其实，陈那一系的最大贡献在于为佛教开辟了另一条修持的道路，即通过对认识论和逻辑的探究，走向把握佛教终极真理的途径，这就是他的量论和因明。
　　印度的逻辑学与亚里士多德的形式逻辑、中国的墨辩相比。起步较晚，约在公元2世纪，正理学派形成体系，很快影响其它某些教派。传说有部大师法救著有《论议门论》，是佛家在这方面的最早著作。龙树、提婆组织般若性空学说，与重视语言思维准确性的逻辑方法相抵触，对于正理学派及其在佛教内部的反映作过多次批判，集中表现在《回诤论》和《广破论》上。前者有汉译本，后者有藏译本。不过，这并没有禁住佛教其它学派对认识形式和论议规则的研究。相反，到无着、世亲时代，更以“因明”为名，当成确立本宗主张的重要工具，加以发挥。据说世亲有《论轨》和《论式》两书，前者即是藏译的《解释道理论》。
　　现存最早的汉译因明论著，是北魏吉迦夜的《方便心论》(472年)与南朝真谛的《如实论反质难品》(550年)。此二论的作者，已不可考。
　　《方便心论》重点讨论的是立论的认识论基础问题，认为任何论题若要成立，必须以正确的“知见”为基本条件。“知见”来自四个方面，即现见、比知、喻知和“随经书”。后三种知见又建立在“现见”基础上，所以“现见”在一切知见中为上为胜，并成为证明其他知见是否真实的最后尺度。不过这里所讲的“现见”，还只是笼统地泛指通过五种感官获取的感觉，并且认为这类感觉“有时虚伪”，例如错觉、幻觉等，并非一切时都是可靠的。因此，《方便心论》又提出“唯有智慧，正观诸法，名为最上”，即同时承认“随经书”所得的“空智”才是“实见”的来源和衡量真理的标准。对于“随经书”的“书”，或者贤圣所证之“法”，也不是都可信赖，因为他们之间的说法，并不一致。在“现见”和“随经书知”上，《方便心论》存在明显的困惑，所以前后矛盾。
　　《方便心论》分“比知”为前比、后比、同比三种。“前比”指由现在推知过去，“后比”指由现在推知未来，“同比”指从已知的现象推断未知的同类现象。这三类比知，在很大程度上仍然囿于感觉经验的范围，但也含有某些逻辑的因素。例如见火有烟，后时见烟便知有火；由前饮海水为咸，推知后来海水皆悉同咸。从认识论上说，这是由个别到一般，在逻辑上，就是归纳推理的运用。又例如，天上日月，“现见”不见其动，但自人之由此至彼，必经过“行”这一普遍现象，可以推知日月之东出西没，也必有其“行”的结论，这个结论本身并不科学，但在方法上，确实含有演绎的性质。
　　关于“喻知”，指由譬喻类比之知。譬喻分为“具足喻”和“少分喻”两种，作为“相似法”，在论议中用来“决疑”或阐明“正义”。引喻要有条件，即所用譬喻应为我与论敌共知同解，“不知”与“有疑”，以及喻与所喻不相类，均不得为喻。《方便心论》对“喻”的讨论最多，反映了“喻”作为知识来源和推理依据，需要解决的问题不少。
　　上述四种“知见”的来源，总称为认识之“因”；能通达如何由中取得正确认识，把握真理者，名为“知因”。“知因”的重点是鉴别“正因”和“似因”。“似因”被视为“论法”中的“大过”，《方便心论》列出八种，范围包括“用语颠倒，立因不正，引喻不同”，即后来因明学中所谓的“过类”。
　　如果把《方便心论》的这些说法，同真谛译介的《如实论》作一比较可知：后音把前述之四种知见除去“喻知”，称之为“识量”或“量”，即现量、比量和圣教量。这里的“量”可训为“见”，也是讲认识来源的，但更侧重用来作为“决是非”的手段，即获得真理并检验真理的方法。“三量”中的“圣教量”，相当于“随经书知”，也可以扩大为世间普遍承认的公理，其真理性如何，最后仍要受现比二量的验证，所以在真谛的泽籍中没有多少论述，相反，现比二量就成了他讨论的核心。
