依照公认的宗派标准，法相唯识宗至智周的弟子为止，传承第五代，在中国最终消亡了。尽管有很多材料证明，唯识宗所依据的佛教经典一直有僧俗研习，甚至说北宋时期有永明延寿大师积极收集唯识宗经典，有振兴其学的志向。而且学界也惯常说，明末有复兴唯识宗的努力，而且似乎初见成效。尤其是，近代以来，僧俗两界竭力复兴法相唯识宗者不乏其人，甚至在一段时间蔚为大观。但是，我们仍然要说，这些都不是严格意义上的“法相唯识宗”或“慈恩宗”，而是“法相唯识学”。作为全书的结语，下文在概要地叙述唐末之后唯识学绵延不绝的种种事实之后，对于中国法相唯识宗兴衰变迁的成因做些力所能及的分析论述。
五代之后，尽管每朝每代都有研习、传播唯识经典的僧人以及俗家弟子，但基本上可以认定，已经不属于“宗派”性的活动了，只能称之为唯识学的绵延未绝。
如日本僧人所记载的唐末至宋初的十七种因明著疏是：宋并州崇福寺继伦的《演密钞》七卷，敬田的《义疏钞》十二卷和《补阙钞》一卷，澄净的《义雄钞》七卷，慧智的《义曦钞》六卷(另科文一卷)，福善的《古今钞补正衡》二卷，怀雅所录《集玄手钞》三卷，义深所辑《演密手记》三卷，惠深录《演密手钞》二卷，达瑜伽编《备阙手镜》三卷，从隐述的《略钞》二卷，惠素造的《要略记》，本真的《逐难略释》一卷，悟真撰的《备阙略钞》二卷，无盛著《洞秘研精钞》二卷，义幽的《精正钞》八卷(另科文二卷)，延寿的《宗镜录》(第五十一卷有专论因明内容)。所有这些著作，只有延寿的《宗镜录》流传了下来。
此外，根据各种文献的零星记载可知，北宋初期，著名的有秘公、通慧、傅章等等。参与译场活动僧人也有能宣讲唯识诸论者。“慈恩章疏”四十三卷，在天圣四年(1026年)也被编入大藏刻版。宣和初(1119年)年，真定龙兴寺守千(1064—1143年)曾经校勘遁伦的《瑜伽师地论记》刊版流通。
有宋一代，唯识师的活动大致如此。
辽代沙门诠晓(926—1011年)，撰有《上生经疏会古通今新钞》、《随新钞科文》(现存残卷)、《成唯识论详镜幽微新钞》十七卷，《科文》四卷、《大科》一卷及其它著作六种(都已佚)。辽代治俱舍学的有燕京左街僧录演法大师琼煦，他校正了常真所撰《俱舍论颂疏钞》八卷。金代时，五台山清凉寺高僧善慧和佛光寺杲公法师也通唯识学。元代宣讲唯识学的僧人主要有普觉英辩、云岩志德、吉祥普喜等。
明代时期，研习唯识经典的僧人和俗家弟子渐次增多。正德年间(1506—1521)鲁庵稍弘于北方，无极继之，渐传于南地。雪浪从无极学《华严》，旁及《唯识》，辑有《相宗八要》。在明末一百数十年间，共有十七位有唯识著作的学者，三十五种“记”，一百零七卷的唯识注解。以年代先后分，依次是：普泰、真界、正诲、真可、德清、广承、明昱、通润、王肯堂、大真、大惠、广益、智旭、王夫之。他们都有唯识的著述传至现代，另有三人已无传记资料可考。
晚明唯识学者的研习条件并不具足，他们无法看到唐代的唯识宗僧人的述记及论疏，对唯识思想的了解大多从唐代清凉国师澄观的《华严经疏钞》八十卷、五代永明延寿的《宗镜录》百卷以及元代云峰的《唯识开蒙问答》二卷中获得，并进而溯源《楞伽》、《深密》、《瑜伽》、《显扬》等经论来探索研究唯识思想。如智旭在《成唯识论观心法要缘起》中有云：“赖有《开蒙问答》，梗概仅存，《大钞》、《宗镜》，援引可据，而溯源流，则《瑜伽》、《显扬》诸论。”王肯堂在《唯识证义》自序中云：“取大藏中大小乘经论，及《华严疏钞》、《宗镜录》诸典，正释唯识之文，以证唯识之义。”由于所据材料之不足，所以他不敢自信他的《唯识证义》没有与慈恩之疏抵牾之处，故不称《补疏》而名《证义》。当代有学者喜欢称之为唯识宗的复兴，基本上是名不副实。
