的人，应该由追求世间的长寿，进而追求法身的无量寿；由追求世间的富饶，进而追求出世间无量的功德法财；由追求世间的官位，进而追求佛果无上菩提的法王位；由追求世间的男女，进而追求佛道智慧之男、慈悲之女为目的，这也是药师如来悲心救苦，利乐有情的本愿。
3.受持免难
受持药师法门，不但可以增益寿命与财富，获得儿孙满堂的福禄，甚至证得佛道法身无穷无尽的寿命；同时还可以避免现实生活中，所遭遇的种种苦难。以下是释尊略说，受持药师法门，可免各种灾难的功德。
一免百怪出现难
若复有人，忽得恶梦，见诸恶相，或怪鸟来集，或于住处，百怪出现；此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊，药师琉璃光如来者，恶梦恶相，诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患。
恶梦，亦怪事之一；人皆有梦，但人皆不知因何有梦。佛言梦境，是由众生颠倒妄想分别心生；所谓：颠倒妄想，是指人的意识。意识有二：
一是俱生意识，即是与眼等五识，同时生起分别作用的意识；例如眼对色起分别好丑，是眼识的作用，若然内心同时生起爱恶取舍之念，便是俱生意识的功能。
二是独头意识，当眼等五根，不对境起分别时，或人熟睡，前五识都停止工作时，此意识单独行动，或缘前五识分别外境时，所遗留的前尘影事，或缘未经前五识分别的法尘，谓之独头意识。
二乘圣人，虽已断意识，但意根尚在，法执未亡，时或有梦；唯独诸佛，已转识成智，故得无梦。人发梦的原因有五：
一、由外境引发：众生因内有识心分别，故能接受外境牵引，导致梦境。例如已故的亲友，因思念自己的亲属或朋友，当其熟睡之时，便来与其神识相会；或信佛虔诚，感佛菩萨现身说法，指示正途，或来摩顶授记…，都是好梦，当然灵验。若人生平，作恶多端，被诸恶鬼神所缠，因此恶梦连连；或被怨敌咒诅，邪术逼害，发生种种恐怖境象，这种恶梦亦多灵验。
二、因曾经历：例如日常生活中所发生一切如意及不如意的事；或因新闻媒介，得知外界发生各种幸与不幸的消息，印烙于心，夜则梦见，多不灵验。
三、预感先兆：有人特别敏感，将发生吉祥或不吉祥的事，先于梦中得见，成为事发的先兆。如果有人预感不祥，若能供养三宝，自求多福，或可阻止不幸的事件发生；所以此类预感先兆的梦，或灵验，或不灵验。
四、由意识分别：因为人的意识，常怀某种希望，思虑在心，便在梦中出现，所谓日有所思，夜有所梦。此由人的意识想象而致梦；想善则梦见好事，想恶便有恶梦出现，皆虚妄无凭，不会灵验。
五、因病所致：当人病危，神志不清，往往梦见很多不寻常的事，或说梦话，皆非事实。
今言：「忽得恶梦，见诸恶相」，该是诸恶鬼神为患，或被怨敌咒诅所致。怪鸟指猫头鹰、乌鸦之类，突然飞来屋檐聚集；或于住宅之内，发生种种怪异的事，如灯光自息，器皿自破，怪声频传，或黑影幢幢，此等怪事，皆是个人或家庭，将发生不幸的先兆。若能依前文所说，供养受持药师法门，「以众妙资具，恭敬供养，彼世尊药师琉璃光如来」，及至心称念佛的圣号，则恶梦恶相，诸不吉祥的事，「皆悉隐没，不能为患」。
二免一切怖畏难
或有水火，刀毒悬险，恶象狮子，虎狼熊罴，毒蛇恶蝎，蜈蚣蚰蜒，蚊?等怖；若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏，皆得解脱。
水火是自然界的灾害，刀枪毒药临身，或悬崖涉险，皆是人为的祸患；至于恶象狮子虎狼熊罴等，都能危害人的身命，令人遇之心生恐怖。但若能依前文所说供养之法，恭敬供养，忆念受持，彼世尊药师琉璃光如来圣号，则一切怖畏境象，悉皆消灭，而得解脱。因为人之所以被水所溺，为火所焚，皆由宿业所招；或为恶兽所伤，毒虫所害，皆因内心充满贪瞋痴等毒素，故招致外毒来侵。今既能受持药师法门，承佛本愿功德加持，自可消除宿业，增长慈悲；内毒既消，则外毒岂能为患？所以得免一切怖畏之难。
三免外侵内乱难
若他国侵扰，盗贼反乱；忆念恭敬，彼如来者，亦皆解脱。
他国侵扰，盗贼反乱，是众生共业所感，属于国难，都会祸国殃民，给人间带来疾苦。特别是我们生逢乱世，生活于内忧外患中，生命财产，都受威胁，怎能安枕无忧？际此忧患不安之时，若能依前文所说供养之法，修持药师法门，专心忆念彼世尊，药师琉璃光如来圣号，承此供养受持的功德，与药师如来本愿神力加被，自可消除众人的共业，得免外侵内乱的灾难。
四免毁犯堕落难
复次曼殊室利！若有净信善男子、善女人等，乃至尽形，不事余天，唯当一心，归佛法僧，受持禁戒；若五戒、十戒，菩萨四百戒，苾刍二百五十戒，苾刍尼五百戒，于所受中，或有毁犯，怖堕恶趣，若能专念彼佛名号，恭敬供养者，必定不受三恶趣生。
前三难通于一切人，今此难则限于佛弟子，佛弟子毁犯禁戒，堕落恶道，亦是苦难之一。佛的戒律品类很多，在《大方便佛报恩经》说：戒有上中下品，五戒是下品，指在家男女所应受持的戒；十戒是中品，指出家沙弥、沙弥尼所受持的戒；具足戒是上品，指比丘、比丘尼所受持的戒。然则菩萨戒，该是上品的上品；因为前三戒只是菩萨戒的前方便，正如善戒经所说：必须受持五戒，始可受沙弥、沙弥尼十戒；必须受持沙弥、沙弥尼十戒，始可受比丘、比丘尼戒；具足戒受持清净，然后可以进一步受菩萨戒。
菩萨戒，是指《瑜伽菩萨戒本》所说的四十三戒，或《梵网经》所说的十重四十八轻戒；具足戒中，比丘戒是二百五十，比丘尼戒是三百四十八。今经中说：「菩萨四百戒，比丘二百五十戒，比丘尼五百戒。」应当别有戒本或经论所载，留待他日查证。
戒是修行的根本，成佛的基地。《大智度论》说：若下持戒生人间，中持戒生六欲天，持戒又修四禅八定，生色无色界天。上持戒又分上中下：下持戒清净，得阿罗汉道；中持戒清净，得辟支佛；上持戒清净，终得佛道。是故凡佛弟子，皆当受持佛所制的戒，直至一期寿尽，生命终止之前，都不应该再事奉其余天魔外道，「惟当一心归佛法僧」，或受持下品五戒，或受持中品十戒，或受持上品具足戒，甚至受持上上品菩萨戒。如果「或有毁犯，怖堕恶趣」而能够发露忏悔，痛改前非，又能专心称念，彼世尊药师琉璃光如来的名号，自可蒙佛本愿功德威力慈悲摄受，得免堕落三恶道的苦难。
五免女人难产难
或有女人，临当产时，受于极苦，若能至心称名礼赞，恭敬供养彼如来者，众苦皆除；所生之子，身分具足，形色端正，见者欢喜，利根聪明，安隐少病，无有非人，夺其精气。
当今医学昌明，产科技术，日益进步，妇女生产，虽然痛苦难免，但已非灾难；不过，如果产妇生理发生问题，或母子互有宿怨，将会导致难产，何止痛苦万分，且生命危在旦夕。此时产妇本人，若能至诚恳切，称念药师如来圣号，或其家属代为受持药师法门，恭敬供养三宝，则不仅众苦皆除，转危为安，顺利生产，而且所生之子，绝不会丑陋残疾，或是夭折；而是六根具足，相好端庄，聪明伶利，人见人爱，自少而壮而老，皆平安稳定，少病少恼，不被非人类的鬼神，夺其精气。
或有人言：妇人产子，最为污秽，此时念佛，岂非猥渎神灵？当知诸佛菩萨，并非一般内心仍有喜怒爱恶之情的神灵，而是超越三界六道一切是非好丑，染净诸法的出世间圣人；净与秽的分别，爱与恶的情怀，皆是众生境界，与佛菩萨无关；何况诸佛菩萨，等视众生，犹如赤子，众生患难，不问净秽，无不施救。例如慈母，眼见子女堕落毛坑，必然舍命抢救，绝不会因厌恶其臭秽，而袖手旁观，任由其溺毙。故众生有难，不管是在水里火里，无论是净是秽，但能专心称念佛的圣号，必然得免于难，无需置疑；不应该仅凭一己的固执，妄生分别净秽，自误误人。
八、问答除疑劝信受
(一)问答决疑显能信希有
前文释尊赞说，药师如来种种功德，微妙难思，恐人闻而不信，将招致谤法堕落之罪；是以于此欲借问答，以除众疑。本来文殊菩萨，是此经的发起众，但文殊菩萨是七佛之师，对于佛的境界当然明了，怎会不信？因此，释尊唯有征问阿难，是否能够信受？以显信受的功德。
(１)佛问阿难
尔时世尊，告阿难言：如我称扬彼世尊，药师琉璃光如来所有功德，此是诸佛甚深行处，难可解了，汝为信不？
阿难译名庆喜，是佛堂弟，于佛成道日降生，后从佛出家，佛弟子中，多闻第一；于佛所说十二分教，皆能信受不疑，且持佛法藏，永忆不忘。今释尊称扬赞叹，彼净琉璃世界，药师琉璃光如来，所有依正庄严，行果功德，此正是诸佛最深奥、最秘妙的境界，唯佛与佛，方能尽知，等觉菩萨犹如隔纱观月，朦胧不清，何况阿难示现凡夫，当然对于佛所证之实相理体，感觉高深莫测，即使是佛从理体所起，济物利生的方便妙用，亦无法理解，唯有从信接受，故佛问阿难：「汝为信不」？
(2)阿难答信
阿难白言：大德世尊！我于如来所说契经，不生疑惑。所以者何？一切如来，身语意业，无不清净。世尊！此日月轮，可令堕落；妙高山王，可使倾动；诸佛所言，无有异也！
「大德」，是显示佛的智慧福德究竟圆满，含有极尊重的敬意。「契经」，是显佛所说的教法，无不契理，契机。若不契理则失法之体，若不契机，则失法之用；故凡佛所说，皆能上契诸佛所证的真理，下契众生的根机，因名契经。阿难能够「于如来所说契经，不生疑惑」，主要原因是深信十方「一切如来身语意业，无不清净」。众生因意业不净，充满贪瞋痴，故身则杀盗淫，口则妄言绮语，两舌恶口；特别是人皆为自己的利益，或为面子问题，往往颠倒是非，妄言诳语，欺骗对方。诸佛圣人，三惑尽，三德圆，故三业清净，离诸过失，凡有所说，无不真实。如金刚经言：「如来是真语者，实语者，如语者，不诳语者，不异语者。」是以令人深信不疑。
世尊以下，是阿难举喻以明其信心。妙高山，梵语须弥卢，译为妙高，众宝所成，为诸山之王，安然不动。日月宫殿，居于须弥山腰，绕须弥山而运行；除非坏劫三灾起时，始可令日月堕落，令须弥山倾动。今阿难言：即使可以令天上的日月宫殿堕落，可以使妙高山王倾动，而他对诸佛所说契经的信心，亦不动摇，绝对不怀疑。
(３)不信之失
世尊！有诸众生，信根不具，闻说诸佛甚深行处，作是思惟：云何但念药师琉璃光如来一佛名号，便获尔所功德胜利。由此不信，反生诽谤，彼于长夜，失大利乐，堕诸恶趣，流转无穷。
信有浅深，信而不解，是浅信；信而能解，谓之深信；深信则如树生根，坚牢不移名为信根。阿难自己对佛所说，虽然深信不移，但又忧虑末法众生，不能信受，反生诽谤，招致堕落。故对佛言：有很多众生，因「信根不具」足，故「闻说诸佛甚深行处」，不能理解，心生疑惑，只凭自己妄想识心思惟：「云何但念药师琉璃光如来一佛名号」，就可以获得如是殊胜的功德利益呢？由于智慧浅薄，不能理解佛的境界，因此不信，反而生起诽谤之心，何止于生死长夜中，失去学习佛法的利益，并且因诽谤佛法的罪过，将要堕落诸恶趣中，流转生死，受苦无穷。
(４)无疑免堕
佛告阿难：是诸有情，若闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，不生疑惑，堕恶趣者，无有是处。
由于阿难说出不信的过失，故佛接着告诉阿难：是诸有情，若果得闻药师琉璃光如来名号，而能够以清净的信心，至诚恭敬的受持佛的圣号，不生起丝毫怀疑迷惑之心，则必蒙佛力加被，得生佛国，或生善处，不会再堕落恶趣受苦。如果说：至心受持药师法门的人，还会「堕恶趣者」，是绝对不可能的，所以说：「无有是处」。
(5)能信希有
阿难！此是诸佛甚深所行，难可信解；汝今能受，当知皆是如来威力。阿难！一切声闻、独觉，及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解，唯除一生所系菩萨。阿难！人身难得，于三宝中，信敬尊重，亦难可得；闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是。
「此是诸佛甚深所行」，是指诸佛行愿的功德，亦即是诸佛权实二智的境界。诸佛以实智证理，权智鉴机，然后从体起用，分身无量，于十方界，利乐有情；此等权实不二，真俗圆融，事理无碍，悲智双运的事，既非一般凡夫所能想象，亦非二乘圣人，或权乘菩萨可能理解，故言「难可信解」。今阿难坚决言信，不过是凭佛威神之力，由尊敬而起信仰之心而已，并非对佛果功德亲自体会如实信解。因为声闻、缘觉二乘圣人，只断见思烦恼，智慧有限，是无法理解佛所证、所行的境界。至于「未登地诸菩萨等」，是指别教地前菩萨；别教十信位菩萨，仅伏见思，位在外凡。初住只断见惑，七住能断思惑，八、九、十住断界内麈沙，伏界外尘沙；十行断界外麈沙，十回向始伏无明，皆在内凡位。此等三贤位菩萨无明未破，法性未显，岂能如实际理地而信而解？即使登地菩萨，分断无明，分证法身，虽能信解实理，但初地不知二地事，二地又不知三地的境界；既下地不知上地，又岂能得知，诸佛所行之处？故言：「皆悉不能如实信解。」
「唯除一生所系菩萨」，指别教等觉菩萨。在别教言，断尽十二品无明，便登妙觉位；一生所系菩萨，已断十一品无明，于四种变易生死中，仍有最后一番变易生死未了。四种变易生死是：
一方便生死：初二三地菩萨，为利益众生，留惑润生(即无明住地惑)，方便示现有生死；灭此生死，可入四地。
二因缘生死：四五六地菩萨，由无明所生无漏有分别业，示现八相成道；灭此生死，可升七地。
三有有生死：七八九地菩萨，由前因缘感得变易异熟果，仍有后有的生死；灭此生死，可入十地。
四无有生死：即改变易脱，一期果谢，更无有生死。
今一生所系菩萨，位居补处，是最后一种无有生死，此一生之后，即进入妙觉果位，完成佛道，再无生死矣！以其位与妙觉位相邻，故「能如实信解」诸佛甚深所行。
在生死轮回中的众生，不止如实信解佛果功德难，就是敬信三宝亦难。尤其是欲界五趣杂居地，欲想保持人身不失，并不容易，故言：「人身难得」。
虽得人身，而能敬信三宝的人并不多，试看我们的世界，数十亿人口中，敬信三宝的能有几人？而敬信三宝的佛弟子中，得闻「世尊药师琉璃光如来名号」，而又能至心诵念的人又有几何？至于能如前文所说，如法受持药师法门的人，更是少如凤毛麟角了。是以释尊告诉阿难，第一是得人身难，其次是敬信三宝难，再其次是得闻药师如来的圣号难；有人得闻药师佛圣号，又能至心称念更难，若能进而依前文所说，如法受持药师法门，恭敬供养三宝，读诵思惟，为人演说，此药师琉璃光如来本愿功德经，当然是希有难得，能难可贵了！
(二)结佛德无尽劝人生信
阿难！彼药师琉璃光如来，无量菩萨行，无量善巧方便，无量广大愿；我若一劫，若一劫余，而广说者，劫可速尽，彼佛行愿，善巧方便，无有尽也。
此文显示诸佛甚深行处，难可如实理解，不易信受的原因。因为药师如来因中修行，无论是行菩萨道，是所发的大愿，或是广度众生的善巧方便，悉皆无量无边。无量菩萨行，唯是因行；无量善巧方便，通于因地果上，化物利生的方式；无量广大愿，则贯彻无量菩萨行，与无量善巧方便，总摄因果。药师如来不仅是佛果上的善巧方便，无量无边，说不能尽；即使是因中行菩萨道时的广大行愿，亦无量无边，说不能尽。本经所说佛的本愿功德，只是略说而已，若广说之，即使用一劫的时间，或超过一劫的时间，亦说不能尽。因为劫所代表的时间虽长，但毕竟有尽时，而药师佛的广大行愿，及其善巧方便，是无量无边，无有穷尽，所以用语言解说是说不完的。
此显示药师佛的因行与果德，是广大无涯，无有穷尽。因此，受持药师法门的人，可以灭恶生善，可以增福延寿，可以消灾解难，「凡有所求，悉皆称遂」，是绝对真实的，我们应该信受奉行。这亦是释尊说法的权巧方便，利用与阿难的问答，以解除众生心中的疑惑，以助长我们的信心，劝导我们对于药师法门，应该绝对相信，至心受持勿疑。
九、受持可延寿解难
(一)救病危得续命延年
尔时，众中有一菩萨摩诃萨，名曰救脱，即从座起，偏袒右肩，右膝着地，曲躬合掌，而白佛言：
此是结集经者的叙述。当释尊略结，药师如来因地果上功德，皆无量无边，说不能尽，劝人信受勿疑之时，法会大众之中，有一位大菩萨，名曰救脱；顾名思义，可知这位大菩萨，常怀慈悲救苦之心，恒谋解脱众生的灾难，是以德立名。因为药师法门，偏重于解救人间疾苦，消灾免难，增福延寿，所以由救脱菩萨，来代佛宏扬消灾延寿的法门，最为恰当。
即从座起等四句，是身业恭敬，白佛言是口业恭敬，当然由意业虔诚，然后策动于身口；三业恭敬，是在佛前问答一定的仪规。
(１)病危垂死
大德世尊，像法转时，有诸众生，为种种患之所困厄；长病羸瘦，不能饮食，喉唇干燥，见诸方暗，死相现前，父母亲属，朋友知识，啼泣围绕。
「大德世尊」，是救脱菩萨尊称释迦牟尼佛，「像法转时」，是指末法时代。释尊灭度后，由像法转入末法时，魔强法弱，众生福薄，善根浅，业障深，故常为种种祸患所困，苦恼不堪。诸众生，是指人类众生。「长病羸瘦，不能饮食，喉唇干燥，」都是「死相现前」的症状。依佛法言：病危的人，当死相现前，若见「诸方黑暗」，该是将堕落恶道的现象；当此将死之际，父母亲属等人，围绕在病人床前，束手无策，唯有因内心无限的悲哀而啼泣。
(２)神识受审
然彼自身，卧在本处，见琰魔使，引其神识，至于琰魔法王之前。然诸有情，有俱生神，随其所作，若罪若福，皆具书之，尽持授与琰魔法王。尔时彼王，推问其人，计算所作，随其罪福，而处断之。
彼垂死的人，自身卧在床上，前一剎那昏迷不觉，后一剎那，即见琰魔使者来「引其神识，至于琰魔法王之前」。根据佛经说：人的果报体五蕴色身是「本有」，当四大分散，色身坏灭时名「死有」，死已未生，于其中间是「中有」，中有寿尽，转生他处是「生有」；如是四有循环不息，生死轮回亦无了期。
本有随众生的业力不同，寿命长短亦不一；中有寿命，少则七日，多则四十九天，当然亦有例外的；生有与死有，则时间极短，但亦彼此互异。「神识」，是指中有；即俗人所谓灵魂，实则是「去后来先作主翁」的第八阿赖耶识。
法王有三种：一是推行十善，以正法治世的，名转轮法王；二是铁面无私，治理地狱众生的，名琰魔法王；三是证实相理，于诸法得大自在的，名无上法王。今言琰魔法王，即是治理地狱众生的法王，俗称阎罗王；专执掌审判处理地狱众生，罪福报应的职责。说其有福，但一日三时，烊铜灌口，自然现前，不免业苦；说其无福，则由共业增上，为执法王，管理地狱众生，善恶苦乐，由他分配。
阎罗王审判众生罪福轻重，全以「俱生神」的呈报为依据。俱生神，是众生的第八阿赖耶识，此识常与众生在一起，时刻不离；众生日常一切善恶造作，皆印烙于此心识中，含藏不失，作为未来受报好丑的种子。临命终时，一切善恶业相，即从此识心中显现，琰魔法王随之「推问其人，算计所作」善恶，而处断其所应得的罪福报应。
(３)受持延命
时彼病人亲属、知识，若能为彼归依世尊，药师琉璃光如来，请诸众僧，转读此经，燃七层之灯，悬五色续命神幡，或有是处，彼识得还。如在梦中，明了自见；或经七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼识还时，如从梦觉，皆自忆知，善不善业，所得果报；由自证见，业果报故，乃至命难，亦不造作诸恶之业。
「时」，指垂死的人，诸根未坏，又未转生之时，即阿赖耶识将离未离躯体之际。「七层之灯」，指灯有七层，每层七盏，共四十九盏；燃灯表示七佛如来，智光普照病苦众生，令业障消除。
五色续命神幡，是用五色彩绢造成的长幡，幡中写上药师琉璃光如来的名号；悬幡表示佛建立法幢，既可以镇压诸恶鬼神，驱逐邪魔，又可以慈光加被病苦众生，令病人在佛的智光照耀，及法幢高悬，慈威加被之下，可度诸苦厄，转危为安，生命得以延续，因名「续命神幡」。故当病人垂危，神识昏迷时，若有亲属，或善知识，「能为彼归依世尊，药师琉璃光如来」，延请出家僧众，读诵此《药师琉璃光如来本愿功德经》，同时「燃七层之灯，悬五色续命神幡」，就可以承此功德，令彼垂死的人，神识可以还回色身中，令生命延长不死。不过，此是寿命未尽的病人，始可度过厄运，延续生命；若然寿尽命终的人，承此皈依诵经，燃灯造幡功德，只可增长善根，得生善处，生命是无法挽回的，故言：「或有是处，彼识得还。」
神识得还的人，对于自己曾经在琰魔法王处受审，以及亲属代为皈依，诵经，燃灯，造幡等事，如在梦中所见，心中明白了解。无论是经七日，或经三七，五七，七七日然后神识得还，彼识还时，皆如从梦中醒来，同时能记忆梦中所经历的事，由是得知善与不善的业力，所得的果报，如影随形，丝毫不爽。既然由自己亲见，证明作如是业因，必招如是果报，而且是自作自受，无人或可代替；则今后自当改过自新，力行众善，乃至生命受到威胁，大难临头，亦宁可牺牲性命，也不敢再造作种种恶业，免招致堕落恶道受苦。
综上，可知病危续命之法是：一、亲属代为归依药师如来，二、请众多僧人读诵《药师琉璃光如来本愿功德经》；三、燃七层长明灯供佛；四、悬挂五色续命神幡。
(４)结劝受持
是故净信善男子、善女人等，皆应受持药师琉璃光如来名号，随力所能，恭敬供养。
此是救脱菩萨，在介绍归依诵经，燃灯造幡以延长寿命的法门后，结劝凡有善根，有信心的男女众等，皆应该发心受持、称念药师琉璃光如来的名号，同时随自己的力量所及，用种种香花灯果幢幡等物，恭敬供养药师如来，以解救厄运，谋求增福延寿。
(二)供养修福解诸厄难
(1)药师法门受持仪式
尔时，阿难问救脱菩萨曰：善男子，应云何恭敬供养，彼世尊药师琉璃光如来？续命幡灯，复云何造？救脱菩萨言：大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜，受持八分斋戒；应以饮食，及余资具，随力所办，供养苾刍僧；昼夜六时，礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来。读诵此经，四十九遍，燃四十九灯，造彼如来形像七躯，一一像前，各置七灯，一一灯量，大如车轮；乃至四十九日，光明不绝。造五色彩幡，长四十九?手；应放杂类众生，至四十九；可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。
救脱虽然是悲心救苦的大菩萨，但是示现居士身，阿难虽属小乘，却是出家僧，故阿难称救脱菩萨为善男子，而救脱菩萨称阿难为大德。当救脱菩萨在佛前详说救病危，应归依诵经，燃灯造幡以延命，并结劝大众受持之时，阿难为令末法众生，明白受持的具体方法，特别提出请问救脱菩萨，关于病危的众生，「应云何恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来」？至于续命神幡及长明灯，又应该怎样制造？
救脱菩萨答：若有病重的人，欲想脱离病苦，而自己又无能为力，亲自受持药师法门，则其眷属应当为其病人，实行以下八种受持的方法：
一、在七日七夜中，受持八分斋戒。
二、应以饮食及一切资生之具，随自己力量所能办到的财物，用以供养出家僧人。
三、于昼夜六时礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来。
四、读诵此本愿功德经四十九遍。
五、燃四十九盏灯。
六、造彼药师七佛如来的圣像，并于一一像前，各置七盏灯，且一一灯量大如车轮，在四十九日中，令其光明不绝。
七、造五色彩幡，长四十九?手(即以手度物，成人的手伸张有六或七寸，四十九?手，约有三四丈长)。
八、应放杂类众生至四十九(即每日放生一次，连续四十九天，或于四十九日中，放四十九类众生)。
修以上八种功德，自然可以度过危险厄运的灾难，不致被诸凶横恶鬼所摄持，而得恢复健康，延长生命。
(2)受持八法解救国难
复次，阿难！若剎帝利灌顶王等，灾难起时，所谓人众疾疫难，他国侵逼难，自界叛逆难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。彼剎帝利灌顶王等，尔时应于一切有情，起慈悲心，赦诸系闭；依前所说供养之法，供养彼世尊药师琉璃光如来。由此善根，及彼如来本愿力故，令其国界，即得安隐；风雨顺时，谷稼成熟；一切有情，无病欢乐。于其国中，无有暴恶，药叉等神，恼有情者；一切恶相，皆即隐没。而剎帝利灌顶王等，寿命色力，无病自在，皆得增益。
剎帝利，是古印度四姓阶级之一，专管国家军政大事。灌顶王，古代太子受位时，用金瓶贮四大海的水灌其顶，然后策立为王，表示能统一天下，四海归属，等如现代帝国元首的加冕典礼。既为一国之主，其职责当然是保卫社稷，令国家富强，人民安乐。但若国王本身福薄障重，又不知推行德政，修福积德，则国家将灾难频生，民间祸患连连，属于国难级的灾害，有以下几种：
一人众疾疫难：即是国内疾疫流行，令人感染即死。例如伤风、感冒、霍乱、鼠疫、天花、白喉等病。进步国家，药物发达，以上疾病多受控制；但落后国家，药物缺乏，人民习惯既不清洁，又缺乏卫生设备，疾疫流行，最易感染，一旦染上疾病，小则妨碍工作，大则危害性命，可谓损民伤财，实在不幸，所以属于国难。
