9. 还原论与整体论方法
还原论的方法试图通过分割总体为诸部分，并以对各个部分加以分析的方式，寻求某些总体特性的来源。在一定范围内还原论方法获得很大成功，故此方法至今仍旧是分析问题的有效方法之一。但还原论并非万能，整体特性不一定能通过还原的方式找到来源。元素特性与集合特性的关系正说明这一点：集合具备的特性，未必能在组成元素中找到。古人对这点的了解远不如现代人清楚。例如本颂五十一：“眼识非在眼，非色非中间，彼依眼及色，遍计即颠倒。”此颂以“眼识”为对象，试图以还原论的方式寻求眼识在其枝分——眼根与色尘——中之“存在”，显然这是寻求不到的。继而因寻求不到彻底否定眼识，则是后人过度推论，恐非龙树原意：原颂文只是“遍计即颠倒”，否定的是颠倒遍计，而非直接绝对否定眼识。
整体论则与还原论相反，认为整体性质可以不考虑其内部构成而得到，甚至可以通过了解整体性质获得对其内部构成的完整了解。整体论是现代人类认识论中的一个重要方面，在一定范围内也同样获得很大成功。例如东方传统里中医等学科的有效性，在很大程度表现了整体论的有效。现代科学中常用的黑箱方法，即不预设黑箱内部结构，只通过外界输入激励与黑箱的整体反应推断黑箱性质与内部结构的方法，在很多科学领域内仍旧是非常重要的手段，有些情况下甚至是唯一的手段。但认为整体能表现一切内部结构的认识方式，显然不是现代主流，现代人很少会犯这类错误。
整体论和还原论各有其价值，但都不全面，而能完满地融整体论与还原论为一炉的认识方式并未诞生，目前科学哲学界对此困难的理性态度是随问题不同而各得其用。之所以如此，是人类基于观待割裂的认识方式(详见下文)，不具备同时认识一切大小局部与细节的能力。至于解脱者的实证，因其并非基于割裂，故并不属于此范围。
一般说来，西方文化的发展中比较重视细微的精密与严格，而东方传统则更倾向圆融。不计细节的圆融常常导致颟顸，不计大局的细节精密也往往导致只见树木不见森林。
