一、破邪显正
佛教各宗，都要破有所得之见，在破邪之外，而另立显正；列如俱舍宗破「人法有我说」而立「人空法有说」，成实宗破「法体恒有说」而立「过去未来无体说」，法相宗破「外境实有说」而立「唯识无境说」。这样的破邪，因为能破者又另立一个自己的理论为正说，而其正说又会变成被破的对象。三论宗的破邪显正，与其它诸宗不同，认为「破邪」即是「显正」，不需另立一个「正」的东西，这是继承印度龙树的否定宗旨。三论宗所破的对象有四：
(一)破外教：
印度的外道有诸多思想，其类别繁多，但可总摄为四种：
１．邪因邪果：大自在天之思想，大自在天神能造万物，万物若灭，归还本天，此天若瞋，四生皆苦，此天若乐，六道咸乐。天非物因，物非天果，凡物皆由其各类而生，如人由人生，竹由竹生，一个天能生万物，有违因果之失，故为邪因邪果。
２．无因有果：心物一切现象，有果必有其因．三世业感不能拨无。无因有果之说，如偶然论、突来说，否定业果之因。
３．有因无果：是承认现在，否定未来之邪说。是「断见」之说。如认为人死如灯灭，无有后世之说。
４．无因无果：否定一切因果之存在的邪说。
上面所述四种邪说，都是不懂佛教业的道理而产生的偏见。
(二)破小乘有部的执有：
这里所说的有部，主要是指说一切有部。说一切有部是从上座部分出的部派，其主要论典为「一身六足」论。有部主要在于说明三世实有，发现万法之有相，而以得道为要。
三论宗认为：
１．究竟的境界，体绝百非，如欲由言表达，即失其真相。如以「至道」为「有」，即违其性。
２．有部是「见有」而并不是「见道」。
３．有部所说之有相法，违背大教，故要破它。
４．有部是「以流为源」、「以指为月」，忘却了道源。
５．阿含有说无相之处，所以佛弟子乃观空而悟道，今有部之人但明「见有」，可说是自迷本宗。
６．有部执小乘之流，闻大乘而不信，故应破之。
７．有部之人，保持自宗，排斥他说，拒大涅槃，故要破它。
８．但学有部之人，学久容易成
愚信，不解空理。
９．佛法皆言见空成圣，而有部言观有得道。
１０．有部虽知有，而不悟真空。
(三)破成实宗的偏空：
主要是评成实论为小乘论典，归成实论之空理为小乘的偏空。成实论的作者：诃黎跋摩梁代以前的中国佛学家，大多以成实论为大乘之论，因为它所说的空是离有、无二边的中道，同时最后连其「空心」亦要灭掉，故究竟境界的灭谛，是大乘的思想，只是成实论的论述体裁，还是承袭着印度部派佛教之形式的，在印顺导师所著的「说一切有部为主的论书与论师之研究」一书中说，成实论是「探大释小」的论典。可是，吉藏乃始终把成实论判为是小乘之论，主要是在于二空的解析：
１．小乘是析法明空(分析上之空)，而大乘是本性空寂之空。
２．小乘但明三界内人法二空，故其空义短，但大乘明三界内外人法并空，故其空义即空。
３．小乘但明于空，未说不空，而大乘乃明空亦办不空(如来藏)。所以虽明二空，空义不同，小乘之空为浅，大乘之空为深，成实所明，但是声闻空(偏空)，并非大乘所说。
(四)破大乘有所得之执：
大乘的「有所得」主要在说明「常、乐、我、净」。三论宗认为这种执常执我的观念是有所得，有所得非佛弟子的正见，故应破之。有关邪见：
１．六师外道：古印度佛陀时代，中印度(恒河中流一带)势力较大之六种外道。
(1).珊阇耶毘罗胝子：怀疑论者。不承认认知有普遍之正确性， 而主张不可知论，对有无果报等问题，持不定说，认为可能有，也可能无。
(2).阿耆多翅舍钦婆罗：唯物论、快乐论者。否认因果。主张「命即是身」，即离身体以外，没有灵魂式生命。他说：受四大人取命终者，地还归地、水还归水、火还归火．．皆悉败坏，诸根归空。否定自我的轮回与解脱，佛教称之为断见论。
(3).末伽梨拘舍梨：宿命论之自然论者。主张苦乐不由因缘，而惟为自然产生。主张诸法自然，修行无用，只要经过一定的期限，不管是有智慧的人，还是愚痴的人，都可以解脱。
(4).富兰那迦叶：无道德论。否认善、恶之业报。为无因论者，他说：生死的杂染与解脱清净，非人类意欲的产物，实为偶然的。善恶不过是依习惯而定，无所谓善恶业果。因此，在他看来，是荒乐无害，精进无功。