然而，不可否认，伴随明末佛教的一度复兴，唯识学的恢复也是显而易见的。根据学者所归纳，在明末一百数十年间，共有十七位有唯识著作的学者，出现了三十五种“记”和一百零七卷的唯识注解。这样的成绩已经超过了宋元时期。
接续明末的发展势头，清代的唯识学再现新气象。自明末昭觉广承于杭州莲居庵讲《唯识》，其弟子灵源大惠、古德大贤、新伊大真等继之，入清传承不绝，时称“莲居派”。大惠曾讲《唯识》于京师及苏、杭等地，著有《唯识自考录》。大贤弘法云栖，智旭曾从他听《唯识》。大贤的法嗣玉庵、法孙忍庵，也都传承此学。大真继主莲居，精研戒律，曾讲《唯识》，亦为智旭所师事，著有《成唯识论合响》。其弟子本全、圣先，相次继席，讲学不替。同时内衡亦讲《唯识》于杭州，为钱谦益所称道，是清初有数的慈恩学者。其后钻研《楞严》者多，《唯识》之学遂渐趋沉寂。清末松岩、默庵，亦颇研究《唯识》，讲授学徒。松岩于光绪间(1875 —1908 )住南京清凉山，穷治相宗。尝谓唐代俱舍法相诸论，实为佛教梯航。时《天演论》、《民约论》相继传来，他曾以唯识理论加以评价。但他早年入寂，著述不传。默庵(名果仁，1839 —1902 )居南岳福严寺，精究三藏，常为四众讲《唯识》著有《唯识劝学篇》、《阅藏日记》等书。道阶、佛乘等为其高足。道阶(1865 —1934 )弘法南北，时讲唯识之学。佛乘(1872 —1922)创办僧学于南岳，亦常以唯识授学人。
关于玄奘法相宗早早衰落的原因，学者们提出过各种各样的解释。胡适认为玄奘的法相唯识学不适合中国人的思想习惯，那种钻牛角尖式的分析也不适合中国的语言，所以这种回到印度去的“古典主义”运动尽管得到了皇帝的支持，结果还是归于失败。呂澂把这样的观点视为“皮相之谈”，认为法相宗的短命既是由于它所处在的河洛一带面临其它宗派的竞争与挑战，更是由于他们的学说“和当时的‘治术’不协调而间接受到打击”，即由于其学说中包含有变革现实的因素而不受统治者的欢迎。任继愈也认为法相宗衰落的原因主要是“这一宗派不适合中国的需要”，具体地说，就是法相宗的学说不能为当时的统治者提供向民众发放升入天堂的廉价门票，因而不能满足当时的经济基础和政治的需要，所以不久便衰落下去。上述三类学者以不同的研究角度，对此问题作了解释，都切合一部分事实。但重大历史事件的形成、发展及其消亡，其原因异常复杂多样。后人从不同角度对其作出解释，都只可能投合一部分“真相”，完整的原因分析根本上是不可得的。作为一种以历史描述为写作追求的佛教史著作，对此问题不想多费篇幅，仅仅罗列一点想法。
从中国佛教发展的大趋势来说，玄奘和窥基创立宗派的阻力是前所未有的。此前已经研究传播了近一百年的地论学派、摄论学派、俱舍学派已经深入人心，这些学派的存在及其所具有的强大的渗透力，对于隆重登场的唯识新说的接受、普及来说，都是需要逾越的道道障碍。玄奘出国的动机和出国后所学，目的在于完整、全面地介绍佛教的整体风貌，并且在此基础上以护法系瑜伽行派学说来统一佛教教义、修行等等内容。玄奘的这一意图，成功地贯彻在他的翻译活动之中了，但却未能成功地贯彻到他的授徒活动中去。从本著的叙述可知，奘门弟子众多，但真正毫无保留地接受、全方位的弘扬玄奘学说的唯窥基一人而已。而窥基处境的艰难，非身临其境者难于体会。