二他国侵逼难：侵是侵犯国家土地，逼是逼害人民。若遇不守公约的野心家，侵犯国家主权，危害国民时，国王当然要发兵对抗；一旦发生战争，何止劳民伤财，并使生灵涂炭，民不聊生，亦是国难之一。
三自界叛逆难：即是国家内乱，起因有二，一是执政者多行不义，触犯众怒，导致群起反叛，谋求推翻暴政；其次是因一小撮野心家，想夺取政权，兴兵作乱，二种都会祸国殃民，皆是国难。
四星宿变怪难：星宿是天上二十八星之一。天文学家名为恒星；其体光亮，其数甚多，照耀成群，难计其数，自然散布于空中，疏密分合有一定的区域。今其散布的区域，突然发生变化，象征政权将变，国家多难，是不吉祥的预兆。
五日月薄蚀难：日是恒星之一，为太阳系中心，直径约一百三十九万一千公里，为地球的一百零九倍；质多金属元素，表面温度高达摄氏七千度，故为气体状态；其体光明炽热，为其他恒星光与热的来源。地球与之向背而为人间昼夜之分；环行其周，遂成四时。
月是地球的卫星，其表面凸凹不平，明暗不一，绕地球而转，亦随地球绕日而行；其体无光，因日有光。故其受日光照耀的一面，正向地球时，即是农历月的十五，古名之曰望；背地球时，是农历月的初一，古名为朔；斜向地球时，故有上弦月及下弦月之分。天文学家认为月绕地球，地球绕日，如朔望日适遇黄道白道相交，则日、月、地同在一直线上；在朔则月居地、日之间，月体蔽日，因见日蚀；在望则地居日、月之间，地影蔽月，因见月蚀。若朔望而黄白道不值交，或黄白道值交而不遇朔望时，则均不能相蚀。普通四次，最少两次俱是日蚀，最多七次相蚀时，则日蚀占五次，月蚀占二次；或日蚀占四，月蚀占三。每十八年间日蚀四十一次，月蚀仅二十九次；唯日蚀仅能于一处见，月蚀则各地皆见，故就全球言：日蚀多于月蚀；若就一地方言：则月蚀多于日蚀。日月之蚀，原为天空的自然现象，不足构成灾害；但若一旦变异，使天体混乱，则是不祥的先兆。
六非时风雨难：空气的流动是风，迅速而有力；若然无风，则火烟直上，翳闷异常。最好是柔风、轻风，所谓：「微风徐来」，花草树木，无不受惠，人亦心情舒畅。若遇强风，则植物受损，人畜不安；若遇烈风、台风，岂独植物受害，且摧毁人的房屋财产，更危害人的性命，而形成不可抗拒的灾难。
雨，是云间密度甚大，其中湿气积成微细水滴，再渐次集合成较大水粒，其重量超越空气之浮力，即下降成雨。雨少则旱，雨多成灾。依佛经言：宇宙一切莫不有主，故风雨雷电，各有神灵专司其职。若然人间作善者众，则诸鬼神，各守其职，令风雨调顺，五谷丰收，民众安乐。若国人作恶的多而行善者少，则天神震怒，诸恶鬼神，乘机作怪，不应风而风，不应雨而雨，形成水灾、风灾，即是非时风雨难。
七过时不雨难：过时不雨，便成旱灾；不止五谷失收，且饥馑随来，民生艰苦，导致社会不安，形成灾害，亦是国难的一种。
以上七种灾难中，前三种是人为的国难，属于人祸；后四种是天时失利，属于天灾。当一个国家，陷于天灾人祸，民不聊生时，身为国王大臣，诚应急思挽救。挽救之法有二：一是于一切有情，起慈悲心，「赦诸系闭」；二是依前文所说：供养彼世尊药师琉璃光如来。前者是悔过，后者是修善。前者是转瞋恨心为慈悲心，以仁政代替暴政，以杜绝人为的祸患；后者是仰仗药师如来的威德神力，消除共业，以避免天降的灾害。因为牢狱所拘禁的，或是罪有应得，而今已悔过思善的人，或为暴政所害，枉受冤狱者；今大赦天下，令冤狱得申，罪犯的可以重新做人，实行德政，抚慰人民，自然可以避免他界侵逼，自界反叛的国难。
至于疾疫流行，星宿变怪，日月薄蚀，非时风雨，过时不雨等灾害，皆众生共业所感。今能受持药师法门，供养三宝，改往修来，舍恶行善，则本此慈悲心的善根，以及三宝加被，药师如来本愿功德神力的扶持，则天灾自消，遇祸成祥。不止「令其国界，即得安隐，风雨顺时，谷稼成熟；一切有情，无病欢乐」，而且「于其国中」，再「无有暴恶药叉等神，恼有情者」，至于前面所说的七种国难，「一切恶相」，亦皆得隐没。
剎帝利灌顶王等，由于悔过修善，及受持药师法门的善根功德，既可消除国家的灾害与祸患，同时也增加自己的福力，故其「寿命色力，无病自在，皆得增益。」由是可知，受持药师法门，何止可以消灾解难，同时亦可以增福延寿。
(３)除众病苦解脱厄运
阿难！若帝后妃主，储君王子，大臣辅相，中宫彩女，百官黎庶为病所苦，及余厄难；亦应造立五色神幡，燃灯续明，放诸生命，散杂色花，烧众名香；病得除愈，众难解脱。
「帝后」，是皇后，「妃主」，是皇后以外的其他妃嫔，「储君」，是候补王位的太子，「王子」，是太子的兄弟辈，「大臣」，是国家重臣，「辅相」，是辅助大臣处理国家大事的高官，「中官」，是古之太监，专管理王宫事务。「婇女」，是王宫中照应帝王与后妃的女子，「百官」，指国家所有大小官员，公职人等。「黎庶」，是普通一般市民。不管上至贵为帝王后妃，百官大臣，下至农夫工人，或升斗市民，都是血肉之躯，原非铁铸，不能无病；一旦恶疾缠身，群医罔效，真实是苦；何况人生之苦，不止于病，其他天灾人祸，随时可以降临。若然不幸身遭病苦，或遇厄难的人，应该依照前文所说的八法，至心受持药师法门，造幡燃灯，香花供养，诵经念佛，放生修福，承斯善根，及佛本愿功德加持，即可消除病苦，解脱厄运，健康长寿。
(４)修诸福德可免九横
尔时，阿难问救脱菩萨言：善男子，云何已尽之命，而可增益？救脱菩萨言：大德！汝岂不闻如来说，有九横死耶？是故劝造续命幡灯，修诸福德；以修福故，尽其寿命，不经苦患。
阿难恐怕末法众生，对于受持药师法门，可以消灾解难，增福延寿，怀疑不信。因为依据因果定律，人的寿命长短，皆由个人业力所定，谁也不能改变；为何受持药师法门，可令死相现前的人，得延续寿命，甚至在四十九日中，神识仍可得还？故再次问救脱菩萨：「云何已尽之命而可增益？」
查实，死有多种，有人福寿俱尽而死，当然无法挽回性命；有人寿未尽福尽而死，则修诸福德可以补救，而得续命延年；有人福寿俱末尽，但被恶魔所缠，或遭厄难而横死，则受持药师法门，由自己善根力，及佛的本愿功德力，就可消除业障，解脱厄难，而得增益寿命，不致横死；正是善因得善果，并不违背因果定律。故救脱菩萨答言：「大德！汝岂不闻如来说有九横死耶？」
释尊曾说众生有九种横死，故受持药师法门，可消灾免难，延长寿命，正是对不该死而惨遭横死的人而说。以是之故，救脱菩萨特别劝导众生造续命神幡，与燃灯供佛，修诸福德。因为能修福积德的缘故，便可以享有其应得的寿命，不再经历危险，受诸苦患。
阿难问言：九横云何？救脱菩萨言：若诸有情，得病虽轻，然无医药及看病者，设复遇医，授以非药，实不应死，而便横死。又信世间邪魔外道，妖孽之师，妄说祸福，便生恐动，心不自正，卜问觅祸，杀种种众生，解奏神明，呼诸魍魉，请乞福佑，欲冀延年，终不能得；愚痴迷惑，信邪倒见，遂令横死，入于地狱无有出期，是名初横。
阿难又问：「九横云何？」意思是：九横是那几种呢？救脱菩萨答：如果有人得病虽轻，但缺乏医药，又无人照顾；或遇庸医，药不对症，「实不应死」，而被误杀横死。
又有一种人，误「信世间邪魔外道，妖孽之师，妄说祸福，」便生恐怖，心思摇动，不能把持自己正知正见，于是抽签问卜，查问寻觅祸根，杀鸡鸭牛羊种种众生，祭祀鬼神，并禀奏神明，求呼诸魑魅魍魉，请乞消灾赐福，保佑平安，欲想藉此冀望延年益寿，可惜「终不能得」遂其所愿，反而因愚痴无智，颠倒迷惑，轻信邪师邪说，杀生作孽，「遂令横死」，而且死后还要「入于地狱」受苦，「无有出期」，这种人就是九种横死中的第一种。
二者、横被王法之所诛戮。三者、畋猎嬉戏，?淫嗜酒，放逸无度，横为非人，夺其精气。四者、横为火焚。五者、横为水溺。六者、横为种种恶兽所啖。七者、横堕山崖。八者、横为毒药、厌祷、?诅、起尸鬼等之所中害。九者、饥渴所困，不得饮食，而便横死。是为如来略说横死，有此九种，其余复有无量诸横，难可具说。
第二种横死是：因为触犯国法，被判死刑；或无罪而被冤枉，「横被王法之所诛戮。」
第三种横死是：因为喜欢打猎、嬉戏、酗酒、赌博，或耽恋淫欲，放纵自己，狂嫖烂赌，不知节制，过度消耗精力，被邪神恶鬼，乘虚而入，遂横为非人的鬼神，夺其精气而置于死地。
第四种横死，是丧身火灾。
第五种横死，是被水溺毙。
第六种横死，是横为毒蛇蚖蝎，狮子虎狼种种恶兽所啖食。
第七种横死，是因不小心，在山谷中，堕落悬崖峭壁，死于非命。
第八种横死，是横被毒药、厌祷、咒诅、起尸鬼等所害致死。
第九种横死，是为饥渴所困，不得饮食而死。无论是被他人拘禁，不得饮食，或自甘绝食，或因饥荒之年，缺乏饮食，皆因饥渴困乏以至寿末终而横死。
以上九种都是意外身亡，不该死而死；此外，还有其他交通意外，飞机失事，地震山崩，令人意外丧命的，皆属横死，故言：「其余复有无量诸横，难可具说。」
(５)结劝受持免遭众难
复次，阿难！彼琰魔王主领世间，名籍之记。若诸有情，不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于信戒；琰魔法王，随罪轻重，考而罚之。是故我今，劝诸有情，燃灯造幡，放生修福，令度苦厄，不遭众难。
最后，救脱菩萨重申琰魔王，赏善罚恶的职责，而劝导众生止恶修善，免堕恶趣，遭受众难。善之最，莫过于孝顺父母，恭敬师长，供养三宝，己立立人；恶之极，是不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于性戒。
五逆是：一弒父，二弒母，三弒阿罗汉，四破和合僧，五出佛身血。杀害父母，背恩忘义，当然罪大恶极。而阿罗汉是出世圣人；和合僧，是修行办道，续佛慧命的僧宝；佛是三界导师，四生慈父；皆人间福田，应该尊敬供养，今反而杀害圣人，或用不正当的手段，挑拨离间，令僧人烦恼，不能安心办道，皆是罪恶中最重的罪恶。
出佛身血，是说提婆达多推石害佛，为护法神金刚宝杵所碎，碎石击佛足趾出血；故凡是恶意害佛的事，都可说是五逆罪之一。
佛法僧三宝，是一切善法的大本营，是黑夜明灯，苦海慈航；如果有人蓄意破坏塔寺，烧毁经像，侮辱僧尼，即是「破辱三宝」，罪当堕落无间地狱。
古代君臣之法，等如现代国家的宪法，社会的秩序；若然有人故意触犯法律，破坏秩序，扰乱治安，祸国殃民，即是「坏君臣法」，亦属重罪。
戒有遮戒与性戒之别，遮戒，是佛所制遮止不得作之戒，或是国家规定应守的法律；性戒，是戒除人性中的恶法，例如杀、盗、淫、妄等是人性中的罪恶行为，无论受与不受佛戒，皆宜戒止，不应触犯，犯之即是毁于性戒。
「不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于性戒」，皆是罪大恶极，犯之必堕无间地狱，所受之苦，是一切苦中之最。因此，救脱菩萨代佛劝导众生，应当依前文所说受持之法，燃灯造幡，放生修福，香花供养，至心称念药师如来圣号，或恭敬读诵《药师如来本愿功德经》，承此善根，可仰仗药师佛的本愿功德加被，即可消除业障，得度脱无间重罪，免被琰魔法王「考而罚之」的厄运，不再遭堕落地狱所受的众多苦难。
或有人说，我一生从未犯罪，更不曾造五逆十恶的事，殊不知人的犯罪，有明知故犯，有不知而犯，或无意而触犯，或今生虽未曾犯，而过去生中，或许已犯，谁能保证自己，过去多生多世中，不曾犯此重罪呢？
忏悔文说：「往昔所造诸恶业，皆由无始贪瞋痴。」人皆有贪瞋痴，故人皆曾经犯罪，然则由因招果，势必难免堕落恶道，我们为了自救，也为了现生增福延寿，更为了来世得生佛国，诚应恭敬受持药师法门。
十、药叉神誓愿护法
(一)药叉大将感恩护法
尔时，众中有十二药叉大将，俱在会坐，所谓；宫毗罗大将，伐折罗大将，迷企罗大将，安底罗大将，頞尔罗大将，珊底罗大将，因达罗大将，波夷罗大将，摩虎罗大将，真达罗大将，招杜罗大将，毗羯罗大将；此十二药叉大将，一一各有七千药叉，以为眷属。
尔时，是当救脱菩萨，结束宣说药师法门受持仪式，并劝导众生志心受持，免遭众难之时。在会闻佛说法的十二药叉神将，因感佛法乳之恩，发大誓愿，归依三宝，护持流通此药师法门。
药叉，在六道中属于鬼趣摄；但福报大，多住天上，或居深山，或居偏僻的海岛。其性情有穷凶极恶的，也有良善和顺的，温纯而善良的药叉，都是信仰三宝，拥护佛法的护法神；例如毗沙门天王，所统领的药叉神将，多是三宝弟子，且在佛教护法神中，占有极重要的地位。此十二名药叉，是众多药叉的首领，因名大将。
宫毗罗大将，译名蛟龙，因其顶有金龙相，是住在印度王舍城郊区的一个山上，诚心拥护佛法。有一天，释尊从灵鹫山下经过，提婆达多暗中从山上推落一块大石，意欲害佛，被宫毗罗大将看见，即用金刚杵迎档大石，石为之粉碎，只有一小块碎石，落在佛的足上，佛的小趾微破出血，即是「出佛身血」的典故。
伐折罗大将，译名金刚；迷企罗大将译名金带；安底罗大将，译名破空山；頞尔罗大将，译名沉香，珊底罗大将，译名螺发；因达罗大将，译名主；波夷罗大将，译名鲸；摩虎罗大将，译名蟒蛇；真达罗大将，译名一角；招杜罗大将，译名严炽；毗羯罗大将，译名工艺善巧。此十二药叉大将，每位都有七千药叉众为其眷属，都在此法会闻佛说法。
同时举声白佛言：世尊！我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利，饶益安乐。随于何等村城、国邑，空闲林中，若有流布此经；或复受持药师琉璃光如来名号，恭敬供养者，我等眷属，卫护是人，皆使解脱，一切苦难。诸有愿求，悉令满足；或有疾厄，求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结。
当时十二位药叉大将，及其眷属，同在佛前发声宣誓，对释迦牟尼佛说：「世尊！我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。」药叉既属鬼趣摄，自然不免有恶趣的恐怖。药师如来有无量功德，无边愿行，能令闻名者，即得消除业障，善根增长，所以当药叉大将及其眷属，得闻药师如来的圣号之后，便不会再有恶趣的恐怖。因为欲报答佛恩，故发愿「我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧；誓当荷负一切有情，为作义利，饶益安乐。」
药叉大将及其眷属，既亲受佛法的利益，故发心尽形寿归依三宝，守护佛法，还发愿同心协力，为一切众生尽种种义务，作种种利便，令一切众生脱离苦厄，而得「饶益安乐」。无论任何国家，任何乡村，任何城市，任何空间，甚至深山丛林，郊野之间，只要是有此《药师琉璃光如来本愿功德经》之处，或有人能恭敬供养，称念受持药师琉璃光如来的圣号，药叉大将及其眷属，悉皆保护守卫，此受持药师法门的人，「皆使解脱一切苦难」，同时令诸有情，一切愿望，一切所求，皆得称心如意。
此外，或被恶病缠身的人，欲求度过厄运，解脱病苦，亦应该读诵此「药师琉璃光如来本愿功德经」，同时用五种颜色的丝线，用梵文或中国文字，结成宫毗罗等十二药叉大将的名字，直至得遂所愿，疾病消除，度过厄难，然后将结解开。因为十二药叉神将，与药师如来因中所发的十二大愿，有很密切关系。太虚大师说：十二神将，是佛果的化身，如西方极乐世界阿弥陀佛，欲令法音宣布，而变诸众鸟，昼夜六时，出和雅音，其音演畅，五根、五力、七菩提分、八正道分，如是等法，…令其土众生，闻是音已，皆悉念佛、念法、念僧。今东方净琉璃世界，药师如来，欲令十二大愿一一实现，而化作十二神将，守护保卫受持药师法门的人，令得消灾解难，增福延寿，以遂本愿。是以疾病缠身的人，欲度苦厄，结成十二药叉大将的名字，等如展示佛的十二大愿。当然获得药师如来慈悲摄受，消除业障，即得解脱厄难，却病延年，所求如意。
(二)释尊赞劝利乐有情
尔时，世尊赞诸药叉大将言：善哉！善哉！大药叉将，汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者，常应如是利益安乐，一切有情。
当药叉大将，发愿归依三宝，及护卫受持药师法门的人，令除病苦，脱诸灾难，得满所愿时，释尊因为药叉大将，既能上报佛恩，又能发愿下济有情，自利兼他，非常难得，故双赞善哉，并结劝言：「汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者」，就应该时常如汝等所言：利益众生，令一切有情，皆得安乐。
十一、问经名受持流通
(一)阿难请问经名
尔时，阿难白佛言：世尊！当何名此法门，我等云何奉持？佛告阿难：此法门名说药师琉璃光如来本愿功德，亦名说十二神将饶益有情结愿神?，亦名拔除一切业障，应如是持。
以下是此经的流通分。欲想流通此经，当先得其名，使人易于记忆受持，以流通正法。故当佛赞劝药叉大将，护法护人之时，阿难即请问释尊：应当以何名，称前面所说的法门？而「我等」现在法会大众，以及将来末法时代的众生，又应该「云何奉持」？故佛告阿难：此法门可有三种名称：一名「说药师琉璃光如来本愿功德」，二亦名「说十二神将饶益有情结愿神咒」，三亦名「拔除一切业障」。初名是从经的体相而立名，是显示药师如来依正庄严之体，及其因中本愿与果上化物的功德之相而立名。其次是从利益众生的妙用而立名，因为十二神将，誓愿负荷有情，凡有所求，皆得称遂，应验神速，因名神咒。还有，受持药师法门的人，可仰仗佛的本愿功德，拔除一切业障，而得解脱众苦，消灾免难，增福延寿，是以第三名，是依据佛拔苦与乐的功德而立。「应如是持」，是佛叮咛嘱咐阿难，及我等末法众生，应该如是从这三方面的理解去受持此经。
(二)大众信受奉行
时薄伽梵说是语已，诸菩萨摩诃萨，及大声闻、国王、大臣、婆罗门、居士、天、龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽、人、非人等，一切大众，闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行！
此段经文是结集佛经的圣人，叙述佛说完此经时，法会所有人，及各种族类的众生的反应情绪。经文除列出诸大菩萨，及小乘圣众外，还举国王、大臣、婆罗门、居士等，作为人众的代表；天、指三界诸天人，龙是龙族众生，药叉是八部之一，健达缚，即干达婆，译名寻香，以香气为饮食，是天帝释主管乐器的大臣，天帝要演奏音乐，烧香时闻香即至。阿素洛，即是阿修罗，译名非天，此类众生，脾气暴恶，瞋恨心重，有天人之福，无天人之德。揭路荼，又名迦楼罗，译名金翅鸟，是大孔雀神。紧捺洛，即是紧那罗，译名疑神，能歌善舞，是天帝释的歌舞大臣，其形似人，唯头生一角，故名疑神。莫呼洛伽，又名摩?罗伽，是大蟒蛇等变化成神的一类。菩萨、声闻、国王等是人类；天龙八部等，属于非人类。当世尊释迦牟尼佛，说完此经时，在法会听法的不管是人类或非人类，「一切大众」，闻佛说完此经，无不「皆大欢喜」，乐意信受，依教奉行。
现在，我亦讲完此经了，希望各位听众，也能法喜充满，引发清净的信心，依照此经中所说的方法，恭敬受持此药师法门，以利己利人。因为药师如来，本愿弘深，功德广大；无苦不拔，无乐不与，无难不救，无病不治，无灾不消。既关怀人类现实生活的福乐与不幸，健康或疾病，更照顾人类来世的上升或下沉；愿意消除众生的疾苦，解除人类的灾难，令人皆生活美满，增福延寿；更乐意助长人类的智慧，恢复人类法身的健康，以及协助世人，开发如来藏性的功能，令所有众生，都可以脱离生死苦海，共证无上菩提。所以我们无论是身病或心病；是内在烦恼，或是外来的苦难；是生理上的缺憾，或是心理上的毛病；是个人的祸患，或是家国的灾害；不管是追求世间的寿命与财富，抑或是出世间的功德法财与法身慧命；但能依照本经中，释尊所开示的受持方法，以及救脱菩萨所说的受持仪式去实践，皈依三宝，诵经修福，燃灯供养，以及受持药师琉璃光如来的圣号，皆得所求称遂，如愿以偿。所以，各位听众，我们为了自己，也为了自己的家、自己的国、甚至为了全世界、全人类的和平与幸福，应该迅速归投药师如来座下，至心皈依，诚恳忏悔，恭敬受持药师法门。
ok药师琉璃光如来本愿功德经讲义目录
一、前言
二、解释经题
三、介绍译者
四、叙述本经的缘起
(一)六种成就
(二)文殊启请
(三)释尊许说
五、正说如来的本愿
(一)生佛平等正报庄严愿
(二)身光破暗开晓众生愿
(三)智慧方便满众所欲愿
(四)令邪归正导小向大愿
(五)令修梵行得戒清净愿
(六)令诸残疾六根具足愿
(七)除病苦得身心安乐愿
(八)女转男身得满菩提愿
(九)化导魔外摄入正见愿
(十)解脱灾难令离忧苦愿
(十一)饥渴众生得妙饮食愿
(十二)贫乏众生得妙衣服愿
六、琉璃世界的庄严
(一)国土清净
(二)眷属庄严
(三)劝信愿生
七、本愿功德的殊胜
(一)闻名灭罪免堕恶道
(1)灭悭吝贪惜罪
(2)灭犯戒谤法罪
(3)灭嫉妒毁他罪
(4)灭斗讼咒诅罪
(二)持名增福得生善处
(1)得生佛国益
(2)上生天界益
(3)贵为人王益
(4)转生男身益
(三)持咒治病终成菩提
(1)佛观病苦入定说咒
(2)持咒治病得灭苦益
(3)持咒满愿得延寿益
(４)持咒往生得菩提益
(四)供养消灾获福免难
(1)供养三宝得护念加持
1.供养三宝
2.诸佛护念
3.诸天守护
4.免诸横死
(2)受持法门可获福免难
1.受持方法
2.受持获福
3.受持免难
A.免百怪出现难
B.免一切怖畏难
C.免外侵内乱难
D.免毁犯堕落难
八、问答除疑劝信受
(一)问答决疑显能信希有
(１)佛问阿难
(2)阿难答信
(３)不信之失
(４)无疑免堕
(5)能信希有
(二)结佛德无尽劝人生信
九、受持可延寿解难
(一)救病危得续命延年
(１)病危垂死
(２)神识受审
(３)受持延命
(４)结劝受持
(二)供养修福解诸厄难
(1)药师法门受持仪式
(2)受持八法解救国难
(３)除众病苦解脱厄运
(４)修诸福德可免九横
(５)结劝受持免遭众难
十、药叉神誓愿护法
(一)药叉大将感恩护法
(二)释尊赞劝利乐有情
十一、问经名受持流通
(一)阿难请问经名
(二)大众信受奉行
药师琉璃光如来本愿功德经讲义
一、前言
在佛所说的经典中，很多都显示世间无常，四大皆空，五蕴无我，教人提高警觉，展现理性，认识真我；免被假我的蒙蔽，与私欲的牵制，起惑作业，流转生死。所以一个真正学佛的人，不可以贪恋世间物质的享受，应该放弃个人名利财富的追求，收摄身心，远离五欲；然后以「寡欲知足，安贫乐道」的态度来修学佛法，谋求结束生老病死的痛苦，解脱种种烦恼的束缚。还要在不断提升自己的同时，推己及人，自觉觉他，利乐有情，希望「我与众生，共成佛道」。
唯独本经，特别重视人间福利事业的发展，以及致力解救人类种种灾难与不幸，先用权巧方便的手段，令众生所求皆遂，获得现生的福乐，在满足、富裕的环境中，过着平安快乐的生活；然后运用佛法的妙药，治疗众生累劫积迷的心病。既启发人的正智，教人知因识果，舍邪归正，止恶行善，免堕三恶道；又教人布施持戒，修习禅定，开发智慧，积聚福德，直至福慧具足，圆成佛道，与佛一样，平等无二。所谓：「先以欲钩牵，后令入佛慧。」使未能舍离五欲享受的富贵人家，也能发菩提心，行菩萨道，广修福慧，乃至得不退转，终证菩提；将世间可能障碍修行的名利财富，变作菩提路上的助道因缘，正是：「巧把尘劳作佛事」，打破一般人「富贵学道难」的观念，是何等的殊胜？可以说：本经是人类康乐富裕的宝库，是创造人间乐园的蓝图；亦是建设人间佛教的基础，是通往菩提觉道的桥梁。我们欲想推动佛教济世益群的事业，令所有人都消灾障，增福寿，健康富裕，身心安乐，固然要受持读诵本经；欲想建立人间佛教，促进人性的觉悟，令所有人都开佛知见，断烦恼，了生死，成菩提，究竟离苦得乐，更要受持读诵本经，以及修学本经所说的药师法门。
二、解释经题
阿难请问经名，释尊答此经名有三：一名《说药师琉璃光如来本愿功德经》；二名《说十二神将饶益有情结愿神咒》；三名《拔除一切业障》。中文各种译本，经题虽有出入，但大都不离第一名题的范围。今依玄奘法师的译本，经题是：「药师琉璃光如来本愿功德经」。药与琉璃光是譬喻，师与如来是人，本愿功德是法，故本经的别题，在三单(单人、单法、单喻)，三复(人法、人喻、法喻)，具足一(人、法、喻)的七种立题规则中，是具足人、法、喻三种而立名。
梵音「鞞杀社窭噜」，义译名「药师」；药有治病之功，师有教导之义，故凡能知药，能配药，能教人用药治病的人，皆可以名为药师或医师。药有良药，有毒药，也有无上的法药。能解除病苦，有益人身心的是良药；损人健康，危害人生命的是毒药；不止治标，还能治本，令人身心康复的是法药。医有庸医，有良医，也有无上大医师。精通医术，能对症下药，药到病除的是良医；医术不精，用药不当，损害病人健康的是庸医；若能知病知药，标本俱治，身心兼顾，令人身心都健康的，就是无上大医王。
