“瑜伽”二字出现在印度梵文，是相应的意思。上师瑜伽就是上师相应法。
为什么要修上师瑜伽呢？我们皈依了佛门就成了佛弟子，发了无上菩提心就成了大乘修行者，修持金刚萨垛除障法净除了业障，修曼茶罗积聚了福慧资粮，在此过程中我们还依止了具足法相的上师。而修持上师瑜伽可以让我们得到上师的窍决，得到上师的窍决才能让我们证悟空性，最后证悟大圆满的无上智慧。所以《普贤上师言教》中说：如果我们随时随地将修行的重点唯一放在修持上师瑜伽上，即使无有任何其它修行也可以。所以诚心诚意、全力以赴、精进勤奋修持上师瑜伽极为重要。
具体修法如下：
一、明观福田：
观想的方法有两种：
(一)观想自己的根本上师；
(二)将上师观想为莲花生大士；
选择哪种方式更合适呢？那就要视自己的信心而定。
如果对自己的上师具有无比的信心，一看到上师、一想起上师就能生起无与伦比的欢喜心，这样的人就可以直接观想自己的上师。如果对上师也有信心，但不那么强烈，这样就应当观想佛像。一位真正的金刚上师，实质上就是佛的化身，也就是佛。观想时外表要按照经书中对佛像的描述，而本体则是自己的根本上师。为什么观想的表面是莲师，而本体是自己的根本上师呢？因为密宗特别强调对金刚上师的信心，由于上师在这一世给我们传法灌顶，与我们有极深的法缘，观想莲师的本体为金刚上师可以让我们比较快速的成就。其实上师代表一切诸佛，上师与诸佛都是一样的，上师也是莲师，莲师也是上师，念上师也能迎请到莲师，念莲师也能迎请到上师。
二、七支供：七支供是显密共同的积累福慧资粮的方法，在上师面前供七支供能更迅速的圆满广大资粮，在上一章中我们已简略地说明了其修法，大家可以参考，这里就不再复述。
三、专心祈祷：仅以见到、听到、忆念，接触上师，也会种下解脱的种子。金刚上师的智慧、慈悲、能力等每一个功德都是不可思议的，他可以赐给我们即身成佛的灌顶与窍诀，我们仅仅祈祷上师也能获得世间及出世间的成就，只要我们能对上师生起无比的信心：汗毛竖立，双泪横流，至诚地祈祷上师，就能得到上师的加持。因为上等信心得上等加持，中等信心得中等加持，下等信心得下等加持。
然后诵持金刚七句：
吽，欧坚耶杰呢向灿，巴玛给萨东波拉。
雅灿巧格欧哲尼，巴玛炯内义色扎。
括德喀卓芒布果，且杰吉色达则杰。
辛吉洛协夏色所，格热巴玛色德吽。
然后观想：上师发出五颜六色的光，消除了自己的业障，增长了自己的福报，自己和所有的众生都得到了加持，经过加持，都得到了大乘佛法的慈悲心、菩提心、智慧，也见到了自己的本性。
然后根据自己的时间念诵莲师心咒，最少念108遍：
嗡阿吽 班杂格热巴玛色德吽
心咒念完了，诚心祈祷所有的历代传承上师：
祈祷法身普贤如来王 祈祷报身金刚萨垛尊
祈祷化身极喜金刚尊 祈祷上师文殊友
祈祷上师西日桑哈 祈祷上师加纳思扎
祈祷上师布玛莫扎 祈祷上师莲花生大士
祈祷上师赤松德藏 祈祷上师贝诺扎纳
祈祷上师益西措嘉 祈祷上师无垢光尊者
祈祷上师持明无畏洲 祈祷上师无畏如来芽
祈祷上师华智仁波切 祈祷上师蒋扬钦哲旺波
祈祷上师麦彭仁波切 祈祷上师晋美彭措法王
然后念诵法王祈请颂：
晋美作恰尊比得拉旺 彭措拉巴森杰云丹作
华伊潘迪炯内仁波切 珍巧华丹拉玛所瓦得
然后念诵根本上师祈请颂：
舍 欧门秋吉央吉颇庄得 地森桑吉根吉欧我涅
让信秋格欧森敦占比 扎伊拉玛切拉所瓦得
然后从上师处受四灌顶：
上师三轮所现三种字，依次放光三光如雨降
光芒融入于我三轮处，使获得四灌净除四障
成为修习四道之法器，最后上师融入我合一
亲见离识之法身面目，愿籍此善功德我速得
证悟成就莲花生上师，一切有情众生皆不遗
悉皆安置于莲师果位。
在受四灌顶时观想：在上师的顶轮有一个白色的水晶般的“嗡”字，放光并融入自己的眉间，获得了宝瓶灌顶，净除了自己的烦恼障，成为了修习资粮道的法器；然后从上师的喉间有一个红色的“阿”字，放光并融入自己的喉间，获得了秘密灌顶，净除了自己的所知障，成为了加行道的法器；然后从上师的心间有一个蓝色的“吽”字，放光并融入自己的心间，获得了智慧灌顶，净除了自己的习气障，成为了见道的法器；最后从上师的三轮处同时发出放光的“嗡”、“阿”、“吽”三种字，同时进入自己的三轮，获得了句义灌顶，净除了自己的定障，成为了修道的法器。然后自己与上师融为了一体，自性与佛性合二为一，真正见到了自己的本来面目。如果还不知道自己的本来面目，就观想自心是佛，上师融入自己的身体，自己的心与上师的智慧融为一体。在这种状态中静坐一会。如果是开悟的人，就直接在那种状态中静坐，能坐多久，就坐多久。
最后回向：我今速以此善根，成就怙主上师尊
令诸众生无一余，悉皆安置与此地
在任何时候都要不间断地修上师瑜伽，行走时将上师观想在右肩做为绕转的对镜；安坐时将上师观想在头顶，做为祈祷的对镜；吃饭时将上师观想在喉间，做为供养的对镜；睡觉时将上师观想在心间，增长自己的智慧等等，时时刻刻观想上师，忆念上师。有违缘、障碍时猛厉祈祷上师，所有的违缘、障碍都会消失。如果能对上师生起这样强烈的信心，上师也会非常慈悲地格外关照你，如果真的有智慧，只修上师瑜伽，就能达到今生解脱，即身成佛的最终目的。