正如有当代学者所注意的，本著也作了叙述分析，窥基在奘门中的地位是来之不易的，而奘门弟子中的其它高僧，如普光、法宝、神泰、圆测等等，在许多方面其实并没有完全接受玄奘所传来的护法系学说，而更将窥基推进险境的是，与这些德高望重且学业已经有成的师兄甚至“前辈”相比，后来者如何居上，确实是一个重大问题。如本著所叙述的，在玄奘译场多次发生争论，在社会上也弥漫着对玄奘及其弟子强力推行“新译”的不满情绪。如此等等，玄奘在世，尚不会有大碍，但在玄奘圆寂之后，这些都统统爆发出来了。
玄奘圆寂之后，窥基回慈恩寺，但几年之后又出人意料地离开长安，此后虽然又得以重归慈恩寺，但建立弘法基地、培育弘教队伍的宝贵时机白白地丧失了。这一事，仅仅从本著写作中收集窥基弟子之资料的困难就可略知一二。再者，与高宗、武后时期的其它大师所受到的礼遇相比，窥基并未有受到朝廷的多少眷顾。尽管在佛教史传和佛教僧人中，都有一个应该抑评“名僧”的线索，但“不依国主，则法事难立”，确实是一个在佛教发展史中一再被证明的“真理”。
总之，从唯识宗创立过程分析，玄奘即便有创立宗派的抱负，也没有时间和精力采取创立宗派的实际作为，窥基忠实地继承了乃师的抱负，但他确是一位孤独的奋斗者。
也许出于上述原因，历史上也有一种说法，并不将玄奘列入唯识宗祖师中，而是以窥基为初祖。这一说法出于何时，已不可考，但至少从宋代就写入史书中的“三车法师”的传闻以及奘门弟子不合的传闻，这些都说明窥基于奘门中的“首座”位置来之不易，且并非奘门内部和其它宗派的大师们的共识。可以说，唯识宗的创立是举步维艰的，并非如当代学者所说的畅行无阻。只要翻开流传至今的奘门弟子的各类著述，就会发现，除窥基——慧沼——知周……这样的法系之外，在唯识学的很多问题以及很多经典的解释、理解和发挥上，分歧和相互驳难，几乎处处存在，触目惊心。——这也许是继承印度佛教的“好辩”传统使然。但与隋唐其它宗派兴起和发展的状况明显不同，也是显而易见的。
可以说，唯识宗创宗所面临的“险境”(几乎要修正数百年来中国佛教发展所结成的主要成果)与其诞生之后的许多先天不足(如内部不和、祖师年寿短暂、弟子队伍弱小)等等，构成强烈的反差。如此，就像一个早产儿，先天不足，而后天又没有条件补足营养，反而历经冷落，甚至遭受饥饿……，在此情势下，数传而保持了一定程度的繁荣，已经是相当不错的成绩了。
至于说，唯识思想体系的复杂，演绎方法的繁琐，立宗经典以及祖师著述的庞杂，与中土尚简、重感性等等思维倾向之间的巨大反差，学界所论已多，已成共识，不再赘述。
最后，关于学界津津乐道的近代以来唯识宗的复兴，本应作出论述，一来鉴于此著篇幅已多，更主要的是，笔者认为，近代以来确实有力图复兴唯识宗的团体和个人存在并且进行了不懈努力，客观地说，与宋代以来此宗的“失落”相比，面貌已经大为改观，但严格意义上的“宗派”复兴的曙光尚未闪现。鑒于此著的寫作原則(在“宗”产生之前，较详细叙述“唯识学”以见此“宗”形成的背景，在“宗派”的特征消失之后，略于叙述“学”)，近代唯识学的叙述只得付之阙如。假以时日，可在“唯识学传播史”或“接受史”的论题下叙之。
