如上节所述，南山律宗自宋以后就衰微了。究其原因固不止一端，但禅宗丛林清规的替代应是主要的因素。禅宗是彻底“中国化”的教派，这个特色主要是其“顿教”义理，其次就是落实在它自有一套规范中。禅宗宗门规范，一般称为“清规”与佛教传统戒律的内容之差异是很大的。
　　早在禅宗六祖慧能(６３８～７１３)尚未出道时，南山律宗的创始人道宣(５９６～６６７)便批评过禅门(见《续高僧传·习禅篇论》)：
　　　　“排小舍大，独律一家。摄领住持，居然乖僻。复有相迷同好，聚结山门。持犯蒙然，动挂刑网。运斤运刃，无避种生。”
　　道宣殊不知，不与其它传统的大小乘佛寺共同生活在一起(排小舍大)，自行在山野建禅林(聚结山门)，自有一套规范(持犯蒙然，动挂刑网)。亲自耕作自食其力(运斤运刃，元避种生)正是禅宗的最大特色。也正因为这种特色，使得禅宗日益弘大。后来与净土宗结合起来。所谓“中国佛教”，事实上只有禅、净二宗了。
　　职是之故，研究禅门规范，既是必要的，也是有趣的。它既是佛门的规范，又是“中国化”的规范，这双重特性揉合起来，结果如何？这是一个重要的课题。本节宜先作历史和简略叙述，以明其原委。

　　一、禅宗的系谱
　　禅宗自称“教外别传”。传说佛在灵山大会中，曾“拈花”示意，只有迦叶懂得，见了而“微笑”；如此不出一言，如来已把“正法眼藏”传了给迦叶。自此，迦叶尊者就成为禅宗的初祖，一代代传下去，到了二十八代便是菩提达摩。达摩在梁武帝时(公元５２０年)来到中国，是为中国禅宗的第一代开山祖师(２２)。
　　在中国的达摩之后，传给慧可，三传僧璨，四传道信。论者认为道信是中国禅宗的实际创始人。他有数百位弟子，其中十位杰出的，后来都各立门户自有成就。其中主要者为三系，即法融(创牛头禅)、法如及弘忍。弘忍就是禅宗的第五祖，创“东山法门”，已奠定了禅宗的基本宗风。
　　弘忍之后，禅分为南、北两宗。北宗神秀一系，主要以依附朝廷　为发展路线，不久而衰灭。慧能的南宗号称六祖，建立了真正的“丛林”生活模式，与民间打成一片，自此欣欣向荣。慧能之后“一花开五叶”，分成五派七宗——临济宗、沩仰宗、法眼宗，云门宗及曹洞宗，另加荷泽、洪州为七宗。每派都人才辈出，流布四方。宋进以后佛教各宗皆衰微，禅宗实际成了“中国佛教”的代表。禅宗系统表列如后(２３)

　　二、中国化规范的初创
　　论者佥认，禅宗第上祖道信(公元５８０～６５１)是一位关键人物。他不仅在思想理论上奠定了禅宗的基础，而且在组织方式和徒众生活方式上，使禅宗从奠定了可以扩大到无限的社会条件(２４)。
　　原来，从初祖达摩到三祖僧璨，约六十年来，禅门徒众的生活方式，过的都是“头陀行”——一人自修学，居无定所，只有一衣一钵的苦行生活，即《传法宝记》上说的：“行无轨迹，动无形记。法匠潜运，学徒默修。”到了道信，这种生活方式彻底改变了：“至夫道信，虽择地而居，营宇立像。存没有迹，旌榜有闻。”道信居湖北黄梅西北的双峰山三十多年，依山傍林，聚集徒众五百，安居传法。在经济上采“禅农合一”的办法，足以自给。这对禅宗日后的发展影响极大。因为中国沙门若采印度那样行乞为生是行不通的，所以其他宗派只有依附朝廷、豪门及一般信众布施为取得供养的资源；一旦失去依靠(如唐武宗打南击佛教)便无以为生。独有禅宗能日益勃兴，这个生计上的能自给自足实是关键。
　　道信圆寂后，汉统传给弘忍(公元６０１～６７４)。据传，弘忍是共黄梅当地人，七岁就随道信出家，三十年不离道信大师左右。他白天辛勤劳作，晚上坐禅，性情敦厚，是以得承法统。嗣后他在双峰山东面不远的冯墓山大启法门，门徒极众，规模犹过于其师，有“道俗受学者，天下十八九”之盛，被称职“东山法门”。