药师如来，不仅知法知机，知病知药，而且能对症下药，既可以医治众生生理上的种种疾病，还可根治众生心理上无明烦恼的旧患。可以说：无病不医，无疾不治，无苦不拔，无乐不与；标本俱治，令人色身健康，慧命增长，甚至法身康复，故名「药师」，用以譬喻佛悲心救苦的德行。
梵音具足言：「薜琉璃，?喇婆喝啰阇也」，略称「琉璃」，是一种青色宝，其体质坚固，其色如蔚蓝的天空，又如澄清的海水，内外明彻，光能照物，因名琉璃光；用来譬喻佛由般若智光，扫除无明惑染的黑暗，照彻真如法界，亲证诸法实相理，理智合一，光明遍照。此理智合一的心光，又名无分别智，佛依此无分别智，能出生分别一切差别相的分别智(后得智)，故此心光，又名根本智。药师佛以根本智证实相理，得佛果菩提；用后得智入俗利生，分别众生不同的个性与病情，而施与种种不同的法药，能够彻底拔除众生身心的重病，故名「药师琉璃光」。
「如来」，梵音「怛他揭多」，是佛十种通号之一。诸佛共证真如理，佛佛道同，谓之「如」；诸佛无不倒驾慈航，来人间说法利生，示现有生灭去来，谓之「来」。在药师佛言：「如」是指琉璃光，譬喻佛智证理，如同十方诸佛；「来」是指药师，表示佛本慈悲心，来入世间救济众生，施与种种法药，普令众生，离苦得乐；故药师琉璃光如来的名号，正是显示佛超越的智慧，与广大的慈悲。
又药师是解脱德，琉璃光是般若德，如来是法身德；法身是体大，般若是相大；解脱是用大。药师如来成菩提时，圆证三德，具足三大，但三大不离一心，一心具足三大，三一圆融，不可思议，因此佛名：药师琉璃光如来。称念佛名的人，可以消灾障，增福寿，故又名消灾延寿药师佛，但我们持名念佛时，应该念「南无药师琉璃光如来」。
「本愿功德」，是指佛因中行菩萨道时所发的誓愿，及其由愿行功力，所成就佛果上的功德。诸佛因中修行所发的誓愿，有通有别，通则指四弘誓愿，即：「众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断；法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成。」以及《十地经》所说，菩萨应发供养、受持、转*轮、修二利行、成熟众生、承事、净土、不离、利益、成正觉等十大行愿。别是指诸佛修行时，个别所发的宏愿。如千手观音的六愿及十愿，普贤菩萨的十大愿王，又如阿弥陀佛的二十四愿与四十八愿，释迦牟尼佛的五百愿，以及棠药师七佛如来的四愿，八愿，十二愿，乃至十方诸佛，各有其基本不同的宏愿，谓之本愿。
本愿，必须修诸功德，凭借种种功德的力量，方可得遂本愿，所谓：「以愿导行，以行满愿。」如是愿行相扶，始可成就功德；若然有愿无行，则愿属虚发，无济于事。但行有正行，有助行，有共同的修行，亦有个别的修行；诸佛菩萨因中修行，除同发四弘誓愿，共修学六度、四摄等大乘法门外，还依据本愿个别而修行，是以成佛时其证理虽然一致，但其依正庄严，种种殊胜功德，却彼此互异，故言：「本愿功德」。药师如来，既发十二大愿，又能依愿起行，由愿行的功力，圆满成就佛果上的殊胜功德；所以本经的别题，是《药师琉璃光如来本愿功德》。
「经」之一字是通题，通于佛所说的一切经典。梵言「修多罗」，译名「契经」，意思是凡佛所说的一切言教或身教，无不上契十方诸佛所证的真理，下契一切众生的根机。以其契理故，放之四海而皆准；以其契机故，历万世而恒新。不因时代的转变而被遗弃，不因地理环境的互异而不适应；永远能作为众生的模范，社会的轨则。若然人皆能以佛法，作为生活的指南，以佛教的真理，作为社会的规则，一定可以远离罪恶，拋弃灾难，令社会安定繁荣，使群众幸福快乐。特别是若能依照本经所说的法门，如法受持，则无论是任何时代，任何国家，任何种族，都可以所求皆遂，遇险得救，遇祸成祥，甚至消业障，增福寿，成佛道，究竟离苦得乐，故名《药师琉璃光如来本愿功德经》。
药师琉璃光是教，如来是理，本愿功德是行，由万行之因，而成就佛道的殊胜功德是果；是以本经的经题，概括教、理、行、果。教是了因佛性，理是正因佛性，行是缘因佛性。正因虽然本具，但必须由缘了二因方显；故本经所显的理体，是以药师如来全性起修，全修契性，性修不二为主体；以福慧二严，成就佛道为宗旨；以灭恶生善，拔障利乐为功用；以方等为教相。
三、介绍译者
唐三藏法师玄奘奉诏译，是本经的译题。唐，是译经时代，指中国唐朝；三藏法师，是译经者的德号；三藏，指佛所说的经、律、论三大类的圣典。经能令人明心见性，属定学；律能规范人的三业，属戒学；论能令人分辨邪正，属慧学；戒定慧三学，是佛法的总纲，故举三藏即总括全部佛法。今言三藏法师，意思是说：翻译此经的人，并非普通一般的译师，而是能够精通经、律、论三藏经典，自己以三藏佛法为师，又能弘扬三藏佛法，为人天之师的大法师。
玄奘，正是三藏法师的名号，本经的译者。关于唐三藏西天取经的故事，在中国旧社会中，妇孺皆知。不过传说中的玄奘法师，与佛经记载颇有出入，在本人拙作《一个伟大的留学生》中，曾将其伟大的事迹介绍相当详尽。法师俗姓陈，是中国河南人，出身于书香门第，幼年即聪慧好学，自从跟二哥长捷法师出家后，即遍参名德，研究经论，因当时佛教宗派很多，传授各异，深感困惑，于是立志亲往印度游学。在中国唐朝贞观元年，偷度玉门关，爬雪山，越峻岭，历尽艰辛，终于到达印度，遍游诸国，苦学十多年，然后于唐贞观十七年间，荣誉归来，即奉唐太宗之命，在长安弘福寺，展开翻译经典的工作。先后译出经典共七十三部，一千三百三十多卷，与旧译泰斗罗什法师，平分译经天下，在译经史上，写下光辉灿烂，永垂不朽的一页。此经是在当年奉皇帝的命令而译的，因言：「奉诏译」。
本经翻译为中文，共有五种译本：
一、是中国东晋时代，吉友法师初译此经：名「佛说灌顶拔除罪过生死得度经」，无独立本，是附加在「佛说灌顶大神咒经」中，属最后一卷。
二、是中国南北朝孝武帝时代，慧简法师在鹿野寺再译此经，名「药师琉璃光经」，但已失传，不过在古藏经目录中，尚载其名，又在第三译本序文中，亦曾述及此事，故信有此译。
三、是隋朝文帝大业十一年间，法护法师因慧简法师，梵文译华语欠佳，故复译此经，名「佛说药师如来本愿功德经」。
四、是唐朝玄奘法师，奉唐太宗之命，又译此经，名「药师琉璃光如来本愿功德经」。
五、是义净法师于遍游印度归来时，复译此经，名「药师琉璃光七佛本愿功德经」。其内容与奘师所译的互有出入，特别是详载佛说七佛名号，及其本愿功德，依正庄严等，则为奘师译本所无。
原因是七佛因中行菩萨道时，所发宏愿，虽然数目不等，但同是注重人间资生事业与现世福乐，同是本其慈悲愿力，消众生的业障，救众生的病苦，除人间的种种灾害与祸患，令众生转疾病为安康，转祸患为吉祥，免诸苦难，增福延寿，因此同名药师佛，又名药师七佛如来。而药师琉璃光如来的十二大愿，已包括前六佛所发的四愿与八愿，是以奘师略而不译。由于中国人喜欢简略，故玄奘法师的译本，在中国弘传至广，现在讲解此经，就是采用玄奘法师的译本。
四、叙述本经的缘起
(一)六种成就
如是我闻，一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下，与大苾刍众八千人俱；菩萨摩诃萨三万六千；及国王、大臣、婆罗门、居士、天龙八部、人非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
讲解此经，可分为序分，正宗分，与流通分三大段。自如是我闻以下，是序分；自佛告曼殊室利东方去此以下，是正宗分；自「尔时，阿难白佛言：世尊！当何名此法门」以下，是流通分。
序分中又可分为通序与别序，通序又名证信序，用以证明此经的真实性；别序，是说明佛说此经的因缘。以上这段经文，属于通序，亦即是六种成就。「如是」是信成就；「我闻」是闻成就；「一时」是时成就；「薄伽梵」是说法主成就；「游化诸国，在广严城乐音树下」，是处成就；「与大苾刍众八千人俱。…」以下是众成就。如是以信、闻、时、主、处、众等六种成就，证明此经确实是佛金口亲宣，是阿难亲从佛闻。如现代的会议纪录，必须要纪录开会的时间、地点、出席人数、主席、书记，以及讨论的议案等等，以示有史实可查，以取得大众或后人的信任，甚至可作为法律效用的依据。
「如是我闻」，是阿难秉承佛嘱，在结集佛经时，一切经的开始，皆用「如是我闻」四个字，以异外道典藉，以释争端，以除众疑。意思是说：如此经中所说之法，是我阿难亲从佛处得闻，非辗转传说，途听道闻，或从天魔外道处得闻。又「如」是约诸佛所证的真理，「是」是约诸佛所说的言教；诸佛所说的言教，一定契合诸佛所证的真理，值得我们绝对的信任，故言如是。
「我」有妄我，神我，无我，假我，真我，及自在我等不同。凡夫执相迷性，妄认四大五蕴组合而成的色身为我，其实此五蕴色身，缘聚则生，缘散则灭，生灭无常，幻妄不真，只是迷情众生妄想执着而已，故谓之妄我。
外道于组合色身的五蕴法中，一一妄计有四种我：例如于色蕴中，执即色是我，或离色是我，或我大色小，色在我中；或色大我小，我在色中。其余受、想、行、识，亦如是分别计执。又过去有我，现在有我，未来有我，再加断常二见，共成六十二种神我。
出世二乘圣人，知道四大皆空，五蕴无我，破我执，证偏空理，谓之无我，是约真谛理言。
菩萨虽知五蕴无我，但为了入俗利生，不妨以「我」为五蕴和合假相的代名词，随顺世间，假名为我，是约俗谛理言。
诸佛菩萨，亲证诸法实相理，真俗圆融，空有不二，是即法身真我。
诸佛果后施教，从体起用，分身尘剎，现大现小，一多无碍，是自在我。
今阿难称我，若论本门，该是法身真我，若在?门，该是假我。
「闻」是耳根与声尘对立，引发耳识闻音，加以意识了别音义而成闻。在世俗谛言，六根与六识只是个人的别相，我则是六根六识的总体，因此，不说耳闻而言我闻。
「一时」，是明佛说此经之时。因为世界各地，区域不同，历法不一，年月日时，随之而异；何况佛说法有时在人间，有时在天上，或在龙宫，各处时差距离甚大，故佛经往往不说某年某月某日，仅以一时二字，概括佛开始讲此经，直至法会圆满结束的那一段时间，总名一时。
「薄伽梵」是梵语，简译为世尊。有人认为佛的十种通号，是由如来计起，至佛字止，世尊二字，则是总称佛的德号。因为「薄伽梵」含有尊贵、吉祥、端严、炽盛、名称、自在等六义，属于多含不翻，故此经保留原音。
「游化诸国，至广严城，在乐音树下。」是指佛说此经的地点。释尊最初在菩提树下，成等正觉，于三七日中，为法身大士，说华严大教之后，为接引钝根小智人，即隐实施权，到鹿野苑，为五比丘三转四谛十二行*轮，然后游化摩竭陀，迦兰陀…等十六国，有一次来到「广严城」。广严城梵语是毗舍离，因此国地广物丰，亭台楼阁，市容庄严；而市民既生活富裕，又能以道德学问严饰自己，因名广严。当时佛是住在此城外的「乐音树下」。此处属于郊区幽雅别致的树林，微风吹来，树枝作出种种自然音响，犹如天人奏乐，令人喜欢乐闻，因名乐音树；佛于此林间停留，在树下结跏敷坐，故言「住乐音树下」。
「与大苾刍众八千人俱，菩萨摩诃萨，…」以下是引法会大众为证。其他诸经，不止举其类，明其数，还列其名，如《阿弥陀经》，列长老舍利弗，摩诃目犍连等；《楞严经》则除举类明数外，还显其位，叹其德，然后列其上首之名；今此经但举类明数，不列其名。大苾刍是小乘的一类，菩萨摩诃萨，是大乘的一类，国王大臣等是人天乘的一类。
「苾刍」，是比丘的异译，含义与比丘同，含有乞士、怖魔、破恶等三义，属于多含不翻。又《大智度论》言：「苾刍」是印度一种草名，此草具有五种特性：一体质柔软，譬喻出家人能折伏粗暴行为，身心柔和；二蔓延四周，譬喻出家人能传法度人，连绵不绝；三馨香远闻，譬喻出家人戒德芬芳，为众人所闻；四能治疗痛症，譬喻出家人能断烦恼，贪瞋不起；五不背日光，譬喻出家人常向佛日，智慧光明。因此出家男众名苾刍，女众名苾刍尼。
「众」即是和合众，是僧伽的译义，此八千人等不止能修事和(见和同解，戒和同修，意和同悦，口和无诤，身和同住，利和同均)，且已同证理和，转凡成圣，得四果，证?盘，为众比丘的上首，故言大比丘。其实，当时共同聚集在乐音树下的比丘众，不止八千之多，今但举其年高德长，已断烦恼，证阿罗汉果的大比丘为代表，故言「大比丘众八千人俱」。此外，亦应该有比丘尼众，不过在出家五众中，以比丘为主体，故但举比丘为出家众的代表。
「菩萨摩诃萨」，是一类能绍隆佛种，助佛转*轮的法身大士。梵言「菩提萨埵」，译名觉有情。凡已经觉悟佛性本具，又能发心上求佛道，下化众生的有情，皆可称为「菩萨」，所以菩萨有初发心的凡夫菩萨，亦有浅位的与深位的圣人菩萨。今言摩诃萨，简非初发心的凡夫菩萨，亦非位在十住、十行、十回向三贤位的浅位菩萨，而是已登十地，甚至证等觉的深位菩萨，故言：「菩萨摩诃萨」。此等为菩萨众代表的大菩萨，其数共有三万六千之多。当然，亦有其他无量无数的菩萨在座。
「国王，大臣，婆罗门，居士」，是在家的佛弟子。国王是一国之主，大臣，是国王的辅助，包括文武百官在内。婆罗门译名净裔，是佛未出世之前，印度四种阶级中，最权威的宗教家，专门执行祭祀的职务，由于当时印度社会，极度重视拜祭，因此产生一类地位特殊的祭师。居士，是拥有无量财富的资产阶级，为工商界的领袖，属于当时社会的优秀份子；不过中国每称在家学佛的人为居士，意思是居家之士，是不符合居士原本的意义的。现只举出在座有地位、有份量的人，作为人乘的代表，至于其他参与法会的群众，当然还有不少。
「天龙八部」，是人乘以外的众生。天有欲界、色界、无色界之别，三界共有二十八天。龙有四种：一是守天宫殿的龙，不落人间，二是能兴云致雨，利益人间的龙，三是能决江开渎的地龙，四是守护转轮圣王及大福德之人的宝藏之龙。不管是天龙地龙，都是畜生道中有不可思议神力，能护天，护人，以及拥护佛法的一类。
八部，是在天龙二部外，加药叉、干达婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩?罗伽等六种异生，合名八部。国王大臣等是人，天龙药叉等属于非人，故言「人非人等」。人是诸佛主要教化的对象，非人是一类曾经接受佛法熏陶，发愿护持佛法的善神。如是无论是小乘、大乘、人天乘，以及天龙八部，都有无量众多，随佛住在乐音树下，态度恭敬，内心尊重，散布在佛的四周，围绕着佛，希望佛为他们宣说微妙的法门。
(二)文殊启请
尔时，曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵，曲躬合掌，白言：世尊！惟愿演说，如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德；令诸闻者业障消除，为欲利乐，像法转时，诸有情故。
这段经文是本经的别序，叙述本经发起的因缘。尔时，即无量大众，围绕于佛，渴望佛为他们说法之时；法会中有一位菩萨摩诃萨，名曼殊室利法王子。新译名曼殊室利，与旧译文殊师利，只是译音稍异，译义同是妙德，或名妙吉祥。法王是佛的德号，在法华经中佛言：「我为法王，于法自在。」法王子，是指能荷担如来家业，绍隆佛种的大菩萨；如国王的太子，将来一定可以继承王位一样。因为此经所说，是佛果依正庄严，及诸佛果上教化众生的利他功德，非法王之佛不能说，非智慧第一的法王子不能问，是以文殊师利菩萨，承佛威德神力所使，即从座位而起，「偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵，曲躬合掌」。印度的服装，平时遮盖两肩，当礼佛，或请佛说法时，就要偏袒右肩，同时右膝着地，以表示恭敬尊重。
若然在表法言：承佛威神，是表示依体起用；从座而起，是表示从空涉有，入俗利生；偏袒右肩，是表示上承佛德；右膝着地，是表示下济有情；曲躬低头，是表示愿意顺从佛的意旨；合十指掌，是表示愿意实践施、戒、忍、进、襌、慧、方、愿、力、智等十度，福慧双修。
曼殊菩萨在请佛说法之前，先称一声「世尊」！表示至诚亲切。「惟愿」，意思是说：我此刻心中唯一的愿望，就是请佛「演说如是相类」的「诸佛名号」，以「及」诸佛原「本」因地所发的「大愿」，与其所成就佛果上的「殊胜功德」。为甚么？因为希望「令诸闻者，业障消除，为欲利乐，像法转时诸有情」的缘「故」。
文殊菩萨说明启请的原因，是为了利乐被业障所缠的众生，令末法时代，一切有情，皆得业障消除，获得身心安乐的利益；由是可知，文殊菩萨的启请，纯是出于大智与大悲。以其大智故，深知佛灭度后，由像法转入末法时，众生业障深重，特别苦恼，必须救济；以其大悲故，非常悲悯同情，末法时代的苦恼众生，希望拔众生的苦，与众生的乐；然欲想究竟拔苦与乐，就要仰仗诸佛的慈悲愿力，及其由愿力所成就的殊胜功德。因此，恳请释尊演说：「如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德。」
「如是相类」，有通有别；通是通于其他经典所说，如是相类似的佛号，及其功德；别则是指本经所说的，药师七佛如来的本愿功德。本经下文说：「亦如西方极乐世界，殊胜功德，等无差别。」据此可知，释尊在说此经之前，曾说阿弥陀佛等诸佛名号，及其大愿与功德，如是互相类似的法门。因为药师弥陀，利生的方便，虽然偏重于现生与后世不同，但同是因中发愿，严净国土，成就众生，拯救有情，超出六道轮回的无上大愿王；琉璃极乐，同是七宝所成，功德庄严，众生生者，皆是宝华化生，具足大丈夫相，无有众苦，但受诸乐，得不退转，终成佛道的清净佛国土。释尊慈悲，悯物长迷，不仅开示弥陀法门，教念佛众生，厌离娑婆，求生极乐；横出三界，揖别生死。同时还要演说：药师法门，令受持者，得现生福乐，业障消除，不堕恶趣，乃至证得无上菩提。令娑婆世界的苦恼众生，生前死后，都有真正归依处，都可以离苦得乐；不致永劫沉沦生死，被困六道。文殊师利菩萨，深深体会佛意，并承释尊慈悲愿力所驱使，起座启请，故释尊即为我们演说：药师七佛如来的本愿，及其本愿所成就佛果上种种殊胜的功德。
因为药师七佛如来，因中行菩萨道时，所发别愿，相互类似，同是正视人间疾苦，而思以救济的大乘行者；同是发愿当来成佛时，令闻名、称念、礼拜、供养的众生，即得业障消除，却病延年，所求皆遂的菩萨摩诃萨；同是成就佛果殊胜功德，而能运用种种权巧方便，先令众生获得现生福乐，身心健康，然后启发众生的心智，导众生舍邪归正，去恶修善，乃至证得佛果菩提的无上大医王。可以说：药师七佛如来，因中发愿，以及果上利他功德，都共同互「相类」似，故如是相类等四句，是别指药师七佛如来，及其因中所发的宏愿，与其本愿所成就佛果上种种殊胜的功德。
「令诸闻者业障消除，为欲利乐，像法转时诸有情故。」此正是文殊菩萨，请佛演说诸佛名号，本愿功德的主要目的。佛经言业障，是包括烦恼障与报障。众生由贪、瞋、痴、慢、疑、邪见等六种根本烦恼，引发种种不良的心理，障蔽心智，不明事理，不信因果，是烦恼障；人因烦恼的扰乱，头脑昏昧，心神不宁，导致种种不合理的行为，形成种种不良的习惯，障碍止恶修善，谓之业障；再由不善的恶业，招致众苦交煎的果报体，障生善处，障修佛道，长期沉溺六道生死，求出无由，是名报障。如是惑业苦三，循环不息，众生也就不可能抗拒不幸的命运，而要接受种种灾害与苦难。所以我们欲想离苦得乐，首先就要消除业障；然欲想消除业障，非仰仗诸佛本愿功德不可。
佛灭度后，正法住世可分为三时五期。三时即是正法壹千年，像法壹千年，末法壹万年。正法时期，佛教僧团，一切如法，有修有证，与佛在世无异；像法时期，出家修行的人多，得证圣果的人少，徒具形象，实已失真；末法时期，众生善根短少，业障深重，加以魔强法弱，佛教团体，大都份不务真修，莫论证圣。此三时中，可分为五期：最初五百年，正法盛行，有修必证，名解脱坚固时期；第二个五百年，修习禅定的人多，获得解脱的人少，名禅定坚固时期；第三个五百年，像法开始，人多舍禅定而好多闻，研究经典，执着语言文字，有解无行，名多闻坚固时期；第四个五百年，禅教俱衰，解行都无，人多不学习无漏法，但事有漏行，力修寺庙，建塔造像，以求人天福报，名福德坚固时期；第五个五百年，学佛的人，我执炽盛，宗派林立，党己非他，横生争端，名斗争坚固时期。今言「像法转时」，即由像法转入末法时期，亦即由福德坚固时期，转入斗争坚固时期，众生被业障所缠，众苦交煎，无法自拔。曼殊室利菩萨慈悲，为令末法众生，得闻诸佛名号，称念，礼拜，供养，即得业障消除，获得学习佛法的利益，甚至证得佛果无上菩提的究竟快乐；故请释尊演说，诸佛名号，及其本愿功德。
(三)释尊许说
尔时，世尊赞曼殊室利童子言：善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲，劝请我说，诸佛名号，本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐，像法转时诸有情故；汝今谛听，极善思惟，当为汝说。曼殊室利言：唯然，愿说，我等乐闻！
文殊菩萨，过去成佛名「龙种上尊王佛」，现在于北方常喜世界成佛，名「欢喜藏摩尼宝积佛」，未来成佛，名普现如来。原是诸佛之母，菩萨之师，经言：「文殊师利大圣尊，一切菩萨诸佛母；十方如来初发心，皆因文殊教化力。」今隐实施权，现菩萨身，协助释尊教化。此经前文称为「法王子」，今又被称「童子」，意思是表示，文殊菩萨的般若智慧，圆明独照，无诸杂染，既能荷担如来家业，亦如童子的纯洁天真。又诸佛菩萨教化众生，随类应化，身相不定，文殊菩萨喜欢现童子身，天真无邪，智慧灵巧，满怀热情，仁慈济物，令人喜欢亲近，承受教化，故被称为「童子」。因为文殊菩萨的启请，既可以利益末法众生，又契合诸佛慈悲济世的本怀，故佛双赞「善哉」。
缠是缠缚，众生被自己多生多世，所作的种种业力牵制，犹如被绳子缠缚，失去自由，不得解脱一样，极急于需要诸佛菩萨的援助与救拔。今文殊菩萨，基于大悲愿力，为救拔被业障所缠的众生，请释尊演说诸佛圣号，及其本愿所成就的功德，令闻者依法修行，即可解脱业力绳子的束缚，获得生命的自由与安乐。故佛赞叹其问得非常恰当之后，再叮咛嘱咐文殊菩萨，要专心一意，集中精神「谛听」，同时还要善于思量考虑，运用智慧来辨别，抉择，所谓：「慎思明辨」，以获得深刻的理解与利益，然后许为宣说。
曼殊菩萨既蒙释尊赞叹，叮嘱劝勉，许为宣说，即满怀喜欢的回答：当然啦！世尊的教诲，我们当然唯命是从，但愿我佛慈悲，立即宣说，我等在会大众，是非常喜欢乐意听闻的。
以上是本经的别序，叙述本经发起的因缘，是由于文殊菩萨的启请，故佛说此经，可以说：文殊菩萨是此经的发起众。
五、正说如来的本愿
佛告曼殊室利，东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，应，正等觉，明行圆满，善逝，世间解，无上士，调御丈夫，天人师，佛，薄伽梵。曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
现在开始，进入本经的正宗分，释尊因曼殊室利菩萨的启请，正式开始宣说本经。此段经文，显示本经是以药师佛，果上依正庄严的功德，及其成就依正庄严功德的本因愿行为主体。
在义净法师所译「药师琉璃光七佛本愿功德经」的经文中，详述佛告曼殊室利，东方去此，过四殑伽河沙佛土，有世界名光胜，佛号善名称吉祥王如来，…彼佛如来，从初发心行菩萨道时，发八大愿，….…。
又东方去此，过五殑伽河沙佛土，有世界名妙宝，佛号宝月智严光音自在王如来…，初发心行菩萨道时，发八大愿，…。
又东方去此，过六殑伽河沙佛国土，有世界名圆满香积，佛号金色宝光妙行成就如来…，初发心行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，过七殑伽河沙佛土，有世界名无忧，佛号无忧最胜吉祥如来…，彼佛世尊，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，过八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛号法海雷音如来，…彼佛如来，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，九殑伽河沙佛土，有世界名善住宝海，佛号法海胜慧游戏神通如来…，彼佛如来，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，十殑伽河沙佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，…彼佛世尊，从初发心行菩萨道时，发十二大愿。
