一 绪言和科判
大乘佛教的出发点，正如《法华经》所说：诸佛世尊唯以一大事因缘故出现于世，所谓开示悟入佛之知见。佛之知见，即是般若，即是佛性，即是一乘。入佛知见，目的令人转迷成悟，离苦得乐，使一切众生皆得成就无上菩提。但众生根性万差，机感悟性非一，所以如来随机施教，大小并说，权实俱演，以致有三藏十二部经，八万四千法门之多，这些都是世尊留给众生的一代宏伟家业。
佛灭度后一百年中，佛法一味未曾有争。一百一十六年后始分派别，最初分成上座部和大众部两派，两派的不同，上座部唯传迦叶阿难七叶窟内所结集的小乘经律论三藏，大众部并传窟内外所结集的法藏，窟外的结集有五藏——经藏、律藏、论藏、杂集藏、禁咒藏，具有大小显密经典，所以大众部大小乘兼弘。这两派在教义上主要的不同点是，上座部主张，生死涅槃皆是实法，大众部则谓生死涅槃皆是假名。而后从这两派又分出十八部，合前根本两派成二十部，称为部派佛教。
佛灭度五百年前后，马鸣、龙树相继出世，号称菩萨，弘扬大乘，大乘佛教因此转盛。马鸣当时，虽然弘扬大乘，实是大小乘兼备，也未能建立起大乘宗派，至龙树菩萨，始广造诸论，遍破小乘，释方等经，脱离部派佛教，建立起大乘教派。龙树的大乘佛教一旦确立，便冲击了全部部派佛教，有的赞同，有的反对。上座部一系的各派，拒不承认大乘，素有传习大乘教义的大众部系各派表示欢迎，便逐渐转到龙树大乘旗帜这边来。例如十八部中的一说部、说假部、说出世部，它们原来的主张就接近大乘，它们的部派名称就是一种很好的说明。名称表达主张，早就超出声闻乘的范畴，但他们没有能力建立一种有系统的大乘教派，只得作为部派佛教而存在，所以一旦大乘佛教出现，便皆归宗龙树门下。试看以后大众部一系的部派佛教，逐渐消失，不再发展流行，原因就在于此。后来广泛流传的，与大乘对抗的各部小乘，大都属于上座部的系统，例如萨婆多部、犊子部、正量部、经量部等，这是历史事实。
佛灭度后初五百年，声闻乘所以特别兴盛，原因是，在释迦法中，佛教以出家僧团比丘为主。出家比丘，有僧团组织，具僧相，被尊为三宝之一，代表佛教。菩萨乘则不然，无单独僧团组织，菩萨形相僧俗不定，有出家有在家无标帜代表佛教。佛在世时，文殊、弥勒，现出家相，在僧团中，依次皆走在憍陈如、大迦叶之后，以示尊重上座比丘。《智度论》云：释迦法中无别菩萨僧。声闻乘教典以《阿含》毗奈耶。诸阿毗昙三藏为本，递相传习，大士法门虽高，不能超越僧团出家比丘。佛在世时如此，佛灭度后还是这样，这是释迦牟尼的法规。复次，声闻乘法以自利为主，急于出离三界，诸比丘依教修持，得道证果者多，菩萨法门以利他为主，随缘施化，悟当相即真为深旨，对比丘僧团唯应护持赞助，不能立异，所以声闻乘法，初五百年，一向独盛。
佛陀灭度五百年后，小乘部派繁多，分别法相见解纷纭，互相争论者居多，修行证果者渐少，龙树大士为批判部派佛教各种偏执偏见，依《般若》等经，造中观等论，发扬缘起性空的学说。谈缘起不违小乘，说性空独申大教。龙树的学说是溶五乘为一宗，大小并弘，僧俗咸宜，而以大乘为主。龙树所以能批破各部小乘，主要是在各种见解上，而不是在僧团制度上，又因为龙树本身也是出家比丘，在僧团中比丘相互批评是可以的，不同于在家居士身份。其初方等众经多为在家菩萨传习和收藏，但不可能在部派佛教的僧团中，以大乘经批判小乘教，更不能以在家批判出家。及至龙树，既建立大乘教派，同时又建立了弘扬大乘佛教的僧团，以前不可能在一般僧团讲说的大乘经典，现在可以在大乘僧团中大肆讲说了，因此被一些在家教徒收藏的大量方等经典，便陆续出现，这是因历史背景不同的自然现象。