　　真谛继续坚持“现见”为一切认识之基础的思想，说：“一切量中证量最胜”。“证量”即“现量”，相当于“现见”，但其所指，已经不是泛泛的感觉经验，而是有特殊规定的直觉经验：“亲证”，所谓“直对前色，不能分别”；“唯见一色，不证于瓶”。意思说，只有感官机能直面前境生起的感觉，才属现量，因而现量总是片断的，刹那灭的，决不会形成多种感觉综合体的完整表象，更不能掺有概念推理；假若有概念推理参加，或形成了多种性质的表象，那是思维“分别”在起作用，不属于“现量”的范围。因此，“现量”的对象就是构成具体事物的单一性，即不可再破解的“自性”或“自相”。有关现量的这些规定，对于瑜伽行派的认识论和宗教实践有重大意义。真谛译籍特别把幻事、幻物也当作现量的内容，使他的量论更密切地与唯识空观结合在一起。但对于“比量”的性质，则没有正面的讨论。
　　如果说《方便心论》重在“立”论，《如实论》则偏向于“破”，即驳难或立难，对于比量的形式和作法，都没有展开阐述。只是《方便心论》的许多举例，是很典型的“三支”作法，而《如实论》则以“五分义”作为比量的具足形式，这从因明传播史上看，似乎有些颠倒。但从涉及的内容看，后者依然比前者成熟。前者以“喻”为四“知见”之一，后者取消了这一项目，显然是移进因明的“喻支”中去了。《方便心论》称作“知因”的概念，可能就是“因明”的早期译法，其时还是从如何获得正确认识的角度来谈的；至于《如实论》则明确地提出了“根本法”(遍是宗法性)、“同类所摄”(同品定有性)、“异类相离”(异品遏无性)的“因三相”来，将“因”这一概念运用到了纯粹的因明规则上，完全成了逻辑学上的概念。这种由认识论提炼为因明逻辑，历史的轨迹清晰可辨；因明逻辑始终与认识论联结在一起，也就构成了瑜伽行派的方法论特点。
　　瑜伽行派在论辩中讲认识来源和结构部分，一般称为量论，讲认识的正确形式和规则部分称作因明，二者都是取得真理和验证真理的尺度。把量论和因明系统化与完善起来，并使之成为论证“唯识无境”、通达真实境界、求得完全解脱的主要手段，是从陈那开始。
　　陈那首先是把上述现量规定在直觉范围之内，彻底排除名相概念的参与。他把这类现量分为四种，其中上述由五种感官直面对象的直觉活动叫做“五根现量”，属于原始基础现量。此外，还有一种“意识现量”，特指感官所得直觉在引发意识活动，并成为意识缘虑对象时的地位和作用，也就是五根现量进入意识领域，但尚未形成概念时被给予的一种称谓，用传统的因缘说解释，这时的五根现量相当于意识发生的“等无间缘”。第三种叫“自证现量”，其实就是“心分”说中的“自证分”；这种“自证”亦名“亲证”，由于没有分别直取自境，所以也列为现量。值得特别注意的是第四种“瑜伽现量”，即在熟知佛教道理和深入禅定基础上，对于佛教真理的直观亲证，亦称“现观”、“现证”。佛教历来主张，像“四谛”、“真如”等佛教道理，要完全把握，变成修持者自身的东西，必须扬弃语言文字的中介，使认识主体直接地无间隔地与所证对象契合为一，由此获得的认识叫做“无分别智”，是佛教全部认识和修习过程中的一个关键性的转折。陈那将这类认识也纳进了“现量”的范围，大大减弱了原先以直觉为全部认识起点的观念，提高了非理性认识的地位，给继续向神秘主义滑行创造了更多的条件。
　　所谓“比量”，在因明学中指推理而言。陈那在完善比量的形式和规则上，起了决定性作用。此前的比量，通用宗、因、喻、合、结“五支”作法，陈那精炼为“宗、喻”三支。上述的“因三相”也是由陈那最后确定下来的。这里的“因”，指作为推理根据的理由；正确的理由，必须具有三种性质，使宗、因、喻诸判断间的逻辑联系得以成立。此外，陈那对于运用因明形式可能犯的逻辑错误，也作了归纳，作为“过类”，组织到了他的因明学中，使因明的逻辑规则趋向严密。相对于五支作法的“古因明”言，陈那的具有“因三相”的三支作法，被称作“新因明”。
　　由于陈那把量论和因明作为取得一切知识和证得真理的基本手段，所以他幻想一旦成佛，便能体现真正的“量”，称为“为量者”，也就是无所不知，成了真理的代表。这是陈那的量论和因明学伴有宗教神学的又一表现。