玄奘法师既然认为，药师琉璃光如来的十二大愿，已概括善名称吉祥王如来等六佛的四愿与八愿，故仅译药师如来的十二大愿，作为药师七佛如来的代表。是以本经一开始，就是佛告曼殊室利：「东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来。」
「东方」是群动之首，日出之初，象征着朝气与光明。「殑伽」是印度四大河流之一，旧译名恒河，此河沙细如面，其数多而不可数；当年，释尊常在恒河流域一带说法，每喜欢引用恒河之沙，以譬喻极多之数量。
「佛土」指一佛所教化的国土，亦即是三千大千世界。今以一沙一世界言，从此娑婆世界的东方去，要经过十个恒河沙数之多的佛世界，然后有一世界名净琉璃。可知此世界距离我们是何等的遥远，比较起来，过十万亿佛土的西方极乐世界，就近得多了。又国土是十法界众生依止之处，可分为凡圣同居土，方便有余土，实报庄严土，与常寂光土等四种；净琉璃世界，是属于实报庄严土。
世界名净琉璃，顾名思义，可知此世界是极其清净，特别庄严。因为净琉璃世界，不止是以琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩窗罗网，皆七宝成，而且其国中有情，纯是大丈夫相，无有男女的差别现象，无有四恶趣的众生，连因不如意所发出的苦恼音声亦不可得，「亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。」所以净琉璃世界，是属于东方的净土。
净琉璃世界的教主，名琉璃光如来；净琉璃世界是依报，琉璃光如来是正报。佛以琉璃光的般若智，照实相理，智理一体，心境一如，光明遍照，清净无染，约所证境言，名净琉璃世界，约能证智言，名琉璃光如来。
「如来」，是佛十种通号之一，是仿同先德号：意思是说，今佛出世，如同古佛再来。又诸佛所证不生不灭的实相理体，即是众生本具的真如自性，此性三世不迁，四相不改，在圣不增，在凡不减谓之如；体虽不变，而用能随缘，众生随迷染之缘，而漏落生死，诸佛随悟净之缘，而成正觉。诸佛因悲悯众生，迷而不觉，枉受生死，故来世间，说法利生谓之来。
「应」，即应供，是堪为福田号。因为佛已经惑尽智圆，堪受人天的供养。
「正等觉」，即是正遍知，是遍知法界号。佛以实智证理究竟，是正知，以权智通达法界依正因果等事相，是遍知，权实不二，名正遍知。
「明行圆满」，亦称明行足，是果显因德号。明是智慧，行足是福德，佛以福慧二严，成无上道，显示因地福慧双修，圆满具足，故又名两足尊。
「善逝」，是善住菩提号。逝即逝世，六道众生，背觉合尘，作善恶业，被业所牵，长住生死，来去不得自由，是不善逝；二乘圣人，虽断分段生死，变易尚存，住有余?盘，亦非善逝；诸佛五住烦恼净尽，二死永亡，虽常住菩提觉道，但为利益众生，倒驾慈航，随流九界，非生示生，非灭示灭，来时乘愿而来，去时自知时至而去，来去自由自在，因名善逝。
「世间解」，是达伪通真号。佛具十智，了知世间诸法，相妄性真，事理性相，通达无违。
「无上士、调御丈夫」，是摄化从道号。普通人以足智多谋，文武双全谓之士，勇敢无畏，能担当重任谓之大丈夫。在佛法言：但求自利是下士，自利兼他是中士，广修六度四摄等法门，利益众生是上士，二利究竟，万德具备，名无上士。诸佛具足十力、四无所畏，悲智双运，慈威兼施，能调御降伏刚强众生，摄化一切有情，令凶恶者变为良善，令顽固者变为驯服，接受教化，归向佛道，因名无上士、调御丈夫。
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「天人师」，是应机受法号。佛是三界导师，四生慈父，人天无不以佛为师故。
「佛」，是三觉圆明号。佛以始觉智，证本觉理，究竟觉悟故。又名觉悟归真号，佛以自觉万法惟心，心外无法之理，遍觉一切众生，二利成就，修证究竟，回归真如自性故。
「薄伽梵」，具有端严、名称、炽盛、吉祥、尊贵、自在等六义，属于多含不翻，简译名世尊，是十界独尊号。因为佛智是十法界之最，佛德为一切世间所尊故。
以上十号，通于十方三世诸佛，谓之通号。药师琉璃光，是佛的别号，今通别并称，故言：「佛号药师琉璃光如来，应，正等觉，明行圆满，善逝，世间解，无上士，调御丈夫，天人师，佛，薄伽梵。」
「彼世尊」，是指药师如来，以释迦世尊是此土的佛，故药师如来是彼土的佛。彼土药师琉璃光如来，原本从凡夫开始，发菩提心，「行菩萨道时」，即「发十二大愿」，而此大愿，既不同于凡夫，但求人天福报以自利；不同于二乘，但求出三界，了生死；亦不同于阿弥陀佛，严净国土，成就众生；也不同于释迦牟尼佛，能于五浊恶世，教化众生，开佛知见；而是愿意满足一切众生的希望，「令诸有情，所求皆得。」十二大愿是佛因中修行所发的别愿，「令诸有情，所求皆得」，是成佛后由本愿行功德力的实现。
(一)生佛平等正报庄严愿
第一大愿，愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身，令一切有情，如我无异。
「阿耨多罗」，译无上，「三藐三菩提」，译正等正觉，是佛果菩提的通称。正等是平等的真理，正觉是无分别智；菩萨修行，功圆果满时，以无分别的般若智，证平等不二的真理。此平等的真理，虽然生佛平等，圣凡无二，但众生迷而不觉，外道觉而不正，二乘正而不等，菩萨之觉，虽正又等，但非无上，唯佛以如如智，证如如理，既正且等，九法界众生，无能过之，故言：「无上正等正觉」。当佛由始觉智，证本觉理，究竟觉悟之时，名「得阿耨多罗三藐三菩提」，即亲证法身。
「自身光明，照耀无量无数无边世界」，是指佛的自受用报身。佛的自受用报身，是由无量功德智慧生，属于佛果无漏不可思议的境界，非一般凡夫俗子可能理解，唯佛与佛能知。但诸佛为教化地上菩萨，往往现出他受用报身，光明炽然，尽虚空，遍法界，无所不照，故言：「自身光明，照耀无量无数无边世界」。
「以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身」，是指佛的应身。不但诸佛具足三十二大丈夫相，释尊的亲弟阿难陀，以及转轮圣王、梵王、帝释，都具有此大丈夫之相。至于八十种随形好，则是诸佛因中「三祗修福慧，百劫种相好」，所得的果报，唯佛具足，非一般凡夫或三乘圣众可能拥有。
今药师琉璃光如来，因中行菩萨道时，发第一个大愿，就是希望自己将来成佛，三觉圆明，三身具足，证得佛果无上正等正觉时，亦令一切有情，共成佛道，同证三身，与自己一样，等无差别。因此，得生其净琉璃世界的众生，虽然未尽断烦恼，未证佛道，但由于药师如来原本愿力功德的加持，皆于杂色宝华中化生，都具足三十二大丈夫相，正报庄严，与佛无异。
(二)身光破暗开晓众生愿
第二大愿，愿我来世，得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
药师如来行菩萨道时，发第二个大愿，是希望将来成佛，证得无上正等正觉时，内在的智慧光明，能照彻法界(自受用身)，外在的身相光明，能照应大机，(他受用身)，犹如琉璃宝，晶莹皎洁，「内外明彻，净无瑕秽」，而且功德庄严，好象须弥山王一样巍然矗立不动。由于佛的报身「光明广大」，普照无涯，周遍法界，所发出的光焰炽烈，互相映照，结成光网，药师如来所应化的琉璃光身，善于安住于此，由无量光线所组成光辉灿烂的焰网之中，故其光明，超「过于日月」。不止照耀无量无边世界，同时照耀常处于幽冥中的地狱众生；令人间天上，及恶道众生，凡接触佛的焰网光明，「悉蒙开晓」智慧的心眼，皆可以照破内心无明烦恼的黑暗，使众生在佛光与自已智光的照耀中，明白真理，认识自己，走向光明，进入菩提觉道。在菩提觉道上，随各人的意志，去作各种有益身心，有利群众的事业；或随各人的善根福德因缘，实践六度万行，广修福慧，自利兼他，直至二利究竟，即可完成佛道。以上两愿，是着重自他佛道的证得，是依四谛中的灭谛而发的大愿。
(三)智慧方便满众所欲愿
第三大愿，愿我来世，得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽，所受用物，莫令众生，有所乏少！
自此至以下第五愿，是依道谛而发的宏愿。道，是佛弟子所修学的法门，广则无量，所谓：「法门无量誓愿学。」略则可以说是三十七道品，再略则不出戒定慧三无漏学。此第三大愿，是依道谛中的慧无漏学而发。
智慧是实智，属于体；方便是权智，属于用。如无智慧的实体，则无以起方便的妙用；若无方便的妙用，则无以显示智慧的实体。今药师如来发愿，得菩提时，以实智证理，以权智鉴机，从体起用，运用种种善巧方便，利益有情。
量谓衡量、计量、度量、测量，凡衡量物之轻重，计量物之多少，度量物的长短，测量物的大小、浅深、厚薄，皆名之为量。「无量」，是已经超越世间事物的大小、多寡、长短、浅深、厚薄，如《摄大乘论》所言：「不可以譬类得知」。边谓边际、边缘、边界等；物与物之间有其边际，人与人之间有其边缘，国与国之间有其边界。「无边」，是已经超越世间任何人与物的边际、边缘与边界。
佛的智慧言：「无量无边」，因为佛以般若智，证实相理，此理离言绝相，不落边际，既非凡情可计算测度，亦非小乘圣人的智慧可衡量或思量，故佛的智慧是无量无边。药师佛从无量无边的智慧，所起的方便妙用亦无量无边，故能普令一切有情，「皆得无尽所受用物」。
「所受用物」，即是我们日常生活所需要的资生之物，例如衣、食、住、行、医药、卧具、娱乐等，都是人类生活中，不可或缺的物质享受。若然缺乏或短少，必然群起而争，争必乱，何止损害群众，危及社会，而且因此作诸恶业，流转生死，招致无穷无尽的苦恼。药师如来，为了取消人类现实生活的贫穷困苦，给予人类无穷无尽的享乐，更为了拔除众生永劫沉沦生死的苦恼，给予众生法身慧命无穷无尽的寿命，所以从无量无边的智慧，运用无量无边的权巧方便，来到人间，提倡五明学。
先灌输众生论理学、心理学、语言学、医学、科学各方面的知识；教导众生发展工业，开发资源，创造艺术、娱乐种种技巧，令众生有建业知识，谋生技能，获得物质高度文明的享受，生活富裕，「皆得无尽所受用物」，不致贫穷困苦，「有所乏少」。然后运用内明学，来开启众生的心智，令众生明真理，知因果，识邪正，止恶向善，甚至恶性隐殁，佛性抬头，成就戒、信、闻、舍、慧、惭、愧等七圣财，以提升人的德性，改善人的品质，使人乐于发挥人溺己溺，人饥己饥的精神；乐于进德修业，利己利人；乐于趣向佛道，觉悟成佛。如《华严经》言：「菩萨于菩提，当于何求？当于五明处求。」是以药师如来行菩萨道时，发第三个大愿，就是运用智慧方便，以五明学的权巧，来提高人类物质的享受，同时也提升人类的智慧与质素，彻底解除人类物质与精神的贫乏，令人类物资富裕，精神饱满，不致「有所乏少」。
(四)令邪归正导小向大愿
第四大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘，而安立之。
前愿是偏重人类资生事业的发展，以促进物质文明；今第四大愿，目的是化邪归正，扩展大乘佛教济世益群的思想，是偏重于精神文明。
「若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。」是令人道众生，舍邪归正。「菩提」，译名正觉，「菩提道」即正觉的康庄大道，反之便是邪道。药师佛发愿将来成佛时，遇见有不正的思想，不正的信仰，不正的行为，不正的娱乐的人，都以正觉的思想，正觉的教育，正觉的行动来教导之，辅助之，令舍邪归正，知因识果，信仰三宝，学习大乘佛法，走向正知正见的菩提觉道。
声闻，是一类因佛说法的音声，得闻四谛理，知苦断集，慕灭修道，结果断见思烦恼，解脱生死，证得阿罗汉果的圣人。独觉，又名缘觉，是一类因闻佛说十二因缘的道理，知世间诸法，皆缘生性空，无常无我，因而放弃世间五欲的享乐，如法修学，由十二因缘的流转门，进入还灭门，而得断烦恼，了生死的圣人；另有一类立志出尘之士，但生不逢佛世，唯有孤峰独宿，春观百花开，秋观黄叶落，而悟知世态荣枯，生灭无常，不恋世事，专心修习禅定，引发无漏智慧，得断烦恼，了生死，证真空?盘的圣人，名独觉。声闻人但断见思烦恼，缘觉兼侵习气，二者同是独善其身的修行人，属于小乘。但佛教的基本精神，却属于大乘。
「大乘」即是一佛乘。诸佛出世，虽说人乘、天乘、声闻乘、缘觉乘、菩萨乘等五乘教法，但目的在于一佛乘。如《法华经》言：「十方佛土中，唯有一乘法，无二亦无三；除佛方便说，但以假名字，引导于众生，说佛智慧故。诸佛出于世，唯此一事实，余二则非真；终不以小乘，济度于众生。」否则，「若以小乘化，乃至于一人，我则堕悭贪。」诸佛圣人岂是悭贪者？是以药师佛发愿来世成佛，不止要令沉沦生死苦海中，行邪道的人乘众生，舍邪归正，安住于菩提觉道；还要令已断烦恼，了生死的小乘圣人，回小向大，修学大乘法门，趣向佛道，不致滞留小乘，故言：「若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之」，此是依道谛中，定无漏学而发的大愿。
(五)令修梵行得戒清净愿
第五大愿，愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
梵言「尸罗」，译名戒。戒能防非止恶，令人行为清净，如《华严经》言：「菩萨护持净戒，于色声香味触，心无染着，亦为众生，如是宣说，不染六尘，不起杂念。」故持戒即是「修行梵行」。戒有在家五戒，八戒，十戒；有出家沙弥，沙弥尼戒，比丘，比丘尼戒；有《华严经》所说的菩萨十戒：「一不舍菩提心戒，二远离二乘地戒，三观察利益一切众生之戒，四使一切众生住于佛法之戒，五修一切菩萨所学之戒，六于一切法无所得之戒，七以一切善根回向菩提之戒，八不着于一切如来身之戒，九离思惟取着一切法之戒，十诸根律仪之戒。」还有《梵网经》所说的菩萨十重四十八轻戒。于所受戒，能严持不犯，名「得不缺戒」。
「具三聚戒」，三聚戒又名三聚净戒。一摄律仪戒：是受持佛所制的一切在家、出家、大乘、小乘之戒；律己修心，严持不犯，即是诸恶莫作，是断德因，可修成法身果。二摄善法戒：是修持一切善法，例如修学六度、四摄、四无量心等大乘法门，亦即是众善奉行，是智德因，可修成报身果。三摄众生戒，又名饶益有情戒：大乘佛教的精神，在于慈悲济世，利乐有情；故大乘菩萨，应该以弘法利生为出发，以普令众生离苦得乐为目的，是恩德因，可修成应身果。律仪戒是止持作犯；后二戒是止犯作持。「毁犯」是因，「堕恶趣」是果。
药师佛因中发愿成佛时，若有「无量无边有情，于我(药师佛)法中，修行梵行」，必蒙我药师如来佛光加被，「一切皆令得不缺戒」，何止圆满具足比丘，比丘尼戒，同时还可以「具」足菩萨的「三聚戒」。假设有人，被恶业所牵，为境所转，「毁犯」禁戒，若然有机会听「闻我」药师如来「名已」，能一心称名，恭敬受持，誓不再犯，即可恢复戒体，「还得清净」如故，「不」致因毁犯禁戒之罪，而「堕恶趣」。此是依道谛中的戒无漏学所发的大愿。
(六)令诸残疾六根具足愿
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
此是药师佛因中行菩萨道时，缘苦谛境而发的别愿。「若诸有情」，也许是特别指娑婆世界的众生，因为得生东方净琉璃世界的有情，皆相好如佛，绝不会「诸根不具，…种种病苦。」
「诸根」，指人身体中的眼、耳、鼻、舌、身、意等六根。人的体态怪异谓之「丑陋」，是身根有缺憾；心性鲁钝，专横固执是「顽愚」，指意根有缺憾；目不能视之疾是「盲」，指眼根不具足；耳不能听之疾是「聋」，指耳根不具足；发音不亮是「喑」，指鼻根不具足；不能言语是「哑」，指舌根不具足；手足弯曲不能伸缩之疾是「挛」；两足俱废是「躄」；背向前弯不能直伸是「背偻」；恶疮难愈，犹如痲疯是「白癞」；神经反常，心智不清是「颠狂」；此皆令人苦恼，引以为憾的疾病，都属于个人别业所招的恶报。药师佛为救拔此等众生残疾之苦，行菩萨道时，就发愿将来成佛，残疾的人，闻其名号，若能一心受持，恭敬供养，即可取消一切丑陋残障的缺憾，「皆得端正黠慧，诸根完具，无诸病苦」。黠是灵巧，慧是聪明；「端正黠慧」，则不丑陋顽愚；眼根具足则不盲，耳根具足则不聋，鼻根具足则不喑，舌根具足则不哑；身根具足则无挛、躄、背偻、白癞等病；意根无缺，便不会颠狂，或愚鲁专横。眼等五根完具，是身不残缺；意根完具，是心不残缺。由于药师佛本愿功德神力加持，凡闻佛名，而能称念佛号的人，不仅身体的残疾，获得痊愈，而心理残障的人，亦可得救，回复正常；所以佛号药师，能为人世间的无上大医王。
(七)除病苦得身心安乐愿
第七大愿，愿我来世，得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号，一经其耳，众病悉除；身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
人的病苦不止于残障，即使是六根完具的人，随时随地都可能发生疾病。虽然现代医学昌明，但很多疾病仍然令群医束手无策，何况贫病交逼？当一个人身患疾病，既缺乏医药救治，又无亲人照顾，且无家可归，求救无门，加以贫穷困苦，唯有坐待其毙，实在不幸，可怜得很。药师佛愿意照顾此类贫病孤苦的有情，发愿将来成佛，凭其原本愿力功德，能令此等贫病交逼，众多苦恼的众生，一闻其(药师佛)名，即得「众病悉除，身心安乐。」此言：「众病」，是包括人生理上、与心理上的疾病。人生理上的病，或可求助于世间医药，但心理上的病，就非乞灵于佛法不可。
药师佛不但能医治人肓聋喑哑，四肢残缺，六根不具，白癞颠狂，智商低能，种种生理上的奇难杂症，又可以治疗人心理上，因贪欲炽盛，所引发的斗争病，金钱病，占有病；或因瞋恨心重，所导致的报复病，残杀病，伤害病；或因愚痴、我慢所引起的社会病，政治病，罪恶病。令人消除有形或无形的病苦，转身心重病，成为「身心安乐」。
由于众病悉除，恢复身心健康，就可以从事正常操作，发展事业，重建家园，不但眷属美满，资生之物丰足富裕；且因闻名称念药师佛的功德，善根增长，自然消除三不善根的恶疾。除贪不善根的病，则知布施修福，乐意帮助一切人；除瞋不善根的病，就会发慈悲心，怜悯同情一切人；除痴不善根的病，即可增长智慧，自利兼他；直至二利究竟，终证菩提。
(八)女转男身得满菩提愿
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
「若有女人」，亦是指净琉璃世界以外的众生，因为净琉璃世界的有情，纯属大丈夫相，无需转女成男。本来佛性平等，无有高下，所谓男女，只是五浊恶世中，欲界众生的差别现象而已；色界与无色界的有情，已无男女相，故男女性别，原无胜劣之分，更无所谓高等或低级的悬殊。即使是凡夫境界，烦恼的厚薄，业障的轻重，智慧的浅深，福报的胜劣，皆基于个人宿世业力因缘使然，非关男女性的区别。
《法华经提婆达多品》言：「女身犹有五障：一者不得作梵王(因为清净与垢染不同)；二者帝释(因为少欲多欲差别)；三者魔王(因刚强懦弱相异)，四转轮王(因仁慈嫉妒各异)，五者佛身(因万德烦恼有别)。」学佛之人志在出尘，梵王、帝释、魔王、转轮王，固非所求，不作也罢，至于佛身，仅限于不可即女身作佛而已，并非女人，不可以修行，断烦恼，成佛道。至于修因证果，觉悟成佛的迟速，全视乎个人修行之精勤与懈怠而定，与男女性别无关。可是古今中外，皆以男性为社会中心，所谓：「男主外，女主内。」男性既掌握经济大权，便可以为所欲为，每故意欺侮女性，压迫女性，奴役女性，甚至诋丑女性，使女性在不平等的制度下，受尽委屈与折磨。
时至今日，随着时代巨轮的推进，女人，已非弱者，但由于社会重男轻女的恶习，根深蒂固，虽然同工同酬，但女性在家庭中，仍被视为男性的附属品，两性相处，吃亏的往往是女性；何况女性，毕竟要接受生儿育女的痛苦，是以在现实生活中，的确有不少女性，厌恶女身欲求出离。药师如来，为欲令此类女性，所求如意，故因中行菩萨道时，发愿当来成佛，若有愿意舍弃女身的人，得「闻我」药师佛的「名」号，专心称念，礼拜供养，「一切皆得转女成男」，而且具足大丈夫相；若能进修佛法，精勤不懈，终必「证得无上菩提」。
(九)化导魔外摄入正见愿
第九大愿，愿我来世，得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚，若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
梵语「魔罗」，译杀者，或扰害。凡是障碍善法，破坏功德，杀人慧命，扰乱人身心的人和事，都属于魔。可分为烦恼魔、五阴魔、生死魔、天魔等四种。烦恼魔，五阴魔，生死魔，固然令人困扰重重，心烦意乱，不能专心办道；而天魔更有魔王，魔兵，魔将，魔子、魔孙及魔眷属，都会运用种种魔术手段，网罗众生，使人迷失本性，陷入魔网，求出无由，谓之「魔罥网」。
「外道」，指佛法以外的一般宗教，不明万法惟心的道理，于心外求道，谓之外道。《大智度论》说，佛在世时，印度竟然有九十六种外道之多。于心外求道的人，不明真理，不识佛性，不信因果，邪见炽盛，往往修学种种无益苦行，如蚕作茧，自缠自缚，犹如人误入荆棘丛林，入易出难，故言「堕恶见稠林」。
魔与外道、恶见，皆属于惑，是生死根本。众生因烦恼惑而作业而受苦，如是惑业苦三，循环不已，被困苦恼深渊，无法自救。药师如来为彻底消除众生心中的迷惑，令断除苦因，苦因既灭，则苦果不生。是以在因中行菩萨道时，即依集谛发愿，愿当来成佛，能「令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚」，若有「堕」在「种种恶见稠林」中的众生，悉「皆当引摄置于正见」。
凡世间一切善法，合乎人伦道德，合乎法律秩序，合乎逻辑理论，合乎因果法则的见解，都是正见；凡能知一切众生，皆有佛性，皆当作佛，而学习大乘佛法，广修六度四摄等法门，利益众生，趣向佛道的人，就是正知正见。今药师佛乘本愿力功德，将被魔所困，被外道所缠的众生，「引」出魔网，导出恶见稠林，安置于正知正见的大乘佛法中，「渐令修习诸菩萨行」，当然可以圆满具足菩萨道，终于「速证无上正等菩提」。
可惜现代思想自由，人皆各持己见，自以为是；至于另有目的之人，故意标奇立异，邪说横行，令一般无知市民，或急功好利的人，误入歧途，自投罗网，自毁前程。例如：目前世界各地，流行着种种邪知邪见的宗教，正在谋杀人的慧命，残害人的身心，凡是正知正见的佛弟子，都应该受持及弘扬药师法门，祈求药师如来慈光加被，令邪知邪见的人，转为正知正见，共同实践利己利人的菩萨道，以杜绝社会种种罪恶发生，使我们的世界，变为人间的净土，幸福的乐园。
(十)解脱灾难令离忧苦愿
第十大愿，愿我来世，得菩提时，若诸有情，王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱，一切忧苦。
以下三大别愿，皆是缘苦谛境而发。佛说：人的富贵贫贱，穷通得失，或智愚贤不肖，皆是个人宿生业力使然；所以我们欲想富贵荣耀，幸福快乐，就要实行布施持戒，努力修善，自求多福。可惜众生迷惑无知，不信因果报应分明，每妒忌他人的成就，而苦自己之不足，因而愤世疾俗，甚至挺而走险，作奸犯法，扰乱社会治安，当然要被「王法所录」，接受国家法律的裁判。
古之王法，设有笞、扙、徒、流、死等五刑，以惩罚犯罪的人。今言：「绳缚鞭挞」是笞刑，「系闭牢狱」是徒刑，「刑戮」属于死刑。「及余无量灾难凌辱」，是指王法以外的一切天灾人祸，或是被恶人陷害，饱受凌辱。人的感受可分为苦、乐、忧、喜、舍等五种；今被种种逆境，导致「悲愁煎逼，身心受苦」是属于忧与苦。药师佛行菩萨道时，发愿拔除众生的痛苦，不管是因触犯国法，该受刑罚的人，或被人陷害，枉受无辜者，或是在王法之外，遭受其余天灾人祸的逼害，致使「悲愁煎逼，身心受苦」的众生，若得闻药师佛的名号，即可以仰仗佛的本愿功德，与佛果上的「福德威神力」加被的缘故，皆得解脱，一切王法所加，以及其余无量灾难、苦难、厄难、困难，与遭受他人的横加「凌辱」，种种「悲愁煎逼」的忧苦。
或有人问，被国法惩罚的人，若是冤枉，闻佛名号，即得解脱，是应该的；如果是五逆十恶的人，是罪有应得，若闻佛名号，即得解脱，岂非违背因果定律？当知若有福德因缘，得闻药师佛名，一定是有善根，而又勇于改过的人，今因闻佛名，受佛感化，悔过自新，转恶为善，念佛修行，必然蒙佛慈悲摄受，可以解脱灾难，或重罪轻受，正是善因善果，谁说是违背因果定律？
(十一)饥渴众生得妙饮食愿