小乘初显，大乘后兴，并没有什么不可理解的秘密，总观印度佛教，初五百年小乘鼎盛，次五百年大乘中兴，后期又有密教兴起。今谓：大乘兴盛时期，并不是没有小乘部派，小乘最盛时期，也不是没有大乘经典，只因历史时代背景不同，才表现大小乘佛教有隐显盛衰的不同。因此这不能同意近代流行的一种说法。这种说法认为：大乘经典原先是没有的，大乘佛教是由小乘发展起来的。这种说法是极其有害的，是不符合历史记载的。佛灭度后，大小乘经典是同时结集的，从印度翻译过来的论著文献中，具有明文，怎能说大乘佛教是后来从小乘中发展起来的？《智度论》卷百中说：“摩诃迦叶将诸比丘，在耆舍崛山中结集三藏。佛灭度后，文殊、弥勒诸大菩萨，亦将阿难结集大乘。”就连反对大乘的萨婆多部学者，所著的《异部宗轮论》也说：七叶窟内迦叶阿难等结集三藏，窟外大众结集五藏。《大唐西域记》也持此说。五藏中即有大乘经藏。据此，佛灭后就有大乘经的结集，一是窟外大众的结集，二是文殊、弥勒诸大菩萨的结集，怎能说大乘佛教是已后发展起来的？说是后来发展起来的，就意味着大乘非佛说。持大乘非佛说者，自古有之，但那只是上座部一系的小乘人，今自命为大乘学者，却又说大乘是后来发展的，有这种矛盾现象，岂非怪事！此说不寝，将是佛法的灾难，有志护法者，将何以忍之！此说，初起自于日本，近数十年，影响到中国。悲夫！弘法不足，陷教有余，末法既至，正法将灭，众生失怙，岂不痛哉！
三论玄义记科判
(全书大科分二)
甲一 通序大归
乙一 总明三论宗旨
丙一 明佛说教大意
丙二 众生闻教起迷
丙三 正标三论宗旨
丙四 释其所以然
丙五 分别优劣
丙六 科简破收
乙二 别释破邪显正
丙一 破邪
丁一 摧外道
戊一 释名略标
戊二 别破外道
已一 破天竺异执
庚一 总标四执
庚二 别破四宗
辛一 破邪因邪果
壬一 叙异执
壬二 评谬计
壬三 正破
辛二 破无因有果
壬一 叙异执
癸一 叙计
癸二 释计
壬二 难破
癸一 难无因
癸二 破自然
辛三 破有因无果
壬一 叙异计
壬二 批破
辛四 破无因无果
庚三 总结四宗
已二 排震旦众师
庚一 总标大科
庚二 正明排斥
辛一 研法
壬一 举僧肇研法
壬二 举罗什研法
壬三 约理研法
庚三 核人
丁二 折毗昙
戊一 立宗
已一 标立宗要
已二 别叙宗源
已三 明其偏执
戊二 破斥
已一 总标十门
已二 别释十章
庚一 乖至道
庚二 扶众见
庚三 违大教
庚四 守小筌
庚五 迷自宗
庚六 无本信
庚七 有偏执
庚八 非学本
庚九 蔽真言
庚十 丧圆旨
丁三 排成实
戊一 立宗
已一 述宗义
已二 寻部源
戊二 破斥
已一 征前异说
已二 今家判定
庚一 总标十条
庚二 别释十章
辛一 旧序证
辛二 依论征
辛三 无大文
辛四 有条例
辛五 迷本宗
辛六 分大小
辛七 格优降
辛八 无相即
辛九 伤解行
辛十 检世人
壬一 用天竺人的言论证明
壬二 用中国人的言论证明
戊三 分优劣
已一 总明诸部平等
庚一 引跋摩偈释
庚二 引龙树论释
庚三 明空有皆能证道
已二 明小乘优劣有三品
庚一 正明三品
庚二 会通二三
已三 明应破不应破
庚一 有迷执就应破
庚二 依佛经故应破
庚三 立言不当故应破
丁四 呵大执
戊一 立宗
已一 立大乘圆满
已二 立五时二谛
已三 叙述宗义
戊二 破斥
已一 难大乘立宗
庚一 有无破
庚二 二见破
庚三 有得无得破
庚四 断常破
已二 难五时判教
庚一 申正总非
辛一 引申经论正意
辛二 辨对机故诸经不同
庚二 别破五时
辛一 破三乘别教
辛二 破三乘通教
辛三 破抑扬教
辛四 破同归教
辛五 弹常住教
已三 难真俗二谛
庚一 评毗昙
庚二 斥方广
庚三 责成实
已四 总结呵大执
丙二 显正
丁一 序说
丁二 显正
戊一 显人正
