日本真言宗的分派情形
广泽流以益信为开祖，以嵯峨之遍照寺为中心道场，宇多天皇对益信备极敬仰，昌泰二年(899)归依、落发、受具足戒，延喜元年(901)灌顶传法而成法皇，置其僧房于花园(御室)之仁和寺，自此，仁和寺即成广泽流之根本道场。至宽助时，广泽流大别分出六派，称广泽六流︰
(一)仁和寺御流，由觉法法亲王开出，住持皆由皇子出家之法亲王担任，此即日本皇族寺院门迹制度之嚆矢。
(二)保寿院流，由永严开出。
(三)西院流，由信证开出。
(四)华藏院流，由圣慧法亲王开出。
(五)忍辱山流，由宽遍开出。
(六)传法院流，由觉鍐开出。
小野流以圣宝为开祖，圣宝尝习三论、法相、华严，尤精三论，以东大寺东南院为根本道场，专弘三论，同时又倾慕修验道之祖役小角之行迹而于山中修行，故后世称之为修验道之中兴人物。于其师真雅示寂后，从真然受密法灌顶，又从源仁受东密之奥密，声誉与益信齐。宽平九年(897)，其所建之醍醐寺被列为官寺，而与广泽流之仁和寺并峙。圣宝之下，先后传观贤、淳佑、元杲、仁海，为小野流之极盛期，仁海与广泽流之宽朝，号称东密二大重镇。仁海之下有成尊，成尊门下出义范、范俊、明算。义范之下传胜觉，范俊之下传严觉，由此二人各出三流，成为小野六流︰
(一)三宝院流，由定海开出。
(二)理性院流，由圣觉开出。
(三)金刚院流，由圣贤开出。
(四)劝修寺流，由宽信开出。
(五)随心院流，由增俊开出。
(六)安祥寺流，由宗意开出。
开出广泽传法院流之觉鍐，于天承元年(1131)登高野山，创建大传法院，并兼任金刚峰寺座主，其时为平安末期。高野山与东寺向来主张“大日如来本地法身说”，觉鍐则针对高野山之说而提倡“自性加持身说”。由是两派乃告分裂，高野山派称为古义真言宗，觉鍐及其拥护者则称为新义真言宗。其后觉鍐由于高野山徒之忌，于保延六年(1140)移至和歌山县之根来，奠立新义派之基础。觉鍐之下有兼海、证印，兼海之后有赖瑜，亦主张“加持说”，并受报恩院流贤深之付法，开出中性院流，至圣宪时，集加持说之大成，确立新义派之基础。根来遭毁后，专誉、玄宥各住大和长谷寺、京都智积院，各建法幢，开创丰山(长谷寺)、智山(智积院)二派。至于高野山，则有宥快、长觉等固持“本地说”，其后传长誉、快全、成雄、仟遍、印融等。至江户时代，慧光、昙寂、道空、弘道等人辈出，致力融合新古二说，至后丰山之法住而集大成。
日本真言宗自根本之小野、广泽二流开始，虽衍生众多流派，然中世以来仅大别为新义、古义二派，江户时代，古义派多属高野山，新义派则隶属智山、丰山二山。明治五年(1872)设立教部省，初以高野山为古义派之总本山，以智、丰二山为新义派之总本山，由二派三山之住职轮流出任真言宗管长，未久以东寺得古义总本山之认可，遂由二派四山交替任管长职，统辖全日本真言宗寺院。十一年，仁和、大觉、广隆、神护、法隆、西大、招提等七山合为西部真言宗，别置管长，四山轮流制乃废，而东寺、高野二山则号真言宗。翌年，内务省命废各部派管长，而应以一宗设立一管长，乃以东寺为此宗之总本山，设法务所，以统辖全宗。十八年，智、丰二山合称真言宗新义派。二十九年，醍醐寺请愿独立一派。三十三年，古义派中，仁和寺称真言宗御室派，高野山为高野派，大觉寺为大觉寺派，醍醐寺为醍醐寺派，东寺、劝修寺、随心院、泉涌寺翟衸山合称真言宗；新义派中，智、丰二山亦分裂，各称新义真言宗智山派与新义真言宗丰山派，别置管长。四十年，真言宗四山亦分裂为真言宗东寺派、真言宗山阶派(劝修寺)、真言宗小野派(随心院)、真言宗泉涌寺派。大正十四年(1925)，高野、御室、大觉寺三派联合，以金刚峰寺为总本山，其他二寺为本山，改称古义真言宗。昭和六年(1931)，小野派又以善通寺为本山，派名改为善通寺派。