第十一大愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐，而建立之。
饮食是人类生活最基本的条件，若然缺乏饮食营养，不仅身瘦形枯，百病丛生，且面临死亡；是以世人无不为求饮食而奔驰。《楞严经》说：「十二类生，不能自全，依四食住。所谓：段食，触食，思食，识食。」
段食，又名粗抟食：指色、香、味、触等食物，可直接资养身体，间接资补精神。
触食：指人的眼等六根，与外界色等六尘接触，产生色声香味，冷暖涩滑种种反应情绪，令人心生喜乐，能长养身心，谓之触食。
思食：指人的思想与意志，能使人精神奋振，克制艰苦，甚至任劳任怨，以谋生存，谓之思食。
识食：此识非指眼等六根，攀缘色等六尘所起之六识，而是指一切众生，皆依赖而生存的第八阿赖耶识；地狱众生及无色界有情，固然赖此识资持命根，而一切众生，亦因此识资持业果，始可以延续生命，因名识食。
三界众生，皆依以上四食而住，至于出世三乘圣人，则以禅悦为食，或以愿力为食，以解脱为食，资养慧命；唯独诸佛，已转识成智，法身显现，智慧饱满，无需再依食住。
段食、触食，纯属物质；思食、识食、以及禅悦食、法喜食、愿食、念食、解脱食等，皆是精神食粮。普通一般人，大都全力注意饮食营养，争取物质的享受，而忽视精神食粮，致使人心失常，精神枯萎，百病丛生，仍然不知谋求挽救，努力?取精神食粮，令精神饱满，身心健康，反而醉心物质享受，心为形役，身为物转，每为物之得失而烦恼；尤甚的是为满足一时口腹之欲，而屠杀生灵，冤结累劫，受报无穷；或为满足一己的私欲，而强夺巧取，无恶不作，既作恶多端，则罪孽难逃，生受法律制裁，死堕恶道，受苦无量，佛眼观之，实在可怜可悯。因此，药师如来行菩萨道时，发愿将来成佛，凡为「饥渴所恼，为求食故造诸恶业」的众生，若然得闻其名号，而能「专念受持」，即先以世间「上妙饮食，饱足其身」。
「上妙饮食」，非指血腥臭秽的肉类，而是营养丰富，资补身心的天然食品，加以思想纯善无恶的思食，与深信因果知见正确的识食，该是世间最上最妙的饮食。
「法味」，指大乘佛教的思想，以及菩萨所修学的无量法门，能长养人的慧命，能令人法身健康，毕竟解脱生死之苦，获得佛果无上菩提的究竟安乐。
药师佛对于为饥渴所恼，作诸恶业，流转生死的众生，先以世间「上妙饮食」，令其安住于有漏善道，使之成为人间贤士；然后再进一步用出世间的「法味」，令其安住于无漏觉道，使之成为出世间圣人，乃至证得佛果无上菩提，究竟离苦得乐，故言：「毕竟安乐而建立之」。
(十二)贫乏众生得妙衣服愿
第十二大愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊?寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
衣服不止可以卫体遮羞，还可以御寒避暑，保护肌肤，避免寒暑或蚊虫的侵袭；是以衣服，亦是人日常生活，不可或缺的护身之物。时至今日，人的衣服不但讲究华丽美观，还求款式新潮怪异，富贵的人，一件衣服，每以万元计，可是贫穷人家，往往衣不蔽体，即使是粗衣旧服，亦无以自给。药师如来为照顾此类贫苦群众，因中行菩萨道时，发愿将来成佛，若有贫穷众生，缺乏衣服，饱受蚊虫侵袭，或被寒暑逼迫恼害，如果得闻药师佛的名号，又能专心称念，如法「受持」，自然获得药师如来本愿功德威神之力加被，即能「如其」心中「所好」，随意「即得上妙衣服」。同时「亦得一切宝庄严具」，例如：宝石，钻石，钻戒，项链等首饰之类。
「华鬘」，是用种种花，或用种种宝石制成的项链首饰；「涂香」，是种种名贵的香水；「鼓乐」，是各种流行的音乐；「众伎」是各种乐器。此皆是人间富豪之家所用之物，今因专心称念佛的名号，即可「随」其「心」意所爱好「玩」赏的一切华丽衣服，各种名贵首饰，高级化妆用品，以及娱乐所用的各种器具，药师佛悉「皆」能「令」一切贫苦众生，得到「满足」，如意享受。
曼殊室利，是为彼世尊，药师琉璃光如来，应正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。
药师佛行菩萨道时，所发的十二大愿，前五愿是依出世间因果，道灭二谛所发的大愿，偏重佛道的修证；后七愿是依世间因果，苦集二谛所发的大愿，正视人间福乐的增益，与疾苦的消除。前五大愿是与一切众生乐；后七大愿是拔一切众生苦。不仅解救人间现实的灾难，令人福寿康宁，所求如意；同时令人离诸魔障，趣向佛道，成等正觉，究竟离苦得乐，因此被称为「微妙上愿」。
六、琉璃世界的庄严
复次曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，行菩萨道时所发大愿，及彼佛土功德庄严，我若一劫，若一劫余，说不能尽。
释尊再次告诉文殊菩萨：药师如来行菩萨道时，所发十二微妙上愿的功德，以及成就佛果菩提之后，其净琉璃佛土的殊胜「功德庄严」，即使在「一劫」之中，或用「一劫余」的时间，亦「说不能尽」。
梵语：「劫波」译为时分，或时间。由一剎那开始，直至亿亿万万年，皆可名之为时分，因此佛经将时间分为小劫、中劫、大劫，以统计时间的长短。佛说世界最初成立，由光音天上的天人下生，当时人寿八万四千岁，过一百年减一岁，如是减至人寿十岁；此时人性凶恶残酷，贪瞋痴炽盛，彼此相见，互起杀心，随手所执，草木皆变成利器，由业力驱使，大杀七天，名刀兵灾。由于人多行不善，残杀无辜，非人吐毒，疾疫流行，感染即死，如是经过七个月的时间，名疾疫灾。又因人心邪恶，不务正业，天龙瞋怒，久不降雨，因旱成灾，五谷失收，人多饿死；未死之人，收集白骨，煎水取汁，饮以活命，历时七载，名饥馑劫。能免刀兵灾，能避疾疫难，能度过饥馑劫的人，大难不死，劫后余生，渐知善恶报应，而改过自新，立心向善，人寿亦随之而增，真的「天增岁月人增寿」，直增至人寿八万四千岁，如是一增一减名一小劫。积二十小劫为一中劫，积成、住、坏、空四个中劫(八十小劫)，为一大劫，今言一劫，是指住劫。药师如来因中行菩萨道时，由于行愿无穷无尽，佛果所证的功德也无量无边，以释尊的智慧与辩才，用一劫，或一劫余的时间，亦「说不能尽」。
(一)国土清净
然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声；琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩?罗网，皆七宝成；亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。
「彼佛土」，是指药师佛的国土，彼佛国土之所以「一向清净」，名净琉璃世界，原因是彼国众生，纯于杂色宝华中化生，皆具有三十二大丈夫相；无有女人，亦无地狱、饿鬼、畜生、阿修罗等四恶趣众生，即使是因不愉快而发出的苦恼音声，亦不可得。不像娑婆世界众苦充满，甚可怖畏；不像娑婆世界五趣杂居，五浊垢秽；也不像娑婆世界，崇山峻岭，荆棘瓦砾，高低不平；而是琉璃为地，金绳界道，宫殿楼阁，皆珍宝所成。「城」是市民聚居之处，正中的通道是「阙」，高广大厦是「宫」，重楼是「阁」。「城阙宫阁」以及其他轩堂明窗，装饰罗网等物，皆是金银、琉璃、砗磲、玛瑙、珊瑚、琥珀、珍珠等七宝所成。「亦如西方」阿弥陀佛的「极乐世界，功德庄严」同等，并无任何差别。因为琉璃极乐，皆是佛的本愿功德所成就的佛国土；药师弥陀，都是佛从体起用，教化众生的大权示现；虽因众生根性不同，施教的方式不一，东西各异，但若然摄用归体，则理性无二，唯一真法界，何来东西之别？故言：「等无差别」。此明佛的依报庄严。
(二)眷属庄严
于其国中，有二菩萨摩诃萨，一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处；悉能持彼世尊，药师琉璃光如来，正法宝藏。
「其国」，指药师佛的净琉璃世界。此世界中有无量无数众多的菩萨，从佛闻法，作为药师如来的法眷属。其中有二位大菩萨，「一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首」。上首，即是诸菩萨众的首领；譬喻日、月光明，是众星光的上首一样。日光能破黑暗，表示菩萨的智慧光明，能照破众生无明烦恼长夜的黑暗；月光能令大地清凉，表示菩萨的慈悲，能令众生除热恼，得清凉。
又菩萨名日光，表示一切智，名月光表示道种智，佛名琉璃光，表示一切种智，若佛若菩萨，若主若伴，皆以般若智光，广作佛事，利益众生。
因为日光与月光菩萨，是药师如来的接班人，将继承佛位，犹如世间的王太子，将继承王位，执行王政一样；亦如弥勒菩萨，当来下生此娑婆世界成佛，补释迦牟尼佛之处。又如西方极乐世界的观音、势至两位大菩萨，在阿弥陀佛灭度之后，即于极乐世界，补佛之处，次第成佛，继承佛位。日光、月光两位法身大士，将继药师佛之后，在净琉璃世界，相继成佛，故言：「次补佛处」。
「正法宝藏」，拣非世间上的邪法，而是出世间最妙至上的正法，此正法即是胜曼经所说：「佛性者，是如来藏，是正法藏，是法身藏，是出世藏，是自性清净藏。」日光、月光两位大菩萨，位居等觉，智慧功德与佛同等，通达佛性，亲证法身，所以「悉能」受「持彼」净琉璃世界的「世尊药师琉璃光如来」的「正法宝藏」。
(三)劝信愿生
是故曼殊室利！诸有信心善男子、善女人等，应当愿生彼佛世界。
释尊既已介绍药师如来，因中的行愿功德，及果上依正庄严，所以劝诸有情，发愿求生彼国；亦如伟佛说阿弥陀经一样，劝人发愿往生。善男子，包括沙弥、比丘、优婆塞等；善女人，包括式叉摩那、沙弥尼、比丘尼、优婆夷等。释尊的意思是说：凡对药师如来有信心的七众佛弟子，都应当发愿，求生彼药师佛的净琉璃世界，一则可以避免众苦，二则可以常随佛学，饱餐法味，受众妙乐。
七、本愿功德的殊胜
(一)闻名灭罪免堕恶道
以下是释尊简单介绍净琉璃世界的国土清净，眷属庄严并劝导我们发愿往生彼国土，亲近药师如来之后，再介绍药师如来，由本愿所成就佛果利他的殊胜功德。药师佛利益众生的功德，可分为四大类：一是闻名灭罪免堕恶道，二是持名增福得生善处，三是持咒治病终成菩提，四是供养消灾获福免难。闻名灭罪免堕恶道，又可分四点：
(1)灭悭吝贪惜罪
尔时世尊，复告曼殊室利童子言：曼殊室利！有诸众生，不识善恶，惟怀贪?，不知布施，及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护；见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜。
凡利己又益人的事谓之善；凡损人利己，或损人不一定利己的事谓之恶。本来为善最乐，为恶遭殃，是必然的因果定律，所谓：善有善报，恶有恶报，因果是永远相随，也永远相类的。是以我们欲想幸福快乐，就要诸恶莫作，众善奉行。可惜迷途众生，「不识善恶」因果报应，一向「惟怀贪」恋物质享受，悭「吝」不舍之心，「不知布施」，可获无量福报。又「愚痴无智，阙于信」仰三宝的善根，只知「多聚财宝，勤加守护」，刻薄寡恩，分文不施，拔一毛以利天下亦不肯为。见有乞求帮助的人来，或慈善机构向他劝捐，「其心」则生厌恶「不喜」，假「设」因人事关系，或因面子问题，「不获已而行施时」，则「如割身肉」一样，「深生痛惜」。
复有无量悭贪有情，积集资财，于其自身尚不受用，何况能与父母、妻子、奴婢、作使，及来乞者？彼诸有情，从此命终，生饿鬼界，或傍生趣。
还有，世界上无量无数众多悭贪的人，只知「积集资财」，愿意作为一名忠实的守财奴，连他自己本身的享乐，尚且不舍得受用分文，何况能与父母、妻子、奴婢、作使、及来乞者分享自己的财富呢？殊不知世间财物，五家所共有，更不知百岁光阴一剎那，转眼发白面皱，无常终于到来，结果，万般带不去，唯有业随身。「彼诸」不肯布施，利己利人的「有情」，由于生前悭贪的罪业，「从此」人道「命终」之后，即「生饿鬼界，或傍生趣」，受苦无量。
由昔人间，曾得暂闻，药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时，从彼处没，还生人中，得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐；好行惠施，赞叹施者，一切所有悉无贪惜，渐次尚能以头目手足，血肉身分，施来求者，况余财物。
由于悭贪不舍之罪，堕落恶趣受苦的众生，幸而往昔在人道中，「曾」经「得暂」时「闻药师琉璃光如来名故」，已在八识田中，印烙下药师佛号的种子。今由种子引生现行，故虽「在恶趣」中受苦时，忽然能「暂得忆念彼」药师「如来名」，凭此忆念如来名号的功德，「即于念时，从彼处没，还生人中」，得解脱三恶道之苦。而且凭佛力加被，「得宿命念」，能记忆前生由于悭贪之罪，曾经堕落在恶道受苦，现在因怖「畏恶趣苦」，再不敢因好乐五欲快乐的享受，而损人利己，薄人厚我；反而能舍己为人，「好行惠施」，或见他人布施，亦能随喜功德「赞叹施者」。对于自己「一切所有」的财物，「悉无贪惜」之心，而能欢喜布施，或从事社会公益事业发展，以谋利益群众，或在需要时，尚且可以渐由外财布施，进而「能以头目手足，血肉身分」等内财布施，例如：输血，或捐赠身体各部分器官，给来求助的人，何「况其余」身外的「财物」呢！
是药师如来以布施之药，对治众生悭贪之病；所以悭贪有情，得闻药师佛的名号，由佛力加被，便可以消灭悭贪无知之罪业，得成就檀波罗蜜的利益。
(2)灭犯戒谤法罪
复次曼殊室利，若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗；有虽不破尸罗，而破轨则；有于尸罗轨则虽得不坏，然毁正见；有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义，不能解了；有虽多闻而增上慢，由增上慢，覆蔽心故，自是非他，嫌谤正法，为魔伴党。如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情，堕大险坑。此诸有情，应于地狱，傍生，鬼趣，流转无穷。
「尸罗」是梵语，含有清凉、安稳、安静、寂灭等四义，简译为戒。「若诸有情」，指人道中学佛修行的七众佛弟子。「学处」，是指佛所制的戒，因为戒是佛弟子应当修学之处，例如：在家佛弟子，以受持五戒、八戒为其学处，出家二众，以受持具足戒为其学处，菩萨以受持菩萨戒为其学处。故凡是佛弟子，都有应守的戒律，犹如社会群众，必有其应守的法律一样；若人犯戒，即毁私德，违背法律，是毁公德。如无正见，则损公益，不求多闻，是断慧命。一个正信的佛弟子，或良善的公民，皆应严持佛戒，遵守国法，还要力求多闻，了解佛法，建立正知正见，深信因果，如法修证。所谓：「解行并进」。切忌曲解佛意，邪见炽盛，或得少为足，贡高我慢，沦落为魔鬼眷属，自害害人。
佛告曼殊菩萨，有人虽然于「如来」正法中，「受持诸学处」，但不能持戒清净而「破尸罗」。有人虽不致破尸罗，犯杀、盗、淫、妄等根本大戒，「而破轨则」。轨则，是僧团共住的仪轨法则，大?盘经说，出家人应常修七事：一欢喜和谐，犹如水乳；二恒共集会，讲论经法；三护持禁戒，不生犯想；四恭敬师长，及于上座；五料理爱敬，阿练比丘；六劝化修营，三宝住处；七勤加精进，守护佛法。若然七事不修，是「破轨则」。
正见有世间及出世间之别，世间的正见，是知善恶，明因果，信四大皆空，五蕴无我，信修学佛法，可了生死，可证?盘；出世间的正见，不止理解诸法空性，还要深信人皆有佛性，人皆可以成佛，自己要发菩提心，勤求佛道，还要广度众生，令成佛道
如果有人虽然戒行无亏，也能遵守僧团的仪轨法则，可是思想错误，心念不正，得少为足，甚至未得谓得，未证谓证，每每传播谬论，导致别人曲解佛教，是「毁正见」。
「有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义，不能解了。」这又是一类知见虽正，但学识肤浅的修行人，往往固步自封，不肯亲近善知识，多参饱学，对「于佛所说契经」的甚「深义」理，当然「不能」理「解」明「了」。每以佛的不了义经，作为了义教，自误误人，实在罪过。
「有虽多闻而增上慢」，此又是一类思想有问题的学佛人。虽然肯广学多闻，增长个人的佛学知识，却因此贡高我慢，目中无人。或不专精佛典，而学异端邪说，以为博学多才，殊不知反而因此，生起增上慢，「由增上慢覆蔽」自心的缘故，往往以为自己的见解正确，而说他人的知见不对，因为「自是非他」的结果，「嫌」弃毁「谤」了佛的「正法」，成「为魔」鬼的「伴党」而不自觉。「如是」破戒、毁正见、弃多闻、起增上慢、自是非他、嫌谤正法的愚蠢无智的人，不止自己的行为，沦落于邪知邪见，同时「复令无量俱胝(百亿)有情，堕大险坑。」险坑，指三恶道，是陷害人的危险火坑，正所谓：一肓引众盲，相牵入火坑。此等自行邪见，又令无量百亿众多有情，堕落邪见陷阱的人，可谓罪大恶极，理应永远堕于地狱、傍生、鬼趣三恶道中，流转生死，无有穷尽。
若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍恶行，修诸善法，不堕恶趣。设有不能舍诸恶行，修行善法，堕恶趣者，以彼如来本愿威力，令其现前暂闻名号，从彼命终，还生人趣。得正见精进，善调意乐，便能舍家，趣于非家；如来法中，受持学处，无有毁犯，正见多闻，解甚深义，离增上慢，不谤正法，不为魔伴；渐次修行，诸菩萨行，速得圆满。
此明闻佛名号，即得离恶生善益。恶行指破戒、邪见、谤法等罪行；善法指正见、精进等善行。恶行的人，若得闻药师琉璃光如来名号，便可获得佛的本愿功德神力加被，而能舍恶行，修诸善行；由于转邪归正，转恶为善，则善因得善果，再「不堕恶趣」，而得解脱三恶道之苦。
假「设有」业障深重的人，虽闻佛的名号，仍然「不能舍诸恶行，修行善法」，不能避免「堕恶趣者」，但「以彼」药师「如来本愿威力」，能「令其现前暂闻」药师佛的「名号」，以此闻名功德，罪恶众生即可从彼恶趣命终，还生人趣，而且得正见精进，修学佛法，善于调摄身心，令自己意乐出家修行，便能舍离家庭，趣向非世俗之家，而入如来法王之家，在「如来」的正「法中，受持学处(戒律)，无有毁犯」，并且正知正见，勤求多闻，故能了解佛经的甚深义理，远「离增上慢」，不再毁谤正法，不致堕落邪见为魔伴侣；如是「渐次修行诸菩萨」所修学的六度万行，即可「速得圆满」诸波罗密，而成就佛果菩提。
此是药师如来，用戒度、进度、慧度之药，对治众生毁犯、懈怠、邪见等病，故能令犯戒、邪见、不求多闻的众生，闻药师佛名号，即可消灭毁犯、邪见、谤法等罪，而得持戒、正见、多闻等利益。
(3)灭嫉妒毁他罪
复次曼殊室利，若诸有情，悭贪嫉妒，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦﹔受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞，饥渴逼恼，又常负重，随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。
人的富贵与贫贱，成功或失败，皆由人宿世业力所使然，既非人与，亦非天赐，一切都是由自己自作自受。可惜世人无知，不肯努力自求多福，反而怨天尤人，每悭自己的所有，妒忌他人的成就，既贪求不已，心无厌足，且不喜他善，不耐他荣；往往自赞毁他，造种种恶业，《瑜伽菩萨戒本》言：「他实有德，不欲赞美，他实有誉，不欲称扬。」反而恶意中伤，谗言毁谤，令人间「事修而谤兴，德高而毁来」，是非?起，道德沦亡，可谓罪业深重，当然要「堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦。」受完地狱，饿鬼道中种种剧烈苦果报应之后，即「从彼」恶趣「命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞」，既要忍受「饥渴逼恼」；又要常为人背负重物，「随路而行」。畜生报尽，即使「或得为人」，仍然要受「生居下贱，作人奴婢，受他驱役」种种苦楚，一辈子「恒不自在」。
恒被鞭挞，是嫉妒的余报；饥渴逼恼，是悭贪的余报；生居下贱，作人奴婢，受他驱役，是自赞毁他的余报。可知因果报应，丝毫不爽，正报受尽，还要受其余报，我们诚应时刻警惕，勿作恶因，免招苦果。
若昔人中，曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心归依；以佛神力，众苦解脱，诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔罥，破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死，忧悲苦恼。
若果此类有情，往昔在人道中，悭贪嫉妒之时，如有机会「曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因」，今恶报受尽，善因种子发生现行，即得复忆念药师如来的名号，又能「至心归依」药师如来，药师如来即「以佛神力」，加被此等生居下贱，不得自在的有情，令得「众苦解脱」，同时还得诸根聪明伶利，智慧多闻，恒常发心追求大乘殊胜的佛法，而且常得值遇善友提携，远离恶知识，永远断除魔罥网，而能冲「破无明壳」的蒙蔽，枯「竭烦恼河」的沉溺。
无明烦恼，缠缚众生，障蔽心智，犹如人堕在壳中，不见天日；若能突破无明烦恼的障蔽，令人内心智光显现，照见真理，谓之破无明壳。三惑烦恼，能令众生长期漂流生死苦海，求出无由，犹如暴涨的河流，有灭顶之患，谓之烦恼河。今既能智慧多闻，恒求胜法，又能如法修行，以戒定慧三无漏学的力量，断除贪瞋痴等根本烦恼，其余枝末烦恼的河流，亦随之而枯竭，是名竭烦恼河。当知烦恼，是滋润生死的源泉，是导致众苦的根本；今既能破无明壳，竭烦恼河，自然可以「解脱一切生老病死，忧悲苦恼」的折磨。
此是药师如来以福慧二严之药，对治众生不修福慧之病；悭贪嫉妒，是不修福德；自赞毁他，是缺乏智慧。由于众生贫穷无福慧，故被悭贪嫉妒心所驱使，作诸恶业，而招致三恶道种种剧苦。幸而往昔得曾闻药师佛名，以及今复忆念的功德，即可消灭悭贪、嫉妒、自赞毁他之罪，而得解脱众苦的利益。
(4)灭斗讼咒诅罪
复次曼殊室利，若诸有情，好喜乖离，更相?讼，恼乱自他，以身语意，造作增长种种恶业，辗转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树冢等神，杀诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗剎婆等；书怨人名，作其形像，以恶?术，而?诅之；魇魅蛊道，?起尸鬼，令断彼命，及坏其身。
「好喜乖离」，指个性乖张的人，喜欢搬弄是非，歪曲事实，说离间语，向甲说乙的不对，向乙说甲的不是，挑拨离间，鼓励仇恨，目的是令彼此不和，从中取利，属于口的恶业。更有一类好勇斗狠的人，每因小事，即互相斗争，或口诛笔伐，甚至闹上法庭，诉诸法律，结果两败俱伤，恼乱自己，又恼害他人。这种毫无道德修养的人，身则杀盗淫，口则两舌恶口，妄言绮语，心则贪瞋痴，如是「以身语意」三业，「造作增长种种恶业」，岂止「辗转常为不饶益」自他的「事」，而且更进一步「互相谋害」；在力不敌时，不惜采取邪恶之术，危害对方。例如祷「告山林树」木的树神，以及野「冢」孤墓之间的鬼「神」，请求树木鬼神代为报复。或「杀」鸡鸭牛羊等「诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗剎婆等」鬼神，请祂们伤害对方，以泄心中愤恨。或书写自己怨恨之人的名字，及其生辰八字，又造「作其形像」，以种种邪「恶咒术而咒诅之」；或以「魇魅蛊道」谋害对方。
药叉，即是夜叉，译名疾捷；罗剎，译暴恶；魇魅，译名瓮形，皆是恼害人的恶鬼。「蛊道」，剧毒谓之蛊，蛊惑之道，是集众毒虫于一处，让它们自相残杀，剩下最后一只，将它烧死，磨成粉末，暗中放入仇人的食物中，毒死对方。
「起尸鬼」，是用咒术，令死尸活动，然后给与刀剑，教令去断彼仇人的性命，以及损坏其身体。此皆是瞋恨心重，又心术不正的人，所用不道德的恶毒手段，若不悔改，势必堕落三恶道。
是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事，悉不能害。一切辗转皆起慈心，利益安乐，无损恼意，及嫌恨心；各各欢悦，于自所受，生于喜足，不相侵陵，互为饶益。