(5).迦罗鸠驮迦旃延：无因论之感觉论者。认为地、水、火、风空、苦乐、灵魂为独立之要素，不系因缘。
(6).尼干陀若提子：耆那教之创始人。主张苦乐、罪福等皆由前世所造，必应偿之，并非今世行道所能断者。特别重视苦行，作「以苦断苦」的修持，大有尽先偿还宿罪，不再造业，即能早得自我解脱的意味。
２．九十六种外道：六师外道中，每一师各有十五个持不同见解的弟子，共九十人，连同六师共成九十六人。
３．五种不正见：
(1).身见：梵语叫「萨迦耶见」。执我之见，以为我是主宰，这是一种错误的见解。
(2).边见：执常或执断的见解。
执常：认为人死后还是为人，生生世世都是为人。
执断：认为人死如灯灭，没有因果轮回之事。
(3).邪见：是谤因果、谤作用和谤善事之见解。
(4).见取见：是「非果计果」，以有漏果当成是涅槃境。
(5).戒禁取见：是「非因计因」，不是解脱的因素，而计为是解脱的因素。
４．戏论：是不符合佛教观点的论言或观点。中论疏卷一把戏论分为两种：
(1).爱论：谓于一切法有取着心。
(2).见论：于一切法作违背佛法的见解
二、真俗二谛
所谓谛，就是真理。中论观四谛品：「诸佛依二谛，为众生说法，一以世俗谛，二第一义谛。若人不能知，分别于二谛，则于深佛法，不知真实义。」这是说：所有的佛都依据二谛为众生说法，第一依据世间的真理，第二依据第一义谛(真谛)。如果有人不能分别了解这二谛，对于深奥的佛法，就不知道它的真实含意。
百论破空品称：「诸佛说法，当依俗谛、第一义谛，是二皆实，非妄语也。」这是说：所有的佛演说佛法，往往依据俗谛和第一义谛。俗谛对于一般有情来说是真实的，第一义谛对于圣者来说也是确有解脱之法。这二谛都是真实之说，并非虚妄言说。
十二门论第八品观性门品称：「若人不知二谛，则不知自利、他利、共利。」吉藏大师：「十方诸佛，当依二谛说法，故众经莫出二谛。众经既不出二谛，二谛若明，众经皆了也。」由此可明，三论宗对二谛相当重视。
青目中论释说：「世俗谛者，一切法性空，而世间颠倒故，生虚妄法，于世间是实；诸贤圣知其颠倒性故，知一切法皆空无生，于圣人是第一义谛。」这是说：世界上的一切事物，本来是空无自性的，而凡人不认识这种真理，对世间事物作了虚妄颠倒的认识，认为世界上的一切事物都是实有的，这就叫俗谛。佛教圣人(解脱者)把这种颠倒了的认识再颠倒过来，认为世界上的一切事物都是虚幻不实的，是空无自性的，这种认识就叫做第一义谛。俗谛是对一般有情讲的，如同苦是对一般有情讲的，而真谛是对佛教圣人讲的，使其印证佛法。
真俗二谛的分别，如佛说：圣归涅槃，法归分别。而真俗二谛的关系，如偈云：若不依俗谛，不得第一谛。佛法上说：一切智者，以譬喻得解。这可以说是「若不依俗谛，不得第一谛。」的很好解说。譬喻是要透过文字语言的俗谛，才能让学佛者达到超越一般世间的真实解脱境界。
三、二藏三轮的判教
各宗的判教，都有其意义存在。三论宗的吉藏大师也建立了二藏三轮的判教，以为方便。二藏：声闻藏、菩萨藏。
净名玄论卷七说：「二藏义有三双：一、声闻、菩萨藏，此从人立名。二、大乘、小乘藏，从法为称。三、半字、满字，就义为目。此三犹义一耳。」这其中的声闻、菩萨；小乘、大乘；半字、满字等义，我们可以说是「虽解脱，而不圆满」与「已解脱，并趋向圆满。」为什么二藏不称缘觉藏和佛藏呢？吉藏的中论疏云：缘觉不禀教，声闻禀教，故名声闻藏。菩萨禀教，佛不禀教，故名菩萨藏。二藏的判教方式，是继承菩提流支下来的。
三轮：根本*轮－－－－华严－佛陀初成道时，在华严会之说法，纯为菩萨开一因一果法门。
枝末*轮－－－－阿含－小乘诸经乃至方等般若诸大乘经。薄根之众生，不堪一因一果，故于一佛乘，分别说这三种法门，以接众机。
摄末归本*轮－－法华－佛陀于最后之法华会上，归以上之种种法门于一道，谓一佛乘。
四、中道实相