目前古义真言宗较重要者有七大派，即︰
(一)真言宗高野派，宗祖空海，本山在高野山金刚峰寺，空海于嵯峨天皇弘仁七年(816)上表请此地，赐“高野山”。末寺(隶属本寺之寺院)有二七六○所。依古义各派联合制规，金刚峰寺座主任真言宗联合高野山大学总理及高野山中学校长，并协同各寺派经营京都专门学校及东寺中学，以教育门下子弟。
(二)真言宗山阶派，宗祖空海，派祖严觉，大本山在山科劝修寺。为昌泰三年(900)，醍醐天皇之母后发愿所建，以承俊为开山。有末寺一二○余所。并协同各寺派经营京都专门学校及东寺中学校，以教育本派子弟。
(三)真言宗醍醐派，宗祖空海，派祖圣宝，总本山在山城醍醐寺。派祖圣宝受空海法孙源仁之付法，于清和天皇贞观十六年(874)开创醍醐寺为修法道场，其法流称小野流。领有末寺九四○余所，并协同各寺派等，经营京都专门学校及东寺中学校。
(四)真言宗御室派，宗祖空海，派祖为宽平法皇(宇多天皇)，本山在山城御室仁和寺。仁和寺为光孝天皇敕愿，于仁和二年(886)，在小松乡大内山麓创建。本派又衍出广泽御流、西院流、保寿院流、忍辱山流、传法院流、华藏院流等派。末寺有一二○○余所，并协同各寺派经营京都专门学校及东寺中学校，以教育门下子弟。
(五)真言宗东寺派，空海为开祖，总本山在京都东寺。弘仁十四年(823)，嵯峨天皇将东寺赐予空海，专研修真言宗之经律论，成为弘通真言之根本道场。末寺有一八○余所，并协同各寺派在东寺境内设立京都专门学校及东寺中学校，以教育派下之子弟。
(六)真言宗善通寺派，宗祖空海，派祖增俊，大本山在赞岐国善通寺。末寺有三十余所，并协同各寺派在京都东寺境内经营专门学校及东寺中学校等，以教育子弟。
(七)真言宗泉涌寺派，宗祖空海，开祖俊 ，大本山在京都泉涌寺。俊 于建久年间入宋学法，归日后复兴泉涌寺，使之成为台、密、禅、律四宗兼学之道场。末寺有四十余所，并协同各寺派经营京都专门学校及东寺中学校。
又新义真言宗之两大派，分别为︰(一)新义真言宗智山派，略称智山派。宗祖空海，派祖觉鍐，中兴开祖玄宥，总本山在京都智积院，乃德川家康所捐献。末寺有三○七○余所，并于东京设立智山专门学校，以教育本派子弟。
(二)新义真言宗丰山派，略称丰山派。高祖空海，宗祖觉鍐，派祖专誉，总本山在大和丰山长谷寺。末寺有二九九○余所，昭和元年(1926)联合天台、净土两宗于东京设立大正大学，以教育本派子弟。
日本空海入唐，承传了密教，高雄山寺、高野山、东寺为初期真言宗所开设者，此宗本尊大日如来、药师如来、阿弥陀如来、观世音菩萨、文殊菩萨、地藏菩萨、不动明王等，诸尊均由大日如来所统，无论任何人，都有菩提心，若修业则可成菩提。明治以来，金刚峰寺、教王护国寺(东寺)、仁和寺、大觉寺、醍醐寺、智积院、长谷寺等有时相合有时分立。现下已加盟为真言宗总大本山会，其结合情形如下︰
高野山真言宗─金刚峰寺、
真言宗智山派─智积院、
真言宗丰山派─长谷寺、
真言宗御室派─仁和寺、
真言宗大觉寺派─大觉寺、
东寺真言宗─教王护国寺(东寺)、
真言宗醍醐派─醍醐寺、
真言宗山阶派─劝修寺、
真言宗泉涌寺派─泉涌寺、
真言宗善通寺派─善通寺、
新义真言宗─根来寺、
真言律宗─西大寺、
大本山─须磨寺、
大本山─清澄寺、
大本山─中山寺、
大本山─随心院、
大本山─宝山寺、
总本山─朝护孙子寺。