「是诸有情」，是指被谋害的人。「若得闻此药师琉璃光如来名号」，便仰仗佛的威德神力，使「彼诸」陷害自己的「恶事」，悉皆不能危害，反而能令恶鬼恶人，「一切展转，皆起慈心」，变成「利益安乐」人间的善鬼善人，再「无损恼意，及嫌恨心」，彼此「各各欢悦」相处，于自己所有受用之物，即使贫穷困苦，亦能安守本份，生于欢喜知足想，不再为满足自己无穷的欲望，而去侵害或陵辱他人，同时能「互相饶益」，和衷共济。
此是药师如来，以忍辱之药，对治瞋心的病，是以因瞋恨心而喜欢斗讼，恼乱自他的众生，得闻佛名，即转瞋恨为慈悲，转凶恶为良善，转互相侵犯，互相陷害，为互相饶益；令自已与他人，皆得安享其乐。
(二)持名增福得生善处
(1)得生佛国益
复次曼殊室利，若有四众，苾刍、苾刍尼、邬波索迦、邬波斯迦，及余净信善男子、善女人等；有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处。以此善根，愿生西方极乐世界，无量寿佛所，听闻正法，而未定者；若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰：文殊师利菩萨，观世音菩萨，得大势菩萨，无尽意菩萨，宝檀华菩萨，药王菩萨，药上菩萨，弥勒菩萨，是八大菩萨，乘空而来，示其道路，即于彼界，种种杂色，众宝华中，自然化生。
「苾刍、苾刍尼」，是比丘、比丘尼的异译，是出家修行的男女二众。「邬波索迦、邬波斯迦」，即优婆塞、优婆夷，译近事，意思是亲近三宝，事奉佛法，是在家学佛的男女二众。「及余净信善男子、善女人等」，是指四众以外的沙弥、沙弥尼、式叉摩那，以及求受三归五戒，或但归依三宝，未受五戒，对三宝能生起清净信心恭敬事奉的善男信女。「八分斋戒」是一不杀，二不盗，三不淫，四不妄语，五不饮酒，六不坐高广大床，七不着香花鬘、不香油涂身、不歌舞及不往观听，八不非时食。前七种是戒，后一种是斋，合名八分斋戒。无论是已受五戒，或末受五戒的在家佛弟子，皆可以于每月初八，十四，十五，二十三，二十九，三十等六斋日，持此八分斋戒。或经常于每年正月，五月，九月等三长斋月，受持此八分斋戒，功德更大。因为佛经说：四天王于此三个月中，巡视至南赡部洲；故于此三个月中，持戒修福，功德倍胜。
「受持学处」，是受持佛制的禁戒。出家弟子，无论是受持沙弥、沙弥尼戒，是受持比丘、比丘尼的具足戒，或是受持菩萨的十重四十八轻戒，以及三聚净戒；在家学佛的人，无论是受持五戒，八分斋戒，或在家菩萨戒，都有功德。若能「以此」持戒的「善根」功德，回向发「愿生西方极乐世界，无量寿佛所，听闻正法」的人，是应该可以往生极乐净土的。今言：「而末定者」，可作两种解释，一是受持斋戒的人，只愿生西方极乐世界无量佛所而已，但愿犹未坚，志趣未定。其次是仅凭此斋戒的善根功德，发愿往生，但信未深，愿未切，行又未精，资粮未备，得生与否，仍未决定；临命终时，若遇恶缘，难免堕落。此类有情，「若」果得「闻世尊药师琉璃光如来名号」，又能专心持念，则「临命终时，有八大菩萨」来指示其往生东方净琉璃世界的道路。
文殊师利菩萨，译名妙德或妙吉祥，本门深远，曾为七佛之师，今?门示现在娑婆世界助释尊教化，是华严三圣之一，代表大智。 观世音，得大势二菩萨，是西方极乐世界三圣之二，观音菩萨寻声救苦，代表大悲；大势至菩萨，以智光普照三涂众生，令离诸苦，得无上力，代表大力。无尽意菩萨发心无尽，愿力无尽，代表大愿；宝檀华菩萨，以因行之华，庄严佛果菩提，代表大行；药王菩萨，能以法药，治疗众生身心重病，代表大用；药上菩萨，能以无上法药，供养大众，代表大仁；弥勒菩萨，得慈心三昧，救护众生，代表大慈。大智、大悲、大力、大愿、大行、大用、大仁、大慈，正是药师如来具足的八种功德。
又文殊了了见佛性，表示正见；观世音寻声救苦，表示正语；得大势普利众生，表示正业；无尽意心愿无尽，谛观不二，表示正思惟；宝檀华勤修万行因华，表示正精进；药王善治众病，怜悯众生，表示正念；药上能令众生法身健康，表示正命；弥勒修唯心识观，表示正定。「是八大菩萨，乘空而来，示其道路，」是表示药师如来从毕竟空的法身理体，起大智等八德的妙用，来指示众生八种圣道的道路，引导持戒修福的人，往生其国。
「即于彼界」是指彼东方净琉璃世界。「种种杂色众宝华中，自然化生」，但不同于六道四生中的化生，六道胎卵湿化四生中的化生，仍然是由业力变化而成形；今持戒念佛的众生，既非烦恼业力为因，亦非父母贪爱为缘，而是依据自己的善根功德，与药师如来本愿功德威力，顷刻之间，即于彼净琉璃世界，杂色宝华中，自然化生，且无男女性别，皆具大丈夫相，自身光明，与佛无异。
或问，往生佛国何需八大菩萨引导辅助？又何必是于欲生西方而未决定者？当知我们出门旅行，即使是在自己的国家，或近在邻国，初次前往，仍然需要导游带领，何况远在十万亿恒河沙佛国以外的净琉璃世界？若无佛菩萨接引，如何辨别方向？又怎可以顷刻即到？因为弥陀法门，主张万念放下，若能一心念佛，即与阿弥陀佛愿力相应，故临命终时，佛来接引，而得往生。至于药师法门，则偏重有情现实生活的享乐，以消灾障，增福寿为主，若有一类众生，虽慕极乐净土殊胜，愿意往生，但信愿不深，资粮未备，又因现前身心众苦交煎，未能专心持名，未必一定可以往生，后得闻药师如来圣号，至心诵持，希望消灾免难，增福延寿，兼愿往生药师佛国，加以药师如来本愿慈悲摄受，故临命终时，由此土名称普闻的八大菩萨，乘空而来，示其道路，即可往生。何况药师弥陀，东西虽隔，行愿无异，国土庄严，亦无差别，但由众生的愿力与福德因缘，佛及菩萨即接引往生。
(2)上生天界益
或有因此，生于天上；虽生天上，而本善根，亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。
「或有」一类持戒的众生，虽得闻药师如来名号，亦能至心受持，可是但求人天福报；此时命终，亦可「因此」闻名持念的功德，得上生天界，享受天福。
佛经说：三界共有二十八层天，其寿命长短与福报大小，彼此各异；但同是属于有漏之福，不能久享。当天福享尽，都有可能被宿世恶业所牵，再次堕落三涂受苦。是以永嘉禅师说：「住相布施生天福，犹如仰箭射虚空；势力尽，箭还堕，招得来生不如意，争似无为实相门，一超直入如来地。」但持戒念佛的佛弟子，功德善根深厚，报生天国，受胜妙乐；即使天上寿尽，「而本善根，亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。」
(3)贵为人王益
天上寿尽，还生人间，或为轮王，统摄四洲，威德自在；安立无量百千有情，于十善道。或生剎帝利，婆罗门，居士大家，多饶财宝，仓库盈溢，形相端正，眷属具足，聪明智慧，勇健威猛，如大力士。
天人的寿命很长，在《俱舍论》说：「人间五十年，天上一昼夜，承斯寿五百，上五倍倍增。」即是说，欲界最下层的四天王天的天人，寿命五百岁，以人间五十年为一日。忉利天的天人，寿长一千岁，以人间一百年为一日。乃至第六层他化自在天，则寿命十六千岁，以人间千六百年为一日。至于色界十八天，则寿命以劫数计，详见俱舍论。今持戒念佛的众生，虽然「天上寿尽」，但由于善根末尽，不致堕落恶趣，故「还生人间」，犹贵为帝王。
佛教将人间帝王，分为转轮王及散粟王两类；转轮王又分金轮、银轮、铜轮、铁轮等四种，分别掌管四大洲。铁轮王管南赡部洲；铜轮王兼管南赡部洲及西牛货洲；银轮王除主管南西二洲外，还兼管东胜神洲；金轮王除管东南西三洲外，复管北俱卢洲。
据佛经记载，金轮王具足七宝千子，以道德威力感化四洲，普劝世人，共修十善，远离十恶，身不杀、不盗、不淫，口不妄语、不两舌、不恶口、不绮语，意不贪、不瞋、不痴；可谓推行德政，使人皆思想净化，人皆接受道德教育，建立理想的人格，共同过着美满又幸福生活。所以说：「统摄四洲，威德自在，安立无量百千有情于十善道。」因此，被称为转轮圣王。
「剎帝利」，是古印度四种姓中，执掌国法，治理国家的王族。四大部洲中，国家众多，而每个国家，皆有其国王或总统，是以此类人王，其数多如散粟，因名散粟王。「婆罗门」，是专管宗教祭祀礼仪的祭师；「居士大家」，是富有多财的企业家；都是属于人道中尊贵的族类。持戒念佛生天的人，因善根深厚，虽然天上寿尽，亦不会再堕落三恶道，而还生人间，依其福报大小，或贵为转轮圣王，或为人王，或生婆罗门，居士大家，不止衣食丰足，「多饶财宝，仓库盈溢」，而且自身「形相端庄」，家庭美满，「眷属具足」；既「聪明智慧」，又身体健康，「勇健威猛，如大力士」。令人畏敬服从。这些福气，固然是自己持戒修善的结果，而亦是因闻名称念，药师如来圣号的功德所致。
(4)转生男身益
若有女人，得闻世尊，药师琉璃光如来名号，至心受持，于后不复更受女身。
现代文明社会，虽然实行男女平等制度，但事实上，很多国家，未必尽然。除非是乘愿再来，为度女性，而现女身的大菩萨，否则，女人是有很多理由，讨厌女身的。释尊说：「若有」厌恶女身的「女人，得闻世尊药师琉璃光如来名号」，而能「至心受持」，必蒙药师佛慈悲加被，来生将不再受女形，而且生生世世，皆得大丈夫身，直至成佛，「不复更受女身」。
(三)持咒治病终成菩提
(1)佛观病苦入定说咒
复次曼殊室利，彼药师琉璃光如来，得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦，瘦挛干消，黄热等病，或被魇魅蛊毒所中，或复短命，或时横死。欲令是等病苦消除，所求满愿；时彼世尊，入三摩地，名曰：除灭一切众生苦恼，既入定已，于肉髻中，出大光明，光中演说，大陀罗尼曰：
南谟薄伽伐帝‧鞞杀社窭噜‧薜?璃?喇婆喝啰阇也‧呾他揭多耶‧阿啰喝帝‧三藐三勃陀耶‧怛侄他‧唵‧鞞杀逝‧鞞杀逝‧鞞杀社‧三没揭帝莎诃。
尔时光中说此?已，大地震动，放大光明，一切众生，病苦皆除，受安隐乐。
瘦挛是肺病，干消是糖尿病，黄是黄疸病，热是大热症，等是等于其他伤寒，感冒，以及人体各部份器官可能发生的疾病。此外，或被怨敌咒诅召请「魇魅」作祟而致病，或被人暗中放置蛊毒而致病…。总之众生的疾病多多，虽然现代医学发达，药物昌明，但被发现的病症更多、更复杂，很多不治之症，往往令人夭折，谓之「短命」；或中蛊毒，寿末尽而命终，谓之「横死」。
人致病的原因虽多，但最主要的是众生的体质，由地水火风四大原素组合而成，每因四大不调而生病，四大衰退而老，四大分散而死；所谓生老病死苦，人所难免。又人每因贪求满足一己的私欲，只知有我，不知有人，往往损人利己，薄人厚我，结怨多端；但限于环境，非聚会一处，共同生活不可，是「怨憎会苦」；恩爱眷属，无奈逼于环境，各散东西，或为寿命所限，生别死离，是「爱别离苦」；人生不如意事，十常八九，虽然满怀希望，雄心万丈，可是现实无情，往往事与愿违，令人失望，是「求不得苦」；还有，众生的生命，由五阴所造，当物质与精神无法平衡发展时，何止问题百出，而且百病丛生，令人身心饱受煎熬，是「五阴炽盛苦」。此外，还有自然界的灾害，人事界的冲突与人为的祸患，随时随地，都可能降临每个人的身上，故佛说：「三界无安，犹如火宅；众苦充满，甚可怖畏。」
然众苦中，又以病苦为甚；多少人因为病而放弃学业的进取？多少人因为病而障碍事业的发展？又多少人因为病而悲观，而厌世，而自毁前程？特别是被恶疾缠身的人，群医束手无策，药物罔效时，终日卧床呻吟，求生既不得，求死亦不能，多么苦恼！「彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦，」实在可怜可悯，因此，为「欲令是等」众生，「病苦消除，所求愿满，」故「入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。」
『三摩地』，译名正定，又名等持，即等持身心，专注一境。药师如来，「既入定已」，即「于肉髻中出大光明」。肉髻，是三十二相中的肉髻顶相，又名无见顶相，是佛全身最高贵的所在。佛于此放大光明，又在「光中演说大陀罗尼」神咒，是表示从最高的定力，发出最高级的智慧，又从最高级的智慧，流出不可思议的妙用，是以能拔除众生的病苦，给予众生「所求愿满」的快乐。
梵语「陀罗尼」，译名总持，即总一切法，持无量义。又名能持能遮，意思是能持一切善法，摄一切功德，令不散失；能遮障一切恶法，令不生起。可分为四：
一闻陀罗尼，是于佛的教法，闻持不忘。
二义陀罗尼，于诸法义理，总持不失。
三咒陀罗尼，依禅定功力，发出秘密语，有不测的灵验。
四忍陀罗尼，是于诸法实相理，安住不动。今药师如来于定中所说的，是第三种咒陀罗尼。
咒，又名真言，是诸佛菩萨，从禅定中所发的秘密语，有不可思议的妙用，能令持诵咒语的人，善根增长，罪恶消灭。《大乘义章》言：「菩萨依禅能起咒术，为众除患，第一灵验，名咒陀罗尼；菩萨依禅备起多用，随用别论，即有无量陀罗尼门。」今药师佛所说的咒，在无量陀罗尼门中，是「除灭一切众生苦恼」的咒陀罗尼。咒语，在四例五不翻中，是翻字不翻音，与秘密故不翻。今不妨略述其义如下：
「南谟」即南无的异音，译为皈依或敬礼。「薄伽伐帝」，即薄伽梵的异名，译名世尊。「鞞杀社窭噜」，译药师，「薜?璃」，译琉璃，「?喇婆」译光，「喝啰阇也」译王，「呾他揭多耶」译如来，「阿啰喝帝」译应，「三藐三勃陀耶」译正等觉，综合而言：即是皈依世尊，药师琉璃光王如来，应正等觉。
「怛侄他」，意思是：即说咒曰，唵字以下，才是咒陀罗尼的开始。「唵」字应读翁音，在佛菩萨言，是总摄四智菩提，以及一切佛果无漏功德；又能扫除一切邪恶染法，圆成一切清净善法。所以唵字，是总持中的总持，因此一切咒的开始，皆冠以唵字。在持咒人言，唵字应该是含有皈命、敬礼、供养、警觉、摄伏等义，意思是持念诸佛菩萨的咒语时，除志心皈命敬礼，三业清净，供养三宝外，还要提高警觉，抑制妄念，专一诵持，即可摄伏一切魔怨，蒙诸佛菩萨加持护念。「鞞杀逝，鞞杀逝」，都是治病所用的药物，「鞞杀社」，是能用药治病的药师，今双举鞞杀逝，意思是药师如来，既用药物治愈众生，生理上的种种疾病，还用法药治愈众生，心理上的种种烦恼病，令众生身心重病，悉皆消除。「三没揭帝」译普度，「娑诃」译速成就，综合其大意是：药师佛以药医治众生身心众病，普度一切众生病苦的大愿，速得成就。
当药师佛在「光中说此咒已，大地震动」，而且「放大光明」，普照十方，令十方世界中，「一切」受病苦逼迫恼害的「众生」，接触佛光，业障消灭，即得「病苦皆除」，取消疾病缠身的苦恼，享受安康稳定，幸福快乐的生活。
(2)持咒治病得灭苦益
曼殊室利，若见男子女人，有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食或药，或无虫水，?一百八遍，与彼服食；所有病苦，悉皆消灭。
持咒不同诵经念佛，诵经一定要了解经中所诠的义理，依照佛所开示的法门，及修学的方法去实行，始可得益。念佛虽然贵在一心，但也要知道佛的名号所含的意义，及佛的本愿功德，以启发自己的信心，然后专心持名。唯独念咒，但凭信心与恒心，三业净勤，便可得益；无需了解咒语所含的意义。因为咒的含义很多，且属于诸佛菩萨，在定中所发的秘密语，属于秘密不翻，即使翻译，亦往往挂一漏十，或此土言语，无法表达其含义与境界，所以不必力求了解，但能集中意志，一心持诵，自然有一股潜在的力量，令持咒的人，达到自己所求的愿望。
据传说：从前有一个不务正业的人，为贫贱所逼，流浪异国，冒充贵族，竟被异国公主招为驸马，自此显贵，傲气凌人，尤其每逢进食时，都借故大发脾气，公主无奈，唯有求助于中国商人，以谋挽救婚姻危机。商人授予公主一偈：「无亲往他国，欺诳一切人；粗食是常食，何劳复作瞋。」并嘱咐公主，当驸马发脾气时，即高声诵念。驸马以为公主，已知穿他的秘密，不敢再发脾气；其实公主并不了解偈语的内容，只是深信中国商人所授的方法，如说实行而已。我们持念诸佛菩萨的咒语也是一样，以深信不疑的心去诵持，虽不明白咒语的内容，却与佛菩萨的愿力相应，而获得灵妙难思的利益。
特别是药师佛在「除灭一切众生苦恼」的正定中，所说的咒语，对病苦众生，尤具特效。故释尊嘱咐曼殊菩萨：「若见男子女人，有病苦者，应当一心为彼病人」诵持药师如来所说的神咒。本来念经持咒，最好是自己修持，不过若因病重，不能自念，可由亲属或别人代替。为病人持咒时，先要洗澡、漱口，常保持身心清净，然后用病人的饮食、药丸、药水，或无虫的净水等物，持咒一百零八遍，然后给与病人服食。
「一心」是意业清净，「澡漱」是身业清净，「诵咒」是口业清净，如是以清净的三业，持咒加持病人的饮食与药物，自然仰仗药师神咒不可思议的功力，令病人业障消除，「所有病苦，悉皆消灭」。
(3)持咒满愿得延寿益
若有所求，至心念诵，皆得如是，无病延年。
「所求」，是众生心中的愿望，「至心」是三业清净，「念诵」，是用至诚恳切的心，念念不忘，诵持无间，甚至念而无念，无念而念，持咒之心，与佛慈悲拔苦与乐之心，连在一起。自然若有所求，都「皆得如」愿「是」偿，无论是求消灾，求免难，求财富，求健康，求长寿，甚至求速断烦恼，求疾证菩提，无不皆得称心如意；何止却魔除病，还可以延年益寿，所以说：「无病延年」。
(４)持咒往生得菩提益
命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重，恭敬供养者，常持此?，勿令废忘。
至心诵持神咒，不止现生却病延年，有求皆遂，还可消除业障，增长善根，「命终之后」，得往生彼净琉璃世界，闻法修行，得不退转，乃至由发心菩提，进而得伏心菩提，明心菩提，出到菩提，直至究竟菩提。
「是故曼殊室利」以下，是释尊结劝受持。「是」承上持咒可却病延年，可满所愿，可往生佛国，终成菩提的缘「故」，佛告「曼殊室利，若有男子女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重，恭敬供养者」，应当时常受持诵念，此药师如来所说的神「咒」，切勿疏懒废弃，忘记受持。
「至心」是专一不乱，「殷重」显非怠慢，「恭敬」表示尊重。若用香、花、灯、果等物质是财供养，深信受持，诵念无间是法供养。无论是用财供养，或法供养，都要三业清净，至诚恭敬，既专一又精进，如是持之以恒，始可得益。
(四)供养消灾获福免难
(1)供养三宝得护念加持
1.供养三宝
复次，曼殊室利，若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来，应正等觉，所有名号，闻已诵持；，晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花，烧香涂香，作众伎乐，供养形像。于此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义；于彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。
「净信」，拣非迷信或误信，因为迷信或误信，皆含有错误的成份；今此净信，是含有信实、信德、信能等三义。信诸法实相理，是众生本具的佛性，故人皆可以成佛，是信实；深信佛、法、僧三宝，皆具有真实功德，能救济众生，令人离苦得乐，是信德；信自己如法修行，一定可以断烦恼，成佛道，是信能。果能成就信实，信德，信能的信心，就是「净信」。净信的男子女人，是能闻、能持、能供养的人。
「得闻药师琉璃光如来，应正等觉，所有名号」以下，是所闻、所持、所供养之境。如来有三身，《成实论》言：「乘如实道，来成正觉」是应身如来；《起信论》言：「本觉名如，始觉名来」，始本合一，是报身如来；《金刚经》言：「无所从来，亦无所去，故名如来」是法身如来。我们不但要恭敬供养，受持应身如来，更要恭敬受持报身如来与法身如来，以及受持如来「所有名号」；应正等觉，是如来所有名号中的「应供」与「正遍知」两种。正遍知是般若德，显真谛理；应供是解脱德，显俗谛理；如来是法身德，显中道理。我们因闻药师佛的如来、应、正等觉的名号，而联想到佛的三德，进而明白佛所说的三谛理，如说修行，才是真正的「闻已诵持」。
闻于耳是身业，诵于口是口业，持于心是意业。三业恭敬之外，还要「晨嚼齿木，澡漱清净。」二千多年前，还没有发明牙刷、牙膏等清洁口腔的日用品，当时的人，晨早起来，用杨柳树的树枝，放在口中咀嚼以漱口。漱口完毕，还要洗澡，然后以诸香花，或烧香，或涂香，及用种种乐器，作众伎乐，供养药师如来的「形像」，如是内则三业清净，外则坛 场庄严以供佛，是供养佛宝。
另一方面「于此」说明药师如来本愿功德的「经典」，或自己书写，或教人书写，在现代言：该是自己出钱，或劝导他人出钱印赠此经；以及「一心受持，听闻其义」，如法修行；是供养法宝。
同时，亦供养演说弘传此经的法师。法师有五种：一受持法师，二读经法师，三诵经法师，四解说法师，五书写法师。受持读诵是自利法师，演说书写，流通正法，是利他法师。我们固然要供养，受持读诵以自利的法师，更加要恭敬供养，演说书写利他的法师；因为由法师演说此经，众人始知药师佛的功德殊胜，而发心受持读诵，或书写流通。所以我们于彼演说经典，令正法流通的「法师应修供养」，凡是日常生活所需要的「一切所有资身之具」，包括饮食、衣服、卧具、汤药，与交通等；使弘经法师在衣食无缺，一切便利的环境中，专心演说经法，利乐众生，续佛慧命，是供养僧宝。
2.诸佛护念
如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提。
若能如前文所说，「如是」用清净的三业，恭敬供养三宝，则不仅药师如来欢喜，十方诸佛无不欢喜，「便蒙诸佛护念」不舍，令供养三宝的人，「所求愿满」，在佛法中，精勤修学，「乃至」证得无上「菩提」。
3.文殊加持
尔时，曼殊室利童子白佛言：世尊！我当誓于像法转时，以种种方便，令诸净信，善男子、善女人等，得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至睡中，亦以佛名觉悟其耳。
当释尊开示至能恭敬供养三宝，便蒙诸佛护念时，曼殊菩萨为加持后世众生，即对释尊发誓，愿于释尊灭后，「于像法转」入末法时，以种种善巧方便，令一切具足净信的善男子、善女人，都有机会，「得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至」众生在睡梦时，亦令其在不知不觉中，耳根得听闻药师佛的名号，醒后即能受持称念，供养三宝，而获得诸佛护念。同时对释尊详述供养经典的方法，令末法众生，依之受持，而得诸天守护的利益。
4.诸天守护
世尊！若于此经，受持读诵，或复为他演说开示，若自书，若教人书，恭敬尊重；以种种华香、涂香、末香、烧香、花鬘，璎珞，幡盖、伎乐，而为供养；以五色彩，作囊盛之；扫洒净处，敷设高座而用安处。尔时四大天王，与其眷属，及余无量百千天众，皆诣其所，供养守护。
文殊菩萨对释尊言：末法时代，若然有人以恭敬心、尊重心，受持读诵，此《药师琉璃光如来本愿功德经》，又复为他人解说开示，此经所诠的义理；或自己书写，或教他人书写此经；又以花、香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐等供养此经；更用五色彩绢，作袋盛放此经；并于洒扫清净的高处，设坛安放此经；当如是安奉供养经典之时，四大天王及其眷属，并其余无量百千天众，护法善神，皆来守护。
四大天王：是东方持国天王，南方增长天王，西方广目天王，北方多闻天王。四天王天，居三界诸天之下，距离人间最近，可以护世护人，故又名护世四王。「并其余无量百千天众」，是指四天王天以上，忉利天等诸天。如果有人能够：一、自己受持读诵此经，二、为他人演说开示，此经的义理，三、自己书写及教人书写此经，四、恭敬尊重，香华供养此经，五、作彩囊盛放此经，六、于净处设高座安奉此经；则四大天王，及诸天善神，为了尊重法宝，也为了随喜功德，就会降临此供奉经典之处，守护道场；免诸恶鬼神，扰乱破坏。
5.免诸横死
世尊！若此经宝，流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处，无复横死；亦复不为，诸恶鬼神，夺其精气，设已夺者，还得如故，身心安乐。
文殊菩萨又对释尊说：若在此药师「经宝流行」的地区，有人能够恭敬受持读诵，则以彼世尊，药师琉璃光如来本愿功德的力量，及闻药师佛名号，而能忆念受持的功德，「当知是处无复横死」。