　　弘忍大大发扬了其师倡导的“山林佛教”特色；聚徒定居，禅修与农业生产相结合，禅修落实到日常行住坐卧的生活细节中。这种生活与修行方式，极少成分是印度的，实是中国的儒家社会人伦思想与老庄灵逸风格的结合之具体化。
　　因此可以说，禅宗今后行多年来的基本组织结构与生活规范，在道信时初创，在弘忍时确立了。
　　
　　三、百丈怀海制订“禅门清规”　　
　　正式把禅宗的规范法制化、条文化的人，就是百丈怀海(７２０～８１４)。怀海是马祖道一的高足，而马祖是怀让的高足，怀让则是六祖惠能的高足。惠能禅法传到了马祖，有重要的发展，他把惠能的：“无念心”发展为“平常心”；以“平常心是道”的教法去启迪人，对禅法的启示极重要。马祖门下弟子极多，其中以百丈怀海的影响最大，后来的沩仰宗、临济宗都是百丈的弟子开展出来的。
　　百丈所提倡的修行法门，有很浓厚的老庄自然主义气氛，是马祖老师的“平常心”的发展。他有几句著名的偈语，是禅门常引用的：“灵光独耀，迥脱根尘。体露真常，不拘文字。心性无染，本自圆成。但离妄缘，即如如佛。”他认为，每个人都是佛(灵光、真常、如如佛)，只要摆脱无明(根尘、染、妄缘)，自然便成佛。如果向外欲求佛，就好比“骑牛觅牛”，反而觅不到了。他多次强调，修道一切皆无求，连这个“无求”也不执着，才行。他逝世后，朝廷谥为“大智禅师”。
　　然而，百丈最大的贡献，应该还是他的创制立法。他根据禅宗的特性，针对中国社会的实际情况，融会了中华传统文化的宗法礼制，折衷了佛教大小乘戒律的精神，订定了著名的《禅门清规》，后世称为“百丈清规”。这部“清规”不知何时散失不存。但北宋翰林学士杨亿留下了一篇序文，可以窥见其大概内容(２５)。
　　元朝时，朝廷曾命百丈山的住持德辉禅师重编清规，并令天下禅寺一体实施。对于此《敕修百丈清规》，明末名僧莲池、第三智者：“伪清规一日存在，佛教亦一日无无改良之望也。”但亦有采持平之论者，认为此清规与杨亿的序文并无冲突，虽不能证实，亦未能证伪，故且信其为真(２６)。
　　
　　四、历代禅门规范大要
　　如上所述，“清规”是禅宗特有的内部规范，即是禅院(或丛林、禅寺)的组织规程及内部日常生活的管理规则。这些规范是广义的戒律，是富有“中国特色”的佛门规则。
　　在本章第一节三项中提到，中国佛早在东晋的道安，已首创“僧尼规范三则”；自此，即随时有在印度佛教各种戒律之外立规定约的事。例如支遁立《众僧集证度》、慧运立《法社节度》、梁武帝创立“僧制”等，均属禅宗(尤指四祖道信)以前的事。
　　从道信、弘忍到《百丈清规》，禅宗的内部规范已完成，这对禅宗千多年来的发展关系是很重大的，其大略已如前述。
　　至于《百丈清规》流传到北宋，历时既久，未免混乱。尤其禅宗本身自唐中叶以后，又分出五个派系，各派在规范的细节上自然有所差异，乃号为“家风”的就是。后世各禅寺或丛林大抵都极力维持其“家风”，一直到清末民初(２７)。
　　亦因此之故，北宋崇宁二年(公元１１０３年)曾重编《禅苑清规》十卷，亦称为《崇宁清规》，百丈之作则称为“古规”了。后至南宋咸淳十年(公元１２７４)，又有《丛林校定清规总要》二卷，亦称为《咸淳清规》。再到元代，又有《至大清规》(即禅林备用清规)的编成。前述的《敕修百丈清规》应系依崇宁、咸淳及至大三本汇参编成的(２８)。
　　此外，现存的“清规”典籍，尚有《百丈清规证义》、《入众日用》、《入众须知》《幻住清规》(明朱元璋时编》、《日用清规》、《禅林两序须知》等书。在日本流传的另有《大鉴清规》、《永平清规》、《莹山清规》等。这些典籍，大抵是各门派根据时代需要与其“家风”而编的。