佛法，是对于人生向上发展超越以至完成的一种实践。众生从无始以来，生死死生，生生不己的存在延续，是人生现实不可否认的事，要解决这生死之间的烦恼，也惟有透过佛法的修持实践，才能彻底的解决。佛法对于人生，开示它的真相，使我们从人生实相的正见中，知道我们应如何增进此人生，净化此人生。这一佛法的核心，佛典称之为道。此道是不在于太过与不及、极苦与纵欲之间，息诸戏言与妄说，非于外相与内中，也并非是折中，是以「正见」为重的「中道」。在中道正见的体悟实践中，一切法的本相如何，应该如何，即还他如何，这是彻底的，究竟的，所以僧叡说：以中为名者，照其实也。所以中道有「实」的性，是名中道实相，用文字来代表，可以说是「就是如此」「恰如其是」「恰到好处」。
五、八不中道
中论的八不中道
三论宗讲「缘生」和「假名」，而成立空论。而表达空论最根本的理论基础是「八不」，即中论开头的偈：
「不生亦不灭，不常亦不断，不一亦不异，不来亦出。」青目以谷和芽的比喻，对八不进行了通俗解释：
现在的谷离从前(劫初)的谷，并没有今谷新生，就是说从前的谷和现在的谷是一样的，没有所谓现在特别的新生谷，所以是不生。而谷从无始以来，一直还保持着谷的存在，所以是不灭。而谷的生长是要经过一期一期的前后替换，前一期的谷非后一期的谷，所以是不常。而谷有因年年的传播而相续的现象，所以是不断。谷的生长由芽到叶，由叶到花，由花到果，这谷、芽、花、果都是以不同的相貌形状表现在我们的眼前，也就是说：谷的生长不是完全停留在一个阶段，不是完全停留在一个样子，不是单以一种形状样子存在，所以说不一。谷的芽，谷的茎，谷的叶，和麦的芽、麦的茎、麦的叶是不一样的，但也不可以说是完全不一样的，所以说不异。谷不自他处而来，也不从自体而出，所以说不来不出。(中观今论 P95)龙树菩萨透过八不的弘扬，将人们常堕二边的思考模式给予破除，如一般我们会认为一件事的成就，不是好，就是坏，这是执着二边的思考方式。而中论的观点在于以客观的看法，透视一件事的由来与去向，因此可以说凡事有好有坏，非绝对的好与绝对的坏，只是好与坏的比列多少而以。所以龙树菩萨的八不中道，破除生灭、常断等的执二边论，而说不生不灭、不常不断等八不中道，令有情住于中道实相真理。这里的「不」可以解说为「不绝对」。三论宗认为，在这「八不」当中，最根本的是「不生」，因为有生必有灭，无生必无灭。因此三论宗极力的去破「生」。吉藏在他所著的中论疏卷一中宣称：
「以万法皆是因缘，无有自性。以无自性，是故不生。」中论对「不生」是这样解释的：
观因缘品：「诸法不自生，亦不从他生，不共不无因，是故知无生。」这是说：一切事物的存在是不会从自已而生起的，也不会是由其它事物而生，(如眼识的能见，境不能生、光不能生)，也不是由自已和他物共同生起(自、他既各各不能生，自生和他生加起来的共生，当然不能成立)也不是无因无缘而生的。由此断定，没有自性生的。(如刀不自割，眼不自见)
六、缘起性空义
有人问佛：「所说何法？」。佛说：「我说缘起。」
缘起法的定义是「此有故彼有，此生故彼生。」即万物相依相缘的存在与生起。对于十二缘起的还灭解脱在杂阿含经中佛陀曾经这样说过：
尔时，世尊告诸比丘：我今当为汝等说法，初、中、后善，善义善味，纯一满净，梵行清白，所谓第一义空经。谛听！善思！当为汝说。云何第一义空经？诸比丘，眼生时无有来处，灭时无有去处。......谓此有故彼有，此起故彼起，如无明缘行，行缘识，识缘名色......广说乃至纯大苦聚集起。又复，此无故彼无，此灭故彼灭，无明灭故行灭，行灭故识灭......受灭故爱灭，爱灭故取灭....。比丘！是名「第一义空经」。缘起法与空的关系，在中论观四谛品中说：
「众因缘生法，我说即是空，亦为是假名，亦是中道义。」
「未曾有一法，不从因缘生，是故一切法，无不是空者。」
缘起的重点：依缘而有，也依缘而无，缘起是不生不灭的。澈见缘起法的重要如佛说稻芋经中，弥勒菩萨曾说：
「见缘起即见法，见法即见佛。」
在增一阿含卷29也有这样的记载：
「是故经中说，若见因缘法，则为能见佛，见苦集灭道。」