横死的原因很多，或因疾病，缺乏医药而横死，或因触犯法律，受刑罚而横死，或因天灾人祸，或因交通意外而横死，或被魇魅诸恶鬼神，夺其精气而横死。《法华经陀罗尼品》有十罗剎女，发愿拥护读诵受持《法华经者》，其中最后一名就是「夺一切众生精气」的罗剎女；此等女鬼，由于业力驱使，生啖血肉，及摄取人的精气，以维持生命。不修善业，或作恶多端的人，善神远离，诸恶鬼神即得其便，夺其精气而致横死。本经下文救脱菩萨告诉阿难尊者，横死有九种之多。但在此《药师琉璃光如来本愿功德经》流行的地方，若有人能至心受持读诵，或但闻佛名而能称念佛号，便可以避免种种横死，亦「不复为诸恶鬼神夺其精气」；即使已被恶鬼夺其精气，今因得闻佛名，又能受持读诵，供养经典，即蒙药师如来本愿功德神力加被，还得恢复精力，健康如故，而且获得「身心安乐」的利益。
(2)受持法门可获福免难
1.受持方法
佛告曼殊室利，如是！如是！如汝所说。曼殊室利，若有净信善男子、善女人等，欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座而安处之。散种种花，烧种种香，以种种幢幡，庄严其处。七日七夜，受八分斋戒；食清净食，澡浴香洁，着清净衣。应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情，起利益安乐，慈悲喜舍平等之心。鼓乐歌赞，右绕佛像，复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示。
因为文殊菩萨，誓于像法转时，用种种善巧方便，加持末法众生，令得闻药师佛名号，闻已诵持，及供养三宝，便蒙诸佛护念，诸天守护，无复横死。不仅事实如此，而且对末法众生，有很大的利益。因此释尊双举「如是」，以印证其所说，及赞许其弘愿；同时开示供养受持，药师法门的方法，令末法众生有所遵从。
佛告曼殊室利：若果有净信的善男子、善女人，欲想供养彼世尊，药师琉璃光如来，首先应该造立药师佛的形像，或用木雕刻，或用金、银、铜、铁铸造，或用泥塑，或用彩色绘画，药师七佛如来的圣像；在清净的地方，设立供养佛像的殿堂，在殿堂的中央，敷设高座以安置佛像；又在佛像前散种种花，烧种种香，用种种幢幡、宝盖，庄严供佛的殿堂。
其次，就是在七日七夜中，受持八分斋戒，食清净的素食，及过午不食；还要日日澡浴香洁，与更换清净的衣服，令身业清净。同时不可产生垢秽污浊的心，而起清净心，亦不可因愤怒而产生害人之心，而起慈悲心；不但同情爱护，利益安乐自己的父母眷属，而且爱护同情利益安乐，一切凡有生命的有情；平等与一切有情之乐(慈)，平等拔一切有情之苦(悲)，平等随喜一切有情的功德，而不生嫉妒(喜)，平等舍弃一切人我是非的观念，而不生执着(舍)。无垢浊心即是不贪，无怒害心即是不瞋；大慈、大悲、大喜、大舍的平等心即是不痴；不贪、不瞋、不痴就是意业清净。然后用清净的身心，「香华供养」佛的形像；用清净的身心，「鼓乐歌赞」佛的功德；用清净的身心「右绕佛像」。
绕佛是表示恭敬，其匝数不定，有绕佛三匝、七匝，或百千匝；中国以左为大，印度以右为大，是以绕佛皆从右而左，又右旋表示顺从佛教，趣向菩提。最后用清净的身心，称念药师佛的圣号，与想念佛的本愿功德；用清净的身心「读诵此经」，及思惟此经的义理；更要用清净的身心，为众生演说开示此药师经，就是口业清净。
综上可知，受持药师法门的方法是：一、造立佛像，二、广修供养，三、三业清净，四、鼓乐歌赞，五、右绕佛像，六、称念佛号，七、想念佛的本愿功德，八、读诵此经，九、思惟此经义理，十、为人演说开示此经；果能如是以清净的三业，恭敬受持以上十法，一定可以获得增福免难的利益。
2.受持获福
随所乐求，一切皆遂；求长寿，得长寿﹔求富饶，得富饶﹔求官位，得官位﹔求男女，得男女。
果能如前所说：三业清净，如法供养，受持药师法门，则「随所乐求，一切皆遂」。人的爱好彼此不同，但长命富贵，儿孙满堂，都是一般人所共同追求的愿望。特别是财富，古人说：「天下熙熙，皆为利来，天下攘攘，皆为利往。」甚至利之所在，趋之若骛。人有了利，还要求名，求寿，求子孙满堂；否则富而不贵，或贵而无寿，或寿而无嗣，都是人生的缺憾。故世人除了热衷名利，追求长命富贵外，还要生儿育女，承欢膝下；不然，一生劳苦积蓄，谁来承继？殊不知「富贵荣华像春梦，百岁光阴一剎那。」世间财富，五家共有；寿命虽长，终非永恒。一旦无常到来，万般带不去，唯有业随身；上天堂，入地狱，唯有自作自受，儿孙怎能代替？何况一失人身，万劫不复，六道轮回，求出无由，何等苦恼？药师如来，怜悯此辈愚痴无智的众生，故运用权巧方便，先施以人间福禄，随人所乐求，一切皆得称心如意，「求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女」，然后施以出世间种种功德法财，令生福德智慧之男，育慈悲有相之女，进而证得法身无量的寿命，贵为法王，登法王位，行法王权，名遍十方，利乐有情。
学佛的人，应该由追求世间的长寿，进而追求法身的无量寿；由追求世间的富饶，进而追求出世间无量的功德法财；由追求世间的官位，进而追求佛果无上菩提的法王位；由追求世间的男女，进而追求佛道智慧之男、慈悲之女为目的，这也是药师如来悲心救苦，利乐有情的本愿。
3.受持免难
受持药师法门，不但可以增益寿命与财富，获得儿孙满堂的福禄，甚至证得佛道法身无穷无尽的寿命；同时还可以避免现实生活中，所遭遇的种种苦难。以下是释尊略说，受持药师法门，可免各种灾难的功德。
一免百怪出现难
若复有人，忽得恶梦，见诸恶相，或怪鸟来集，或于住处，百怪出现；此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊，药师琉璃光如来者，恶梦恶相，诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患。
恶梦，亦怪事之一；人皆有梦，但人皆不知因何有梦。佛言梦境，是由众生颠倒妄想分别心生；所谓：颠倒妄想，是指人的意识。意识有二：
一是俱生意识，即是与眼等五识，同时生起分别作用的意识；例如眼对色起分别好丑，是眼识的作用，若然内心同时生起爱恶取舍之念，便是俱生意识的功能。
二是独头意识，当眼等五根，不对境起分别时，或人熟睡，前五识都停止工作时，此意识单独行动，或缘前五识分别外境时，所遗留的前尘影事，或缘未经前五识分别的法尘，谓之独头意识。
二乘圣人，虽已断意识，但意根尚在，法执未亡，时或有梦；唯独诸佛，已转识成智，故得无梦。人发梦的原因有五：
一、由外境引发：众生因内有识心分别，故能接受外境牵引，导致梦境。例如已故的亲友，因思念自己的亲属或朋友，当其熟睡之时，便来与其神识相会；或信佛虔诚，感佛菩萨现身说法，指示正途，或来摩顶授记…，都是好梦，当然灵验。若人生平，作恶多端，被诸恶鬼神所缠，因此恶梦连连；或被怨敌咒诅，邪术逼害，发生种种恐怖境象，这种恶梦亦多灵验。
二、因曾经历：例如日常生活中所发生一切如意及不如意的事；或因新闻媒介，得知外界发生各种幸与不幸的消息，印烙于心，夜则梦见，多不灵验。
三、预感先兆：有人特别敏感，将发生吉祥或不吉祥的事，先于梦中得见，成为事发的先兆。如果有人预感不祥，若能供养三宝，自求多福，或可阻止不幸的事件发生；所以此类预感先兆的梦，或灵验，或不灵验。
四、由意识分别：因为人的意识，常怀某种希望，思虑在心，便在梦中出现，所谓日有所思，夜有所梦。此由人的意识想象而致梦；想善则梦见好事，想恶便有恶梦出现，皆虚妄无凭，不会灵验。
五、因病所致：当人病危，神志不清，往往梦见很多不寻常的事，或说梦话，皆非事实。
今言：「忽得恶梦，见诸恶相」，该是诸恶鬼神为患，或被怨敌咒诅所致。怪鸟指猫头鹰、乌鸦之类，突然飞来屋檐聚集；或于住宅之内，发生种种怪异的事，如灯光自息，器皿自破，怪声频传，或黑影幢幢，此等怪事，皆是个人或家庭，将发生不幸的先兆。若能依前文所说，供养受持药师法门，「以众妙资具，恭敬供养，彼世尊药师琉璃光如来」，及至心称念佛的圣号，则恶梦恶相，诸不吉祥的事，「皆悉隐没，不能为患」。
二免一切怖畏难
或有水火，刀毒悬险，恶象狮子，虎狼熊罴，毒蛇恶蝎，蜈蚣蚰蜒，蚊?等怖；若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏，皆得解脱。
水火是自然界的灾害，刀枪毒药临身，或悬崖涉险，皆是人为的祸患；至于恶象狮子虎狼熊罴等，都能危害人的身命，令人遇之心生恐怖。但若能依前文所说供养之法，恭敬供养，忆念受持，彼世尊药师琉璃光如来圣号，则一切怖畏境象，悉皆消灭，而得解脱。因为人之所以被水所溺，为火所焚，皆由宿业所招；或为恶兽所伤，毒虫所害，皆因内心充满贪瞋痴等毒素，故招致外毒来侵。今既能受持药师法门，承佛本愿功德加持，自可消除宿业，增长慈悲；内毒既消，则外毒岂能为患？所以得免一切怖畏之难。
三免外侵内乱难
若他国侵扰，盗贼反乱；忆念恭敬，彼如来者，亦皆解脱。
他国侵扰，盗贼反乱，是众生共业所感，属于国难，都会祸国殃民，给人间带来疾苦。特别是我们生逢乱世，生活于内忧外患中，生命财产，都受威胁，怎能安枕无忧？际此忧患不安之时，若能依前文所说供养之法，修持药师法门，专心忆念彼世尊，药师琉璃光如来圣号，承此供养受持的功德，与药师如来本愿神力加被，自可消除众人的共业，得免外侵内乱的灾难。
四免毁犯堕落难
复次曼殊室利！若有净信善男子、善女人等，乃至尽形，不事余天，唯当一心，归佛法僧，受持禁戒；若五戒、十戒，菩萨四百戒，苾刍二百五十戒，苾刍尼五百戒，于所受中，或有毁犯，怖堕恶趣，若能专念彼佛名号，恭敬供养者，必定不受三恶趣生。
前三难通于一切人，今此难则限于佛弟子，佛弟子毁犯禁戒，堕落恶道，亦是苦难之一。佛的戒律品类很多，在《大方便佛报恩经》说：戒有上中下品，五戒是下品，指在家男女所应受持的戒；十戒是中品，指出家沙弥、沙弥尼所受持的戒；具足戒是上品，指比丘、比丘尼所受持的戒。然则菩萨戒，该是上品的上品；因为前三戒只是菩萨戒的前方便，正如善戒经所说：必须受持五戒，始可受沙弥、沙弥尼十戒；必须受持沙弥、沙弥尼十戒，始可受比丘、比丘尼戒；具足戒受持清净，然后可以进一步受菩萨戒。
菩萨戒，是指《瑜伽菩萨戒本》所说的四十三戒，或《梵网经》所说的十重四十八轻戒；具足戒中，比丘戒是二百五十，比丘尼戒是三百四十八。今经中说：「菩萨四百戒，比丘二百五十戒，比丘尼五百戒。」应当别有戒本或经论所载，留待他日查证。
戒是修行的根本，成佛的基地。《大智度论》说：若下持戒生人间，中持戒生六欲天，持戒又修四禅八定，生色无色界天。上持戒又分上中下：下持戒清净，得阿罗汉道；中持戒清净，得辟支佛；上持戒清净，终得佛道。是故凡佛弟子，皆当受持佛所制的戒，直至一期寿尽，生命终止之前，都不应该再事奉其余天魔外道，「惟当一心归佛法僧」，或受持下品五戒，或受持中品十戒，或受持上品具足戒，甚至受持上上品菩萨戒。如果「或有毁犯，怖堕恶趣」而能够发露忏悔，痛改前非，又能专心称念，彼世尊药师琉璃光如来的名号，自可蒙佛本愿功德威力慈悲摄受，得免堕落三恶道的苦难。
五免女人难产难
或有女人，临当产时，受于极苦，若能至心称名礼赞，恭敬供养彼如来者，众苦皆除；所生之子，身分具足，形色端正，见者欢喜，利根聪明，安隐少病，无有非人，夺其精气。
当今医学昌明，产科技术，日益进步，妇女生产，虽然痛苦难免，但已非灾难；不过，如果产妇生理发生问题，或母子互有宿怨，将会导致难产，何止痛苦万分，且生命危在旦夕。此时产妇本人，若能至诚恳切，称念药师如来圣号，或其家属代为受持药师法门，恭敬供养三宝，则不仅众苦皆除，转危为安，顺利生产，而且所生之子，绝不会丑陋残疾，或是夭折；而是六根具足，相好端庄，聪明伶利，人见人爱，自少而壮而老，皆平安稳定，少病少恼，不被非人类的鬼神，夺其精气。
或有人言：妇人产子，最为污秽，此时念佛，岂非猥渎神灵？当知诸佛菩萨，并非一般内心仍有喜怒爱恶之情的神灵，而是超越三界六道一切是非好丑，染净诸法的出世间圣人；净与秽的分别，爱与恶的情怀，皆是众生境界，与佛菩萨无关；何况诸佛菩萨，等视众生，犹如赤子，众生患难，不问净秽，无不施救。例如慈母，眼见子女堕落毛坑，必然舍命抢救，绝不会因厌恶其臭秽，而袖手旁观，任由其溺毙。故众生有难，不管是在水里火里，无论是净是秽，但能专心称念佛的圣号，必然得免于难，无需置疑；不应该仅凭一己的固执，妄生分别净秽，自误误人。
八、问答除疑劝信受
(一)问答决疑显能信希有
前文释尊赞说，药师如来种种功德，微妙难思，恐人闻而不信，将招致谤法堕落之罪；是以于此欲借问答，以除众疑。本来文殊菩萨，是此经的发起众，但文殊菩萨是七佛之师，对于佛的境界当然明了，怎会不信？因此，释尊唯有征问阿难，是否能够信受？以显信受的功德。
(１)佛问阿难
尔时世尊，告阿难言：如我称扬彼世尊，药师琉璃光如来所有功德，此是诸佛甚深行处，难可解了，汝为信不？
阿难译名庆喜，是佛堂弟，于佛成道日降生，后从佛出家，佛弟子中，多闻第一；于佛所说十二分教，皆能信受不疑，且持佛法藏，永忆不忘。今释尊称扬赞叹，彼净琉璃世界，药师琉璃光如来，所有依正庄严，行果功德，此正是诸佛最深奥、最秘妙的境界，唯佛与佛，方能尽知，等觉菩萨犹如隔纱观月，朦胧不清，何况阿难示现凡夫，当然对于佛所证之实相理体，感觉高深莫测，即使是佛从理体所起，济物利生的方便妙用，亦无法理解，唯有从信接受，故佛问阿难：「汝为信不」？
(2)阿难答信
阿难白言：大德世尊！我于如来所说契经，不生疑惑。所以者何？一切如来，身语意业，无不清净。世尊！此日月轮，可令堕落；妙高山王，可使倾动；诸佛所言，无有异也！
「大德」，是显示佛的智慧福德究竟圆满，含有极尊重的敬意。「契经」，是显佛所说的教法，无不契理，契机。若不契理则失法之体，若不契机，则失法之用；故凡佛所说，皆能上契诸佛所证的真理，下契众生的根机，因名契经。阿难能够「于如来所说契经，不生疑惑」，主要原因是深信十方「一切如来身语意业，无不清净」。众生因意业不净，充满贪瞋痴，故身则杀盗淫，口则妄言绮语，两舌恶口；特别是人皆为自己的利益，或为面子问题，往往颠倒是非，妄言诳语，欺骗对方。诸佛圣人，三惑尽，三德圆，故三业清净，离诸过失，凡有所说，无不真实。如金刚经言：「如来是真语者，实语者，如语者，不诳语者，不异语者。」是以令人深信不疑。
世尊以下，是阿难举喻以明其信心。妙高山，梵语须弥卢，译为妙高，众宝所成，为诸山之王，安然不动。日月宫殿，居于须弥山腰，绕须弥山而运行；除非坏劫三灾起时，始可令日月堕落，令须弥山倾动。今阿难言：即使可以令天上的日月宫殿堕落，可以使妙高山王倾动，而他对诸佛所说契经的信心，亦不动摇，绝对不怀疑。
(３)不信之失
世尊！有诸众生，信根不具，闻说诸佛甚深行处，作是思惟：云何但念药师琉璃光如来一佛名号，便获尔所功德胜利。由此不信，反生诽谤，彼于长夜，失大利乐，堕诸恶趣，流转无穷。
信有浅深，信而不解，是浅信；信而能解，谓之深信；深信则如树生根，坚牢不移名为信根。阿难自己对佛所说，虽然深信不移，但又忧虑末法众生，不能信受，反生诽谤，招致堕落。故对佛言：有很多众生，因「信根不具」足，故「闻说诸佛甚深行处」，不能理解，心生疑惑，只凭自己妄想识心思惟：「云何但念药师琉璃光如来一佛名号」，就可以获得如是殊胜的功德利益呢？由于智慧浅薄，不能理解佛的境界，因此不信，反而生起诽谤之心，何止于生死长夜中，失去学习佛法的利益，并且因诽谤佛法的罪过，将要堕落诸恶趣中，流转生死，受苦无穷。
(４)无疑免堕
佛告阿难：是诸有情，若闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，不生疑惑，堕恶趣者，无有是处。
由于阿难说出不信的过失，故佛接着告诉阿难：是诸有情，若果得闻药师琉璃光如来名号，而能够以清净的信心，至诚恭敬的受持佛的圣号，不生起丝毫怀疑迷惑之心，则必蒙佛力加被，得生佛国，或生善处，不会再堕落恶趣受苦。如果说：至心受持药师法门的人，还会「堕恶趣者」，是绝对不可能的，所以说：「无有是处」。
(5)能信希有
阿难！此是诸佛甚深所行，难可信解；汝今能受，当知皆是如来威力。阿难！一切声闻、独觉，及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解，唯除一生所系菩萨。阿难！人身难得，于三宝中，信敬尊重，亦难可得；闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是。
「此是诸佛甚深所行」，是指诸佛行愿的功德，亦即是诸佛权实二智的境界。诸佛以实智证理，权智鉴机，然后从体起用，分身无量，于十方界，利乐有情；此等权实不二，真俗圆融，事理无碍，悲智双运的事，既非一般凡夫所能想象，亦非二乘圣人，或权乘菩萨可能理解，故言「难可信解」。今阿难坚决言信，不过是凭佛威神之力，由尊敬而起信仰之心而已，并非对佛果功德亲自体会如实信解。因为声闻、缘觉二乘圣人，只断见思烦恼，智慧有限，是无法理解佛所证、所行的境界。至于「未登地诸菩萨等」，是指别教地前菩萨；别教十信位菩萨，仅伏见思，位在外凡。初住只断见惑，七住能断思惑，八、九、十住断界内麈沙，伏界外尘沙；十行断界外麈沙，十回向始伏无明，皆在内凡位。此等三贤位菩萨无明未破，法性未显，岂能如实际理地而信而解？即使登地菩萨，分断无明，分证法身，虽能信解实理，但初地不知二地事，二地又不知三地的境界；既下地不知上地，又岂能得知，诸佛所行之处？故言：「皆悉不能如实信解。」
「唯除一生所系菩萨」，指别教等觉菩萨。在别教言，断尽十二品无明，便登妙觉位；一生所系菩萨，已断十一品无明，于四种变易生死中，仍有最后一番变易生死未了。四种变易生死是：
一方便生死：初二三地菩萨，为利益众生，留惑润生(即无明住地惑)，方便示现有生死；灭此生死，可入四地。
二因缘生死：四五六地菩萨，由无明所生无漏有分别业，示现八相成道；灭此生死，可升七地。
三有有生死：七八九地菩萨，由前因缘感得变易异熟果，仍有后有的生死；灭此生死，可入十地。
四无有生死：即改变易脱，一期果谢，更无有生死。
今一生所系菩萨，位居补处，是最后一种无有生死，此一生之后，即进入妙觉果位，完成佛道，再无生死矣！以其位与妙觉位相邻，故「能如实信解」诸佛甚深所行。
在生死轮回中的众生，不止如实信解佛果功德难，就是敬信三宝亦难。尤其是欲界五趣杂居地，欲想保持人身不失，并不容易，故言：「人身难得」。
虽得人身，而能敬信三宝的人并不多，试看我们的世界，数十亿人口中，敬信三宝的能有几人？而敬信三宝的佛弟子中，得闻「世尊药师琉璃光如来名号」，而又能至心诵念的人又有几何？至于能如前文所说，如法受持药师法门的人，更是少如凤毛麟角了。是以释尊告诉阿难，第一是得人身难，其次是敬信三宝难，再其次是得闻药师如来的圣号难；有人得闻药师佛圣号，又能至心称念更难，若能进而依前文所说，如法受持药师法门，恭敬供养三宝，读诵思惟，为人演说，此药师琉璃光如来本愿功德经，当然是希有难得，能难可贵了！
(二)结佛德无尽劝人生信
阿难！彼药师琉璃光如来，无量菩萨行，无量善巧方便，无量广大愿；我若一劫，若一劫余，而广说者，劫可速尽，彼佛行愿，善巧方便，无有尽也。
此文显示诸佛甚深行处，难可如实理解，不易信受的原因。因为药师如来因中修行，无论是行菩萨道，是所发的大愿，或是广度众生的善巧方便，悉皆无量无边。无量菩萨行，唯是因行；无量善巧方便，通于因地果上，化物利生的方式；无量广大愿，则贯彻无量菩萨行，与无量善巧方便，总摄因果。药师如来不仅是佛果上的善巧方便，无量无边，说不能尽；即使是因中行菩萨道时的广大行愿，亦无量无边，说不能尽。本经所说佛的本愿功德，只是略说而已，若广说之，即使用一劫的时间，或超过一劫的时间，亦说不能尽。因为劫所代表的时间虽长，但毕竟有尽时，而药师佛的广大行愿，及其善巧方便，是无量无边，无有穷尽，所以用语言解说是说不完的。
此显示药师佛的因行与果德，是广大无涯，无有穷尽。因此，受持药师法门的人，可以灭恶生善，可以增福延寿，可以消灾解难，「凡有所求，悉皆称遂」，是绝对真实的，我们应该信受奉行。这亦是释尊说法的权巧方便，利用与阿难的问答，以解除众生心中的疑惑，以助长我们的信心，劝导我们对于药师法门，应该绝对相信，至心受持勿疑。
九、受持可延寿解难
(一)救病危得续命延年
尔时，众中有一菩萨摩诃萨，名曰救脱，即从座起，偏袒右肩，右膝着地，曲躬合掌，而白佛言：
此是结集经者的叙述。当释尊略结，药师如来因地果上功德，皆无量无边，说不能尽，劝人信受勿疑之时，法会大众之中，有一位大菩萨，名曰救脱；顾名思义，可知这位大菩萨，常怀慈悲救苦之心，恒谋解脱众生的灾难，是以德立名。因为药师法门，偏重于解救人间疾苦，消灾免难，增福延寿，所以由救脱菩萨，来代佛宏扬消灾延寿的法门，最为恰当。
即从座起等四句，是身业恭敬，白佛言是口业恭敬，当然由意业虔诚，然后策动于身口；三业恭敬，是在佛前问答一定的仪规。
(１)病危垂死
大德世尊，像法转时，有诸众生，为种种患之所困厄；长病羸瘦，不能饮食，喉唇干燥，见诸方暗，死相现前，父母亲属，朋友知识，啼泣围绕。
「大德世尊」，是救脱菩萨尊称释迦牟尼佛，「像法转时」，是指末法时代。释尊灭度后，由像法转入末法时，魔强法弱，众生福薄，善根浅，业障深，故常为种种祸患所困，苦恼不堪。诸众生，是指人类众生。「长病羸瘦，不能饮食，喉唇干燥，」都是「死相现前」的症状。依佛法言：病危的人，当死相现前，若见「诸方黑暗」，该是将堕落恶道的现象；当此将死之际，父母亲属等人，围绕在病人床前，束手无策，唯有因内心无限的悲哀而啼泣。
(２)神识受审
然彼自身，卧在本处，见琰魔使，引其神识，至于琰魔法王之前。然诸有情，有俱生神，随其所作，若罪若福，皆具书之，尽持授与琰魔法王。尔时彼王，推问其人，计算所作，随其罪福，而处断之。
彼垂死的人，自身卧在床上，前一剎那昏迷不觉，后一剎那，即见琰魔使者来「引其神识，至于琰魔法王之前」。根据佛经说：人的果报体五蕴色身是「本有」，当四大分散，色身坏灭时名「死有」，死已未生，于其中间是「中有」，中有寿尽，转生他处是「生有」；如是四有循环不息，生死轮回亦无了期。
本有随众生的业力不同，寿命长短亦不一；中有寿命，少则七日，多则四十九天，当然亦有例外的；生有与死有，则时间极短，但亦彼此互异。「神识」，是指中有；即俗人所谓灵魂，实则是「去后来先作主翁」的第八阿赖耶识。
法王有三种：一是推行十善，以正法治世的，名转轮法王；二是铁面无私，治理地狱众生的，名琰魔法王；三是证实相理，于诸法得大自在的，名无上法王。今言琰魔法王，即是治理地狱众生的法王，俗称阎罗王；专执掌审判处理地狱众生，罪福报应的职责。说其有福，但一日三时，烊铜灌口，自然现前，不免业苦；说其无福，则由共业增上，为执法王，管理地狱众生，善恶苦乐，由他分配。
阎罗王审判众生罪福轻重，全以「俱生神」的呈报为依据。俱生神，是众生的第八阿赖耶识，此识常与众生在一起，时刻不离；众生日常一切善恶造作，皆印烙于此心识中，含藏不失，作为未来受报好丑的种子。临命终时，一切善恶业相，即从此识心中显现，琰魔法王随之「推问其人，算计所作」善恶，而处断其所应得的罪福报应。
(３)受持延命
时彼病人亲属、知识，若能为彼归依世尊，药师琉璃光如来，请诸众僧，转读此经，燃七层之灯，悬五色续命神幡，或有是处，彼识得还。如在梦中，明了自见；或经七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼识还时，如从梦觉，皆自忆知，善不善业，所得果报；由自证见，业果报故，乃至命难，亦不造作诸恶之业。
「时」，指垂死的人，诸根未坏，又未转生之时，即阿赖耶识将离未离躯体之际。「七层之灯」，指灯有七层，每层七盏，共四十九盏；燃灯表示七佛如来，智光普照病苦众生，令业障消除。
五色续命神幡，是用五色彩绢造成的长幡，幡中写上药师琉璃光如来的名号；悬幡表示佛建立法幢，既可以镇压诸恶鬼神，驱逐邪魔，又可以慈光加被病苦众生，令病人在佛的智光照耀，及法幢高悬，慈威加被之下，可度诸苦厄，转危为安，生命得以延续，因名「续命神幡」。故当病人垂危，神识昏迷时，若有亲属，或善知识，「能为彼归依世尊，药师琉璃光如来」，延请出家僧众，读诵此《药师琉璃光如来本愿功德经》，同时「燃七层之灯，悬五色续命神幡」，就可以承此功德，令彼垂死的人，神识可以还回色身中，令生命延长不死。不过，此是寿命未尽的病人，始可度过厄运，延续生命；若然寿尽命终的人，承此皈依诵经，燃灯造幡功德，只可增长善根，得生善处，生命是无法挽回的，故言：「或有是处，彼识得还。」