已一 明有佛授记故是正师
已二 斥成实师的谬解佛经
戊二 显法正
已一 就世人显正
庚一 就中国名德作证
庚二 就天竺学者作证
庚三 就罗什自身作证
已二 约教理显正
庚一 略示
庚二 广显
辛一 约中道第一义谛显正
壬一 离大小
壬二 绝有无
壬三 洗断常
壬四 除是非
壬五 息双非
壬六 辨邪正
壬七 无取舍
壬八 冥诸见
壬九 明随言生执者难化
壬十 显无所得正观之宗
辛二 就世俗谛显正
壬一 明设方便门
壬二 开体用二正
癸一 明理唯一正
癸二 标体用二正
癸三 解释二正
子一 就中释正
丑一 双解体用二正
丑二 偏释用正
丑三 明立二正意
丑四 三种正义
子二 约观论释体用
甲二 别释众品
乙一 经论相资门
丙一 从体起用
丁一 明体
丁二 起用
丁三 明经论通别
丙二 辨经论相资
丁一 标经论能所
丁二 开能所四句绞络
丁三 正明经论相资
丙三 摄用归体
乙二 明造论缘起门
丙一 总叙造论因缘
丙二 别明诸部迷经
丁一 总标诸部异执
丁二 明初分二部
戊一 初结集法藏时分二部
戊二 对大乘见解不同分二部
戊三 因大天五事分二部
戊四 总结二部异执
丁三 大众部分破
戊一 初破
戊二 再破
戊三 三破
戊四 四破
戊五 结大众部分破
丁四 上座部分破
戊一 初破
戊二 再破
戊三 三破
戊四 四破
戊五 五破
戊六 六破
戊七 七破
戊八 总结二十部分破
丁五 五部和五百部
戊一 正明五部
已一 叙两种五师
已二 和会五部与二十部
戊二 明五百部
丙三 结造论缘起
丁一 正明造论破迷
丁二 料简破取
乙三 明诸部通别门
丙一 标通别二论
丙二 释通别二论
丁一 就大乘论明通别
丁二 就小乘论明通别
丙三 别释三论通别
乙四 立名不同门
丙一 通辨众论立名不同
丙二 别释四论立名不同
乙五 宗旨不同门
丙一 通辨经论旨归
丁一 通明诸经旨归
丁二 明论同经宗
丙二 别明四论宗旨
丁一 明《智论》宗旨
戊一 正述《智论》宗旨
戊二 释《大品》二慧
已一 约前后释二慧
庚一 就体用释前后
庚二 就超凡越圣释前后
庚三 就破二见释前后
已二 约佛经次第释二慧
已三 约菩萨位次释二慧
戊三 料简同异
丁二 辨《中论》宗旨
戊一 标二谛为宗
戊二 释二谛义
已一 约自行释
已二 约化他释
已三 引证释
戊三 明所为之缘
已一 诸部小乘
已二 方广外道
已三 成实诸师
戊四 引证
戊五 辨名宗双彰
戊六 释经说二谛意
已一 略释
已二 广释
丁三 释《百论》宗旨
戊一 正明论宗
戊二 说明理由
丁四 《十二门论》宗旨
乙六 论破申不同门
丙一 释破申义
丁一 释破申义
丁二 别释破申
丙二 明四论破申不同
丁一 正明破申不同
丁二 释《百论》傍破内义
丁三 释《中论》傍破外义
丁四 料简《百论》破收义
乙七 别释三论门
乙八 三论通别门
丙一 正明三论通别
丙二 说明理由
丙三 重释三论不同
丁一 重释《十二门论》
丁二 重释《中》、《百》二论
乙九 明四论用假不同门
丙一 标立四假
丙二 释四假义
丙三 正明四论用假不同
乙十 四论对缘不同门
丙一 正明对缘不同
丙二 释其所以然
乙十一 明三论破缘有利钝不同门
乙十二 别释《中论》名题门
丙一 总释三字
丁一 正释名题
丁二 次第门
丁三 制立门
丁四 通别门
丁五 互发互尽门
戊一 标互发互尽
戊二 释中观互发
戊三 释缘观互尽
戊四 释中观互尽
戊五 释缘观互发
丙二 别释中字
丁一 四种释义
戊一 总标
戊二 别释
已一 依名释
已二 显道释
已三 因缘释
已四 无方释
丁二 四种中义
丁三 各家释中不同
戊一 外道明中
戊二 小乘人明中
戊三 大乘人明中