神识得还的人，对于自己曾经在琰魔法王处受审，以及亲属代为皈依，诵经，燃灯，造幡等事，如在梦中所见，心中明白了解。无论是经七日，或经三七，五七，七七日然后神识得还，彼识还时，皆如从梦中醒来，同时能记忆梦中所经历的事，由是得知善与不善的业力，所得的果报，如影随形，丝毫不爽。既然由自己亲见，证明作如是业因，必招如是果报，而且是自作自受，无人或可代替；则今后自当改过自新，力行众善，乃至生命受到威胁，大难临头，亦宁可牺牲性命，也不敢再造作种种恶业，免招致堕落恶道受苦。
综上，可知病危续命之法是：一、亲属代为归依药师如来，二、请众多僧人读诵《药师琉璃光如来本愿功德经》；三、燃七层长明灯供佛, ；四、悬挂五色续命神幡。
(４)结劝受持
是故净信善男子、善女人等，皆应受持药师琉璃光如来名号，随力所能，恭敬供养。
此是救脱菩萨，在介绍归依诵经，燃灯造幡以延长寿命的法门后，结劝凡有善根，有信心的男女众等，皆应该发心受持、称念药师琉璃光如来的名号，同时随自己的力量所及，用种种香花灯果幢幡等物，恭敬供养药师如来，以解救厄运，谋求增福延寿。
(二)供养修福解诸厄难
(1)药师法门受持仪式
尔时，阿难问救脱菩萨曰：善男子，应云何恭敬供养，彼世尊药师琉璃光如来？续命幡灯，复云何造？救脱菩萨言：大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜，受持八分斋戒；应以饮食，及余资具，随力所办，供养苾刍僧；昼夜六时，礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来。读诵此经，四十九遍，燃四十九灯，造彼如来形像七躯，一一像前，各置七灯，一一灯量，大如车轮；乃至四十九日，光明不绝。造五色彩幡，长四十九?手；应放杂类众生，至四十九；可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。
救脱虽然是悲心救苦的大菩萨，但是示现居士身，阿难虽属小乘，却是出家僧，故阿难称救脱菩萨为善男子，而救脱菩萨称阿难为大德。当救脱菩萨在佛前详说救病危，应归依诵经，燃灯造幡以延命，并结劝大众受持之时，阿难为令末法众生，明白受持的具体方法，特别提出请问救脱菩萨，关于病危的众生，「应云何恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来」？至于续命神幡及长明灯，又应该怎样制造？
救脱菩萨答：若有病重的人，欲想脱离病苦，而自己又无能为力，亲自受持药师法门，则其眷属应当为其病人，实行以下八种受持的方法：
一、在七日七夜中，受持八分斋戒。
二、应以饮食及一切资生之具，随自己力量所能办到的财物，用以供养出家僧人。
三、于昼夜六时礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来。
四、读诵此本愿功德经四十九遍。
五、燃四十九盏灯。
六、造彼药师七佛如来的圣像，并于一一像前，各置七盏灯，且一一灯量大如车轮，在四十九日中，令其光明不绝。
七、造五色彩幡，长四十九?手(即以手度物，成人的手伸张有六或七寸，四十九?手，约有三四丈长)。
八、应放杂类众生至四十九(即每日放生一次，连续四十九天，或于四十九日中，放四十九类众生)。
修以上八种功德，自然可以度过危险厄运的灾难，不致被诸凶横恶鬼所摄持，而得恢复健康，延长生命。
(2)受持八法解救国难
复次，阿难！若剎帝利灌顶王等，灾难起时，所谓人众疾疫难，他国侵逼难，自界叛逆难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。彼剎帝利灌顶王等，尔时应于一切有情，起慈悲心，赦诸系闭；依前所说供养之法，供养彼世尊药师琉璃光如来。由此善根，及彼如来本愿力故，令其国界，即得安隐；风雨顺时，谷稼成熟；一切有情，无病欢乐。于其国中，无有暴恶，药叉等神，恼有情者；一切恶相，皆即隐没。而剎帝利灌顶王等，寿命色力，无病自在，皆得增益。
剎帝利，是古印度四姓阶级之一，专管国家军政大事。灌顶王，古代太子受位时，用金瓶贮四大海的水灌其顶，然后策立为王，表示能统一天下，四海归属，等如现代帝国元首的加冕典礼。既为一国之主，其职责当然是保卫社稷，令国家富强，人民安乐。但若国王本身福薄障重，又不知推行德政，修福积德，则国家将灾难频生，民间祸患连连，属于国难级的灾害，有以下几种：
一人众疾疫难：即是国内疾疫流行，令人感染即死。例如伤风、感冒、霍乱、鼠疫、天花、白喉等病。进步国家，药物发达，以上疾病多受控制；但落后国家，药物缺乏，人民习惯既不清洁，又缺乏卫生设备，疾疫流行，最易感染，一旦染上疾病，小则妨碍工作，大则危害性命，可谓损民伤财，实在不幸，所以属于国难。
二他国侵逼难：侵是侵犯国家土地，逼是逼害人民。若遇不守公约的野心家，侵犯国家主权，危害国民时，国王当然要发兵对抗；一旦发生战争，何止劳民伤财，并使生灵涂炭，民不聊生，亦是国难之一。
三自界叛逆难：即是国家内乱，起因有二，一是执政者多行不义，触犯众怒，导致群起反叛，谋求推翻暴政；其次是因一小撮野心家，想夺取政权，兴兵作乱，二种都会祸国殃民，皆是国难。
四星宿变怪难：星宿是天上二十八星之一。天文学家名为恒星；其体光亮，其数甚多，照耀成群，难计其数，自然散布于空中，疏密分合有一定的区域。今其散布的区域，突然发生变化，象征政权将变，国家多难，是不吉祥的预兆。
五日月薄蚀难：日是恒星之一，为太阳系中心，直径约一百三十九万一千公里，为地球的一百零九倍；质多金属元素，表面温度高达摄氏七千度，故为气体状态；其体光明炽热，为其他恒星光与热的来源。地球与之向背而为人间昼夜之分；环行其周，遂成四时。
月是地球的卫星，其表面凸凹不平，明暗不一，绕地球而转，亦随地球绕日而行；其体无光，因日有光。故其受日光照耀的一面，正向地球时，即是农历月的十五，古名之曰望；背地球时，是农历月的初一，古名为朔；斜向地球时，故有上弦月及下弦月之分。天文学家认为月绕地球，地球绕日，如朔望日适遇黄道白道相交，则日、月、地同在一直线上；在朔则月居地、日之间，月体蔽日，因见日蚀；在望则地居日、月之间，地影蔽月，因见月蚀。若朔望而黄白道不值交，或黄白道值交而不遇朔望时，则均不能相蚀。普通四次，最少两次俱是日蚀，最多七次相蚀时，则日蚀占五次，月蚀占二次；或日蚀占四，月蚀占三。每十八年间日蚀四十一次，月蚀仅二十九次；唯日蚀仅能于一处见，月蚀则各地皆见，故就全球言：日蚀多于月蚀；若就一地方言：则月蚀多于日蚀。日月之蚀，原为天空的自然现象，不足构成灾害；但若一旦变异，使天体混乱，则是不祥的先兆。
六非时风雨难：空气的流动是风，迅速而有力；若然无风，则火烟直上，翳闷异常。最好是柔风、轻风，所谓：「微风徐来」，花草树木，无不受惠，人亦心情舒畅。若遇强风，则植物受损，人畜不安；若遇烈风、台风，岂独植物受害，且摧毁人的房屋财产，更危害人的性命，而形成不可抗拒的灾难。
雨，是云间密度甚大，其中湿气积成微细水滴，再渐次集合成较大水粒，其重量超越空气之浮力，即下降成雨。雨少则旱，雨多成灾。依佛经言：宇宙一切莫不有主，故风雨雷电，各有神灵专司其职。若然人间作善者众，则诸鬼神，各守其职，令风雨调顺，五谷丰收，民众安乐。若国人作恶的多而行善者少，则天神震怒，诸恶鬼神，乘机作怪，不应风而风，不应雨而雨，形成水灾、风灾，即是非时风雨难。
七过时不雨难：过时不雨，便成旱灾；不止五谷失收，且饥馑随来，民生艰苦，导致社会不安，形成灾害，亦是国难的一种。
以上七种灾难中，前三种是人为的国难，属于人祸；后四种是天时失利，属于天灾。当一个国家，陷于天灾人祸，民不聊生时，身为国王大臣，诚应急思挽救。挽救之法有二：一是于一切有情，起慈悲心，「赦诸系闭」；二是依前文所说：供养彼世尊药师琉璃光如来。前者是悔过，后者是修善。前者是转瞋恨心为慈悲心，以仁政代替暴政，以杜绝人为的祸患；后者是仰仗药师如来的威德神力，消除共业，以避免天降的灾害。因为牢狱所拘禁的，或是罪有应得，而今已悔过思善的人，或为暴政所害，枉受冤狱者；今大赦天下，令冤狱得申，罪犯的可以重新做人，实行德政，抚慰人民，自然可以避免他界侵逼，自界反叛的国难。
至于疾疫流行，星宿变怪，日月薄蚀，非时风雨，过时不雨等灾害，皆众生共业所感。今能受持药师法门，供养三宝，改往修来，舍恶行善，则本此慈悲心的善根，以及三宝加被，药师如来本愿功德神力的扶持，则天灾自消，遇祸成祥。不止「令其国界，即得安隐，风雨顺时，谷稼成熟；一切有情，无病欢乐」，而且「于其国中」，再「无有暴恶药叉等神，恼有情者」，至于前面所说的七种国难，「一切恶相」，亦皆得隐没。
剎帝利灌顶王等，由于悔过修善，及受持药师法门的善根功德，既可消除国家的灾害与祸患，同时也增加自己的福力，故其「寿命色力，无病自在，皆得增益。」由是可知，受持药师法门，何止可以消灾解难，同时亦可以增福延寿。
(３)除众病苦解脱厄运
阿难！若帝后妃主，储君王子，大臣辅相，中宫彩女，百官黎庶为病所苦，及余厄难；亦应造立五色神幡，燃灯续明，放诸生命，散杂色花，烧众名香；病得除愈，众难解脱。
「帝后」，是皇后，「妃主」，是皇后以外的其他妃嫔，「储君」，是候补王位的太子，「王子」，是太子的兄弟辈，「大臣」，是国家重臣，「辅相」，是辅助大臣处理国家大事的高官，「中官」，是古之太监，专管理王宫事务。「婇女」，是王宫中照应帝王与后妃的女子，「百官」，指国家所有大小官员，公职人等。「黎庶」，是普通一般市民。不管上至贵为帝王后妃，百官大臣，下至农夫工人，或升斗市民，都是血肉之躯，原非铁铸，不能无病；一旦恶疾缠身，群医罔效，真实是苦；何况人生之苦，不止于病，其他天灾人祸，随时可以降临。若然不幸身遭病苦，或遇厄难的人，应该依照前文所说的八法，至心受持药师法门，造幡燃灯，香花供养，诵经念佛，放生修福，承斯善根，及佛本愿功德加持，即可消除病苦，解脱厄运，健康长寿。
(４)修诸福德可免九横
尔时，阿难问救脱菩萨言：善男子，云何已尽之命，而可增益？救脱菩萨言：大德！汝岂不闻如来说，有九横死耶？是故劝造续命幡灯，修诸福德；以修福故，尽其寿命，不经苦患。
阿难恐怕末法众生，对于受持药师法门，可以消灾解难，增福延寿，怀疑不信。因为依据因果定律，人的寿命长短，皆由个人业力所定，谁也不能改变；为何受持药师法门，可令死相现前的人，得延续寿命，甚至在四十九日中，神识仍可得还？故再次问救脱菩萨：「云何已尽之命而可增益？」
查实，死有多种，有人福寿俱尽而死，当然无法挽回性命；有人寿未尽福尽而死，则修诸福德可以补救，而得续命延年；有人福寿俱末尽，但被恶魔所缠，或遭厄难而横死，则受持药师法门，由自己善根力，及佛的本愿功德力，就可消除业障，解脱厄难，而得增益寿命，不致横死；正是善因得善果，并不违背因果定律。故救脱菩萨答言：「大德！汝岂不闻如来说有九横死耶？」
释尊曾说众生有九种横死，故受持药师法门，可消灾免难，延长寿命，正是对不该死而惨遭横死的人而说。以是之故，救脱菩萨特别劝导众生造续命神幡，与燃灯供佛，修诸福德。因为能修福积德的缘故，便可以享有其应得的寿命，不再经历危险，受诸苦患。
阿难问言：九横云何？救脱菩萨言：若诸有情，得病虽轻，然无医药及看病者，设复遇医，授以非药，实不应死，而便横死。又信世间邪魔外道，妖孽之师，妄说祸福，便生恐动，心不自正，卜问觅祸，杀种种众生，解奏神明，呼诸魍魉，请乞福佑，欲冀延年，终不能得；愚痴迷惑，信邪倒见，遂令横死，入于地狱无有出期，是名初横。
阿难又问：「九横云何？」意思是：九横是那几种呢？救脱菩萨答：如果有人得病虽轻，但缺乏医药，又无人照顾；或遇庸医，药不对症，「实不应死」，而被误杀横死。
又有一种人，误「信世间邪魔外道，妖孽之师，妄说祸福，」便生恐怖，心思摇动，不能把持自己正知正见，于是抽签问卜，查问寻觅祸根，杀鸡鸭牛羊种种众生，祭祀鬼神，并禀奏神明，求呼诸魑魅魍魉，请乞消灾赐福，保佑平安，欲想藉此冀望延年益寿，可惜「终不能得」遂其所愿，反而因愚痴无智，颠倒迷惑，轻信邪师邪说，杀生作孽，「遂令横死」，而且死后还要「入于地狱」受苦，「无有出期」，这种人就是九种横死中的第一种。
二者、横被王法之所诛戮。三者、畋猎嬉戏，?淫嗜酒，放逸无度，横为非人，夺其精气。四者、横为火焚。五者、横为水溺。六者、横为种种恶兽所啖。七者、横堕山崖。八者、横为毒药、厌祷、?诅、起尸鬼等之所中害。九者、饥渴所困，不得饮食，而便横死。是为如来略说横死，有此九种，其余复有无量诸横，难可具说。
第二种横死是：因为触犯国法，被判死刑；或无罪而被冤枉，「横被王法之所诛戮。」
第三种横死是：因为喜欢打猎、嬉戏、酗酒、赌博，或耽恋淫欲，放纵自己，狂嫖烂赌，不知节制，过度消耗精力，被邪神恶鬼，乘虚而入，遂横为非人的鬼神，夺其精气而置于死地。
第四种横死，是丧身火灾。
第五种横死，是被水溺毙。
第六种横死，是横为毒蛇蚖蝎，狮子虎狼种种恶兽所啖食。
第七种横死，是因不小心，在山谷中，堕落悬崖峭壁，死于非命。
第八种横死，是横被毒药、厌祷、咒诅、起尸鬼等所害致死。
第九种横死，是为饥渴所困，不得饮食而死。无论是被他人拘禁，不得饮食，或自甘绝食，或因饥荒之年，缺乏饮食，皆因饥渴困乏以至寿末终而横死。
以上九种都是意外身亡，不该死而死；此外，还有其他交通意外，飞机失事，地震山崩，令人意外丧命的，皆属横死，故言：「其余复有无量诸横，难可具说。」
(５)结劝受持免遭众难
复次，阿难！彼琰魔王主领世间，名籍之记。若诸有情，不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于信戒；琰魔法王，随罪轻重，考而罚之。是故我今，劝诸有情，燃灯造幡，放生修福，令度苦厄，不遭众难。
最后，救脱菩萨重申琰魔王，赏善罚恶的职责，而劝导众生止恶修善，免堕恶趣，遭受众难。善之最，莫过于孝顺父母，恭敬师长，供养三宝，己立立人；恶之极，是不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于性戒。
五逆是：一弒父，二弒母，三弒阿罗汉，四破和合僧，五出佛身血。杀害父母，背恩忘义，当然罪大恶极。而阿罗汉是出世圣人；和合僧，是修行办道，续佛慧命的僧宝；佛是三界导师，四生慈父；皆人间福田，应该尊敬供养，今反而杀害圣人，或用不正当的手段，挑拨离间，令僧人烦恼，不能安心办道，皆是罪恶中最重的罪恶。
出佛身血，是说提婆达多推石害佛，为护法神金刚宝杵所碎，碎石击佛足趾出血；故凡是恶意害佛的事，都可说是五逆罪之一。
佛法僧三宝，是一切善法的大本营，是黑夜明灯，苦海慈航；如果有人蓄意破坏塔寺，烧毁经像，侮辱僧尼，即是「破辱三宝」，罪当堕落无间地狱。
古代君臣之法，等如现代国家的宪法，社会的秩序；若然有人故意触犯法律，破坏秩序，扰乱治安，祸国殃民，即是「坏君臣法」，亦属重罪。
戒有遮戒与性戒之别，遮戒，是佛所制遮止不得作之戒，或是国家规定应守的法律；性戒，是戒除人性中的恶法，例如杀、盗、淫、妄等是人性中的罪恶行为，无论受与不受佛戒，皆宜戒止，不应触犯，犯之即是毁于性戒。
「不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于性戒」，皆是罪大恶极，犯之必堕无间地狱，所受之苦，是一切苦中之最。因此，救脱菩萨代佛劝导众生，应当依前文所说受持之法，燃灯造幡，放生修福，香花供养，至心称念药师如来圣号，或恭敬读诵《药师如来本愿功德经》，承此善根，可仰仗药师佛的本愿功德加被，即可消除业障，得度脱无间重罪，免被琰魔法王「考而罚之」的厄运，不再遭堕落地狱所受的众多苦难。
或有人说，我一生从未犯罪，更不曾造五逆十恶的事，殊不知人的犯罪，有明知故犯，有不知而犯，或无意而触犯，或今生虽未曾犯，而过去生中，或许已犯，谁能保证自己，过去多生多世中，不曾犯此重罪呢？
忏悔文说：「往昔所造诸恶业，皆由无始贪瞋痴。」人皆有贪瞋痴，故人皆曾经犯罪，然则由因招果，势必难免堕落恶道，我们为了自救，也为了现生增福延寿，更为了来世得生佛国，诚应恭敬受持药师法门。
十、药叉神誓愿护法
(一)药叉大将感恩护法
尔时，众中有十二药叉大将，俱在会坐，所谓；宫毗罗大将，伐折罗大将，迷企罗大将，安底罗大将，頞尔罗大将，珊底罗大将，因达罗大将，波夷罗大将，摩虎罗大将，真达罗大将，招杜罗大将，毗羯罗大将；此十二药叉大将，一一各有七千药叉，以为眷属。
尔时，是当救脱菩萨，结束宣说药师法门受持仪式，并劝导众生志心受持，免遭众难之时。在会闻佛说法的十二药叉神将，因感佛法乳之恩，发大誓愿，归依三宝，护持流通此药师法门。
药叉，在六道中属于鬼趣摄；但福报大，多住天上，或居深山，或居偏僻的海岛。其性情有穷凶极恶的，也有良善和顺的，温纯而善良的药叉，都是信仰三宝，拥护佛法的护法神；例如毗沙门天王，所统领的药叉神将，多是三宝弟子，且在佛教护法神中，占有极重要的地位。此十二名药叉，是众多药叉的首领，因名大将。
宫毗罗大将，译名蛟龙，因其顶有金龙相，是住在印度王舍城郊区的一个山上，诚心拥护佛法。有一天，释尊从灵鹫山下经过，提婆达多暗中从山上推落一块大石，意欲害佛，被宫毗罗大将看见，即用金刚杵迎档大石，石为之粉碎，只有一小块碎石，落在佛的足上，佛的小趾微破出血，即是「出佛身血」的典故。
伐折罗大将，译名金刚；迷企罗大将译名金带；安底罗大将，译名破空山；頞尔罗大将，译名沉香，珊底罗大将，译名螺发；因达罗大将，译名主；波夷罗大将，译名鲸；摩虎罗大将，译名蟒蛇；真达罗大将，译名一角；招杜罗大将，译名严炽；毗羯罗大将，译名工艺善巧。此十二药叉大将，每位都有七千药叉众为其眷属，都在此法会闻佛说法。
同时举声白佛言：世尊！我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利，饶益安乐。随于何等村城、国邑，空闲林中，若有流布此经；或复受持药师琉璃光如来名号，恭敬供养者，我等眷属，卫护是人，皆使解脱，一切苦难。诸有愿求，悉令满足；或有疾厄，求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结。
当时十二位药叉大将，及其眷属，同在佛前发声宣誓，对释迦牟尼佛说：「世尊！我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。」药叉既属鬼趣摄，自然不免有恶趣的恐怖。药师如来有无量功德，无边愿行，能令闻名者，即得消除业障，善根增长，所以当药叉大将及其眷属，得闻药师如来的圣号之后，便不会再有恶趣的恐怖。因为欲报答佛恩，故发愿「我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧；誓当荷负一切有情，为作义利，饶益安乐。」
药叉大将及其眷属，既亲受佛法的利益，故发心尽形寿归依三宝，守护佛法，还发愿同心协力，为一切众生尽种种义务，作种种利便，令一切众生脱离苦厄，而得「饶益安乐」。无论任何国家，任何乡村，任何城市，任何空间，甚至深山丛林，郊野之间，只要是有此《药师琉璃光如来本愿功德经》之处，或有人能恭敬供养，称念受持药师琉璃光如来的圣号，药叉大将及其眷属，悉皆保护守卫，此受持药师法门的人，「皆使解脱一切苦难」，同时令诸有情，一切愿望，一切所求，皆得称心如意。
此外，或被恶病缠身的人，欲求度过厄运，解脱病苦，亦应该读诵此「药师琉璃光如来本愿功德经」，同时用五种颜色的丝线，用梵文或中国文字，结成宫毗罗等十二药叉大将的名字，直至得遂所愿，疾病消除，度过厄难，然后将结解开。因为十二药叉神将，与药师如来因中所发的十二大愿，有很密切关系。太虚大师说：十二神将，是佛果的化身，如西方极乐世界阿弥陀佛，欲令法音宣布，而变诸众鸟，昼夜六时，出和雅音，其音演畅，五根、五力、七菩提分、八正道分，如是等法，…令其土众生，闻是音已，皆悉念佛、念法、念僧。今东方净琉璃世界，药师如来，欲令十二大愿一一实现，而化作十二神将，守护保卫受持药师法门的人，令得消灾解难，增福延寿，以遂本愿。是以疾病缠身的人，欲度苦厄，结成十二药叉大将的名字，等如展示佛的十二大愿。当然获得药师如来慈悲摄受，消除业障，即得解脱厄难，却病延年，所求如意。
(二)释尊赞劝利乐有情
尔时，世尊赞诸药叉大将言：善哉！善哉！大药叉将，汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者，常应如是利益安乐，一切有情。
当药叉大将，发愿归依三宝，及护卫受持药师法门的人，令除病苦，脱诸灾难，得满所愿时，释尊因为药叉大将，既能上报佛恩，又能发愿下济有情，自利兼他，非常难得，故双赞善哉，并结劝言：「汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者」，就应该时常如汝等所言：利益众生，令一切有情，皆得安乐。
十一、问经名受持流通
(一)阿难请问经名
尔时，阿难白佛言：世尊！当何名此法门，我等云何奉持？佛告阿难：此法门名说药师琉璃光如来本愿功德，亦名说十二神将饶益有情结愿神?，亦名拔除一切业障，应如是持。
以下是此经的流通分。欲想流通此经，当先得其名，使人易于记忆受持，以流通正法。故当佛赞劝药叉大将，护法护人之时，阿难即请问释尊：应当以何名，称前面所说的法门？而「我等」现在法会大众，以及将来末法时代的众生，又应该「云何奉持」？故佛告阿难：此法门可有三种名称：一名「说药师琉璃光如来本愿功德」，二亦名「说十二神将饶益有情结愿神咒」，三亦名「拔除一切业障」。初名是从经的体相而立名，是显示药师如来依正庄严之体，及其因中本愿与果上化物的功德之相而立名。其次是从利益众生的妙用而立名，因为十二神将，誓愿负荷有情，凡有所求，皆得称遂，应验神速，因名神咒。还有，受持药师法门的人，可仰仗佛的本愿功德，拔除一切业障，而得解脱众苦，消灾免难，增福延寿，是以第三名，是依据佛拔苦与乐的功德而立。「应如是持」，是佛叮咛嘱咐阿难，及我等末法众生，应该如是从这三方面的理解去受持此经。
(二)大众信受奉行
时薄伽梵说是语已，诸菩萨摩诃萨，及大声闻、国王、大臣、婆罗门、居士、天、龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽、人、非人等，一切大众，闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行！
此段经文是结集佛经的圣人，叙述佛说完此经时，法会所有人，及各种族类的众生的反应情绪。经文除列出诸大菩萨，及小乘圣众外，还举国王、大臣、婆罗门、居士等，作为人众的代表；天、指三界诸天人，龙是龙族众生，药叉是八部之一，健达缚，即干达婆，译名寻香，以香气为饮食，是天帝释主管乐器的大臣，天帝要演奏音乐，烧香时闻香即至。阿素洛，即是阿修罗，译名非天，此类众生，脾气暴恶，瞋恨心重，有天人之福，无天人之德。揭路荼，又名迦楼罗，译名金翅鸟，是大孔雀神。紧捺洛，即是紧那罗，译名疑神，能歌善舞，是天帝释的歌舞大臣，其形似人，唯头生一角，故名疑神。莫呼洛伽，又名摩?罗伽，是大蟒蛇等变化成神的一类。菩萨、声闻、国王等是人类；天龙八部等，属于非人类。当世尊释迦牟尼佛，说完此经时，在法会听法的不管是人类或非人类，「一切大众」，闻佛说完此经，无不「皆大欢喜」，乐意信受，依教奉行。
现在，我亦讲完此经了，希望各位听众，也能法喜充满，引发清净的信心，依照此经中所说的方法，恭敬受持此药师法门，以利己利人。因为药师如来，本愿弘深，功德广大；无苦不拔，无乐不与，无难不救，无病不治，无灾不消。既关怀人类现实生活的福乐与不幸，健康或疾病，更照顾人类来世的上升或下沉；愿意消除众生的疾苦，解除人类的灾难，令人皆生活美满，增福延寿；更乐意助长人类的智慧，恢复人类法身的健康，以及协助世人，开发如来藏性的功能，令所有众生，都可以脱离生死苦海，共证无上菩提。所以我们无论是身病或心病；是内在烦恼，或是外来的苦难；是生理上的缺憾，或是心理上的毛病；是个人的祸患，或是家国的灾害；不管是追求世间的寿命与财富，抑或是出世间的功德法财与法身慧命；但能依照本经中，释尊所开示的受持方法，以及救脱菩萨所说的受持仪式去实践，皈依三宝，诵经修福，燃灯供养，以及受持药师琉璃光如来的圣号，皆得所求称遂，如愿以偿。所以，各位听众，我们为了自己，也为了自己的家、自己的国、甚至为了全世界、全人类的和平与幸福，应该迅速归投药师如来座下，至心皈依，诚恳忏悔，恭敬受持药师法门。
